core::io::silent::SilentFileData Member List

This is the complete list of members for core::io::silent::SilentFileData, including all inherited members.

_read_file(std::string const &filename, bool throw_exception_on_bad_structs=false)	core::io::silent::SilentFileData
_read_file(std::string const &filename, utility::vector1< std::string > const &tags, bool throw_exception_on_bad_structs=false)	core::io::silent::SilentFileData
_write_silent_struct(SilentStruct &s, std::ostream &out, bool bWriteScoreOnly=false) const	core::io::silent::SilentFileData
add_structure(SilentStructOP const &new_struct)	core::io::silent::SilentFileData
add_structure(SilentStruct const &new_struct)	core::io::silent::SilentFileData
add_structure_replace_tag_if_necessary(SilentStructOP &new_struct)	core::io::silent::SilentFileData
begin()	core::io::silent::SilentFileData	inline
begin() const	core::io::silent::SilentFileData	inline
check_if_rna_from_sequence_line(std::string const &sequence_line)	core::io::silent::SilentFileData	private
clear()	core::io::silent::SilentFileData	inline
clear_structure_map()	core::io::silent::SilentFileData	inline
comment_line(std::string const &line)	core::io::silent::SilentFileData	inline
comment_lines()	core::io::silent::SilentFileData	inline
comment_lines_	core::io::silent::SilentFileData	private
create_SilentStructOP()	core::io::silent::SilentFileData
end()	core::io::silent::SilentFileData	inline
end() const	core::io::silent::SilentFileData	inline
filename() const	core::io::silent::SilentFileData	inline
filename_	core::io::silent::SilentFileData	private
get_shared_silent_data(SharedSilentDataType ssdt) const	core::io::silent::SilentFileData
get_structure(const std::string &tag) const	core::io::silent::SilentFileData	inline
has_shared_silent_data(SharedSilentDataType ssdt) const	core::io::silent::SilentFileData
has_tag(std::string const &tag) const	core::io::silent::SilentFileData	inline
matched_tags(std::string const &expression, std::string const &mode, utility::vector1< std::string > &tags_in_file) const	core::io::silent::SilentFileData
nres() const	core::io::silent::SilentFileData
operator[](std::string tag)	core::io::silent::SilentFileData
order_by_energy()	core::io::silent::SilentFileData
push_back(SilentStructOP const &new_struct)	core::io::silent::SilentFileData	inline
read_file(std::string const &filename)	core::io::silent::SilentFileData
read_file(std::string const &filename, utility::vector1< std::string > const &tags)	core::io::silent::SilentFileData
read_silent_struct_type_from_remark(std::string const &line, bool header=false)	core::io::silent::SilentFileData	private
read_stream(std::istream &data, utility::vector1< std::string > const &tags, bool throw_exception_on_bad_structs, std::string filename="read_from_stream")	core::io::silent::SilentFileData
read_tags_fast(std::string const &filename) const	core::io::silent::SilentFileData
read_tags_fast(std::string const &filename, utility::vector1< std::string > &) const	core::io::silent::SilentFileData
record_source_	core::io::silent::SilentFileData	private
renumber_all_decoys()	core::io::silent::SilentFileData
reverse_score_filter(Real const score_fraction)	core::io::silent::SilentFileData
score_filter(Real const score_fraction)	core::io::silent::SilentFileData
set_filename(std::string filename)	core::io::silent::SilentFileData	inline
set_record_source(bool const &new_mode)	core::io::silent::SilentFileData	inline
set_shared_silent_data(SharedSilentDataType ssdt, SharedSilentDataOP ssd_op) const	core::io::silent::SilentFileData
shared_silent_data_	core::io::silent::SilentFileData	mutableprivate
silent_struct_type_	core::io::silent::SilentFileData	private
SilentFileData()	core::io::silent::SilentFileData	inline
SilentFileData(std::string const &filename)	core::io::silent::SilentFileData	inline
SilentFileData(const std::string &filename, bool store_argv_in_file, bool strict_column_mode, const std::string &silent_struct_type)	core::io::silent::SilentFileData	inline
size() const	core::io::silent::SilentFileData	inline
store_argv_in_file() const	core::io::silent::SilentFileData	inline
store_argv_in_file(bool new_setting)	core::io::silent::SilentFileData	inline
store_argv_in_file_	core::io::silent::SilentFileData	private
strict_column_mode() const	core::io::silent::SilentFileData	inline
strict_column_mode(bool new_mode)	core::io::silent::SilentFileData	inline
strict_column_mode_	core::io::silent::SilentFileData	private
structure_map_	core::io::silent::SilentFileData	private
tags() const	core::io::silent::SilentFileData
write_all(std::string const &filename, bool bWriteScoreOnly=false) const	core::io::silent::SilentFileData
write_comment(std::ostream &out, std::string const &line) const	core::io::silent::SilentFileData
write_silent_struct(SilentStruct &s, std::string const &filename, bool bWriteScoreOnly=false) const	core::io::silent::SilentFileData
write_silent_struct(SilentStruct &s, std::ostream &out, bool bWriteScoreOnly=false) const	core::io::silent::SilentFileData
~SilentFileData()	core::io::silent::SilentFileData	virtual