protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions Member List

This is the complete list of members for protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions, including all inherited members.

add_delete_frequency() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
add_delete_frequency_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
allow_internal_hinge_moves() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
allow_internal_hinge_moves_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
allow_internal_local_moves() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
allow_internal_local_moves_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
allow_skip_bulge() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
allow_skip_bulge_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
allow_split_off() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
allow_split_off_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
allow_virtual_side_chains() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
allow_virtual_side_chains_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
bulge_res() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
bulge_res_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
chainbreak_weight() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
chainbreak_weight_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
cycles() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
cycles_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
erraser() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
erraser_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
extra_minimize_res() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
extra_minimize_res_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
filter_native_big_bins() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
filter_native_big_bins_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
force_centroid_interaction() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
force_centroid_interaction_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
from_scratch_frequency() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
from_scratch_frequency_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
initialize_from_command_line()	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions
integration_test_mode() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
integration_test_mode_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
intermolecular_frequency() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
intermolecular_frequency_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
just_min_after_mutation_frequency() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
just_min_after_mutation_frequency_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
local_redock_only() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
local_redock_only_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
make_movie() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
make_movie_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
max_missing_weight() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
max_missing_weight_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
minimize_single_res_frequency() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
minimize_single_res_frequency_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
minimizer_allow_variable_bond_geometry() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
minimizer_allow_variable_bond_geometry_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
minimizer_vary_bond_geometry_frequency() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
minimizer_vary_bond_geometry_frequency_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
num_pose_minimize() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
num_pose_minimize_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
num_random_samples() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
num_random_samples_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
output_minimized_pose_list() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
output_minimized_pose_list_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
parse_my_tag(utility::tag::TagCOP)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inlinevirtual
protein_atr_rep_screen() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
protein_atr_rep_screen_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
protein_prepack() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
protein_prepack_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
rebuild_bulge_mode() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
rebuild_bulge_mode_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
rmsd_screen() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
rmsd_screen_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
sampler_max_centroid_distance() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
sampler_max_centroid_distance_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
sampler_perform_phosphate_pack() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
sampler_perform_phosphate_pack_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
set_add_delete_frequency(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_allow_internal_hinge_moves(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_allow_internal_local_moves(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_allow_skip_bulge(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_allow_split_off(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_allow_virtual_side_chains(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_bulge_res(utility::vector1< core::Size > const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_chainbreak_weight(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_cycles(core::Size const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_erraser(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_extra_minimize_res(utility::vector1< core::Size > const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_filter_native_big_bins(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_force_centroid_interaction(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_from_scratch_frequency(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_integration_test_mode(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_intermolecular_frequency(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_just_min_after_mutation_frequency(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_local_redock_only(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_make_movie(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_max_missing_weight(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_minimize_single_res_frequency(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_minimizer_allow_variable_bond_geometry(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_minimizer_vary_bond_geometry_frequency(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_num_pose_minimize(core::Size const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_num_random_samples(core::Size const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_output_minimized_pose_list(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_protein_atr_rep_screen(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_protein_prepack(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_rebuild_bulge_mode(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_rmsd_screen(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_sampler_max_centroid_distance(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_sampler_perform_phosphate_pack(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_silent_file(std::string const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_skip_coord_constraints(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_skip_deletions(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_switch_focus_frequency(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_syn_chi_res_list(utility::vector1< core::Size > const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_temperature(core::Real const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_terminal_res(utility::vector1< core::Size > const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_tether_jump(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_unified_framework(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_use_phenix_geo(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_verbose_scores(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_virtual_sugar_do_minimize(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
set_virtual_sugar_keep_base_fixed(bool const &setting)	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
setup_protein_modeler_options() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions
setup_rna_modeler_options() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions
show(std::ostream &) const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inlinevirtual
silent_file() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
silent_file_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
skip_coord_constraints() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
skip_coord_constraints_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
skip_deletions() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
skip_deletions_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
StepWiseMonteCarloOptions()	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions
switch_focus_frequency() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
switch_focus_frequency_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
syn_chi_res_list() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
syn_chi_res_list_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
temperature() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
temperature_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
terminal_res() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
terminal_res_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
tether_jump() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
tether_jump_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
type() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inlinevirtual
unified_framework() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
unified_framework_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
use_phenix_geo() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
use_phenix_geo_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
verbose_scores() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
verbose_scores_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
virtual_sugar_do_minimize() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
virtual_sugar_do_minimize_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
virtual_sugar_keep_base_fixed() const	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	inline
virtual_sugar_keep_base_fixed_	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions	private
~StepWiseMonteCarloOptions()	protocols::stepwise::monte_carlo::rna::StepWiseMonteCarloOptions