protocols::farna::RNA_Pairing Class Reference

#include <RNA_StructureParameters.hh>

Public Member Functions
	RNA_Pairing ()
	RNA_Pairing (core::Size const pos1_in, core::Size const pos2_in)

Public Attributes
core::Size	pos1
core::Size	pos2
char	edge1
char	edge2
char	orientation

Constructor & Destructor Documentation

protocols::farna::RNA_Pairing::RNA_Pairing ( )

inline

protocols::farna::RNA_Pairing::RNA_Pairing ( core::Size const  pos1_in, core::Size const  pos2_in  )

inline

Member Data Documentation

char protocols::farna::RNA_Pairing::edge1

Referenced by protocols::farna::RNA_StructureParameters::add_new_RNA_jump(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::append_virtual_anchor(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::check_base_pairs(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_base_pair_steps(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_pairings_from_line(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_stem_residues(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::initialize_secstruct(), and protocols::farna::RNA_StructureParameters::setup_base_pair_constraints().

char protocols::farna::RNA_Pairing::edge2

Referenced by protocols::farna::RNA_StructureParameters::add_new_RNA_jump(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::append_virtual_anchor(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::check_base_pairs(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_base_pair_steps(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_pairings_from_line(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_stem_residues(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::initialize_secstruct(), and protocols::farna::RNA_StructureParameters::setup_base_pair_constraints().

char protocols::farna::RNA_Pairing::orientation

Referenced by protocols::farna::RNA_StructureParameters::add_new_RNA_jump(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::append_virtual_anchor(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::check_base_pairs(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_base_pair_steps(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_pairings_from_line(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_stem_residues(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::initialize_secstruct(), and protocols::farna::RNA_StructureParameters::setup_base_pair_constraints().

core::Size protocols::farna::RNA_Pairing::pos1

Referenced by protocols::farna::RNA_StructureParameters::add_new_RNA_jump(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::append_virtual_anchor(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::check_base_pairs(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::check_in_pairing_sets(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::connections(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_base_pair_steps(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_pairings_from_line(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_stem_residues(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::initialize_secstruct(), and protocols::farna::RNA_StructureParameters::setup_base_pair_constraints().

core::Size protocols::farna::RNA_Pairing::pos2

Referenced by protocols::farna::RNA_StructureParameters::add_new_RNA_jump(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::append_virtual_anchor(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::check_base_pairs(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::check_in_pairing_sets(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::connections(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_base_pair_steps(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_pairings_from_line(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::get_stem_residues(), protocols::farna::RNA_StructureParameters::initialize_secstruct(), and protocols::farna::RNA_StructureParameters::setup_base_pair_constraints().

---

The documentation for this class was generated from the following file:

• symlinks/rosetta/src/protocols/farna/RNA_StructureParameters.hh