- d -

• ddgs : ddG_main.cc

- m -

• Mat : read_biounit.cc
• Matrix : MultipleDomainMover.cc , RNA_LoopCloser.cc , RigidBodyRotamer.cc , RigidBodySampler.hh , RNA_VDW_BinChecker.hh , RNA_HelixAssembler.cc , StepWiseRNA_PoseSetupFromCommandLine.cc , FloatingBaseClasses.hh , StepWiseRNA_FloatingBaseSamplerUtil.hh , StepWiseRNA_Classes.hh , StepWiseRNA_OutputData.hh , StepWiseRNA_Util.hh , StepWiseUtil.hh
• mutations : ddG_main.cc

- p -

• Parent : SingleFragmentMover.cc
• point : AddZincSiteConstraints.cc , ZincSiteFinder.cc , MatchGrafter.cc , MetalSiteResidue.hh , MetalSiteResidue.cc
• Pose : MatchGrafter.cc , design_utils.cc

- r -

• Real : design_utils.cc

- s -

• SecondaryStructureSegmentFeaturesCOP : SecondaryStructureSegmentFeatures.fwd.hh
• SecondaryStructureSegmentFeaturesOP : SecondaryStructureSegmentFeatures.fwd.hh
• Size : design_utils.cc
• SmotifFeaturesCOP : SmotifFeatures.fwd.hh
• SmotifFeaturesOP : SmotifFeatures.fwd.hh
• String : HelixPairing.cc , StrandPairing.cc , util.cc

- t -

• TorsionList : PhosphateMover.cc

- v -

• ValueList : RotamerOneValue.hh
• Vec : read_biounit.cc
• VecSize : StrandPairing.cc , util.cc

- x -

• xyzVec : util.cc