- b -

• backbone_stub_match() : protocols::motifs
• backrub_rotation_angles() : protocols::backrub
• backrub_rotation_constants() : protocols::backrub
• bad_anchorfile() : protocols::anchored_design
• base_atoms_square_deviation() : protocols::stepwise::sampling::rna
• base_dump_matching_motifs() : protocols::motif_hash
• base_name() : protocols::vip
• bases_are_coplanar() : protocols::farna
• bases_form_a_hydrogen_bond() : protocols::farna
• basic_idealize() : protocols::idealize
• best_bbcst_residues() : protocols::protein_interface_design
• best_cutpoint() : protocols::protein_interface_design
• blank_pose() : protocols::stepwise::screener
• BOGUS_ASSIGNMENT() : protocols::noesy_assign
• boincOutputFilter() : protocols::boinc
• bools_from_sizes() : protocols::motifs
• bounded_loops_from_alignment() : protocols::comparative_modeling
• bpdefs2map() : protocols::motifs
• bpybb() : protocols::sic_dock::scores
• branching_atomid1() : protocols::branch_angle
• branching_atomids2() : protocols::branch_angle
• Broker_main() : protocols::abinitio
• brute_mindis() : protocols::sic_dock
• build_rotamers_lite() : protocols::motifs
• bump_grid_to_enclose_pose() : protocols::match
• bump_grid_to_enclose_residue() : protocols::match
• bump_grid_to_enclose_residue_backbone() : protocols::match