- e -

• E2_residue() : basic::options::OptionKeys::chemically_conjugated_docking , chemically_conjugated_docking
• E2pdb() : basic::options::OptionKeys::chemically_conjugated_docking , chemically_conjugated_docking
• easy_vip_acceptance() : basic::options::OptionKeys::cp , cp
• edensity() : basic::options::OptionKeys::edensity , edensity
• eggshell_dist() : pocket_grid
• eigenvalue_jacobi() : numeric
• eigenvector_jacobi() : numeric
• elec_die() : score
• elec_max_dis() : score
• elec_max_threshold() : basic::options::OptionKeys::motifs , motifs
• elec_min_dis() : score
• elec_min_threshold() : basic::options::OptionKeys::motifs , motifs
• elec_r_option() : score
• eliminate_weak_motifs() : basic::options::OptionKeys::motifs , motifs
• els() : basic::options::OptionKeys::els , els
• embed_files() : basic::options::OptionKeys::membrane , membrane
• embedfile() : basic::options::OptionKeys::in::file , in::file
• embedparams() : basic::options::OptionKeys::in::file , in::file
• empty() : score
• enable_branching() : basic::options::OptionKeys::in , in
• enable_ligand_aa() : remodel
• encode6bit() : utility
• encode_24_to_32() : utility
• end() : basic::options::OptionKeys::cutoutdomain , cutoutdomain
• end_bias() : abinitio , basic::options::OptionKeys::abinitio
• endswith() : utility
• energy_cutoff() : basic::options::OptionKeys::contactMap , contactMap
• energycut() : relax
• enlarge_H_lj() : basic::options::OptionKeys::chemical , chemical
• ens_variation() : basic::options::OptionKeys::ddg , ddg
• ensemble1() : basic::options::OptionKeys::docking , docking
• ensemble2() : basic::options::OptionKeys::docking , docking
• enumerate() : stepwise
• enumerate_ligand_rotamers() : basic::options::OptionKeys::match , match
• envhb() : basic::options::OptionKeys::hotspot , hotspot
• enz_debug() : basic::options::OptionKeys::enzdes , enzdes
• enz_loops_file() : basic::options::OptionKeys::enzdes , enzdes
• enz_repack() : basic::options::OptionKeys::enzdes , enzdes
• enz_score() : basic::options::OptionKeys::enzdes , enzdes
• enzdes() : basic::options::OptionKeys::enzdes , enzdes
• enzdes_out() : basic::options::OptionKeys::jd2 , jd2
• epr_distance() : basic::options::OptionKeys::constraints , constraints
• epsilon() : pb_potential
• epslon() : numeric::linear_algebra
• eq_tol() : numeric
• equal_by_epsilon() : numeric
• equal_length() : numeric
• equali() : utility::file
• erase_and_extract_exponent() : utility::json_spirit
• erfcc() : numeric::model_quality
• erfcx_y100() : numeric::statistics
• erraser() : stepwise::monte_carlo , stepwise::rna
• errf() : numeric::statistics
• errfc() : numeric::statistics
• errfcx() : numeric::statistics
• errfi() : numeric::statistics
• Error() : basic
• etable_lr() : score
• eucDistance() : numeric::kinematic_closure , numeric::kinematic_closure::radians
• euclid_bin_size() : basic::options::OptionKeys::match , match
• euler_bin_size() : basic::options::OptionKeys::match , match
• ev_map() : basic::options::OptionKeys::cm , cm
• evalpoly() : numeric::kinematic_closure
• evaluate() : basic::options::OptionKeys::jumps , jumps
• evaluate_max_seq_sep() : basic::options::OptionKeys::constraints , constraints
• evaluation() : basic::options::OptionKeys::evaluation , evaluation
• evolution() : basic::options::OptionKeys::evolution , evolution , run
• ex1() : packing::ex1
• ex1aro() : packing::ex1aro
• ex1aro_exposed() : packing::ex1aro_exposed
• ex2() : packing::ex2
• ex2aro() : packing::ex2aro
• ex2aro_exposed() : packing::ex2aro_exposed
• ex3() : packing::ex3
• ex4() : packing::ex4
• ex_catalytic_rot() : basic::options::OptionKeys::enzdes , enzdes
• exact_occ_include_Hbond_contribution() : score
• exact_occ_pairwise() : score
• exact_occ_pairwise_by_res() : score
• exact_occ_radius_scaling() : score
• exact_occ_self_res_no_occ() : score
• exact_occ_skip_Hbonders() : score
• exact_occ_split_between_res() : score
• exclude_Ala() : basic::options::OptionKeys::flxbb , flxbb
• exclude_ala() : willmatch
• exclude_badrep_ddGs() : basic::options::OptionKeys::optE , optE
• exclude_bb_sc_hbonds() : basic::options::OptionKeys::dna::specificity , dna::specificity
• exclude_dna_dna() : basic::options::OptionKeys::dna::specificity , dna::specificity
• exclude_file() : basic::options::OptionKeys::cp , cp
• exclude_homo() : basic::options::OptionKeys::lh , lh
• exclude_Met() : basic::options::OptionKeys::flxbb , flxbb
• exclude_patches() : basic::options::OptionKeys::chemical , chemical
• exclude_polar_atoms_by_charge_in_hsasa() : sasa
• exclude_res() : basic::options::OptionKeys::cluster , cluster
• exclude_res1() : willmatch
• exclude_res2() : willmatch
• exclude_solvent_exposed_res() : basic::options::OptionKeys::ddg , ddg
• excluded_residues_from_rmsd() : basic::options::OptionKeys::mc , mc
• exdna() : packing::exdna
• exit() : utility
• exit_if_missing_heavy_atoms() : run
• exit_on_bad_read() : basic::options::OptionKeys::constraints , constraints
• exit_when_converged() : abinitio , basic::options::OptionKeys::abinitio
• expand_loop_takeoff() : stepwise::protein
• expand_motifs() : basic::options::OptionKeys::motifs , motifs
• expand_st_chi2sampling() : basic::options::OptionKeys::corrections::chemical , corrections::chemical
• expand_xforms() : numeric
• expire_after_rounds() : basic::options::OptionKeys::lh , lh
• explicit_h2o() : packing
• explicit_hydrogen_radii_set() : sasa
• explicit_motif_score() : basic::options::OptionKeys::mh , mh
• explicit_pdb_debug() : abinitio , basic::options::OptionKeys::abinitio
• export_only_low() : basic::options::OptionKeys::cluster , cluster
• extend_eggshell() : pocket_grid
• extend_eggshell_dist() : pocket_grid
• extend_h3_before_modeling() : antibody , basic::options::OptionKeys::antibody
• extend_length() : basic::options::OptionKeys::loops , loops
• extend_native_cdrs() : antibody::design , basic::options::OptionKeys::antibody::design
• extend_peptide() : basic::options::OptionKeys::flexPepDocking , flexPepDocking
• extended() : basic::options::OptionKeys::loops , loops
• extended_beta() : basic::options::OptionKeys::loops , loops
• extended_loop_file() : basic::options::OptionKeys::loops , loops
• extended_pose() : basic::options::OptionKeys::in::file , in::file
• extra_bodies() : basic::options::OptionKeys::chemically_conjugated_docking , chemically_conjugated_docking
• extra_eggshell_dist() : pocket_grid
• extra_frags_for_ss() : basic::options::OptionKeys::jumps , jumps
• extra_improper_file() : score
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• extra_score() : basic::options::OptionKeys::evaluation , evaluation
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• extra_score_select() : basic::options::OptionKeys::evaluation , evaluation
• extra_scorefxn() : wum
• extra_scorefxn_ref_structure() : wum
• extra_scorefxn_relax() : wum
• extrachi_cutoff() : packing
• extract_native_only() : strand_assembly