- j -

• j() : basic::options::OptionKeys::frags , frags
• jacobi() : numeric
• jacobi_rotation() : numeric
• james() : basic::options::OptionKeys::james , james
• jd2() : basic::options::OptionKeys::jd2 , jd2
• jdist_rerun() : abinitio , basic::options::OptionKeys::abinitio
• job_queue_ID() : stepwise::rna
• jobdist_miscfile_ext() : run
• jobname() : basic::options::OptionKeys::lh , lh
• join() : utility
• jran() : run
• jscore_evaluator() : basic::options::OptionKeys::evaluation , evaluation
• jump_database() : rna
• jump_lib() : basic::options::OptionKeys::jumps , jumps
• jump_move() : relax
• jump_nr() : basic::options::OptionKeys::evaluation , evaluation
• jump_point_pairs() : stepwise::rna
• jump_res() : basic::options::OptionKeys::full_model , full_model
• jumpcut_files() : smhybrid
• jumping() : basic::options::OptionKeys::cmiles::jumping , cmiles::jumping
• jumps() : basic::options::OptionKeys::jumps , jumps , resample
• just_calc_rmsd() : score
• just_min_after_mutation_frequency() : stepwise::monte_carlo