public → devel Relation

File in src/apps/public	Includes file in src/devel
AbinitioRelax.cc	init.hh
rna / util / analyze_base_pairing.cc	init.hh
interface_design / anchored_design / AnchoredDesign.cc	init.hh
interface_design / anchored_design / AnchoredPDBCreator.cc	init.hh
interface_design / anchored_design / AnchorFinder.cc	init.hh
antibody / antibody_CR_paratope.cc	init.hh
antibody / antibody_designer.cc	init.hh
antibody / antibody_graft.cc	init.hh
antibody / antibody_H3.cc	init.hh
antibody / antibody_legacy.cc	init.hh
antibody / antibody_numbering_converter.cc	init.hh
comparative_modeling / avrg_silent.cc	init.hh
backrub.cc	init.hh
sewing / ligand_sewing_tools / backside_hbond_finder.cc	init.hh
analysis / batch_distances.cc	init.hh
design / beta_peptide_modeling.cc	init.hh
stepwise / build_full_model.cc	init.hh
flexpep_docking / BuildPeptide.cc	init.hh
scenarios / ca_to_allatom.cc	init.hh
nmr / calc_nmr_tensor.cc	init.hh
calculate_sasa.cc	init.hh
clustering / calibur.cc	init.hh
ddg / cartesian_ddg.cc	init.hh
clustering / cluster.cc	init.hh
comparative_modeling / cluster_alns.cc	init.hh
combine_silent.cc	init.hh
constel.cc	init.hh
analysis / contactMap.cc	init.hh
cyclic_peptide / count_cycpep_sequences.cc	init.hh
coupled_moves / coupled_moves.cc	init.hh
design / create_clash-based_repack_shell.cc	init.hh
rna / util / cs_rosetta_rna.cc	init.hh
analysis / cst_info.cc	init.hh
enzdes / CstfileToTheozymePDB.cc	init.hh
darc / DARC.cc	init.hh
ddg / ddg_monomer.cc	init.hh
electron_density / denovo_density.cc	init.hh
electron_density / density_tools.cc	init.hh
post-translational_modification / DNA_methylation.cc	init.hh
carbohydrates / dock_glycans.cc	init.hh
docking / docking_prepack_protocol.cc	init.hh
docking / docking_protocol.cc	init.hh
scenarios / doug_dock_design_min_mod2_cal_cal.cc	init.hh
dump_capped_residue.cc	init.hh
sewing / edge_file_generator.cc	init.hh
clustering / energy_based_clustering.cc	init.hh
analysis / ensemble_analysis.cc	init.hh
ddg / ensemble_generator_score12_sidechain_ver2.cc	init.hh
enzdes / enzyme_design.cc	init.hh
rna / erraser / erraser2.cc	init.hh
rna / erraser / erraser_minimizer.cc	init.hh
scenarios / beta_strand_homodimer_design / exposed_strand_finder.cc	init.hh
ligand_docking / extract_atomtree_diffs.cc	init.hh
motif_tools / extract_motifs.cc	init.hh
extract_pdbs.cc	init.hh
analysis / fast_clustering.cc	init.hh
comparative_modeling / fast_gap.cc	init.hh
fiber_diffraction / FiberDiffractionFreeSet.cc	init.hh
comparative_modeling / fix_alignment_to_match_pdb.cc	init.hh
design / fixbb.cc	init.hh
flexpep_docking / FlexPepDocking.cc	init.hh
scenarios / FloppyTail.cc	init.hh
fragment_picker.cc	init.hh
comparative_modeling / full_length_model.cc	init.hh
match / gen_apo_grids.cc	init.hh
match / gen_lig_grids.cc	init.hh
internal / generate_database_cache.cc	init.hh
sewing / ligand_sewing_tools / generate_starting_zinc_sites.cc	init.hh
carbohydrates / glycan_clash_check.cc	init.hh
carbohydrates / glycan_info.cc	init.hh
post-translational_modification / glycosyltransfer.cc	init.hh
electron_density / grower_prep.cc	init.hh
noncanonical_backbones / hbs_design.cc	init.hh
helical_bundle / helical_bundle_predict.cc	init.hh
membrane / helix_from_sequence.cc	init.hh
scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.cc	init.hh
scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_maker.cc	init.hh
hydrate / hydrate.cc	init.hh
idealize_jd2.cc	init.hh
antibody / identify_cdr_clusters.cc	init.hh
motif_tools / incorporate_motifs.cc	init.hh
analysis / interface_energy.cc	init.hh
analysis / InterfaceAnalyzer.cc	init.hh
comparative_modeling / iterhybrid_selector.cc	init.hh
ligand_docking / ligand_dock.cc	init.hh
ligand_docking / ligand_rpkmin.cc	init.hh
nmr / ligand_transform_with_pcs.cc	init.hh
loop_modeling / loopmodel.cc	init.hh
pocket / make_exemplar.cc	init.hh
motif_dock / make_motif_tables.cc	init.hh
darc / make_ray_files.cc	init.hh
ncaa_utilities / MakeRotLib.cc	init.hh
match / match.cc	init.hh
membrane_abinitio / membrane_abinitio2.cc	init.hh
sewing / ligand_sewing_tools / metal_site_finder.cc	init.hh
magnesium / mg_modeler.cc	init.hh
minimize.cc	init.hh
minimize_ppi.cc	init.hh
ddg / minimize_with_cst.cc	init.hh
boinc / minirosetta.cc	init.hh
membrane / mp_dock.cc	init.hh
membrane / mp_dock_setup.cc	init.hh
membrane / mp_domain_assembly.cc	init.hh
membrane / mp_lipid_acc.cc	init.hh
membrane / mp_mutate_relax.cc	init.hh
membrane / mp_range_relax.cc	init.hh
membrane / mp_seqrecov.cc	init.hh
membrane / mp_span_from_pdb.cc	init.hh
membrane / mp_symdock.cc	init.hh
membrane / mp_transform.cc	init.hh
membrane / mp_viewer.cc	init.hh
design / mpi_msd.cc	init.hh
electron_density / mr_protocols.cc	init.hh
rosetta_scripts / multistage / multistage_rosetta_scripts.cc	init.hh
mutate.cc	init.hh
post-translational_modification / N-terminal_acetylation.cc	init.hh
rna / util / nucleobase_sample_around.cc	init.hh
noncanonical_backbones / oop_design.cc	init.hh
weight_optimization / optE_parallel.cc	init.hh
antibody / packing_angle.cc	init.hh
packstat.cc	init.hh
rosetta_scripts / parse_rosetta_script.cc	init.hh
comparative_modeling / partial_thread.cc	init.hh
pepspec / pepspec.cc	init.hh
pepspec / pepspec_anchor_dock.cc	init.hh
analysis / PeptideDeriver.cc	init.hh
noncanonical_backbones / peptoid_design.cc	init.hh
analysis / per_residue_energies.cc	init.hh
analysis / per_residue_solvent_exposure.cc	init.hh
pH_protocol.cc	init.hh
post-translational_modification / phosphorylation.cc	init.hh
design / pmut_scan_parallel.cc	init.hh
pocket / pocket_measure.cc	init.hh
pocket / pocket_relax.cc	init.hh
pocket / pocket_suggest_target_residues_by_ddg.cc	init.hh
nmr / r_noe_assign.cc	init.hh
recces / recces.cc	init.hh
recces / legacy / recces_turner.cc	init.hh
recon_design / recon.cc	init.hh
relax.cc	init.hh
remodel.cc	init.hh
analysis / report_hbonds_for_plugin.cc	init.hh
stepwise / resample_full_model.cc	init.hh
analysis / residue_energy_breakdown.cc	init.hh
analysis / ResidueDisorder.cc	init.hh
restype_converter.cc	init.hh
rosetta_scripts / revert_design_to_native.cc	init.hh
rna / util / rna_cluster.cc	init.hh
rna / util / rna_database.cc	init.hh
rna / rna_denovo.cc	init.hh
rna / util / rna_extract.cc	init.hh
rna / util / rna_features.cc	init.hh
rna / util / rna_graft.cc	init.hh
rna / util / rna_helix.cc	init.hh
rna / util / rna_idealize.cc	init.hh
rna / util / rna_minimize.cc	init.hh
rna / util / rna_motif.cc	init.hh
rna / util / rna_predict_chem_map.cc	init.hh
rna / util / rna_score.cc	init.hh
rna / util / rna_suitename.cc	init.hh
rna / thread / rna_thread.cc	init.hh
rna / thread / rna_thread_and_minimize.cc	init.hh
rnp_ddg / rnp_ddg.cc	init.hh
rosetta_scripts / rosetta_scripts.cc	init.hh
rosettaDNA / rosettaDNA.cc	init.hh
analysis / sc.cc	init.hh
analysis / score.cc	init.hh
comparative_modeling / score_aln.cc	init.hh
comparative_modeling / score_aln2.cc	init.hh
analysis / score_jd2.cc	init.hh
sewing / segment_file_generator.cc	init.hh
ligand_docking / select_best_unique_ligand_poses.cc	init.hh
design / sequence_recovery.cc	init.hh
sequence_tolerance.cc	init.hh
legacy_sewing / sewing_hasher.cc	init.hh
analysis / shobuns.cc	init.hh
cyclic_peptide / simple_cycpep_predict.cc	init.hh
antibody / snugdock.cc	init.hh
comparative_modeling / spheregrinder.cc	init.hh
stepwise / stepwise.cc	init.hh
struc_set_fragment_picker.cc	init.hh
comparative_modeling / super_aln.cc	init.hh
design / supercharge.cc	init.hh
surface_docking / surface_docking.cc	init.hh
stepwise / legacy / swa_protein_main.cc	init.hh
stepwise / legacy / swa_rna_main.cc	init.hh
stepwise / legacy / swa_rna_util.cc	init.hh
SymDock.cc	init.hh
comparative_modeling / template_features.cc	init.hh
recces / legacy / thermal_sampler.cc	init.hh
darc / theta_ligand.cc	init.hh
weight_optimization / torsional_potential_corrections.cc	init.hh
trRosetta / trRosetta.cc	init.hh
scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.cc	init.hh
scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.cc	init.hh
scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_LYX-Cterm.cc	init.hh
ncaa_utilities / UnfoldedStateEnergyCalculator.cc	init.hh
internal / validate_database.cc	init.hh
rosetta_scripts / validate_rosetta_script.cc	init.hh
comparative_modeling / validate_silent.cc	init.hh
vip.cc	init.hh
design / zinc1_homodimer_design.cc	init.hh
design / zinc1_homodimer_setup.cc	init.hh
design / zinc2_homodimer_design.cc	init.hh
design / zinc2_homodimer_setup.cc	init.hh
design / zinc_heterodimer_design.cc	init.hh
sewing / ligand_sewing_tools / zinc_statistic_generator.cc	init.hh