protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo Member List

This is the complete list of members for protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo, including all inherited members.

align_pose(core::pose::Pose &pose, bool const verbose=false) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo
align_pose_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
all_lores_score_final() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
all_lores_score_final_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
apply(core::pose::Pose &pose) override	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	virtual
apply_chem_shift_data(core::pose::Pose &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
atom_level_domain_map() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
atom_level_domain_map_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
chainbreak_sfxn_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
check_fold_tree_cutpoints_ok(core::pose::Pose const &pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
check_for_loop_modeling_case(std::map< core::id::AtomID, core::id::AtomID > &atom_id_map) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
check_score_filter(core::Real const lores_score_, std::list< core::Real > &all_lores_score_)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
chem_shift_scorefxn_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
clear_info()	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
clone() const	protocols::moves::Mover	virtual
constraint_set_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
copy_structure_keep_fold_tree(core::pose::Pose &pose, core::pose::Pose const &pose_to_copy) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
create()	protocols::moves::Mover	virtual
denovo_scorefxn_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
figure_out_constraint_separation_cutoff(core::Size const r, core::Size const max_dist)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
final_score(core::pose::Pose &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
final_scorefxn_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
fresh_instance() const	protocols::moves::Mover	virtual
get_additional_output() override	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	virtual
get_current_job() const	protocols::moves::Mover
get_current_tag() const	protocols::moves::Mover	inline
get_input_pose() const	protocols::moves::Mover
get_last_move_status() const	protocols::moves::Mover
get_name() const override	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inlinevirtual
get_native_pose() const	protocols::moves::Mover
get_rigid_body_move_mags(core::Size const &r, core::Real &rot_mag, core::Real &trans_mag, core::Real const &rot_mag_init, core::Real const &trans_mag_init, core::Real const &rot_mag_final, core::Real const &trans_mag_final) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
get_rmsd(core::pose::Pose const &const_pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
get_rmsd_no_superimpose(core::pose::Pose const &pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo
get_rmsd_stems_no_superimpose(core::pose::Pose const &pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo
get_self_ptr() const	protocols::moves::Mover	inline
get_self_ptr()	protocols::moves::Mover	inline
get_self_weak_ptr() const	protocols::moves::Mover	inline
get_self_weak_ptr()	protocols::moves::Mover	inline
get_type() const	protocols::moves::Mover	inline
hires_scorefxn_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
info()	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
info() const	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
initialize(core::pose::Pose &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
initialize_libraries(core::pose::Pose &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
initialize_movers(core::pose::Pose const &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
initialize_parameters()	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
initialize_score_functions()	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
is_rna_and_protein_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
last_proposal_density_ratio()	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
loop_modeling() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo
lores_pose()	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
lores_pose_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
lores_score_early() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
lores_score_early_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
lores_score_final() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
lores_score_final_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
monte_carlo_cycles_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
monte_carlo_cycles_max_default_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
Mover()	protocols::moves::Mover
Mover(std::string const &type_name)	protocols::moves::Mover
name()	protocols::moves::Mover	inlinestatic
options_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
out_file_tag_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
outputter() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
outputter_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
parse_my_tag(TagCOP tag, basic::datacache::DataMap &data)	protocols::moves::Mover	virtual
Pose typedef	protocols::moves::Mover
PoseCOP typedef	protocols::moves::Mover
provide_citation_info(basic::citation_manager::CitationCollectionList &) const	protocols::moves::Mover	virtual
randomize_and_close_all_chains(core::pose::Pose &pose, bool const &close_chains) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
refine_pose_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
register_options()	protocols::moves::Mover	inlinestatic
reinitialize_for_each_job() const	protocols::moves::Mover	virtual
reinitialize_for_new_input() const	protocols::moves::Mover	virtual
reroot_pose_before_align_and_return_moving_res(core::pose::Pose &pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
reset_status()	protocols::moves::Mover
rna_base_pair_handler() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
rna_base_pair_handler_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_chunk_initialization_library_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_chunk_library() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
rna_chunk_library_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_de_novo_pose_initializer_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_denovo_master_mover_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_denovo_master_mover_init_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
RNA_FragmentMonteCarlo(core::import_pose::options::RNA_FragmentMonteCarloOptionsCOP=nullptr)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo
rna_helix_mover_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_loop_closer() const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
rna_loop_closer_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_loop_closer_init_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_minimizer_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rna_relaxer_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rnp_high_res_mover_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
rounds_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
set_all_lores_score_final(std::list< core::Real > const &setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_current_job(protocols::jobdist::BasicJobCOP job)	protocols::moves::Mover
set_current_tag(std::string const &new_tag)	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
set_denovo_scorefxn(core::scoring::ScoreFunctionCOP setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_hires_scorefxn(core::scoring::ScoreFunctionCOP setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_input_pose(PoseCOP pose)	protocols::moves::Mover	virtual
set_is_rna_and_protein(bool const &setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_last_move_status(MoverStatus status)	protocols::moves::Mover	protected
set_native_pose(PoseCOP pose)	protocols::moves::Mover	virtual
set_out_file_tag(std::string const &setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_outputter(output::RNA_FragmentMonteCarloOutputterOP const &setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_refine_pose(bool const setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_rna_base_pair_handler(core::import_pose::RNA_BasePairHandlerCOP setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_rna_de_novo_pose_initializer(protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoPoseInitializerCOP setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_type(std::string const &setting)	protocols::moves::Mover	inline
set_user_input_chunk_initialization_library(core::import_pose::libraries::RNA_ChunkLibraryCOP setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_user_input_chunk_library(core::import_pose::libraries::RNA_ChunkLibraryCOP setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
set_vdw_grid(protocols::stepwise::modeler::rna::checker::RNA_VDW_BinCheckerOP setting)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	inline
setup_full_initial_structure(core::pose::Pose &pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
setup_monte_carlo_cycles(core::pose::Pose const &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
show(std::ostream &output) const override	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	virtual
Strings typedef	protocols::moves::Mover
TagCOP typedef	protocols::moves::Mover
test_move(Pose &pose)	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
type(const std::string &type_in)	protocols::moves::Mover	inline
type() const	protocols::moves::Mover	inline
update_denovo_scorefxn_weights(core::Size const r)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
update_frag_size(core::Size const &r) const	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
update_pose_constraints(core::Size const r, core::pose::Pose &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
update_rna_denovo_master_mover(core::Size const &r, core::pose::Pose const &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
user_input_rna_chunk_initialization_library_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
user_input_rna_chunk_library_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
vdw_grid_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
working_denovo_scorefxn_	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo	private
~RNA_FragmentMonteCarlo() override	protocols::rna::denovo::RNA_FragmentMonteCarlo