protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol Member List

This is the complete list of members for protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol, including all inherited members.

add_chem_shift_info(core::io::silent::SilentStruct &silent_struct, core::pose::Pose const &const_pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
align_and_output_to_silent_file(core::pose::Pose &pose, std::string const &silent_file, std::string const &out_file_tag) const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol
apply(core::pose::Pose &pose) override	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	virtual
calc_rmsds(core::io::silent::SilentStruct &s, core::pose::Pose &pose, std::string const &out_file_tag) const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
check_for_loop_modeling_case(std::map< core::id::AtomID, core::id::AtomID > &atom_id_map, core::pose::Pose const &pose) const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
clear_info()	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
clone() const override	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	virtual
create()	protocols::moves::Mover	virtual
denovo_scorefxn_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
fresh_instance() const override	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	virtual
get_additional_output()	protocols::moves::Mover	virtual
get_current_job() const	protocols::moves::Mover
get_current_tag() const	protocols::moves::Mover	inline
get_input_pose() const	protocols::moves::Mover
get_last_move_status() const	protocols::moves::Mover
get_name() const override	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	virtual
get_native_pose() const	protocols::moves::Mover
get_self_ptr() const	protocols::moves::Mover	inline
get_self_ptr()	protocols::moves::Mover	inline
get_self_weak_ptr() const	protocols::moves::Mover	inline
get_self_weak_ptr()	protocols::moves::Mover	inline
get_type() const	protocols::moves::Mover	inline
hires_scorefxn_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
info()	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
info() const	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
initialize_constraints(core::pose::Pose &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
initialize_lores_silent_file()	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
initialize_scorefxn(core::pose::Pose &pose)	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
initialize_tag_is_done()	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
last_proposal_density_ratio()	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
lores_silent_file_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
Mover()	protocols::moves::Mover
Mover(std::string const &type_name)	protocols::moves::Mover
mover_name()	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	static
name()	protocols::moves::Mover	inlinestatic
options() const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	inline
options_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
output_silent_struct(core::io::silent::SilentStruct &s, core::io::silent::SilentFileData &silent_file_data, std::string const &silent_file, core::pose::Pose &pose, std::string const &out_file_tag, bool const score_only=false) const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
output_to_silent_file(core::pose::Pose &pose, std::string const &silent_file, std::string const &out_file_tag, bool const score_only=false) const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol
parse_my_tag(utility::tag::TagCOP tag, basic::datacache::DataMap &data) override	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	virtual
Pose typedef	protocols::moves::Mover
PoseCOP typedef	protocols::moves::Mover
provide_citation_info(basic::citation_manager::CitationCollectionList &) const	protocols::moves::Mover	virtual
provide_xml_schema(utility::tag::XMLSchemaDefinition &xsd)	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	static
refine_pose_id_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
refine_pose_list_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
register_options()	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	static
reinitialize_for_each_job() const	protocols::moves::Mover	virtual
reinitialize_for_new_input() const	protocols::moves::Mover	virtual
reset_status()	protocols::moves::Mover
RNA_DeNovoProtocol(core::import_pose::options::RNA_DeNovoProtocolOptionsCOP options=nullptr, core::import_pose::RNA_DeNovoParametersCOP params=nullptr)	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol
rna_fragment_monte_carlo() const	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	inline
rna_fragment_monte_carlo_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
rna_params_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
set_current_job(protocols::jobdist::BasicJobCOP job)	protocols::moves::Mover
set_current_tag(std::string const &new_tag)	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
set_input_pose(PoseCOP pose)	protocols::moves::Mover	virtual
set_last_move_status(MoverStatus status)	protocols::moves::Mover	protected
set_native_pose(PoseCOP pose)	protocols::moves::Mover	virtual
set_refine_pose_list(utility::vector1< core::pose::PoseOP > const &setting)	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	inline
set_type(std::string const &setting)	protocols::moves::Mover	inline
show(std::ostream &output=std::cout) const override	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	virtual
Strings typedef	protocols::moves::Mover
tag_is_done_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
TagCOP typedef	protocols::moves::Mover
test_move(Pose &pose)	protocols::moves::Mover	inlinevirtual
type(const std::string &type_in)	protocols::moves::Mover	inline
type() const	protocols::moves::Mover	inline
vdw_grid_	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol	private
~RNA_DeNovoProtocol() override	protocols::rna::denovo::RNA_DeNovoProtocol