| add_vec(int natoms, rvec *x, rvec const transvec) | protocols::evaluation::PCA | private |
| calc_fit_R(int natoms, rvec *xp, rvec const *x, matrix R) | protocols::evaluation::PCA | private |
| CoordVector typedef | protocols::evaluation::PCA | private |
| eigvec_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| eval(core::pose::Pose const &pose, ProjectionVector &proj) | protocols::evaluation::PCA | |
| fill_coordinates(core::pose::Pose const &pose, IndexVector const &ind, CoordVector &x) | protocols::evaluation::PCA | private |
| ifit_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| IndexVector typedef | protocols::evaluation::PCA | private |
| ipca_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| jacobi(core::Real a[6][6], core::Real d[], core::Real v[6][6], int *nrot) | protocols::evaluation::PCA | private |
| matrix typedef | protocols::evaluation::PCA | private |
| nfit_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| npca_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| nvec_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| oprod(const rvec a, const rvec b, rvec c) | protocols::evaluation::PCA | private |
| ProjectionVector typedef | protocols::evaluation::PCA | |
| read_eigvec_file(std::string fn, core::pose::Pose const &pose, int nvec=-1) | protocols::evaluation::PCA | |
| read_structure(std::istream &data, core::pose::Pose const &pose, IndexVector &ind, CoordVector &x, std::string endtag) | protocols::evaluation::PCA | private |
| reset_x(core::Size n, CoordVector &x, rvec trans) | protocols::evaluation::PCA | private |
| rotate_vec(int natoms, rvec *x, matrix R) | protocols::evaluation::PCA | private |
| rvec typedef | protocols::evaluation::PCA | private |
| show(std::ostream &) | protocols::evaluation::PCA | |
| xav_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| xref_ | protocols::evaluation::PCA | private |
| ~PCA() override | protocols::evaluation::PCA | |