Rosetta

apps → basic Relation

File in src/appsIncludes file in src/basic
pilot / andrew / analyze_rtmin_failures.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / analyze_rtmin_failures.ccoptions / option_macros.hh
public / interface_design / anchored_design / AnchoredDesign.ccTracer.hh
public / interface_design / anchored_design / AnchoredPDBCreator.ccoptions / option.hh
public / interface_design / anchored_design / AnchoredPDBCreator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / interface_design / anchored_design / AnchoredPDBCreator.ccTracer.hh
public / interface_design / anchored_design / AnchorFinder.ccoptions / option.hh
public / interface_design / anchored_design / AnchorFinder.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
public / interface_design / anchored_design / AnchorFinder.ccTracer.hh
public / antibody / antibody_CR_paratope.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / antibody / antibody_CR_paratope.ccoptions / option.hh
public / antibody / antibody_CR_paratope.ccTracer.hh
public / antibody / antibody_designer.ccoptions / keys / antibody.OptionKeys.gen.hh
public / antibody / antibody_designer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / antibody / antibody_designer.ccoptions / option.hh
public / antibody / antibody_designer.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / antibody / antibody_graft.ccTracer.hh
public / antibody / antibody_H3.ccTracer.hh
public / antibody / antibody_numbering_converter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / antibody / antibody_numbering_converter.ccoptions / option.hh
public / antibody / antibody_numbering_converter.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / antibody / antibody_numbering_converter.ccTracer.hh
pilot / andrew / apl_msd.ccoptions / keys / ms.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / apl_msd.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / apl_msd.ccTracer.hh
public / analysis / atom_energy_breakdown.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / atom_energy_breakdown.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / atom_energy_breakdown.ccoptions / option.hh
public / analysis / atom_energy_breakdown.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / atom_energy_breakdown.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / batch_distances.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / batch_distances.ccoptions / option.hh
public / analysis / cl_complex_rescore.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / cl_complex_rescore.ccoptions / option.hh
public / analysis / cl_complex_rescore.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / cl_complex_rescore.ccTracer.hh
public / analysis / contactMap.ccoptions / keys / contactMap.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / contactMap.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / contactMap.ccoptions / option.hh
public / analysis / contactMap.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / contactMap.ccTracer.hh
public / analysis / cst_info.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / cst_info.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / cst_info.ccoptions / option.hh
public / analysis / cst_info.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / analysis / cst_info.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / cst_info.ccTracer.hh
pilot / amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / design_tight_clusters.ccoptions / option.hh
pilot / amelie / design_tight_clusters.ccoptions / option_macros.hh
pilot / amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / design_tight_clusters.ccTracer.hh
pilot / amelie / detect_tight_clusters.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / detect_tight_clusters.ccoptions / option.hh
pilot / amelie / detect_tight_clusters.ccoptions / option_macros.hh
pilot / amelie / detect_tight_clusters.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / detect_tight_clusters.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / detect_tight_clusters.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / amelie / detect_tight_clusters.ccTracer.hh
pilot / andrew / domain_assembly_jd2.ccTracer.hh
public / analysis / ensemble_analysis.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / ensemble_analysis.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / ensemble_analysis.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / ensemble_analysis.ccTracer.hh
public / analysis / fast_clustering.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / fast_clustering.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / fast_clustering.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / fast_clustering.ccTracer.hh
pilot / andrew / find_buns.ccoptions / util.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / option.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / option_macros.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / amuenks / find_ligand_local_res.ccTracer.hh
pilot / andrew / fixbb_jd3.ccdatacache / DataMap.hh
pilot / andrew / fixbb_jd3.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / fixbb_jd3.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccoptions / option.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccprof.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / HDXEnergy.ccTracer.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccoptions / option.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccprof.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / holes_identifier.ccTracer.hh
public / antibody / identify_cdr_clusters.ccoptions / keys / antibody.OptionKeys.gen.hh
public / antibody / identify_cdr_clusters.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / interface_ddg_bind.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / andrew / interface_ddg_bind.ccdatacache / CacheableData.hh
pilot / andrew / interface_ddg_bind.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / interface_ddg_bind.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / interface_ddg_bind.ccTracer.hh
public / analysis / interface_energy.ccoptions / option.hh
public / analysis / interface_energy.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / interface_energy.ccTracer.hh
public / analysis / interface_energy.ccoptions / util.hh
public / analysis / InterfaceAnalyzer.ccoptions / option.hh
public / analysis / InterfaceAnalyzer.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / analysis / InterfaceAnalyzer.ccTracer.hh
pilot / andrew / kellogg_ddg_jd3.ccdatacache / ConstDataMap.hh
pilot / andrew / kellogg_ddg_jd3.ccdatacache / DataMap.hh
pilot / andrew / kellogg_ddg_jd3.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / kellogg_ddg_jd3.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / kellogg_ddg_jd3.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / kellogg_ddg_jd3.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / option.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccprof.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / ligand_discovery_search_protocol.ccTracer.hh
pilot / andrew / measure_catalytic_geometry.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / measure_catalytic_geometry.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / measure_lcaa_neighbor_radii.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / measure_lcaa_neighbor_radii.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ameya / mixedMC.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / ameya / mixedMC.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ameya / mixedMC.ccoptions / option.hh
pilot / ameya / mixedMC.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ameya / mixedMC.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / ameya / mixedMC.ccTracer.hh
pilot / andrew / mmt_msd.ccoptions / keys / ms.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / mmt_msd.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / mmt_msd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / mmt_msd.ccTracer.hh
pilot / andrew / mpi_msd.ccoptions / keys / ms.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / mpi_msd.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / mpi_msd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / mpi_msd.ccTracer.hh
pilot / andrew / mpi_test.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / mpi_test.ccTracer.hh
public / antibody / packing_angle.ccTracer.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccdatacache / BasicDataCache.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccdatacache / CacheableString.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccoptions / option.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccTracer.hh
public / analysis / parcs_ccs_calc.ccoptions / util.hh
public / analysis / PeptideDeriver.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / PeptideDeriver.ccoptions / option.hh
public / analysis / PeptideDeriver.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / PeptideDeriver.ccoptions / keys / peptide_deriver.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / PeptideDeriver.ccTracer.hh
public / analysis / per_residue_energies.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / per_residue_energies.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / per_residue_energies.ccoptions / option.hh
public / analysis / per_residue_energies.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / option.hh
public / analysis / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / keys / solvent_exposure.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / per_residue_solvent_exposure.ccTracer.hh
pilot / kale / native_ensemble / analysis / query_trajectory.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / native_ensemble / analysis / query_trajectory.ccoptions / option.hh
pilot / kale / native_ensemble / analysis / query_trajectory.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / relax_jd3.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / relax_jd3.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / relax_jd3.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / relax_jd3.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / relax_jd3.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / relax_jd3.ccTracer.hh
public / analysis / report_hbonds_for_plugin.ccdatacache / BasicDataCache.hh
public / analysis / report_hbonds_for_plugin.ccdatacache / CacheableString.hh
public / analysis / report_hbonds_for_plugin.ccoptions / option.hh
public / analysis / report_hbonds_for_plugin.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / report_hbonds_for_plugin.ccTracer.hh
public / analysis / residue_energy_breakdown.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / residue_energy_breakdown.ccoptions / option.hh
public / analysis / residue_energy_breakdown.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / ResidueDisorder.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / ResidueDisorder.ccoptions / option.hh
public / analysis / ResidueDisorder.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / ResidueDisorder.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / analysis / ResidueDisorder.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / ResidueDisorder.ccTracer.hh
public / analysis / sc.ccoptions / option.hh
public / analysis / sc.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / broker.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / krassk.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / option.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / rescore.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score.ccTracer.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / keys / broker.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / option.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / option_macros.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / keys / rescore.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score_jd2.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / score_jd2.ccTracer.hh
public / analysis / shobuns.ccoptions / option.hh
public / analysis / shobuns.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / shobuns.ccTracer.hh
public / analysis / shobuns.ccoptions / util.hh
public / analysis / SID_ERMS_prediction.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / SID_ERMS_prediction.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / SID_ERMS_prediction.ccoptions / option.hh
public / analysis / SID_ERMS_prediction.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / analysis / SID_ERMS_prediction.ccTracer.hh
public / antibody / snugdock.ccoptions / option.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccoptions / option.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccprof.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / aginsparg / space_fill_analysis.ccTracer.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccdatabase / schema_generator / DbDataType.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / andrew / sweep_respair_energies.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / andre / SymmDataTest.ccoptions / option.hh
pilot / andre / SymmDataTest.ccTracer.hh
pilot / andre / SymmDataTest.ccoptions / util.hh
pilot / kale / native_ensemble / analysis / trajectory_movie.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / native_ensemble / analysis / trajectory_movie.ccoptions / option.hh
pilot / kale / native_ensemble / analysis / trajectory_movie.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / native_ensemble / analysis / trajectory_movie.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / andrew / version_scorefunction.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / version_scorefunction.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / zn_match_symmdock.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / andrew / zn_match_symmdock.ccoptions / option.hh
pilot / andrew / zn_match_symmdock.ccoptions / option_macros.hh
pilot / andrew / zn_match_symmdock.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / check_rotation.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / embed_mp_pose_from_topo.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / make_canonical_helix.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / membrane_fa_scorefxn.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / membrane_fa_scorefxn.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / membrane_scorefxn.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / membrane_scorefxn.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / read_mp_pose.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / read_mp_pose_from_seq.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / read_pose_from_seq.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / sample_tilt_protocol.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / sample_tilt_protocol.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / sample_tilt_protocol.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / sample_tilt_protocol.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / test_mp_rmsd.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / transform_into_mem.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / transform_into_membrane.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / translate_membrane_pose.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / translate_view_membrane.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / version_mpscorefxn.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / version_mpscorefxn.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ralford / archive / visualize_membrane.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / visualize_membrane.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / visualize_membrane.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / visualize_membrane.ccTracer.hh
pilot / aroop / model_e2c_ubiquitin.ccTracer.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccoptions / option.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccprof.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccTracer.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccoptions / keys / ms.OptionKeys.gen.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccoptions / keys / mean_field.OptionKeys.gen.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccoptions / option_macros.hh
pilot / arubenstein / sequence_tolerance_mf.ccMetricValue.hh
pilot / arubenstein / spec_prof_compare.ccTracer.hh
pilot / arubenstein / spec_prof_compare.ccoptions / keys / mean_field.OptionKeys.gen.hh
pilot / arubenstein / spec_prof_compare.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / ascan / AlanineScanner.ccMetricValue.hh
pilot / smlewis / ascan / AlanineScanner.ccoptions / util.hh
pilot / smlewis / ascan / AlanineScanner.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / ascan / AlanineScanner.ccTracer.hh
pilot / smlewis / ascan / AlanineScanner.ccprof.hh
pilot / smlewis / ascan / AlanineScanner.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / jd2_parser_DNAInt.ccTracer.hh
pilot / ashworth / MSA_design.ccoptions / option.hh
pilot / ashworth / MSA_design.ccTracer.hh
pilot / ashworth / MSA_design.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / MSA_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / MSA_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccoptions / option.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccprof.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccTracer.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccoptions / keys / ms.OptionKeys.gen.hh
pilot / ashworth / multistate_design_ga.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_creator.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_creator.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_creator.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_creator.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_creator.ccTracer.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_dock_design.ccMetricValue.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_dock_design.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_dock_design.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_dock_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / a3b_hbs_dock_design.ccTracer.hh
pilot / awatkins / a3b_test.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / a3b_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / aggregate_coarse_rna_vdw.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / aggregate_coarse_rna_vdw.ccoptions / option_macros.hh
pilot / awatkins / aggregate_coarse_rna_vdw.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / aggregate_coarse_rna_vdw.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / aramid_folding.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / aramid_folding.ccTracer.hh
pilot / awatkins / aramid_folding.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / aramid_folding.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / b3a_distro_kinemage.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / b3a_distro_kinemage.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / b3a_distro_kinemage.ccTracer.hh
pilot / awatkins / b3a_distro_kinemage.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / beta_314_vs_a3b.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / beta_314_vs_a3b.ccTracer.hh
pilot / awatkins / beta_314_vs_a3b.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / build_a3b.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / cov_hbs.ccTracer.hh
pilot / awatkins / cov_hbs.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / cov_hbs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_hbs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_hbs.ccoptions / keys / chemical.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_hbs.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / keys / chemical.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / cov_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / diversify_conotoxin.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / diversify_conotoxin.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / diversify_conotoxin.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / diversify_conotoxin.ccTracer.hh
pilot / awatkins / get_dihedral_b3aa.ccTracer.hh
pilot / awatkins / get_dihedral_b3aa.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / get_dihedral_b3aa.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / get_dihedral_b3aa.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / get_dihedral_b3aa.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / get_dihedral_b3aa.ccdatabase / open.hh
pilot / awatkins / indel.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / indel.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / indel.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / macrocycle_sampling.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / macrocycle_sampling.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / make_a3b_bundle.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / make_a3b_bundle.ccoptions / option_macros.hh
pilot / awatkins / make_a3b_bundle.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / make_a3b_bundle.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / make_a3b_bundle.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / make_ideal_a3b_fragment.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / make_ideal_a3b_fragment.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / make_ideal_a3b_fragment.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / mike_linker_test.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / mike_linker_test.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / mike_linker_test.ccTracer.hh
pilot / awatkins / mike_linker_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / peptidomimetic_ensembles.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / peptidomimetic_ensembles.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / peptoid_hbs.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / peptoid_hbs.ccTracer.hh
pilot / awatkins / peptoid_hbs.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / polyaramid_test.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / polyaramid_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / sec_struct_finder.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / sec_struct_finder.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / sec_struct_finder.ccTracer.hh
pilot / awatkins / sec_struct_finder.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / test_d_l_readin.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / test_d_l_readin.ccTracer.hh
pilot / awatkins / test_d_l_readin.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / test_metapatch.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / test_metapatch.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / test_metapatch.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / test_metapatch.ccTracer.hh
pilot / awatkins / trial_rna_mutants.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / trial_rna_mutants.ccoptions / option_macros.hh
pilot / awatkins / trial_rna_mutants.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / trial_rna_mutants.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / trial_rna_mutants.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / trial_rna_mutants.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / triazolamer_creator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / awatkins / triazolamer_dock_design.ccMetricValue.hh
pilot / awatkins / triazolamer_dock_design.ccoptions / util.hh
pilot / awatkins / triazolamer_dock_design.ccoptions / option.hh
pilot / awatkins / triazolamer_dock_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / awatkins / triazolamer_dock_design.ccTracer.hh
pilot / awatkins / vancomycin.ccTracer.hh
pilot / awatkins / vancomycin.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / barak / barak.score.ccoptions / util.hh
pilot / barak / barak.score.ccbasic.hh
pilot / barak / barak.score.ccTracer.hh
pilot / barak / barak_relax.ccoptions / option.hh
pilot / barak / barak_relax.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / barak_relax.ccoptions / util.hh
pilot / barak / barak_relax.ccTracer.hh
pilot / barak / BuildFloppyTail.ccTracer.hh
pilot / barak / compare_rms_byres.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / compare_rms_byres.ccoptions / util.hh
pilot / barak / compare_rms_byres.ccbasic.hh
pilot / barak / compare_rms_byres.ccTracer.hh
pilot / barak / compare_structures.ccoptions / util.hh
pilot / barak / compare_structures.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / compare_structures.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / compare_structures.ccoptions / keys / threadsc.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / compare_structures.ccbasic.hh
pilot / barak / compare_structures.ccTracer.hh
pilot / barak / extend_range.ccoptions / util.hh
pilot / barak / extend_range.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / extend_range.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / extend_range.ccoptions / keys / threadsc.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / extend_range.ccbasic.hh
pilot / barak / extend_range.ccTracer.hh
pilot / barak / overlay_bb_bondangles.ccoptions / util.hh
pilot / barak / overlay_bb_bondangles.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / overlay_bb_bondangles.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / overlay_bb_bondangles.ccbasic.hh
pilot / barak / overlay_bb_bondangles.ccTracer.hh
pilot / barak / overlay_sidechains.ccoptions / util.hh
pilot / barak / overlay_sidechains.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / overlay_sidechains.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / overlay_sidechains.ccbasic.hh
pilot / barak / overlay_sidechains.ccTracer.hh
pilot / barak / PeptideDeriver.ccTracer.hh
pilot / barak / phosphorylate_position.ccoptions / util.hh
pilot / barak / phosphorylate_position.ccoptions / option.hh
pilot / barak / phosphorylate_position.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / phosphorylate_position.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / phosphorylate_position.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / phosphorylate_position.ccoptions / keys / threadsc.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / phosphorylate_position.ccTracer.hh
pilot / barak / print_phipsi.ccoptions / util.hh
pilot / barak / print_phipsi.ccbasic.hh
pilot / barak / print_phipsi.ccTracer.hh
pilot / barak / test_frags.barak.ccoptions / util.hh
pilot / barak / test_frags.barak.ccbasic.hh
pilot / barak / test_frags.barak.ccTracer.hh
pilot / barak / thread_bb.ccoptions / util.hh
pilot / barak / thread_bb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / thread_bb.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / thread_bb.ccoptions / keys / threadsc.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / thread_bb.ccbasic.hh
pilot / barak / thread_bb.ccTracer.hh
pilot / barak / thread_sidechains.ccoptions / util.hh
pilot / barak / thread_sidechains.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / thread_sidechains.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / thread_sidechains.ccoptions / keys / threadsc.OptionKeys.gen.hh
pilot / barak / thread_sidechains.ccbasic.hh
pilot / barak / thread_sidechains.ccTracer.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccoptions / option.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccoptions / after_opts.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccbasic.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccTracer.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccMetricValue.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccdatabase / open.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barthp / membrane_highres_score.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccprof.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccoptions / option.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccoptions / after_opts.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccbasic.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccTracer.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccMetricValue.hh
pilot / barthp / membrane_relax.ccdatabase / open.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccoptions / option.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccoptions / after_opts.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccbasic.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccTracer.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccMetricValue.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccdatabase / open.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / barthp / membrane_rescore.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / bazzoli / bou-min-ubo-nrg-jump.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / bou-min-ubo-nrg-jump.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / bou-min-ubo-nrg-jump.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / bou-min-ubo-nrg-jump.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / cnl_env_lost_hbs.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / cnl_env_lost_hbs.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / cnl_env_lost_hbs.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / cnl_env_lost_hbs.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / lig_low_sasa.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / lig_low_sasa.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / lig_low_sasa.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / lig_low_sasa.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_sat.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_sat.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_sat.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_unsat.ccMetricValue.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_unsat.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_unsat.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_unsat.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_unsat.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_unsat.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / bazzoli / lig_polar_unsat.ccoptions / after_opts.hh
pilot / bazzoli / list_cnl_ngbs.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / list_cnl_ngbs.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / list_cnl_ngbs.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / list_cnl_ngbs.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / nrg_res_set.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / nrg_res_set.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / nrg_res_set.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / nrg_res_set.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / sel_hbonds.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / sel_hbonds.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / sel_hbonds.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / sel_hbonds.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / tgtres_polar_sho_energies.ccTracer.hh
pilot / bazzoli / tgtres_polar_sho_energies.ccoptions / util.hh
pilot / bazzoli / tgtres_polar_sho_energies.ccoptions / option.hh
pilot / bazzoli / tgtres_polar_sho_energies.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bazzoli / tgtres_polar_sho_energies.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / bazzoli / tgtres_polar_sho_energies.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / bazzoli / tgtres_polar_sho_energies.ccoptions / after_opts.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccoptions / util.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccoptions / option.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccTracer.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.ccoptions / keys / fold_from_loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.hhoptions / option.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.hhoptions / keys / fold_from_loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops.hhTracer.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.ccoptions / util.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.ccoptions / option.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.ccTracer.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.ccoptions / keys / fold_from_loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.hhoptions / option.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.hhoptions / keys / fold_from_loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / fold_from_loops_devel.hhTracer.hh
pilot / bcorreia / iterative_design.ccoptions / option.hh
pilot / bcorreia / iterative_design.ccTracer.hh
pilot / bcorreia / iterative_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / iterative_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / bcorreia / iterative_design.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / BuriedUnsatPolarsFinder.ccMetricValue.hh
pilot / bder / BuriedUnsatPolarsFinder.ccoptions / option.hh
pilot / bder / BuriedUnsatPolarsFinder.ccTracer.hh
pilot / bder / HbondZinc.ccMetricValue.hh
pilot / bder / HbondZinc.ccoptions / option.hh
pilot / bder / HbondZinc.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / HbondZinc.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / HbondZinc.ccTracer.hh
pilot / bder / HbondZinc_allpolar.ccMetricValue.hh
pilot / bder / HbondZinc_allpolar.ccoptions / option.hh
pilot / bder / HbondZinc_allpolar.ccTracer.hh
pilot / bder / HbondZinc_ser.ccMetricValue.hh
pilot / bder / HbondZinc_ser.ccoptions / option.hh
pilot / bder / HbondZinc_ser.ccTracer.hh
pilot / bder / HbondZincBackbone.ccMetricValue.hh
pilot / bder / HbondZincBackbone.ccoptions / option.hh
pilot / bder / HbondZincBackbone.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / HbondZincBackbone.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / HbondZincBackbone.ccTracer.hh
pilot / bder / HbondZincHHHO.ccMetricValue.hh
pilot / bder / HbondZincHHHO.ccoptions / option.hh
pilot / bder / HbondZincHHHO.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / HbondZincHHHO.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / HbondZincHHHO.ccTracer.hh
pilot / bder / xtal_water_bunsat.ccMetricValue.hh
pilot / bder / xtal_water_bunsat.ccoptions / option.hh
pilot / bder / xtal_water_bunsat.ccTracer.hh
pilot / bder / xtal_water_bunsat.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / zinc_helix_cap.ccMetricValue.hh
pilot / bder / zinc_helix_cap.ccoptions / option.hh
pilot / bder / zinc_helix_cap.ccTracer.hh
pilot / bder / ZincMinimize.ccoptions / util.hh
pilot / bder / ZincMinimize.ccoptions / option.hh
pilot / bder / ZincMinimize.ccTracer.hh
pilot / bder / ZincMinimize.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / bder / ZincSiteEvaluator.ccoptions / util.hh
pilot / bder / ZincSiteEvaluator.ccoptions / option.hh
pilot / bder / ZincSiteEvaluator.ccTracer.hh
pilot / ben / VIP_app.ccoptions / option.hh
pilot / ben / VIP_app.ccoptions / keys / cp.OptionKeys.gen.hh
pilot / ben / VIP_app.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / exposed_strand_finder.ccMetricValue.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / exposed_strand_finder.ccTracer.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / exposed_strand_finder.ccoptions / option.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / exposed_strand_finder.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccMetricValue.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccTracer.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccoptions / option.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_design.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_maker.ccoptions / option.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_maker.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_maker.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_maker.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / beta_strand_homodimer_design / homodimer_maker.ccTracer.hh
pilot / biokhar / karen_compare_different_proteins.ccoptions / util.hh
pilot / biokhar / karen_compare_different_proteins.ccoptions / option.hh
pilot / biokhar / karen_compare_different_proteins.ccTracer.hh
pilot / biokhar / karen_compare_different_proteins.ccoptions / option_macros.hh
pilot / biokhar / karen_compare_pocket_rmsd.ccoptions / util.hh
pilot / biokhar / karen_compare_pocket_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / biokhar / karen_compare_pocket_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / biokhar / karen_compare_pocket_rmsd.ccTracer.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_compare.ccoptions / util.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_compare.ccoptions / option.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_compare.ccTracer.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_compare.ccoptions / option_macros.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_save.ccoptions / util.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_save.ccoptions / option.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_save.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_save.ccTracer.hh
pilot / biokhar / karen_pocket_save.ccoptions / option_macros.hh
pilot / bjornw / jumpRT_test.ccoptions / option.hh
pilot / bjornw / jumpRT_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / bjornw / jumpRT_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / bjornw / jumpRT_test.ccbasic.hh
pilot / bjornw / jumpRT_test.ccTracer.hh
pilot / bjornw / jumpRT_test.ccMetricValue.hh
pilot / bjornw / jumpRT_test.ccdatabase / open.hh
pilot / blivens / conserve_disulfides.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / conserve_disulfides.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / conserve_disulfides.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / conserve_disulfides.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / conserve_disulfides.ccTracer.hh
pilot / blivens / convert.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / convert.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / convert.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / convert.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / convert.ccTracer.hh
pilot / blivens / create_disulf_file.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / create_disulf_file.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / create_disulf_file.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / create_disulf_file.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / create_disulf_file.ccTracer.hh
pilot / blivens / disulfide_filter.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / disulfide_filter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_filter.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_filter.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / disulfide_filter.ccTracer.hh
pilot / blivens / disulfide_finder.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / disulfide_finder.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_finder.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_finder.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / disulfide_finder.ccTracer.hh
pilot / blivens / disulfide_handoff.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / disulfide_handoff.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_handoff.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_handoff.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / disulfide_handoff.ccTracer.hh
pilot / blivens / disulfide_scorer.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / disulfide_scorer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_scorer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_scorer.ccoptions / keys / blivens.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / disulfide_scorer.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / disulfide_scorer.ccTracer.hh
pilot / blivens / disulfides.hhTracer.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccoptions / util.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccoptions / keys / hotspot.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccoptions / keys / blivens.OptionKeys.gen.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccoptions / option.hh
pilot / blivens / rotamerize_disulfides.ccTracer.hh
public / boinc / minirosetta.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / boinc / minirosetta.ccoptions / option.hh
public / boinc / minirosetta.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / boinc / minirosetta.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
public / boinc / minirosetta.ccoptions / keys / boinc.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / abego_predict.ccTracer.hh
pilot / brunette / abego_predict.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / abego_predict.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / aln_to_disulf.ccTracer.hh
pilot / brunette / aln_to_disulf.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / aln_to_disulf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / aln_to_disulf.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / aln_to_disulf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / armEval.ccTracer.hh
pilot / brunette / armEval.ccdatabase / open.hh
pilot / brunette / armEval.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / armEval.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / armEval.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccTracer.hh
pilot / brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccoptions / option_macros.hh
pilot / brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / calcFractionFolded.ccTracer.hh
pilot / brunette / calcFractionFolded.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / calcFractionFolded.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / calcFractionFolded.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / contact_map_from_homologs.ccTracer.hh
pilot / brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / convertFragmentType.ccoptions / option_macros.hh
pilot / brunette / convertFragmentType.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / brunette / dumpPhiPsiStats.ccTracer.hh
pilot / brunette / dumpPhiPsiStats.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / dumpPhiPsiStats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / evalFullLength.ccTracer.hh
pilot / brunette / evalFullLength.ccdatabase / open.hh
pilot / brunette / evalFullLength.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / evalFullLength.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / evalFullLength.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / evalFullLength.ccoptions / keys / remodel.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / evalRepeats.ccTracer.hh
pilot / brunette / evalRepeats.ccdatabase / open.hh
pilot / brunette / evalRepeats.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / evalRepeats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / evalRepeats.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / evalRepeats.ccoptions / keys / remodel.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / extractNativeRepeats.ccTracer.hh
pilot / brunette / extractNativeRepeats.ccdatabase / open.hh
pilot / brunette / extractNativeRepeats.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / extractNativeRepeats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccTracer.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccoptions / util.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterImperfectAln.ccTracer.hh
pilot / brunette / filterImperfectAln.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / filterImperfectAln.ccoptions / util.hh
pilot / brunette / filterImperfectAln.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterImperfectAln.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterImperfectAln.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / filterImperfectAln.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / findNaturallyOccuringAlphaRepeats.ccTracer.hh
pilot / brunette / findNaturallyOccuringAlphaRepeats.ccdatabase / open.hh
pilot / brunette / findNaturallyOccuringAlphaRepeats.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / findNaturallyOccuringAlphaRepeats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / findNaturallyOccuringAlphaRepeats.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / fragments_to_ss.ccoptions / option_macros.hh
pilot / brunette / fragments_to_ss.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / brunette / hle_predict.ccTracer.hh
pilot / brunette / hle_predict.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / hle_predict.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccTracer.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccoptions / util.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstHomology.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccTracer.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccoptions / util.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / minimalCstRelax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / outputAbego.ccTracer.hh
pilot / brunette / outputLayerDesignBurial.ccTracer.hh
pilot / brunette / outputRama.ccTracer.hh
pilot / brunette / outputSasa.ccTracer.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccoptions / util.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccoptions / after_opts.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccbasic.hh
pilot / brunette / predictedCstFilter.ccTracer.hh
pilot / brunette / repeat_dock.ccTracer.hh
pilot / brunette / repeat_dock.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / repeat_dock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / repeat_dock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / silents_to_ss.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / brunette / silents_to_ss.ccoptions / option_macros.hh
pilot / brunette / tj_util.hhoptions / option.hh
pilot / brunette / tj_util.hhoptions / util.hh
pilot / brunette / tj_util.hhoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / tj_util.hhoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / tj_util.hhTracer.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccTracer.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / option.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / util.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / dock_glycans.ccoptions / option.hh
public / carbohydrates / dock_glycans.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / dock_glycans.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / dock_glycans.ccoptions / keys / rings.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / dock_glycans.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / glycan_clash_check.ccTracer.hh
public / carbohydrates / glycan_clash_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / glycan_clash_check.ccoptions / keys / carbohydrates.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / glycan_clash_check.ccoptions / option.hh
public / carbohydrates / glycan_clash_check.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / carbohydrates / glycan_info.ccTracer.hh
public / carbohydrates / glycan_info.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / carbohydrates / glycan_info.ccoptions / option.hh
public / carbohydrates / glycan_info.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / carbohydrates / GlycanDock.ccTracer.hh
public / carbohydrates / pose_from_saccharide_sequence.ccTracer.hh
public / carbohydrates / pose_from_saccharide_sequence.ccoptions / option.hh
public / carbohydrates / pose_from_saccharide_sequence.ccoptions / keys / carbohydrates.OptionKeys.gen.hh
pilot / carbohydrates / basic_glycan_sampler.ccTracer.hh
pilot / carbohydrates / basic_glycan_sampler.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / carbohydrates / basic_glycan_sampler.ccoptions / option.hh
pilot / carbohydrates / basic_glycan_sampler.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / carbohydrates / test_glycan_trees.ccTracer.hh
pilot / carbohydrates / test_glycan_trees.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / Gp_extra_bodies.hhTracer.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / Gp_extra_bodies.hhoptions / option.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / Gp_extra_bodies.hhoptions / keys / chemically_conjugated_docking.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / Gp_quantification_metrics.hhTracer.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccMetricValue.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccoptions / option.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccTracer.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccprof.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccoptions / keys / AnchoredDesign.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_E2_thioester.ccoptions / keys / chemically_conjugated_docking.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccMetricValue.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccoptions / option.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccTracer.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccprof.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccoptions / keys / AnchoredDesign.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_CYD-CYD.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_LYX-Cterm.ccoptions / option.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_LYX-Cterm.ccTracer.hh
public / scenarios / chemically_conjugated_docking / UBQ_Gp_LYX-Cterm.ccoptions / keys / chemically_conjugated_docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / ChemXRW / PDB_diagnostic.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / ChemXRW / PDB_diagnostic.ccTracer.hh
pilot / smlewis / ChemXRW / PDB_diagnostic.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / ChemXRW / PDB_diagnostic.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / ChemXRW / PDB_diagnostic.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
pilot / chen / simple_dna_regression_test.ccTracer.hh
pilot / chen / simple_dna_regression_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / option.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / after_opts.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / option_macros.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccTracer.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccMetricValue.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / keys / rot_anl.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / byres_data.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / option.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / after_opts.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / option_macros.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccTracer.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccMetricValue.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / keys / rot_anl.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / domain_assemble.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / hbscan.ccoptions / option.hh
pilot / chrisk / hbscan.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / chrisk / hbscan.ccTracer.hh
pilot / chrisk / hbscan.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_analysis.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_analysis.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_analysis.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_analysis.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_analysis.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_analysis.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_analysis.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_gly.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_gly.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_gly.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_gly.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_gly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_gly.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_gly.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_nrg.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_nrg.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_nrg.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_nrg.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_nrg.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_nrg.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_nrg.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_opt.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_opt.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_opt.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_opt.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_opt.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_opt.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_opt.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_opt_parallel.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_opt_parallel.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_opt_parallel.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_opt_parallel.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_opt_parallel.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_opt_parallel.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_opt_parallel.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_paapp.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_paapp.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_paapp.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_paapp.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_paapp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_paapp.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_paapp.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccoptions / keys / pepspec.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prep.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_prepspec.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_prepspec.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_prepspec.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_prepspec.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_prepspec.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prepspec.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_prepspec.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_rama.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_rama.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_rama.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_rama.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_rama.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_rama.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_rama.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_ref.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_ref.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_ref.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_ref.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_ref.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_ref.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_ref.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec.03-11.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_spec.03-11.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_spec.03-11.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_spec.03-11.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_spec.06-23.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_spec.06-23.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_spec.06-23.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_spec.06-23.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_spec.06-23.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec.06-23.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec.06-23.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_spec.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_spec.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_spec.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_spec.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.mov.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.mov.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.mov.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.mov.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.mov.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.mov.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pep_spec_flx.mov.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccMetricValue.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccTracer.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccoptions / keys / pepspec.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccbasic.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccdatabase / open.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / pepspec.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / pepspec_anchor_dock.ccTracer.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / option.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / util.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccTracer.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / keys / rot_anl.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
pilot / chrisk / rotamer_repack.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / option.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / filters.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / jumps.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / loopfcst.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / keys / templates.OptionKeys.gen.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccMetricValue.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / after_opts.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccoptions / option_macros.hh
pilot / christophe / PCS_main.ccTracer.hh
pilot / chu / loop_test.ccoptions / option.hh
pilot / chu / loop_test.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / chu / zinc_stat.ccoptions / option.hh
pilot / chu / zinc_stat.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / chu / zinc_stat.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / clustering / calibur.ccoptions / option_macros.hh
public / clustering / calibur.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / clustering / cluster.ccoptions / option.hh
public / clustering / cluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / clustering / cluster.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / clustering / cluster.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
public / clustering / energy_based_clustering.ccTracer.hh
public / clustering / energy_based_clustering.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / clustering / energy_based_clustering.cccitation_manager / CitationCollection.hh
pilot / cmiles / close_loops_cart.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / close_loops_cart.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / close_loops_cart.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / close_loops_ccd.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / close_loops_ccd.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / close_loops_ccd.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / close_loops_ccd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / dssp.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / dssp.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / dssp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / extend.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / extend.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / extend.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / fragment_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / fragment_rmsd.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / fragment_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / gdtha.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / gdtha.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / gdtha.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / jumping.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / jumping.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / jumping.ccoptions / keys / cmiles.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / jumping.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / kcluster.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / kcluster.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / kcluster.ccoptions / keys / cmiles.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / maxsub.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / maxsub.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / maxsub.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / rmsd_partial_thread.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / rmsd_partial_thread.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / rmsd_partial_thread.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / star_abinitio.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / star_abinitio.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / star_abinitio.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / windowed_rama.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / windowed_rama.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / windowed_rama.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
pilot / cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccoptions / option.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccoptions / option_macros.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccTracer.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / backrub_pilot.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / cterdesign.ccoptions / option.hh
pilot / colin / cterdesign.ccoptions / option_macros.hh
pilot / colin / cterdesign.ccTracer.hh
pilot / colin / cterdesign.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / cterdesign.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / cterdesign.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / cterdesign.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / ig_dump.ccoptions / option.hh
pilot / colin / ig_dump.ccTracer.hh
pilot / colin / ig_dump.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / ig_dump.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / mm_params.ccTracer.hh
pilot / colin / mm_params.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / colin / mm_params.ccoptions / option_macros.hh
pilot / combss / generate_orbital_statistics.ccoptions / option.hh
pilot / combss / generate_orbital_statistics.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / combss / generate_orbital_statistics.ccoptions / keys / orbitals.OptionKeys.gen.hh
pilot / combss / sequencerecovery.ccoptions / util.hh
pilot / combss / sequencerecovery.ccTracer.hh
pilot / combss / sequencerecovery.ccMetricValue.hh
pilot / combss / sequencerecovery.ccprof.hh
pilot / combss / sequencerecovery.ccoptions / keys / optE.OptionKeys.gen.hh
pilot / combss / sequencerecovery.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / combss / sequencerecovery.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / avrg_silent.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / avrg_silent.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / avrg_silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / avrg_silent.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / avrg_silent.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / avrg_silent.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / fast_gap.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / fast_gap.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / fast_gap.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / fix_alignment_to_match_pdb.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / fix_alignment_to_match_pdb.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / fix_alignment_to_match_pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / fix_alignment_to_match_pdb.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / fix_alignment_to_match_pdb.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / full_length_model.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / full_length_model.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / full_length_model.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / full_length_model.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / full_length_model.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / iterhybrid_selector.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / iterhybrid_selector.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / iterhybrid_selector.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / iterhybrid_selector.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / iterhybrid_selector.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / iterhybrid_selector.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / iterhybrid_selector.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / partial_thread.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / partial_thread.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / partial_thread.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / partial_thread.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / partial_thread.ccoptions / keys / partial_thread.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / partial_thread.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / comparative_modeling / partial_thread.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / comparative_modeling / score_aln.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / score_aln.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / score_aln.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / score_aln.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / score_aln.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / score_aln2.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / score_aln2.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / score_aln2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / score_aln2.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / score_aln2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / score_aln2.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / spheregrinder.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / spheregrinder.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / spheregrinder.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / spheregrinder.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / spheregrinder.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / super_aln.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / super_aln.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / super_aln.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / super_aln.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / template_features.ccTracer.hh
public / comparative_modeling / template_features.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / template_features.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / template_features.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / template_features.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / validate_silent.ccoptions / option.hh
public / comparative_modeling / validate_silent.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / comparative_modeling / validate_silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / comparative_modeling / validate_silent.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccTracer.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / option.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / option_macros.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / coupled_moves / coupled_moves.ccoptions / keys / coupled_moves.OptionKeys.gen.hh
pilot / csykang / make_retroinverso.ccTracer.hh
pilot / csykang / make_retroinverso.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / csykang / make_retroinverso.ccoptions / option.hh
pilot / csykang / make_retroinverso.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccTracer.hh
pilot / doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccoptions / option.hh
pilot / doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / cu_binder / make_peptoid.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / cu_binder / make_peptoid.ccoptions / option.hh
pilot / doug / cu_binder / make_peptoid.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / cu_binder / make_peptoid.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / cyclic_peptide / count_cycpep_sequences.ccTracer.hh
public / cyclic_peptide / count_cycpep_sequences.ccoptions / option.hh
public / cyclic_peptide / count_cycpep_sequences.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / cyclic_peptide / count_cycpep_sequences.ccoptions / option_macros.hh
public / cyclic_peptide / simple_cycpep_predict.ccTracer.hh
public / cyclic_peptide / simple_cycpep_predict.cccitation_manager / CitationManager.hh
pilot / doug / cyclic_peptoid_peptide / cyclic_peptoid_peptide_test1.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / cyclic_peptoid_peptide / cyclic_peptoid_peptide_test1.ccoptions / option.hh
pilot / doug / cyclic_peptoid_peptide / cyclic_peptoid_peptide_test1.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / cyclic_peptoid_peptide / cyclic_peptoid_peptide_test1.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / cyclic_poses / kick_cyclic_pose.ccTracer.hh
pilot / kale / cyclic_poses / load_cyclic_pose.ccTracer.hh
pilot / kale / cyclic_poses / load_cyclic_pose.ccoptions / option.hh
pilot / kale / cyclic_poses / load_cyclic_pose.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / cyclic_poses / load_cyclic_pose.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / angle_stats.ccTracer.hh
pilot / dan / angle_stats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / angle_stats.ccoptions / option.hh
pilot / dan / generate_matcher_constraints.ccTracer.hh
pilot / dan / generate_matcher_constraints.ccoptions / option.hh
pilot / dan / generate_matcher_constraints.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dan / kinematic_relax_test.ccoptions / option.hh
pilot / dan / kinematic_relax_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / kinematic_relax_test.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / loop_minimize.ccoptions / option.hh
pilot / dan / loop_minimize.ccprof.hh
pilot / dan / loop_minimize.ccTracer.hh
pilot / dan / loop_minimize.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / loop_minimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / loop_minimize.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / LoopExtend.ccoptions / option.hh
pilot / dan / LoopExtend.ccTracer.hh
pilot / dan / LoopExtend.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / LoopExtend.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / sidechain_min.ccoptions / option.hh
pilot / dan / sidechain_min.ccTracer.hh
pilot / dan / sidechain_min.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / sidechain_min.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dan / sidechain_min.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / danpf / mmtf2pdb.ccTracer.hh
pilot / danpf / mmtf2pdb.ccoptions / option.hh
pilot / danpf / mmtf2pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / danpf / mmtfs2mmtf.ccTracer.hh
pilot / danpf / mmtfs2mmtf.ccoptions / option.hh
pilot / danpf / mmtfs2mmtf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / danpf / mmtfs2mmtf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / darc / DARC.ccoptions / option_macros.hh
public / darc / DARC.ccoptions / keys / fingerprint.OptionKeys.gen.hh
public / darc / DARC.ccMetricValue.hh
public / darc / DARC.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / darc / DARC.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / darc / DARC.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / darc / make_ray_files.ccoptions / option_macros.hh
public / darc / make_ray_files.ccoptions / option.hh
public / darc / make_ray_files.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / darc / make_ray_files.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
public / darc / make_ray_files.ccoptions / keys / fingerprint.OptionKeys.gen.hh
public / darc / make_ray_files.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / darc / make_ray_files.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / darc / theta_ligand.ccMetricValue.hh
public / darc / theta_ligand.ccoptions / util.hh
public / darc / theta_ligand.ccoptions / option.hh
public / darc / theta_ligand.ccoptions / option_macros.hh
public / ddg / cartesian_ddg.ccoptions / util.hh
public / ddg / cartesian_ddg.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / ddg / cartesian_ddg.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / cartesian_ddg.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / cartesian_ddg.ccTracer.hh
public / ddg / cartesian_ddg.ccoptions / option.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccoptions / util.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccoptions / option_macros.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / ddg_monomer.ccTracer.hh
public / ddg / ensemble_generator_score12_sidechain_ver2.ccoptions / util.hh
public / ddg / ensemble_generator_score12_sidechain_ver2.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / ddg / ensemble_generator_score12_sidechain_ver2.ccoptions / option.hh
public / ddg / ensemble_generator_score12_sidechain_ver2.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / ensemble_generator_score12_sidechain_ver2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / ensemble_generator_score12_sidechain_ver2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccoptions / util.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccoptions / option.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / ddg / minimize_with_cst.ccTracer.hh
pilot / dekim / convert_to_centroid.ccTracer.hh
pilot / dekim / convert_to_centroid.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dekim / decoy_features.ccTracer.hh
pilot / dekim / decoy_features.ccoptions / option.hh
pilot / dekim / decoy_features.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dekim / decoy_features.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dekim / decoy_features.ccoptions / keys / contactMap.OptionKeys.gen.hh
pilot / dekim / extended_chain.ccTracer.hh
pilot / dekim / extended_chain.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dekim / score_nonlocal_frags.ccTracer.hh
pilot / dekim / score_nonlocal_frags.ccoptions / option.hh
pilot / dekim / score_nonlocal_frags.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dekim / score_nonlocal_frags.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dekim / strand_pairings.ccTracer.hh
pilot / dekim / strand_pairings.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / delucasl / generate_ligand_start_position_file.ccoptions / util.hh
pilot / delucasl / generate_ligand_start_position_file.ccoptions / option_macros.hh
pilot / delucasl / ligands_to_database.ccoptions / option.hh
pilot / delucasl / ligands_to_database.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / delucasl / ligands_to_database.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / delucasl / ligands_to_database.ccoptions / option_macros.hh
pilot / delucasl / process_mdl.ccoptions / option.hh
pilot / delucasl / process_mdl.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / delucasl / roc_optimizer.ccTracer.hh
pilot / delucasl / roc_optimizer.ccoptions / option.hh
pilot / delucasl / roc_optimizer.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / delucasl / roc_optimizer.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / delucasl / roc_optimizer.ccoptions / option_macros.hh
pilot / delucasl / RotamerDump.ccoptions / option.hh
pilot / delucasl / RotamerDump.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / delucasl / simpleScore.ccoptions / option.hh
pilot / delucasl / simpleScore.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / delucasl / simpleScore.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / delucasl / simpleScore.ccdatabase / open.hh
public / design / beta_peptide_modeling.ccoptions / option.hh
public / design / beta_peptide_modeling.ccoptions / option_macros.hh
public / design / beta_peptide_modeling.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / design / create_clash-based_repack_shell.ccoptions / option.hh
public / design / create_clash-based_repack_shell.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / design / create_clash-based_repack_shell.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / design / fixbb.ccoptions / option.hh
public / design / fixbb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / design / fixbb.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / design / fixbb.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
public / design / mpi_msd.ccoptions / option.hh
public / design / mpi_msd.ccoptions / option_macros.hh
public / design / mpi_msd.ccMetricValue.hh
public / design / mpi_msd.ccTracer.hh
public / design / mpi_msd.ccoptions / keys / ms.OptionKeys.gen.hh
public / design / pmut_scan_parallel.ccoptions / option.hh
public / design / pmut_scan_parallel.ccoptions / util.hh
public / design / pmut_scan_parallel.ccTracer.hh
public / design / pmut_scan_parallel.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / design / sequence_recovery.ccTracer.hh
public / design / sequence_recovery.ccdatacache / DataMap.hh
public / design / supercharge.ccoptions / option.hh
public / design / supercharge.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / design / supercharge.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / design / supercharge.ccMetricValue.hh
public / design / supercharge.ccTracer.hh
public / design / zinc1_homodimer_design.ccoptions / util.hh
public / design / zinc1_homodimer_design.ccoptions / option.hh
public / design / zinc1_homodimer_design.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / design / zinc1_homodimer_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / design / zinc1_homodimer_design.ccTracer.hh
public / design / zinc1_homodimer_setup.ccTracer.hh
public / design / zinc1_homodimer_setup.ccoptions / option.hh
public / design / zinc1_homodimer_setup.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / design / zinc2_homodimer_design.ccoptions / option.hh
public / design / zinc2_homodimer_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / design / zinc2_homodimer_design.ccTracer.hh
public / design / zinc2_homodimer_setup.ccoptions / option.hh
public / design / zinc2_homodimer_setup.ccTracer.hh
public / design / zinc2_homodimer_setup.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / design / zinc_heterodimer_design.ccTracer.hh
public / design / zinc_heterodimer_design.ccoptions / option.hh
public / design / zinc_heterodimer_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / backbone_tests.ccTracer.hh
pilot / kale / detailed_balance / backbone_tests.ccoptions / option.hh
pilot / kale / detailed_balance / backbone_tests.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / detailed_balance / backbone_tests.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / backbone_tests.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / backbone_tests.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / backbone_tests.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / sidechain_tests.ccTracer.hh
pilot / kale / detailed_balance / sidechain_tests.ccoptions / option.hh
pilot / kale / detailed_balance / sidechain_tests.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / detailed_balance / sidechain_tests.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / sidechain_tests.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / sidechain_tests.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / detailed_balance / sidechain_tests.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / filters.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / after_opts.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccTracer.hh
pilot / dgront / ApplicationContext.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / CustomAbinitio.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / CustomAbinitio.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / CustomAbinitio.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / CustomAbinitio.ccTracer.hh
pilot / dgront / DisulfideTest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / DisulfideTest.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / DisulfideTest.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / DisulfideTest.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccTracer.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccoptions / keys / assembly.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / DomainAssemblerNDocker.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / Features.ccTracer.hh
pilot / dgront / filters_in_abrelax.ccTracer.hh
pilot / dgront / hierarchical_clustering.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / hierarchical_clustering.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / hierarchical_clustering.ccTracer.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccMetricValue.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / after_opts.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccTracer.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / keys / filters.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / JumpSpecificAbrelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / LibraryJumpSetup.ccTracer.hh
pilot / dgront / SaxsSampler.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / SaxsSampler.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / SaxsSampler.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / SaxsSampler.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / SpecificJumpSetup.ccTracer.hh
pilot / dgront / tnm_sampler.ccTracer.hh
pilot / dgront / tnm_sampler.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / tnm_sampler.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / tnm_sampler.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / tnm_sampler.ccoptions / option_macros.hh
public / docking / docking_prepack_protocol.ccoptions / option.hh
public / docking / docking_prepack_protocol.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
public / docking / docking_protocol.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
public / docking / docking_protocol.ccoptions / option.hh
pilot / doug / betacat_movie.ccoptions / option.hh
pilot / doug / betacat_movie.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / doug / betacat_movie.ccMetricValue.hh
pilot / doug / betacat_movie.ccTracer.hh
pilot / doug / betacat_movie.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / betacat_movie.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / cyclic_pack.ccTracer.hh
pilot / doug / cyclic_pack.ccoptions / option.hh
pilot / doug / cyclic_pack.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / cyclic_pack.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / Cyclize.ccTracer.hh
pilot / doug / Cyclize.ccoptions / option.hh
pilot / doug / Cyclize.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptide.ccTracer.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptide.ccoptions / option.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptide.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptide.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptide.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptoid.ccTracer.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptoid.ccoptions / option.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptoid.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptoid.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / get_dihedral_peptoid.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / make_peptoid.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / make_peptoid.ccoptions / option.hh
pilot / doug / make_peptoid.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / make_peptoid.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / make_peptoid_sequence.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / make_peptoid_sequence.ccoptions / option.hh
pilot / doug / make_peptoid_sequence.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / make_peptoid_sequence.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / noah_score_interface.ccoptions / option.hh
pilot / doug / noah_score_interface.ccTracer.hh
pilot / doug / noah_score_interface.ccMetricValue.hh
pilot / doug / noah_score_interface.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / noah_score_interface.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / number_of_residuetypes.ccTracer.hh
pilot / doug / peptoid_movie.ccTracer.hh
pilot / doug / peptoid_rotamer_prediction_benchmark.ccTracer.hh
pilot / doug / peptoid_rotamer_prediction_benchmark.ccoptions / option.hh
pilot / doug / peptoid_rotamer_prediction_benchmark.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / peptoid_rotamer_prediction_benchmark.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / peptoid_rotamer_prediction_benchmark.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / peptoid_rotamer_prediction_benchmark.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / pymolmovertest.ccTracer.hh
pilot / doug / rotamer_prediction_benchmark.ccoptions / option.hh
pilot / doug / rotamer_prediction_benchmark.ccTracer.hh
pilot / doug / rotamer_prediction_benchmark.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / score_min_rtmin_test.ccTracer.hh
pilot / doug / simple_relax.ccoptions / option.hh
pilot / doug / simple_relax.ccTracer.hh
pilot / doug / simple_relax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / test_chain_sequence.ccTracer.hh
pilot / doug / test_chain_sequence.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / test_chain_sequence.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / test_chain_sequence.ccoptions / option.hh
pilot / doug / test_chain_sequence.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / DRRAFTER / drrafter_error_estimation.ccoptions / option.hh
public / DRRAFTER / drrafter_error_estimation.ccoptions / option_macros.hh
public / DRRAFTER / drrafter_error_estimation.ccTracer.hh
public / DRRAFTER / drrafter_error_estimation.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / DRRAFTER / fit_helix_in_map.ccoptions / option.hh
public / DRRAFTER / fit_helix_in_map.ccoptions / option_macros.hh
public / DRRAFTER / fit_helix_in_map.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / DRRAFTER / fit_helix_in_map.ccTracer.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / util.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / option.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / keys / dwkulp.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccMetricValue.hh
pilot / dwkulp / flexibleLoopDesign.ccTracer.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / util.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / option.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / keys / dwkulp.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccMetricValue.hh
pilot / dwkulp / reportFragments.ccTracer.hh
public / electron_density / denovo_density.ccoptions / option.hh
public / electron_density / denovo_density.ccoptions / option_macros.hh
public / electron_density / denovo_density.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / electron_density / denovo_density.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / denovo_density.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / denovo_density.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / denovo_density.ccTracer.hh
public / electron_density / density_tools.ccoptions / util.hh
public / electron_density / density_tools.ccTracer.hh
public / electron_density / density_tools.ccoptions / option.hh
public / electron_density / density_tools.ccoptions / option_macros.hh
public / electron_density / density_tools.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / electron_density / density_tools.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / density_tools.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / density_tools.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / dgdp.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / dgdp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / dgdp.ccoptions / keys / testing.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / dgdp.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / electron_density / dgdp.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / dgdp.ccoptions / option.hh
public / electron_density / dgdp.ccoptions / option_macros.hh
public / electron_density / dgdp.ccTracer.hh
public / electron_density / grower_prep.ccTracer.hh
public / electron_density / grower_prep.ccoptions / util.hh
public / electron_density / grower_prep.ccoptions / option.hh
public / electron_density / grower_prep.ccoptions / option_macros.hh
public / electron_density / grower_prep.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / electron_density / grower_prep.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / mr_protocols.ccTracer.hh
public / electron_density / mr_protocols.ccoptions / option.hh
public / electron_density / mr_protocols.ccoptions / option_macros.hh
public / electron_density / mr_protocols.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / electron_density / mr_protocols.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / mr_protocols.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / mr_protocols.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccoptions / option.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccoptions / option_macros.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccoptions / keys / testing.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccoptions / keys / cryst.OptionKeys.gen.hh
public / electron_density / sim_cryo.ccTracer.hh
public / enzdes / CstfileToTheozymePDB.ccoptions / option.hh
public / enzdes / CstfileToTheozymePDB.ccoptions / keys / match.OptionKeys.gen.hh
public / enzdes / CstfileToTheozymePDB.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / enzdes / CstfileToTheozymePDB.ccoptions / util.hh
public / enzdes / CstfileToTheozymePDB.ccTracer.hh
public / enzdes / enzyme_design.ccoptions / option.hh
public / enzdes / enzyme_design.ccTracer.hh
public / enzdes / enzyme_design.ccdatacache / CacheableString.hh
public / enzdes / enzyme_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / enzdes / enzyme_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / enzdes / enzyme_design.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
public / enzdes / enzyme_design.ccdatacache / BasicDataCache.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccTracer.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccoptions / option.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / rna / erraser / erraser2.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rna / erraser / erraser_minimizer.ccoptions / option.hh
public / rna / erraser / erraser_minimizer.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / eva / adapt_rotamers.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / eva / adapt_rotamers.ccoptions / util.hh
pilot / eva / adapt_rotamers.ccTracer.hh
pilot / kale / examples / atoms_from_residues.ccTracer.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / Constraint.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / insert_statement_generator / InsertGenerator.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / insert_statement_generator / RowData.hh
pilot / kale / examples / features_reporter.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / kale / examples / jd2_state.ccTracer.hh
pilot / kale / examples / kic_rama_bias.ccoptions / option.hh
pilot / kale / examples / kic_rama_bias.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / examples / kic_rama_bias.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / examples / kic_rama_bias.ccTracer.hh
pilot / kale / examples / kick_n_terminus.ccoptions / option.hh
pilot / kale / examples / kick_n_terminus.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / examples / kick_with_balance.ccTracer.hh
pilot / kale / examples / local_options.ccoptions / option.hh
pilot / kale / examples / local_options.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / examples / pose_from_residues.ccTracer.hh
pilot / kale / examples / tracer.ccTracer.hh
pilot / kale / examples / xyz_from_pose.ccTracer.hh
pilot / dgront / experiments / AllCrmsd.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / AllCrmsd.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / AllCrmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / AllCrmsd.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / AllCrmsd.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / AllCrmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / AllCrmsd.ccTracer.hh
pilot / dgront / experiments / call_mover.ccTracer.hh
pilot / dgront / experiments / call_mover.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / call_mover.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / canonical_sampling.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / DetailedScores.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / DetailedScores.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / DetailedScores.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / DetailedScores.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / DisulfideBondEnergy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / DisulfideBondEnergy.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / DisulfideBondEnergy.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / DisulfideBondEnergy.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / GunnTest.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / GunnTest.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / GunnTest.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / GunnTest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / print_options.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / print_options.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / print_options.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / print_options.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / print_options.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / print_options.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / RDCTest.ccTracer.hh
pilot / dgront / experiments / RDCTest.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / RDCTest.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / RDCTest.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / RDCTest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / RDCTest.ccoptions / keys / rdc.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / read_profile.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / read_profile.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / read_profile.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccTracer.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccoptions / keys / assembly.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / TryScoreFilter.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / adenosine_stack_test.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / adenosine_stack_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / adenosine_stack_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / adenosine_stack_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / lariat_modeling.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / lariat_modeling.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / lariat_modeling.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / lariat_modeling.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / non_natural_na.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / non_natural_na.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / non_natural_na.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / non_natural_na.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / non_natural_na.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / util.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / rna_pdb_scoring.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / swa_rna_analytical_closure.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / swa_rna_analytical_closure.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / swa_rna_analytical_closure.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / swa_rna_analytical_closure.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / swa_rna_analytical_closure.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / swa_rna_analytical_closure.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / fcchou / swa_rna_analytical_closure.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / thermal_sampler_alpha.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / thermal_sampler_alpha.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / thermal_sampler_alpha.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / thermal_sampler_alpha.ccoptions / keys / chemical.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / thermal_sampler_alpha.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / thermal_sampler_alpha.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / thermal_sampler_alpha.ccoptions / keys / recces.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / after_opts.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / util.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_double_helix.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_one_chain.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / turner_test_one_chain.ccoptions / util.hh
pilot / fcchou / turner_test_one_chain.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / turner_test_one_chain.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_one_chain.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_one_chain.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_test_one_chain.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / option.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / after_opts.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / util.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / option_macros.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fcchou / turner_two_chain.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
public / fiber_diffraction / FiberDiffractionFreeSet.ccoptions / option.hh
public / fiber_diffraction / FiberDiffractionFreeSet.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / fiber_diffraction / FiberDiffractionFreeSet.ccTracer.hh
pilot / firas / check_burial.ccoptions / option.hh
pilot / firas / check_burial.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / flexpep_docking / BuildPeptide.ccoptions / option.hh
public / flexpep_docking / BuildPeptide.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / flexpep_docking / BuildPeptide.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / flexpep_docking / BuildPeptide.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / flexpep_docking / BuildPeptide.ccTracer.hh
public / flexpep_docking / BuildPeptide.ccoptions / option_macros.hh
public / flexpep_docking / FlexPepDocking.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / flexpep_docking / FlexPepDocking.ccoptions / keys / flexPepDocking.OptionKeys.gen.hh
public / flexpep_docking / FlexPepDocking.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / flexpep_docking / FlexPepDocking.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / flexpep_docking / FlexPepDocking.ccTracer.hh
public / flexpep_docking / FlexPepDocking.ccoptions / option.hh
pilot / flo / EnzdesFixBB.ccoptions / option.hh
pilot / flo / EnzdesFixBB.ccTracer.hh
pilot / flo / EnzdesFixBB.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / flo / EnzdesFixBB.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / flo / EnzdesFixBB.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / flo / EnzdesFixBB.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / flo / EnzdesFixBB.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / flo / SecondaryMatcher.ccoptions / option.hh
pilot / flo / SecondaryMatcher.ccTracer.hh
pilot / flo / SecondaryMatcher.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / flo / SecondaryMatcher.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / flo / SecondaryMatcher.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / flo / SecondaryMatcher.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / flo / SecondaryMatcher.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / option.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / util.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / keys / hotspot.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / dumpstubinteractions.ccTracer.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / option.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / util.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccTracer.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / keys / hotspot.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / fordas / lsmgridprobe.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / diverse_fragments.ccTracer.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccTracer.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / fragmentpicker_integration_demo.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / keys / rdc.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccprof.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / picker.ccTracer.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / PickSSE.ccTracer.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / quotapicker_demo.ccTracer.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / quotapicker_demo.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / quotapicker_demo.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / quotapicker_demo.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / quotapicker_demo.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / quotapicker_demo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / quotapicker_demo.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / rescore_fragments.ccTracer.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / rescore_fragments.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / rescore_fragments.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / rescore_fragments.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / rescore_fragments.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / rescore_fragments.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / fragmentpicker / rescore_fragments.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_foldtree.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_foldtree.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_foldtree.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_foldtree2.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_foldtree2.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_foldtree2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_info.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_info.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_info.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_integration.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_integration.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_integration.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_pose_test.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_pose_test.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / membrane_pose_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mp_database_check.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_integration.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_integration.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_integration.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_integration.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_integration.ccoptions / keys / membrane.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_time_bchmk.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_time_bchmk.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_time_bchmk.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / mpframework_time_bchmk.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / pymol_viewer_test.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / virtual_residue_trees.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / virtual_residue_trees.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / virtual_residue_trees.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / visualize_membrane.ccTracer.hh
pilot / frank / autorb.ccoptions / option.hh
pilot / frank / autorb.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / autorb.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / autorb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / autorb.ccoptions / keys / bbg.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / autorb.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / autorb.ccTracer.hh
pilot / frank / calc_ssm_energies.ccTracer.hh
pilot / frank / calc_ssm_energies.ccoptions / option.hh
pilot / frank / calc_ssm_energies.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / calc_ssm_energies.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / calc_ssm_energies.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / option.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / after_opts.hh
pilot / frank / cart_refine.ccbasic.hh
pilot / frank / cart_refine.ccdatabase / open.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cart_refine.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cart_refine.ccTracer.hh
pilot / frank / cen_relax.ccTracer.hh
pilot / frank / cen_relax.ccoptions / option.hh
pilot / frank / cen_relax.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / cen_relax.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / cen_relax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cen_relax.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cen_relax.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cen_relax.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cryst_design.ccTracer.hh
pilot / frank / cryst_design.ccoptions / option.hh
pilot / frank / cryst_design.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / cryst_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cryst_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cryst_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cryst_design.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / cryst_gen.ccTracer.hh
pilot / frank / cryst_gen.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / cryst_reporters.hhoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / cryst_reporters.hhTracer.hh
pilot / frank / dock_pdb_into_density.ccoptions / option.hh
pilot / frank / dock_pdb_into_density.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / dock_pdb_into_density.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / dock_pdb_into_density.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / dock_pdb_into_density.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / dsrna_grow.ccoptions / after_opts.hh
pilot / frank / dsrna_grow.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / dsrna_grow.ccoptions / option.hh
pilot / frank / dsrna_grow.ccTracer.hh
pilot / frank / dsrna_grow.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / extract_silent.ccoptions / option.hh
pilot / frank / extract_silent.ccoptions / after_opts.hh
pilot / frank / extract_silent.ccbasic.hh
pilot / frank / extract_silent.ccTracer.hh
pilot / frank / extract_silent.ccdatabase / open.hh
pilot / frank / extract_silent.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / extract_silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / fasol_perres.ccoptions / option.hh
pilot / frank / fasol_perres.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / fasol_perres.ccTracer.hh
pilot / frank / fpd_symmTest.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / make_rms_filtered_fragfile.ccdatabase / open.hh
pilot / frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / option.hh
pilot / frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / after_opts.hh
pilot / frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / make_rms_filtered_fragfile.ccTracer.hh
pilot / frank / map_morph.ccoptions / util.hh
pilot / frank / map_morph.ccoptions / option.hh
pilot / frank / map_morph.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / map_morph.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / map_morph.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / map_morph.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / min_test.ccoptions / option.hh
pilot / frank / min_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / min_test.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / min_test.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / min_test.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / min_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / min_test.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / min_test.ccTracer.hh
pilot / frank / mirrorsymm_test.ccoptions / option.hh
pilot / frank / mirrorsymm_test.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / mirrorsymm_test.ccTracer.hh
pilot / frank / multimodel_gdt.ccoptions / option.hh
pilot / frank / multimodel_gdt.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / multimodel_gdt.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / multimodel_gdt.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / pdb_gen_cryst.ccTracer.hh
pilot / frank / pdb_gen_cryst.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / pdb_to_map.ccoptions / option.hh
pilot / frank / pdb_to_map.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / pdb_to_map.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / pdb_to_map.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / per_atom_gradients.ccoptions / option.hh
pilot / frank / per_atom_gradients.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / per_atom_gradients.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / perturb_structure.ccoptions / option.hh
pilot / frank / perturb_structure.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / perturb_structure.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / perturb_structure.ccTracer.hh
pilot / frank / pseudo_ca_trace.ccoptions / option.hh
pilot / frank / pseudo_ca_trace.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / pseudo_ca_trace.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / frank / rb_rms.ccoptions / option.hh
pilot / frank / rb_rms.ccTracer.hh
pilot / frank / rb_rms.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / rb_rms.ccoptions / keys / RBSegmentRelax.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / RBSegMove.ccoptions / option_macros.hh
pilot / frank / RBSegMove.ccoptions / option.hh
pilot / frank / redesign_minimize_into_density.ccoptions / option.hh
pilot / frank / redesign_minimize_into_density.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / redesign_minimize_into_density.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / redesign_minimize_into_density.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / redesign_minimize_into_density.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / relax_viewer.ccoptions / option.hh
pilot / frank / relax_viewer.ccTracer.hh
pilot / frank / relax_viewer.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / relax_viewer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frank / spacegroup.hhTracer.hh
pilot / frankdt / concatenate_poses.ccTracer.hh
pilot / frankdt / concatenate_poses.ccoptions / option.hh
pilot / frankdt / concatenate_poses.ccoptions / keys / sewing.OptionKeys.gen.hh
pilot / frankdt / concatenate_poses.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frankdt / concatenate_poses.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / frankdt / SmartSEWINGTester.ccTracer.hh
pilot / frankdt / steric_fusion_scan.ccTracer.hh
pilot / frankdt / steric_fusion_scan.ccoptions / option.hh
pilot / frankdt / steric_fusion_scan.ccoptions / keys / sewing.OptionKeys.gen.hh
pilot / frankdt / steric_fusion_scan.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / frankdt / steric_fusion_scan.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / georgkuenze / spinlabel_activity.ccoptions / option.hh
pilot / georgkuenze / spinlabel_activity.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / georgkuenze / spinlabel_activity.ccoptions / option_macros.hh
pilot / gideonla / CutOutDomain.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / gideonla / CutOutDomain.ccoptions / util.hh
pilot / gideonla / CutOutDomain.ccoptions / option.hh
pilot / gideonla / CutOutDomain.ccTracer.hh
pilot / gideonla / CutOutDomain.ccoptions / keys / cutoutdomain.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / create_constraints.ccprof.hh
pilot / gktaylor / create_constraints.ccoptions / option.hh
pilot / gktaylor / create_constraints.ccoptions / after_opts.hh
pilot / gktaylor / create_constraints.ccdatabase / open.hh
pilot / gktaylor / create_constraints.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / create_constraints.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / homolog_cst.hhoptions / option.hh
pilot / gktaylor / homolog_cst.hhoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / score_pdb.ccoptions / option.hh
pilot / gktaylor / score_pdb.ccoptions / after_opts.hh
pilot / gktaylor / score_pdb.ccbasic.hh
pilot / gktaylor / score_pdb.ccTracer.hh
pilot / gktaylor / score_pdb.ccdatabase / open.hh
pilot / gktaylor / score_pdb.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / score_pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccoptions / option.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccoptions / after_opts.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccbasic.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccTracer.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccdatabase / open.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / gktaylor / score_silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_cbdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_cbdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_cbdock.ccoptions / keys / gpu.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_cbdock.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_cbdock.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_cbdock.ccTracer.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_linker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_linker.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_linker.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_linker.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_linker.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_linker.ccTracer.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_score.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_score.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_score.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_score.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_score.ccTracer.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test.ccTracer.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test_Mxform.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test_Mxform.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test_Mxform.ccoptions / keys / gpu.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test_Mxform.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test_Mxform.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gpu / gpu_test_Mxform.ccTracer.hh
pilot / grant / AbInitio_MPI.ccoptions / option.hh
pilot / grant / AbInitio_MPI.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / grant / AbInitio_MPI.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / grant / AbInitio_MPI.ccTracer.hh
pilot / grant / DenovoProteinDesign_Test.ccoptions / util.hh
pilot / grant / DenovoProteinDesign_Test.ccTracer.hh
pilot / grant / DenovoProteinDesign_Test.ccMetricValue.hh
pilot / grant / DenovoProteinDesign_Test.ccoptions / option.hh
pilot / grant / DenovoProteinDesign_Test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / grant / RedesignXtal_Silent.ccoptions / util.hh
pilot / grant / RedesignXtal_Silent.ccTracer.hh
pilot / grant / RedesignXtal_Silent.ccMetricValue.hh
pilot / grant / RedesignXtal_Silent.ccoptions / option.hh
pilot / grant / RedesignXtal_Silent.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / grant / RedesignXtal_Silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / grant / RedesignXtal_Test.ccoptions / util.hh
pilot / guangfeng / align_substructure.ccoptions / option.hh
pilot / guangfeng / align_substructure.ccoptions / option_macros.hh
pilot / guangfeng / align_substructure.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / guangfeng / align_substructure.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / guangfeng / align_substructure.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / guangfeng / align_substructure.ccTracer.hh
pilot / guangfeng / cryst_hbonds.ccoptions / option_macros.hh
pilot / guangfeng / cryst_hbonds.ccTracer.hh
pilot / guangfeng / ligand_docking_hbonds.ccoptions / option_macros.hh
pilot / guangfeng / ligand_docking_hbonds.ccTracer.hh
pilot / guangfeng / torsion_types.ccoptions / option.hh
pilot / guangfeng / torsion_types.ccoptions / option_macros.hh
pilot / guangfeng / torsion_types.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / guangfeng / torsion_types.ccTracer.hh
pilot / guffysl / heme_binding.ccTracer.hh
pilot / guffysl / heme_binding.ccoptions / option.hh
pilot / guffysl / heme_binding.ccdatabase / open.hh
pilot / guffysl / heme_replace.ccoptions / option.hh
pilot / guffysl / heme_replace.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / guffysl / heme_replace.ccTracer.hh
pilot / habib / david_align_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_align_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_align_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_align_and_recompute_score_and_rmsd.ccTracer.hh
pilot / habib / david_align_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_align_append_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_align_append_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_align_append_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_align_append_and_recompute_score_and_rmsd.ccTracer.hh
pilot / habib / david_align_append_and_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_darc_multirun.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_darc_multirun.ccTracer.hh
pilot / habib / david_darc_multirun.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_darc_multirun.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_darc_multirun.ccoptions / after_opts.hh
pilot / habib / david_extract_dinucleotide_musashi_reference.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_extract_dinucleotide_musashi_reference.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_extract_dinucleotide_musashi_reference.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_extract_dinucleotide_musashi_reference.ccTracer.hh
pilot / habib / david_extract_domain.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_extract_domain.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_extract_domain.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_extract_domain.ccTracer.hh
pilot / habib / david_extract_domain.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_fill_gaps.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_fill_gaps.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_fill_gaps.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_fill_gaps.ccTracer.hh
pilot / habib / david_find_best_contact_pocket.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_best_contact_pocket.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_find_best_contact_pocket.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_find_best_contact_pocket.ccTracer.hh
pilot / habib / david_find_best_contact_pocket.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_best_pocket.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_best_pocket.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_best_pocket.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_find_complex_contacts.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_complex_contacts.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_find_complex_contacts.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_find_complex_contacts.ccTracer.hh
pilot / habib / david_find_complex_contacts.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_contacts.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_contacts.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_find_contacts.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_find_contacts.ccTracer.hh
pilot / habib / david_find_contacts.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_exemplar.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_exemplar.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_find_exemplar.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_exemplar.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_exemplar.ccTracer.hh
pilot / habib / david_find_pocket_exemplar.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_find_pocket_exemplar.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_pocket_exemplar.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_pocket_stabilizing_mutations.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_find_pocket_stabilizing_mutations.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_pocket_stabilizing_mutations.ccTracer.hh
pilot / habib / david_find_pocket_stabilizing_mutations.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_find_surface_residues.ccMetricValue.hh
pilot / habib / david_find_surface_residues.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_find_surface_residues.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_find_surface_residues.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_find_surface_residues.ccTracer.hh
pilot / habib / david_find_surface_residues.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_open_pocket.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_open_pocket.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_open_pocket.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_open_pocket.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_pocket2PDB.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_pocket2PDB.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_pocket2PDB.ccTracer.hh
pilot / habib / david_pocket2PDB.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_pocket_align_and_save.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_pocket_align_and_save.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_pocket_align_and_save.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_pocket_align_and_save.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_pocket_align_and_save.ccTracer.hh
pilot / habib / david_pocket_align_and_save.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_pocket_compare.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_pocket_compare.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_pocket_compare.ccTracer.hh
pilot / habib / david_pocket_compare.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / habib / david_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / habib / david_recompute_score_and_rmsd.ccTracer.hh
pilot / habib / david_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_rotation_experiment.ccoptions / util.hh
pilot / habib / david_rotation_experiment.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_rotation_experiment.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
pilot / habib / david_rotation_experiment.ccoptions / option_macros.hh
pilot / smlewis / hect / HECT.hhoptions / option.hh
pilot / smlewis / hect / HECT.hhTracer.hh
pilot / smlewis / hect / HECT.hhoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / hect / HECT.hhoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / hect / HECT.hhoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / hect / HECT_all.ccprof.hh
pilot / smlewis / hect / HECT_ubq.ccprof.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.ccTracer.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.ccoptions / keys / helical_bundle_predict.OptionKeys.gen.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.ccoptions / option.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / helical_bundle / helical_bundle_predict.cccitation_manager / UnpublishedModuleInfo.hh
pilot / hpark / collect_rotamer_contacts.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / collect_rotamer_contacts.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / collect_rotamer_contacts.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / collect_rotamer_contacts.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / decompose_GDT.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / decompose_GDT.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / decompose_GDT.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / decompose_GDT.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / decompose_GDT.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / hpark / min_test.ccbasic.hh
pilot / hpark / min_test.ccdatabase / open.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test.ccoptions / keys / cryst.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test.ccTracer.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / after_opts.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccbasic.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccdatabase / open.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccoptions / keys / cryst.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / min_test_hpark.ccTracer.hh
pilot / hpark / mpi_refinement.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / mpi_refinement.ccoptions / keys / wum.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / mpi_refinement.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / mpi_refinement.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / NMcorrelation.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / NMcorrelation.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / NMcorrelation.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / NMsearch.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / NMsearch.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / NMsearch.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / NMsearch.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / NMsearch.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / NMsearch.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rama_energy.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / rama_energy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rama_energy.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / refit_rotamer_prob.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / refit_rotamer_prob.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / refit_rotamer_prob.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / refit_rotamer_prob.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rescore_mutscan.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / rescore_mutscan.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / rescore_mutscan.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rescore_mutscan.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rotamer_clash.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / rotamer_clash.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / rotamer_clash.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rotamer_clash.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rotamer_energy.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / rotamer_energy.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / rotamer_energy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / rotamer_energy.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / sampling_utils.hhoptions / option.hh
pilot / hpark / sampling_utils.hhoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / switch_fa.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / switch_fa.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / switch_fa.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / switch_fa.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccTracer.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.ccprof.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccTracer.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_bbmc.org.ccprof.hh
pilot / hpark / test_LH.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / test_LH.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / test_LH.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_LH.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_LH.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_LH.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_mm.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / test_mm.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / test_mm.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_mm.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_sampling.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / test_sampling.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / test_sampling.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_sampling.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_sampling.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / test_sampling.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / testMD.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / testMD.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / testMD.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / testMD.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / testMD.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / testNM.ccoptions / option.hh
pilot / hpark / testNM.ccoptions / option_macros.hh
pilot / hpark / testNM.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / testNM.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / hpark / testNM.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / hydrate / hydrate.ccTracer.hh
pilot / ian / cluster_ligand_poses.ccoptions / option.hh
pilot / ian / cluster_ligand_poses.ccTracer.hh
pilot / ian / cluster_ligand_poses.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / cluster_ligand_poses.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / ligand_evis.ccoptions / option.hh
pilot / ian / ligand_evis.ccprof.hh
pilot / ian / ligand_evis.ccTracer.hh
pilot / ian / ligand_evis.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / ligand_evis.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / ligand_evis.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / ligand_evis.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / ligdock_confidence.ccoptions / option.hh
pilot / ian / ligdock_confidence.ccTracer.hh
pilot / ian / ligdock_confidence.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / redo_rms_atomtree_diffs.ccoptions / option.hh
pilot / ian / redo_rms_atomtree_diffs.ccTracer.hh
pilot / ian / redo_rms_atomtree_diffs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / redo_rms_atomtree_diffs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / select_best_unique_ligand_poses_jd1.ccoptions / option.hh
pilot / ian / select_best_unique_ligand_poses_jd1.ccTracer.hh
pilot / ian / select_best_unique_ligand_poses_jd1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / select_best_unique_ligand_poses_jd1.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / ian / select_best_unique_ligand_poses_jd1.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / ideas / original_app.ccTracer.hh
pilot / kale / kic_refactor / ideas / original_app.ccoptions / option.hh
pilot / kale / kic_refactor / ideas / original_app.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / kic_refactor / ideas / original_app.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / ideas / original_app.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / ideas / original_app.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / ideas / original_app.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / internal / generate_database_cache.ccTracer.hh
public / internal / generate_database_cache.ccoptions / option.hh
public / internal / generate_database_cache.ccoptions / keys / mistakes.OptionKeys.gen.hh
public / internal / generate_database_cache.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / internal / validate_database.ccTracer.hh
public / internal / validate_database.ccoptions / option.hh
public / internal / validate_database.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / internal / validate_database.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jackmaguire / benchmark_k_medoids.ccTracer.hh
pilot / jackmaguire / benchmark_k_medoids.ccoptions / option.hh
pilot / jackmaguire / benchmark_k_medoids.ccoptions / keys / jd3.OptionKeys.gen.hh
pilot / jackmaguire / measure_sequence_similarity_to_native.ccTracer.hh
pilot / jackmaguire / measure_sequence_similarity_to_native.ccoptions / option.hh
pilot / jackmaguire / measure_sequence_similarity_to_native.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jackmaguire / measure_sequence_similarity_to_native.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jackmaguire / tensorflow_manager_multi_input_test.ccTracer.hh
pilot / jackmaguire / tensorflow_manager_multirun_test.ccTracer.hh
pilot / jackmaguire / tensorflow_manager_test1.ccTracer.hh
pilot / jackmaguire / tensorflow_test2.ccTracer.hh
pilot / jackmaguire / test_rosetta_thread_manager_preallocation.ccTracer.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / option.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccoptions / util.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccTracer.hh
pilot / jacob / cxdesign.ccdatabase / open.hh
pilot / jacob / cxdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdock.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / jacob / cxdock.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jacob / cxdock.ccTracer.hh
pilot / jacob / cxdock.ccdatabase / open.hh
pilot / jadolfbr / AddFrameworkProfilesOperation.ccTracer.hh
pilot / jadolfbr / AddFrameworkProfilesOperation.ccoptions / option.hh
pilot / jadolfbr / AddFrameworkProfilesOperation.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / jadolfbr / AddFrameworkProfilesOperation.ccoptions / keys / antibody.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / AntibodyDesignMoverGenerator.ccoptions / option.hh
pilot / jadolfbr / AntibodyDesignMoverGenerator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / jadolfbr / AntibodyDesignMoverGenerator.ccoptions / keys / antibody.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / AntibodyDesignMoverGenerator.ccTracer.hh
pilot / jadolfbr / AntibodyInfoRMLoader.hhresource_manager / ResourceLoader.hh
pilot / jadolfbr / AntibodyInfoRMLoader.hhresource_manager / types.hh
pilot / jadolfbr / AntibodyInfoRMLoaderCreator.hhresource_manager / ResourceLoaderCreator.hh
pilot / jadolfbr / model_antibody_basic.ccoptions / util.hh
pilot / jadolfbr / model_antibody_basic.ccoptions / option.hh
pilot / jadolfbr / model_antibody_basic.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jadolfbr / model_antibody_basic.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / jadolfbr / model_antibody_basic.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / model_antibody_basic.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / test_neighborhood_selector.ccTracer.hh
pilot / jadolfbr / test_neighborhood_selector.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / test_neighborhood_selector.ccoptions / option.hh
pilot / jadolfbr / test_neighborhood_selector.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / jadolfbr / test_neighborhood_selector.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jadolfbr / test_symmetry.ccTracer.hh
pilot / jadolfbr / test_symmetry.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / test_symmetry.ccoptions / option.hh
pilot / jadolfbr / test_symmetry.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / jadolfbr / test_symmetry.ccoptions / option_macros.hh
pilot / james / add_ligand.ccTracer.hh
pilot / james / add_ligand.ccoptions / util.hh
pilot / james / add_ligand.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / add_ligand.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / analyze_casp9.ccoptions / option.hh
pilot / james / analyze_casp9.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / angle_recovery_stats.ccoptions / option.hh
pilot / james / angle_recovery_stats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / angles.ccoptions / option.hh
pilot / james / angles.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / anneal_align.ccTracer.hh
pilot / james / assemble_domains_jd2.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / assemble_domains_jd2.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / assemble_domains_jd2.ccoptions / option.hh
pilot / james / basic_thread.ccTracer.hh
pilot / james / basic_thread.ccoptions / option.hh
pilot / james / basic_thread.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / basic_thread.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / basic_thread.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / build_template.ccoptions / option.hh
pilot / james / build_template.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / build_template.ccbasic.hh
pilot / james / build_template.ccTracer.hh
pilot / james / build_template.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / build_template.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / burial.ccdatabase / open.hh
pilot / james / burial.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / james / ca_build.ccprof.hh
pilot / james / ca_build.ccTracer.hh
pilot / james / ca_build.ccoptions / option.hh
pilot / james / ca_build.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / ca_build.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / ca_build.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / casp9_superdev.ccoptions / option.hh
pilot / james / casp9_superdev.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / casp9_superdev.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / compare_features.ccprof.hh
pilot / james / compare_features.ccoptions / option.hh
pilot / james / compare_features.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / constraints_matrix.ccoptions / option.hh
pilot / james / constraints_matrix.ccTracer.hh
pilot / james / constraints_matrix.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / constraints_viewer.ccoptions / option.hh
pilot / james / constraints_viewer.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / constraints_viewer.ccbasic.hh
pilot / james / constraints_viewer.ccTracer.hh
pilot / james / constraints_viewer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / constraints_viewer.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / constraints_viewer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / copy_hack.ccoptions / option.hh
pilot / james / copy_hack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cs_align.ccTracer.hh
pilot / james / cs_align.ccoptions / option.hh
pilot / james / cs_align.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cs_align.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cs_align.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cs_align.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cst_func.ccoptions / option.hh
pilot / james / cst_func.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / cst_func.ccbasic.hh
pilot / james / cst_func.ccTracer.hh
pilot / james / cst_func.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cst_func.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cst_quality.ccoptions / option.hh
pilot / james / cst_quality.ccTracer.hh
pilot / james / cst_quality.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / cst_quality.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / density_grid.ccoptions / option.hh
pilot / james / density_grid.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / density_grid.ccdatabase / open.hh
pilot / james / density_grid.ccprof.hh
pilot / james / density_grid.ccTracer.hh
pilot / james / density_grid.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / density_grid.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / density_grid.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / design_profile.ccoptions / option.hh
pilot / james / design_profile.ccoptions / util.hh
pilot / james / design_profile.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / distances.ccoptions / option.hh
pilot / james / distances.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / distances.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / dp_align.ccTracer.hh
pilot / james / dp_align.ccoptions / option.hh
pilot / james / dp_align.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / exhaustive_align.ccoptions / option.hh
pilot / james / exhaustive_align.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / exhaustive_align.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / exhaustive_align.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / fast_cm.ccoptions / option.hh
pilot / james / fast_cm.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / fast_cm.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / fast_cm.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / filter_sequences.ccprof.hh
pilot / james / filter_sequences.ccTracer.hh
pilot / james / filter_sequences.ccoptions / option.hh
pilot / james / filter_sequences.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / homolog_cst.hhoptions / option.hh
pilot / james / homolog_cst.hhoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / hybrid.ccTracer.hh
pilot / james / hybrid.ccoptions / option.hh
pilot / james / hybrid.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / hybrid.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / hybrid.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / james_util.hhdatabase / open.hh
pilot / james / jcluster.ccoptions / option.hh
pilot / james / jcluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jdock.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jdock.ccoptions / option.hh
pilot / james / jidealize.ccoptions / option.hh
pilot / james / jidealize.ccoptions / option_macros.hh
pilot / james / jrelax.ccoptions / option.hh
pilot / james / jrelax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jrelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jrelax.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jscore.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jscore.ccoptions / option.hh
pilot / james / jseq.ccoptions / option.hh
pilot / james / jseq.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / jseq.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / kdtree_disulf.ccoptions / option.hh
pilot / james / kdtree_disulf.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / kdtree_disulf.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / kdtree_disulf.ccdatabase / open.hh
pilot / james / make_artificial_centroids.ccprof.hh
pilot / james / make_artificial_centroids.ccoptions / option.hh
pilot / james / make_artificial_centroids.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / make_profile.ccprof.hh
pilot / james / make_profile.ccTracer.hh
pilot / james / make_profile.ccoptions / option.hh
pilot / james / make_profile.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / make_profile.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccoptions / option.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccTracer.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccMetricValue.fwd.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccTracer.fwd.hh
pilot / james / mammoth_hack.ccdatacache / BasicDataCache.fwd.hh
pilot / james / medal_test.ccoptions / option.hh
pilot / james / medal_test.ccoptions / util.hh
pilot / james / medal_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / medal_test.ccbasic.hh
pilot / james / medal_test.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / medal_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / min_cst.ccoptions / option.hh
pilot / james / min_cst.ccoptions / util.hh
pilot / james / min_cst.ccoptions / after_opts.hh
pilot / james / min_cst.ccbasic.hh
pilot / james / min_cst.ccTracer.hh
pilot / james / min_cst.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / min_cst.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / model_quality.ccoptions / option.hh
pilot / james / model_quality.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / model_quality.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / model_quality.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / model_quality.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / model_quality.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / james / model_quality.ccMetricValue.fwd.hh
pilot / james / model_quality.ccTracer.fwd.hh
pilot / james / model_quality.ccdatacache / BasicDataCache.fwd.hh
pilot / james / per_residue_features.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / james / phi_hack.ccoptions / option.hh
pilot / james / phi_hack.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / phi_hack.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / phi_hack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / pick_frags.ccprof.hh
pilot / james / pick_frags.ccTracer.hh
pilot / james / pick_frags.ccoptions / option.hh
pilot / james / pick_frags.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / pick_frags.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / pick_frags.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / pick_frags.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / prof_search.ccTracer.hh
pilot / james / prof_search.ccoptions / option.hh
pilot / james / prof_search.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / prof_search.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / prof_search.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / remap_aln.ccoptions / option.hh
pilot / james / remap_aln.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / remap_aln.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / remap_aln.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / remap_aln.ccTracer.fwd.hh
pilot / james / sc_interaction.ccoptions / option.hh
pilot / james / sc_interaction.ccoptions / util.hh
pilot / james / sc_interaction.ccbasic.hh
pilot / james / sc_interaction.ccTracer.hh
pilot / james / sc_interaction.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / sc_interaction.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / score_silent_cst.ccoptions / option.hh
pilot / james / score_silent_cst.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / score_silent_cst.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / seqdb_stats.ccprof.hh
pilot / james / seqdb_stats.ccTracer.hh
pilot / james / seqdb_stats.ccoptions / option.hh
pilot / james / seqdb_stats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / silent_cst_quality.ccoptions / option.hh
pilot / james / silent_cst_quality.ccTracer.hh
pilot / james / silent_cst_quality.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / silent_cst_quality.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / simple_cm.ccprof.hh
pilot / james / simple_cm.ccTracer.hh
pilot / james / simple_cm.ccoptions / option.hh
pilot / james / simple_cm.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / simple_cm.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / simple_cm.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / sparta_superdev.ccoptions / option.hh
pilot / james / sparta_superdev.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / sparta_superdev.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / sparta_superdev.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / super.ccoptions / option.hh
pilot / james / super.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / superdev.ccoptions / option.hh
pilot / james / superdev.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / superdev.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / thread_fast.ccTracer.hh
pilot / james / thread_fast.ccoptions / option.hh
pilot / james / thread_fast.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / thread_fast.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / james / thread_fast.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / detect_symmetry.ccdatabase / open.hh
pilot / javierbq / detect_symmetry.ccoptions / option_macros.hh
pilot / javierbq / detect_symmetry.ccTracer.hh
pilot / javierbq / detect_symmetry.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / detect_symmetry.ccoptions / option.hh
pilot / javierbq / detect_symmetry.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / javierbq / detect_symmetry.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / domains.ccTracer.hh
pilot / javierbq / domains.ccoptions / option.hh
pilot / javierbq / domains.ccoptions / option_macros.hh
pilot / javierbq / domains.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / javierbq / domains.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / option_macros.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccTracer.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / option.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / fragment_based_design.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / fragment_sequence_quality.ccTracer.hh
pilot / javierbq / fragment_sequence_quality.ccoptions / option.hh
pilot / javierbq / fragment_sequence_quality.ccoptions / option_macros.hh
pilot / javierbq / fragment_sequence_quality.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / fragment_sequence_quality.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccdatabase / open.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccoptions / option_macros.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccTracer.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccoptions / option.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / swap_elements.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / javierbq / test_serialize.ccTracer.hh
pilot / javierbq / test_serialize.ccoptions / option.hh
pilot / javierbq / test_serialize.ccoptions / option_macros.hh
pilot / javierbq / test_serialize.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / javierbq / test_serialize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hbond_connect.ccoptions / util.hh
pilot / jcorn / hbond_connect.ccTracer.hh
pilot / jcorn / hh_test.ccoptions / option.hh
pilot / jcorn / hh_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / jcorn / hh_test.ccoptions / util.hh
pilot / jcorn / hh_test.ccTracer.hh
pilot / jcorn / hh_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / option.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / util.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccTracer.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / hotspot.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hotspot_hash.ccoptions / keys / chemical.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccoptions / option.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccoptions / util.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccTracer.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccoptions / keys / hotspot.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / hshash_utils.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / jcorn / TwoChainInterface.ccTracer.hh
pilot / jcorn / TwoChainTenANeighbors.ccTracer.hh
pilot / jd2 / jd2memtest.ccTracer.hh
pilot / jd2 / jd2test.ccoptions / option.hh
pilot / jd2 / jd2test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jd2 / jd2test.ccTracer.hh
pilot / jd2 / jd2test.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / jeliazkov / calc_cdr_rmsd.ccTracer.hh
pilot / jeliazkov / calc_cdr_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / jeliazkov / calc_cdr_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccTracer.hh
pilot / jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccoptions / option.hh
pilot / jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccoptions / option_macros.hh
pilot / jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jianqing / Ncaa_Crosslink.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / jianqing / Ncaa_Crosslink.ccoptions / option.hh
pilot / jim / optE_test.ccoptions / util.hh
pilot / jim / optE_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jim / rotamerize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jim / rotamerize.ccoptions / option.hh
pilot / jim / rotamerize.ccoptions / util.hh
pilot / jim / use_asn_motifs.ccoptions / util.hh
pilot / jim / use_asn_motifs.ccbasic.hh
pilot / jim / use_asn_motifs.ccdatabase / open.hh
pilot / jjgray / antibody_metrics.ccoptions / option.hh
pilot / jjgray / antibody_metrics.ccTracer.hh
pilot / jjgray / antibody_metrics.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / add_membrane.ccTracer.hh
pilot / jkleman / input_from_cmd.ccTracer.hh
pilot / jkleman / input_from_cmd.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / input_from_cmd.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / interface_statistics.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / interface_statistics.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / interface_statistics.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / interface_statistics.ccoptions / keys / intf.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / interface_statistics.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mp_find_interface.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mp_find_interface_test.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mp_find_interface_test.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mp_find_interface_test.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mp_parameters.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mp_parameters.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / mp_parameters.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mp_qrtest.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mp_qrtest.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / mp_qrtest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mp_qrtest.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mp_qrtest.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mp_quick_relax.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mp_relax_partners_separately.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mpdocking.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mpdocking_setup.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mpfolding.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / mpfolding.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mpfolding.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mpframework_test.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mpframework_test.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mpframework_test1.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / mpframework_test1.ccTracer.hh
pilot / jkleman / mpframework_test2.ccTracer.hh
pilot / jkleman / per_residue_sc_sasa.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / per_residue_sc_sasa.ccTracer.hh
pilot / jkleman / per_residue_sc_sasa.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / range_relax.ccTracer.hh
pilot / jkleman / simple_rotamer_recovery.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / simple_rotamer_recovery.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / simple_rotamer_recovery.ccTracer.hh
pilot / jkleman / spanfile_from_pdb.ccoptions / option.hh
pilot / jkleman / spanfile_from_pdb.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / spanfile_from_pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jkleman / spanfile_from_pdb.ccTracer.hh
pilot / jkleman / transform_into_membrane.ccTracer.hh
pilot / johnk / chet_report_rmsd.ccTracer.hh
pilot / johnk / chet_report_rmsd.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / chet_report_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / chet_report_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / chet_report_rmsd.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / chet_report_rmsd.ccoptions / after_opts.hh
pilot / johnk / chet_trp_to_gly.ccTracer.hh
pilot / johnk / chet_trp_to_gly.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / chet_trp_to_gly.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / chet_trp_to_gly.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / chet_trp_to_gly.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / chet_trp_to_gly.ccoptions / after_opts.hh
pilot / johnk / constellation_list.ccTracer.hh
pilot / johnk / constellation_list.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / constellation_list.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / constellation_list.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / constellation_list.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / constellation_list.ccoptions / after_opts.hh
pilot / johnk / david_check_pocket.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / david_check_pocket.ccoptions / after_opts.hh
pilot / johnk / david_check_pocket.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / david_check_pocket.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / david_open_pocket.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / david_open_pocket.ccoptions / after_opts.hh
pilot / johnk / david_open_pocket.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / david_open_pocket.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / hotspot_test.ccMetricValue.hh
pilot / johnk / johnk_docking_protocol.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / johnk_docking_protocol.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / after_opts.hh
pilot / johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccTracer.hh
pilot / johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / johnk_gapless_threading.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / johnk_gapless_threading.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / johnk_gapless_threading.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / johnk_gapless_threading.ccTracer.hh
pilot / johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccTracer.hh
pilot / johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / after_opts.hh
pilot / johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccTracer.hh
pilot / johnk / johnk_parametrize_geometric_solvation.ccTracer.hh
pilot / johnk / johnk_parametrize_geometric_solvation.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / johnk_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / johnk_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / johnk_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / johnk_recompute_score_and_rmsd.ccTracer.hh
pilot / johnk / justin_identify_holes.ccdatabase / open.hh
pilot / johnk / justin_identify_holes.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / justin_identify_holes.ccTracer.hh
pilot / johnk / justin_identify_holes.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / johnk / justin_local_backrub.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / justin_local_backrub.ccTracer.hh
pilot / johnk / justin_local_backrub.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / justin_local_backrub.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / metrics_test.ccMetricValue.hh
pilot / johnk / metrics_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / nadeem_compensatory_mutation.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / nadeem_compensatory_mutation.ccTracer.hh
pilot / johnk / nadeem_find_destabilizing_mutation.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / nadeem_find_destabilizing_mutation.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / nadeem_find_destabilizing_mutation.ccTracer.hh
pilot / johnk / old_test_geosol_minimization.ccTracer.hh
pilot / johnk / old_test_geosol_minimization.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / old_test_geosol_minimization.ccoptions / option.hh
pilot / johnk / old_test_geosol_minimization.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / phosphoArg_build_rotamers.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / phosphoArg_build_rotamers.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / phosphoArg_build_rotamers.ccTracer.hh
pilot / johnk / phosphoArg_minimize.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / phosphoArg_minimize.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / phosphoArg_minimize.ccTracer.hh
pilot / johnk / ragul_backbone_diversity.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / ragul_backbone_diversity.ccTracer.hh
pilot / johnk / ragul_backbone_diversity.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / ragul_backbone_diversity.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / srirupa_phosphoArg_build_rotamers.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / srirupa_phosphoArg_build_rotamers.ccoptions / option_macros.hh
pilot / johnk / srirupa_phosphoArg_build_rotamers.ccTracer.hh
pilot / johnk / srirupa_two_loops.ccoptions / util.hh
pilot / johnk / srirupa_two_loops.ccTracer.hh
pilot / johnk / srirupa_two_loops.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / johnk / srirupa_two_loops.ccoptions / option_macros.hh
pilot / josh / motif_loop_build.ccoptions / util.hh
pilot / josh / motif_loop_build.ccoptions / option.hh
pilot / josh / motif_loop_build.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jrporter / inject_hash.ccTracer.hh
pilot / jrporter / inject_hash.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / jrporter / inject_hash.ccdatacache / WriteableCacheableMap.hh
pilot / jrporter / inject_hash.ccdatacache / WriteableCacheableData.hh
pilot / jrporter / topo_driver.ccTracer.hh
pilot / jstev / collect_features.ccoptions / util.hh
pilot / jstev / collect_features.ccMetricValue.hh
pilot / jtseffer / SID_rescore.ccoptions / option.hh
pilot / jtseffer / SID_rescore.ccTracer.hh
pilot / jtseffer / SID_rescore.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jtseffer / SID_rescore.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kbarlow / ShapeScoring.ccTracer.hh
pilot / kbarlow / ShapeScoring.ccoptions / option.hh
pilot / kbarlow / ShapeScoring.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kdrew / cmaes_minimizer_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kdrew / cmaes_minimizer_test.ccoptions / option.hh
pilot / kdrew / cmaes_minimizer_test.ccTracer.hh
pilot / kdrew / cmaes_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kdrew / cmaes_test.ccoptions / option.hh
pilot / kdrew / cmaes_test.ccTracer.hh
pilot / kdrew / inverse_rotlib_dump.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / kdrew / inverse_rotlib_dump.ccoptions / util.hh
pilot / kdrew / inverse_rotlib_dump.ccoptions / option.hh
pilot / kdrew / inverse_rotlib_dump.ccTracer.hh
pilot / kdrew / ld_converter.ccoptions / util.hh
pilot / kdrew / ld_converter.ccoptions / option.hh
pilot / kdrew / ld_converter.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / kdrew / ld_converter.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / kdrew / ld_converter.ccTracer.hh
pilot / kdrew / oop_creator.ccoptions / util.hh
pilot / kdrew / oop_creator.ccoptions / option.hh
pilot / kdrew / oop_creator.ccTracer.hh
pilot / kdrew / oop_creator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / kdrew / oop_dock_design.ccoptions / util.hh
pilot / kdrew / oop_dock_design.ccoptions / option.hh
pilot / kdrew / oop_dock_design.ccTracer.hh
pilot / kdrew / oop_dock_design.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / kdrew / scaffold_matcher.ccMetricValue.hh
pilot / kdrew / scaffold_matcher.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / kdrew / scaffold_matcher.ccoptions / util.hh
pilot / kdrew / scaffold_matcher.ccoptions / option.hh
pilot / kdrew / scaffold_matcher.ccTracer.hh
pilot / kenjung / elscripts.ccoptions / option.hh
pilot / kenjung / elscripts.ccTracer.hh
pilot / kenjung / FastGap.ccTracer.hh
pilot / kenjung / FastGap.ccoptions / option.hh
pilot / kenjung / FastGap.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kenjung / fragpdb.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / kenjung / fragpdb.ccoptions / option.hh
pilot / kenjung / fragpdb.ccTracer.hh
pilot / kenjung / loophash_createfiltereddb.ccoptions / option.hh
pilot / kenjung / loophash_createfiltereddb.ccTracer.hh
pilot / kenjung / loophash_createfiltereddb.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / kenjung / lua_test.ccoptions / option.hh
pilot / kenjung / lua_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kenjung / lua_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / kenjung / lua_test.ccTracer.hh
pilot / kenjung / pose_serialize_test.ccoptions / option.hh
pilot / kenjung / pose_serialize_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kenjung / pose_serialize_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / kenjung / pose_serialize_test.ccTracer.hh
pilot / kenjung / sixdtreeTEST.ccTracer.hh
pilot / kenjung / symfragrm.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / kenjung / symfragrm.ccoptions / option.hh
pilot / kenjung / symfragrm.ccTracer.hh
pilot / kevin / buns.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / buns.ccTracer.hh
pilot / kevin / buns.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / bur_nodon_tyr.ccTracer.hh
pilot / kevin / bur_nodon_tyr.ccMetricValue.hh
pilot / kevin / bur_nodon_tyr.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / BuriedUnsatPolarsFinder2.ccMetricValue.hh
pilot / kevin / BuriedUnsatPolarsFinder2.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / BuriedUnsatPolarsFinder2.ccTracer.hh
pilot / kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccoptions / keys / bunsat_calc2.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccMetricValue.hh
pilot / kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccTracer.hh
pilot / kevin / hydrate.ccTracer.hh
pilot / kevin / hydrate.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / hydrate.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / hydrate.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / khSandbox.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / khSandbox.ccTracer.hh
pilot / kevin / khSandbox2.ccMetricValue.hh
pilot / kevin / khSandbox2.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / khSandbox2.ccTracer.hh
pilot / kevin / khSandbox2.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / khXtal_water_bunsat.ccMetricValue.hh
pilot / kevin / khXtal_water_bunsat.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / khXtal_water_bunsat.ccTracer.hh
pilot / kevin / khXtal_water_bunsat.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / read_l_print_pdbinfo.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / read_l_print_pdbinfo.ccTracer.hh
pilot / kevin / read_l_print_pdbinfo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / sasa_buns.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / sasa_buns.ccTracer.hh
pilot / kevin / sasa_buns.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / template.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / template.ccTracer.hh
pilot / kevin / vsasa_pdbcode_res.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / vsasa_pdbcode_res.ccTracer.hh
pilot / kevin / vsasa_pdbcode_res.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / wat_distances.ccoptions / option.hh
pilot / kevin / wat_distances.ccTracer.hh
pilot / kevin / wat_distances.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kevin / wat_distances.ccMetricValue.hh
pilot / kale / kic_refactor / KicSandbox.hhoptions / option.hh
pilot / kale / kic_refactor / KicSandbox.hhoptions / option_macros.hh
pilot / kkappel / analyze_docked_RNA_motifs.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / analyze_docked_RNA_motifs.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kkappel / analyze_docked_RNA_motifs.ccTracer.hh
pilot / kkappel / analyze_docked_RNA_motifs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / analyze_docked_RNA_motifs.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / calculate_distances.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / calculate_distances.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / calculate_distances.ccTracer.hh
pilot / kkappel / calculate_distances.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kkappel / check_frag_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / check_frag_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kkappel / check_frag_rmsd.ccdatabase / open.hh
pilot / kkappel / check_frag_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / check_frag_rmsd.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / check_frag_rmsd.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / check_rnp_coarse.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / check_rnp_coarse.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / check_rnp_coarse.ccTracer.hh
pilot / kkappel / get_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / get_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kkappel / get_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / get_rmsd.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / get_rmsd.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / move_jump.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / move_jump.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / move_jump.ccTracer.hh
pilot / kkappel / move_jump.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / move_jump.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / move_jump.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kkappel / score_rnp.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / score_rnp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / score_rnp.ccTracer.hh
pilot / kkappel / score_rnp.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / score_rnp_lowres.ccTracer.hh
pilot / kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kkappel / setup_coord_csts.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / setup_coord_csts.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kkappel / setup_coord_csts.ccTracer.hh
pilot / kkappel / test_rna_protein.ccoptions / option.hh
pilot / kkappel / test_rna_protein.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / ab_binding.ccoptions / option.hh
pilot / krishna / ab_binding.ccTracer.hh
pilot / krishna / ab_binding.ccoptions / keys / pH.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / ab_binding.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / ab_binding.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / ab_binding.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / antibody_test.ccoptions / option.hh
pilot / krishna / antibody_test.ccTracer.hh
pilot / krishna / antibody_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / mtransferase.ccoptions / option.hh
pilot / krishna / mtransferase.ccTracer.hh
pilot / krishna / mtransferase.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / pH_docking.ccoptions / option.hh
pilot / krishna / pH_docking.ccTracer.hh
pilot / krishna / pH_docking.ccoptions / keys / pH.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / pH_docking.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / pH_docking.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / pH_docking.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / pH_neighbor_pack.ccTracer.hh
pilot / krishna / pH_neighbor_pack.ccoptions / option.hh
pilot / krishna / pH_neighbor_pack.ccoptions / keys / pH.OptionKeys.gen.hh
pilot / krishna / pH_neighbor_pack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kuichan / design_disulfide.ccoptions / util.hh
pilot / kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kuichan / design_disulfide.ccoptions / option.hh
pilot / kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / kuichan / design_disulfide.ccTracer.hh
pilot / labonte / glycomutagenesis.ccoptions / option.hh
pilot / labonte / glycomutagenesis.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / add_delete_monte_carlo.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / rhiju / legacy / add_delete_monte_carlo.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / add_delete_monte_carlo.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / legacy / add_delete_monte_carlo.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / add_delete_monte_carlo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / add_delete_monte_carlo.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rhiju / legacy / add_delete_monte_carlo.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / legacy / turner_rules_test.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / legacy / turner_rules_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / rhiju / legacy / turner_rules_test.ccoptions / util.hh
pilot / rhiju / legacy / turner_rules_test.ccoptions / option_macros.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / option.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / option_macros.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccTracer.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_protein_main.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / option.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccoptions / option_macros.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_main.ccTracer.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_util.ccoptions / option.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_util.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_util.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_util.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_util.ccoptions / option_macros.hh
public / stepwise / legacy / swa_rna_util.ccTracer.hh
public / recces / legacy / recces_turner.ccoptions / option.hh
public / recces / legacy / recces_turner.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / recces / legacy / recces_turner.ccoptions / keys / recces.OptionKeys.gen.hh
public / recces / legacy / recces_turner.ccTracer.hh
public / recces / legacy / thermal_sampler.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / recces / legacy / thermal_sampler.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / recces / legacy / thermal_sampler.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / recces / legacy / thermal_sampler.ccoptions / keys / recces.OptionKeys.gen.hh
public / recces / legacy / thermal_sampler.ccoptions / option.hh
public / legacy_sewing / sewing_hasher.ccoptions / option.hh
public / legacy_sewing / sewing_hasher.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / legacy_sewing / sewing_hasher.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
public / legacy_sewing / sewing_hasher.ccoptions / keys / legacy_sewing.OptionKeys.gen.hh
public / legacy_sewing / sewing_hasher.ccTracer.hh
pilot / leif / mutate_relax.ccoptions / option.hh
pilot / leif / mutate_relax.ccoptions / after_opts.hh
pilot / leif / mutate_relax.ccTracer.hh
pilot / leif / mutate_relax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / leif / mutate_relax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / leif / mutate_relax.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / leif / mutate_relax.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / deepMove.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / deepMove.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / ligand_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / ligand_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / ligand_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / ligand_design.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / ligand_design.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / ligand_design.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / pack.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / pack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / protonatePack.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / protonatePack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / randomMove.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / randomMove.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / readAndWrite.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / readAndWrite.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / rmsd_calculator.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / rmsd_calculator.ccoptions / util.hh
pilot / lemmon / rmsd_calculator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / rmsd_calculator.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / lemmon / simpleScore.ccoptions / option.hh
pilot / lemmon / simpleScore.ccdatabase / open.hh
pilot / lemmon / simpleScore.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_design / revold.ccTracer.hh
public / ligand_docking / extract_atomtree_diffs.ccTracer.hh
public / ligand_docking / extract_atomtree_diffs.ccoptions / option.hh
public / ligand_docking / extract_atomtree_diffs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / extract_atomtree_diffs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / extract_atomtree_diffs.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / extract_atomtree_diffs.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccTracer.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccoptions / option.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_dock.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_rpkmin.ccoptions / option_macros.hh
public / ligand_docking / ligand_rpkmin.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_rpkmin.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_rpkmin.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / ligand_rpkmin.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / select_best_unique_ligand_poses.ccTracer.hh
public / ligand_docking / select_best_unique_ligand_poses.ccoptions / option.hh
public / ligand_docking / select_best_unique_ligand_poses.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / select_best_unique_ligand_poses.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / ligand_docking / select_best_unique_ligand_poses.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / backside_hbond_finder.ccoptions / option.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / backside_hbond_finder.ccTracer.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / generate_starting_zinc_sites.ccoptions / option.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / generate_starting_zinc_sites.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / generate_starting_zinc_sites.ccTracer.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / metal_site_finder.ccTracer.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / metal_site_finder.ccoptions / option.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / zinc_statistic_generator.ccoptions / option.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / zinc_statistic_generator.ccTracer.hh
public / sewing / ligand_sewing_tools / zinc_statistic_generator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / lin / SymmAbrelax.ccoptions / util.hh
pilot / lin / SymmAbrelax.ccoptions / option.hh
pilot / lin / SymmAbrelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lin / SymmAbrelax.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / lin / SymmAbrelax.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / lin / SymmSilentFile.ccoptions / util.hh
pilot / lin / SymmSilentFile.ccoptions / option.hh
pilot / lin / SymmSilentFile.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lin / SymmSilentFile.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccTracer.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccoptions / util.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycDsulf.ccbasic.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccTracer.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / util.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccbasic.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / option.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / lior / CycPepMain.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / liz / close_homolog_refinement.ccoptions / util.hh
pilot / liz / close_homolog_refinement.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / close_homolog_refinement.ccTracer.hh
pilot / liz / close_homolog_refinement.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / close_homolog_refinement.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / close_homolog_refinement.ccoptions / keys / casp.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / consolidate_clusters.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / liz / consolidate_clusters.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / liz / consolidate_clusters.ccdatacache / CacheableStringFloatMap.hh
pilot / liz / consolidate_clusters.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / consolidate_clusters.ccoptions / option.hh
pilot / liz / consolidate_clusters.ccoptions / option_macros.hh
pilot / liz / consolidate_clusters.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / create_hierarchy.ccoptions / option.hh
pilot / liz / create_hierarchy.ccoptions / option_macros.hh
pilot / liz / create_hierarchy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / create_hierarchy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / create_hierarchy.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / util.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccTracer.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / option.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccbasic.hh
pilot / liz / ensemble_generator.ccdatabase / open.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / util.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccTracer.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / option.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccbasic.hh
pilot / liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccdatabase / open.hh
pilot / liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / util.hh
pilot / liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / option.hh
pilot / liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / liz / ensemble_generator_using_mover.ccbasic.hh
pilot / liz / ensemble_generator_using_mover.ccTracer.hh
pilot / liz / ensemble_generator_using_mover.ccdatabase / open.hh
pilot / liz / minimize_with_constraints.ccoptions / option.hh
pilot / liz / minimize_with_constraints.ccoptions / util.hh
pilot / liz / minimize_with_constraints.ccTracer.hh
pilot / liz / minimize_with_constraints.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / minimize_with_constraints.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / util.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccTracer.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / option.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / minimize_with_cst.ccoptions / keys / casp.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / monomer_ddg.ccoptions / util.hh
pilot / liz / monomer_ddg.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / monomer_ddg.ccTracer.hh
pilot / liz / monomer_ddg.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / sasa.ccoptions / util.hh
pilot / liz / sasa.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / sasa.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / liz / sasa.ccTracer.hh
pilot / liz / sasa.ccoptions / option.hh
pilot / liz / sasa.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / sasa.ccbasic.hh
pilot / liz / sasa.ccdatabase / open.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / util.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / option_macros.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccdatabase / open.hh
pilot / liz / score_ddgs.ccTracer.hh
pilot / liz / test_scmcmover.ccprof.hh
pilot / liz / test_scmcmover.ccoptions / option.hh
pilot / liz / test_scmcmover.ccoptions / after_opts.hh
pilot / liz / test_scmcmover.ccoptions / option_macros.hh
pilot / liz / test_scmcmover.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / loop_modeling / loodo.ccTracer.hh
public / loop_modeling / loodo.ccoptions / option.hh
public / loop_modeling / loodo.ccoptions / keys / loodo.OptionKeys.gen.hh
public / loop_modeling / loodo.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / loop_modeling / loodo.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / loop_modeling / loopmodel.ccTracer.hh
public / loop_modeling / loopmodel.ccoptions / option.hh
public / loop_modeling / loopmodel.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
public / loop_modeling / transform_loodo.ccoptions / keys / loodo.OptionKeys.gen.hh
public / loop_modeling / transform_loodo.ccoptions / option.hh
public / loop_modeling / transform_loodo.ccTracer.hh
public / loop_modeling / transform_loodo.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / loop_modeling / transform_loodo.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / magnesium / mg_modeler.ccoptions / option.hh
public / magnesium / mg_modeler.ccoptions / option_macros.hh
public / magnesium / mg_modeler.ccTracer.hh
public / magnesium / mg_modeler.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / magnesium / mg_modeler.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / magnesium / mg_modeler.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / magnesium / mg_modeler.ccoptions / keys / magnesium.OptionKeys.gen.hh
pilot / maprahamian / burial_measure_centroid.ccoptions / option.hh
pilot / maprahamian / burial_measure_centroid.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / maprahamian / burial_measure_centroid.ccoptions / option_macros.hh
pilot / maprahamian / burial_measure_centroid.ccTracer.hh
pilot / maprahamian / burial_measure_sphere.ccoptions / option.hh
pilot / maprahamian / burial_measure_sphere.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / maprahamian / burial_measure_sphere.ccoptions / option_macros.hh
pilot / maprahamian / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / option.hh
pilot / maprahamian / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / maprahamian / per_residue_solvent_exposure.ccoptions / option_macros.hh
pilot / maprahamian / per_residue_solvent_exposure.ccTracer.hh
pilot / maprahamian / score_test.ccoptions / option.hh
pilot / maprahamian / score_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / match / gen_apo_grids.ccoptions / option.hh
public / match / gen_apo_grids.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / match / gen_apo_grids.ccTracer.hh
public / match / gen_apo_grids.ccoptions / keys / packstat.OptionKeys.gen.hh
public / match / gen_lig_grids.ccoptions / option.hh
public / match / gen_lig_grids.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / match / gen_lig_grids.ccoptions / option_macros.hh
public / match / gen_lig_grids.ccTracer.hh
public / match / match.ccoptions / option.hh
public / match / match.ccoptions / keys / match.OptionKeys.gen.hh
public / match / match.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / match / match.ccoptions / util.hh
public / match / match.ccTracer.hh
pilot / mdsmith / ligand_motifs.ccTracer.hh
pilot / mdsmith / ligand_motifs.ccoptions / util.hh
pilot / mdsmith / ligand_motifs.ccbasic.hh
pilot / mdsmith / ligand_motifs.ccdatabase / open.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / option.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccprof.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccTracer.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
pilot / membrane / membrane_ddG.ccTracer.hh
pilot / membrane / membrane_relax.ccTracer.hh
pilot / membrane / membrane_symdocking.ccTracer.hh
pilot / membrane / mp_rsd_energies.ccTracer.hh
pilot / membrane / mp_rsd_energies.ccoptions / option.hh
pilot / membrane / mp_rsd_energies.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / membrane / mp_rsd_energies.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / membrane / view_membrane_protein.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
pilot / membrane / view_membrane_protein.ccoptions / option.hh
public / membrane / helix_from_sequence.ccoptions / option.hh
public / membrane / helix_from_sequence.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / helix_from_sequence.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / helix_from_sequence.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / helix_from_sequence.ccTracer.hh
public / membrane / mp_dock.ccTracer.hh
public / membrane / mp_dock_setup.ccTracer.hh
public / membrane / mp_domain_assembly.ccoptions / option.hh
public / membrane / mp_domain_assembly.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_domain_assembly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_domain_assembly.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_domain_assembly.ccTracer.hh
public / membrane / mp_lipid_acc.ccTracer.hh
public / membrane / mp_mutate_relax.ccTracer.hh
public / membrane / mp_range_relax.ccTracer.hh
public / membrane / mp_seqrecov.ccTracer.hh
public / membrane / mp_seqrecov.ccdatacache / DataMap.hh
public / membrane / mp_span_from_pdb.ccoptions / option.hh
public / membrane / mp_span_from_pdb.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_span_from_pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_span_from_pdb.ccTracer.hh
public / membrane / mp_symdock.ccTracer.hh
public / membrane / mp_transform.ccoptions / option.hh
public / membrane / mp_transform.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_transform.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_transform.ccTracer.hh
public / membrane / mp_viewer.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
public / membrane / mp_viewer.ccoptions / option.hh
public / membrane_abinitio / membrane_abinitio2.ccoptions / option.hh
public / membrane_abinitio / membrane_abinitio2.ccoptions / keys / membrane.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / alignanalyse.ccprof.hh
pilot / mike / alignanalyse.ccoptions / option.hh
pilot / mike / alignanalyse.ccoptions / after_opts.hh
pilot / mike / alignanalyse.ccbasic.hh
pilot / mike / alignanalyse.ccdatabase / open.hh
pilot / mike / alignanalyse.ccTracer.hh
pilot / mike / alignanalyse.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / batchrelax.ccoptions / option.hh
pilot / mike / batchrelax.ccTracer.hh
pilot / mike / batchrelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / batchrelax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / batchrelax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / batchrelax.ccoptions / keys / batch_relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / crossaln.ccoptions / option.hh
pilot / mike / crossaln.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / crossaln.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / crossaln.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / energy_diff.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / mike / energy_diff.ccdatacache / DiagnosticData.hh
pilot / mike / energy_diff.ccTracer.hh
pilot / mike / energy_diff.ccdatacache / DataMap.hh
pilot / mike / energy_diff.ccoptions / option.hh
pilot / mike / energy_diff.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / energy_diff.ccoptions / keys / assembly.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / evolution.ccoptions / option.hh
pilot / mike / evolution.ccTracer.hh
pilot / mike / evolution.ccoptions / keys / evolution.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / evolution.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / inlinetest.ccoptions / option.hh
pilot / mike / inlinetest.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / inlinetest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash.ccoptions / option.hh
pilot / mike / loophash.ccTracer.hh
pilot / mike / loophash.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccoptions / option.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccTracer.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccoptions / keys / broker.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_analyse.ccdatacache / CacheableData.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccoptions / option.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccTracer.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccoptions / keys / broker.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_cenrelax.ccdatacache / CacheableData.hh
pilot / mike / loophash_createdb.ccoptions / option.hh
pilot / mike / loophash_createdb.ccTracer.hh
pilot / mike / loophash_createdb.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_mpi.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_mpi.ccoptions / keys / wum.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_mpi.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_mpi.ccoptions / option.hh
pilot / mike / loophash_test.ccoptions / option.hh
pilot / mike / loophash_test.ccTracer.hh
pilot / mike / loophash_test.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / loophash_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / make_cst.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / md.ccoptions / option.hh
pilot / mike / md.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / md.ccTracer.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccMetricValue.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / option.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / filters.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / jumps.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / loopfcst.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / keys / templates.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / mike / mikejd2test.ccTracer.hh
pilot / mike / minbench.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / mike / minbench.ccdatacache / DiagnosticData.hh
pilot / mike / minbench.ccTracer.hh
pilot / mike / minbench.ccdatacache / DataMap.hh
pilot / mike / rama_test.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / mike / rama_test.ccdatacache / DiagnosticData.hh
pilot / mike / rama_test.ccTracer.hh
pilot / mike / rama_test.ccdatacache / DataMap.hh
pilot / mike / relax_viewer.ccoptions / util.hh
pilot / mike / relax_viewer.ccTracer.hh
pilot / mike / rosetta_backend.ccoptions / option.hh
pilot / mike / rosetta_backend.ccTracer.hh
pilot / mike / rosetta_backend.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / rosetta_backend.ccoptions / keys / rbe.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / rosetta_native_client.ccoptions / option.hh
pilot / mike / rosetta_native_client.ccTracer.hh
pilot / mike / sctrials.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / mike / sctrials.ccdatacache / DiagnosticData.hh
pilot / mike / sctrials.ccTracer.hh
pilot / mike / sctrials.ccdatacache / DataMap.hh
pilot / mike / shake.ccTracer.hh
pilot / mike / silent2cst.ccTracer.hh
pilot / mike / silent2frag.ccTracer.hh
pilot / mike / silent2frag.ccoptions / option.hh
pilot / mike / silent2frag.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / silent2frag.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mike / testderiv.ccprof.hh
pilot / mike / testderiv.ccoptions / option.hh
pilot / mike / testderiv.ccoptions / after_opts.hh
pilot / mike / testderiv.ccbasic.hh
pilot / mike / testderiv.ccdatabase / open.hh
pilot / mike / testderiv.ccTracer.hh
pilot / mike / testloop.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / momeara / features_database_schema.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / momeara / features_database_schema.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / momeara / format_converter.ccoptions / option_macros.hh
pilot / momeara / format_converter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / momeara / format_converter.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / momeara / format_converter.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / momeara / hbond_param_sweep.ccoptions / option.hh
pilot / momeara / hbond_param_sweep.ccoptions / option_macros.hh
pilot / momeara / hbond_param_sweep.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / momeara / hbond_param_sweep.ccTracer.hh
pilot / momeara / hbonds_test.ccoptions / option.hh
pilot / momeara / hbonds_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / momeara / hbonds_test.ccTracer.hh
pilot / momeara / report_hbonds.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / momeara / report_hbonds.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / momeara / report_hbonds.ccoptions / option_macros.hh
pilot / momeara / report_hbonds.ccoptions / option.hh
pilot / momeara / report_hbonds.ccoptions / util.hh
pilot / momeara / report_hbonds.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / momeara / report_hbonds.ccTracer.hh
pilot / monica / monica_relax.ccTracer.hh
public / motif_dock / make_motif_tables.ccTracer.hh
public / motif_dock / make_motif_tables.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / motif_dock / make_motif_tables.ccoptions / keys / mh.OptionKeys.gen.hh
public / motif_dock / make_motif_tables.ccoptions / option.hh
public / motif_ligand_discovery / determine_real_motifs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / determine_real_motifs.ccTracer.hh
public / motif_ligand_discovery / determine_real_motifs.ccoptions / option.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / option.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccprof.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccTracer.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / ligand_discovery_search_protocol.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccoptions / option.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccprof.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccTracer.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
public / motif_ligand_discovery / remove_duplicate_motifs.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
public / motif_tools / extract_motifs.ccoptions / util.hh
public / motif_tools / extract_motifs.ccoptions / option.hh
public / motif_tools / extract_motifs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / motif_tools / extract_motifs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / motif_tools / extract_motifs.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
public / motif_tools / extract_motifs.ccTracer.hh
public / motif_tools / incorporate_motifs.ccoptions / util.hh
public / motif_tools / incorporate_motifs.ccoptions / option.hh
public / motif_tools / incorporate_motifs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / motif_tools / incorporate_motifs.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
public / motif_tools / incorporate_motifs.ccTracer.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccdatabase / open.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / option.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / after_opts.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / util.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / option_macros.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccbasic.hh
pilot / mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccTracer.hh
public / rosetta_scripts / multistage / multistage_rosetta_scripts.ccTracer.hh
public / rosetta_scripts / multistage / multistage_rosetta_scripts.ccoptions / option.hh
public / rosetta_scripts / multistage / multistage_rosetta_scripts.ccoptions / option_macros.hh
public / rosetta_scripts / multistage / multistage_rosetta_scripts.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / multistage / multistage_rosetta_scripts.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / multistage / multistage_rosetta_scripts.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccoptions / option.hh
pilot / murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccoptions / keys / murphp.OptionKeys.gen.hh
pilot / murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / nannemdp / params2pdb.ccTracer.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccoptions / option.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccoptions / option_macros.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / native_ensemble / native_ensemble.ccTracer.hh
public / ncaa_utilities / MakeRotLib.ccoptions / option.hh
public / ncaa_utilities / MakeRotLib.ccoptions / keys / make_rot_lib.OptionKeys.gen.hh
public / ncaa_utilities / MakeRotLib.ccTracer.hh
public / ncaa_utilities / UnfoldedStateEnergyCalculator.ccoptions / option.hh
public / ncaa_utilities / UnfoldedStateEnergyCalculator.ccTracer.hh
public / ncaa_utilities / UnfoldedStateEnergyCalculator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccoptions / option.hh
pilot / neil / calc_ddG.ccTracer.hh
pilot / neil / char_native.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / char_native.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / char_native.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / char_native.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / char_native.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / char_native.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / char_native.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / char_native.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / char_native.ccoptions / option.hh
pilot / neil / char_native.ccTracer.hh
pilot / neil / coiled_coil_search.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / coiled_coil_search.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / coiled_coil_search.ccoptions / option.hh
pilot / neil / coiled_coil_search.ccTracer.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccoptions / option.hh
pilot / neil / des_pos_ddG.ccTracer.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / option.hh
pilot / neil / design_symm.bak.110314.ccTracer.hh
pilot / neil / design_symm.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / design_symm.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / design_symm.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / design_symm.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm.ccoptions / option.hh
pilot / neil / design_symm.ccTracer.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccoptions / option.hh
pilot / neil / design_symm_110330_good.ccTracer.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / option.hh
pilot / neil / design_symm_no_hack_elec.ccTracer.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccoptions / option.hh
pilot / neil / enumeration_test.ccTracer.hh
pilot / neil / matdes_design.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / matdes_design.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design.ccoptions / option.hh
pilot / neil / matdes_design.ccTracer.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / option.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccoptions / option_macros.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccTracer.hh
pilot / neil / matdes_design_2comp.ccMetricValue.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccoptions / option.hh
pilot / neil / matdes_dock.ccTracer.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccoptions / option.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccTracer.hh
pilot / neil / matdes_mutalyze.ccMetricValue.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccdatabase / open.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccoptions / option.hh
pilot / neil / relax_building_block.ccTracer.hh
pilot / neil / symdock_enum.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / symdock_enum.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / symdock_enum.ccoptions / option.hh
pilot / neil / symdock_enum.ccTracer.hh
pilot / neil / symdock_enum_3_1.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / symdock_enum_3_1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / neil / symdock_enum_3_1.ccoptions / option.hh
pilot / neil / symdock_enum_3_1.ccTracer.hh
pilot / nikolas / r_SymDock_viewer.ccTracer.hh
pilot / nikolas / r_SymDock_viewer.ccoptions / option.hh
pilot / nikolas / r_SymDock_viewer.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / nikolas / r_SymDock_viewer.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / nikolas / r_SymDock_viewer.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / nir / PeptideDeriver.ccTracer.hh
pilot / nir / PeptideDeriver.ccoptions / util.hh
pilot / nir / PeptideDeriver.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nir / PeptideDeriver.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / nir / PeptideDeriver.ccoptions / option.hh
pilot / nmarze / elliptical_ip.ccTracer.hh
pilot / nmarze / elliptical_ip.ccoptions / option.hh
pilot / nmarze / elliptical_ip.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nmarze / hemagg_trimer.ccTracer.hh
pilot / nmarze / hemagg_trimer.ccoptions / option.hh
pilot / nmarze / hemagg_trimer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nmarze / motif_dock.ccTracer.hh
public / nmr / calc_nmr_tensor.ccTracer.hh
public / nmr / calc_nmr_tensor.ccoptions / option.hh
public / nmr / calc_nmr_tensor.ccoptions / keys / nmr.OptionKeys.gen.hh
public / nmr / calc_nmr_tensor.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / nmr / calc_nmr_tensor.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / nmr / calc_nmr_tensor.ccoptions / option_macros.hh
public / nmr / ligand_transform_with_pcs.ccTracer.hh
public / nmr / ligand_transform_with_pcs.ccoptions / option.hh
public / nmr / ligand_transform_with_pcs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / nmr / ligand_transform_with_pcs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / nmr / ligand_transform_with_pcs.ccoptions / keys / nmr.OptionKeys.gen.hh
public / nmr / ligand_transform_with_pcs.ccoptions / option_macros.hh
public / nmr / r_noe_assign.ccprof.hh
public / nmr / r_noe_assign.ccTracer.hh
public / nmr / r_noe_assign.ccoptions / option_macros.hh
public / nmr / r_noe_assign.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / cluster.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / cluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / cluster.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / cluster.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / cluster.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / fldsgn.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / fldsgn.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / fldsgn.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / fldsgn.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / flxbb.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / flxbb.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / flxbb.ccoptions / keys / flxbb.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / foldptn.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / foldptn.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / foldptn.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / foldptn.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / foldptn.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / frag2profile.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / frag2profile.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / frag2profile.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / frag2profile.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / local_rmsd.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / local_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / local_rmsd.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / local_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / make_blueprint.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / make_blueprint.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / make_blueprint.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / make_blueprint.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / make_blueprint.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / make_frag_ssdep.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / make_frag_ssdep.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / make_frag_ssdep.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / make_frag_ssdep.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / make_frag_ssdep.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / ncontact.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / ncontact.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / pair_distance.ccMetricValue.hh
pilot / nobuyasu / pair_distance.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / pair_distance.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / pair_distance.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / pair_distance.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / pair_distance.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / pick_bab.ccMetricValue.hh
pilot / nobuyasu / pick_bab.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / pick_bab.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / pick_bab.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / pick_bab.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / pick_bab.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / pick_lowestscore_pose.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / pick_lowestscore_pose.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / pick_lowestscore_pose.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / pick_lowestscore_pose.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / pick_lowestscore_pose.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / rama.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / rama.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / rama.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / rama.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / rama.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / sasa.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / sasa.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / sasa.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / sasa.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / sasa.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / nobuyasu / score_delete_segments.ccTracer.hh
pilot / nobuyasu / score_delete_segments.ccoptions / option.hh
pilot / nobuyasu / score_delete_segments.ccoptions / option_macros.hh
pilot / nobuyasu / score_delete_segments.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / nobuyasu / score_delete_segments.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / noncanonical_backbones / hbs_design.ccoptions / util.hh
public / noncanonical_backbones / hbs_design.ccoptions / option.hh
public / noncanonical_backbones / hbs_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / noncanonical_backbones / hbs_design.ccTracer.hh
public / noncanonical_backbones / oop_design.ccoptions / util.hh
public / noncanonical_backbones / oop_design.ccoptions / option.hh
public / noncanonical_backbones / oop_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / noncanonical_backbones / oop_design.ccTracer.hh
public / noncanonical_backbones / peptoid_design.ccoptions / util.hh
public / noncanonical_backbones / peptoid_design.ccoptions / option.hh
public / noncanonical_backbones / peptoid_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / noncanonical_backbones / peptoid_design.ccTracer.hh
pilot / will / old / atom_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / atom_design.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / atom_design.ccTracer.hh
pilot / will / old / atom_type_rdf.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / atom_type_rdf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / atom_type_rdf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / atom_type_rdf.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / will / old / bpy.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / bpy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / bpy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / bpy.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / bpy.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / bpy.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / bpy.ccTracer.hh
pilot / will / old / cluster_cyc_disulf.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / cluster_cyc_disulf.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / cluster_cyc_disulf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cluster_cyc_disulf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cluster_cyc_disulf.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cluster_cyc_disulf.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / coiled_coil.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / coiled_coil.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / coiled_coil.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / coiled_coil.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / coiled_coil.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / coiled_coil.ccTracer.hh
pilot / will / old / coiled_coil_zn.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / coiled_coil_zn.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / coiled_coil_zn.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / coiled_coil_zn.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / coiled_coil_zn.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / coiled_coil_zn.ccTracer.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / keys / crossmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / crossmatch.ccTracer.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / crossmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / crossmatch_3e.ccTracer.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / crossmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / crossmatch_d2.ccTracer.hh
pilot / will / old / CXdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / CXdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / CXdock.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / CXdock.ccTracer.hh
pilot / will / old / CXdock.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / cxdock_sheet.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cxdock_sheet.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cxdock_sheet.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cxdock_sheet.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / cxdock_sheet.ccTracer.hh
pilot / will / old / cxdock_sheet.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccTracer.hh
pilot / will / old / CXdock_TMP.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccbasic.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / after_opts.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / keys / bbg.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccprof.hh
pilot / will / old / cycgly_bbg8t3a.ccTracer.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / after_opts.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / keys / bbg.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccprof.hh
pilot / will / old / cycgly_canonical.ccTracer.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccbasic.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / after_opts.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / keys / bbg.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccprof.hh
pilot / will / old / cycgly_superimpose.ccTracer.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccbasic.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / after_opts.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / keys / bbg.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccprof.hh
pilot / will / old / cycgly_target.ccTracer.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccbasic.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / after_opts.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / keys / bbg.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccprof.hh
pilot / will / old / cycsamp.ccTracer.hh
pilot / will / old / d3_bpy_linker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / d3_bpy_linker.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / d3_bpy_linker.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / d3_bpy_linker.ccTracer.hh
pilot / will / old / d3_bpy_linker.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / design_DL.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / design_DL.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / design_DL.ccTracer.hh
pilot / will / old / design_frags.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / design_frags.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / designability_stats.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / designability_stats.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / designability_stats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / designability_stats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / disulf_frag_match.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / disulf_frag_match.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / disulf_frag_match.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / disulf_frag_match.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / disulf_frag_match.ccTracer.hh
pilot / will / old / disulf_frag_search.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / disulf_frag_search.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / disulf_frag_search.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / disulf_frag_search.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / disulf_frag_search.ccTracer.hh
pilot / will / old / disulf_stat.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / disulf_stat.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / disulf_stat.ccTracer.hh
pilot / will / old / dock_asym.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dock_asym.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dock_asym.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dock_asym.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / dock_asym.ccTracer.hh
pilot / will / old / dock_asym.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / dubois.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / dubois.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dubois.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dubois.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / dubois.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / dubois.ccTracer.hh
pilot / will / old / dubois_graft.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / dubois_graft.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dubois_graft.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dubois_graft.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / dubois_graft.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / dubois_graft.ccTracer.hh
pilot / will / old / dump_res.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / dump_res.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dump_res.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dump_res.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / dump_res.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / dump_res.ccTracer.hh
pilot / will / old / dxdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dxdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dxdock.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dxdock.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / dxdock.ccTracer.hh
pilot / will / old / dxdock.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / dxdock_movie.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dxdock_movie.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / dxdock_movie.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / dxdock_movie.ccTracer.hh
pilot / will / old / dxdock_movie.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / flail.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / flail.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / flail.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / flail.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / fnd_dutton.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / fnd_dutton.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / fnd_dutton.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / fnd_dutton.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / fnd_dutton.ccTracer.hh
pilot / will / old / for_tim.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / for_tim.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / frag_util.hhdatabase / open.hh
pilot / will / old / FunGroupTK.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / FunGroupTK.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / FunGroupTK.ccTracer.hh
pilot / will / old / FunGroupTK_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / FunGroupTK_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / FunGroupTK_test.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen3bpy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen3bpy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen3bpy.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen3bpy.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen3bpy.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_cyc_gly.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_cyc_gly.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_cyc_gly.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_cyc_gly_cst.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_cyc_gly_cst.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_cyc_gly_cst.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_d2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_d2.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_d2_3his_ooc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_3his_ooc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_3his_ooc.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_3his_ooc.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_3his_ooc.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_d2_3his_ooc.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gen_d2_3his_ooc.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_d2_4his.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_4his.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_4his.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_4his.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_d2_4his.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_d2_hhhc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_hhhc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_hhhc.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_hhhc.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_d2_hhhc.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_d2_hhhc.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_disulf_homodimer.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / gen_disulf_homodimer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_disulf_homodimer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_disulf_homodimer.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_disulf_homodimer.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_disulf_homodimer.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_disulf_homodimer.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_homo_hc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_homo_hc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_homo_hc.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_homo_hc.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_trimer_disulf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_trimer_disulf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_trimer_disulf.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / gen_trimer_disulf.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_trimer_disulf.ccTracer.hh
pilot / will / old / gen_xtal_dimer_from_trimer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_xtal_dimer_from_trimer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gen_xtal_dimer_from_trimer.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gen_xtal_dimer_from_trimer.ccTracer.hh
pilot / will / old / genI213.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genI213.ccTracer.hh
pilot / will / old / genI213_2comp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_2comp.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_2comp.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_2comp.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_2comp.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genI213_2comp.ccTracer.hh
pilot / will / old / genI213_2dsf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_2dsf.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_2dsf.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genI213_2dsf.ccTracer.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / genI213_gensym.ccTracer.hh
pilot / will / old / genI213_nocontacts.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_nocontacts.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_nocontacts.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_nocontacts.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_nocontacts.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genI213_nocontacts.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genI213_nocontacts.ccTracer.hh
pilot / will / old / genmatch.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genmatch.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / genmatch.ccTracer.hh
pilot / will / old / genmatch_3bpy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_3bpy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_3bpy.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_3bpy.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_3bpy.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genmatch_3bpy.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / genmatch_3bpy.ccTracer.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bhhcg.ccTracer.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bpy.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bpy.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / genmatch_d6_bpy.ccTracer.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / genmatch_m8.ccTracer.hh
pilot / will / old / genP23.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genP23.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genP23.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genP23.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genP23.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / genP23.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / genP23.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / genP23.ccTracer.hh
pilot / will / old / gensym_3bpy_from_dimer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gensym_3bpy_from_dimer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gensym_3bpy_from_dimer.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gensym_3bpy_from_dimer.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / gensym_3bpy_from_dimer.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gensym_3bpy_from_dimer.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gensym_3bpy_from_dimer.ccTracer.hh
pilot / will / old / gentetra.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gentetra.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / gentetra.ccTracer.hh
pilot / will / old / gentetra_bpy_from_znhis.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_bpy_from_znhis.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_bpy_from_znhis.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_bpy_from_znhis.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_bpy_from_znhis.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gentetra_bpy_from_znhis.ccTracer.hh
pilot / will / old / gentetra_from_trimer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_from_trimer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_from_trimer.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_from_trimer.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / gentetra_from_trimer.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / gentetra_from_trimer.ccTracer.hh
pilot / will / old / getDistConstraints.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / getDistConstraints.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / getDistConstraints.ccprof.hh
pilot / will / old / hczndimer.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / hczndimer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hczndimer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hczndimer.ccTracer.hh
pilot / will / old / helix_assembly.ccTracer.hh
pilot / will / old / helix_assembly.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / helix_assembly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / helix_assembly.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / helix_assembly.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / heterodock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / heterodock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / heterodock.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / heterodock.ccTracer.hh
pilot / will / old / heterodock.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / holes2_training_data.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes2_training_data.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes2_training_data.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes2_training_data.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / holes2_training_data.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / will / old / holes2_training_data.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / will / old / holes_pbpdb.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / holes_pbpdb.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes_pbpdb.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes_pbpdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes_pbpdb.ccprof.hh
pilot / will / old / holes_test.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / holes_test.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / will / old / holes_test.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / will / old / holes_test.ccTracer.hh
pilot / will / old / holes_test.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / holes_training_data.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / holes_training_data.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / holes_training_data.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / hubabinitio.ccTracer.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / hubdenovo.ccTracer.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / hubfragdesign.ccTracer.hh
pilot / will / old / IKFGDB.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / IKFGDB.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / IKFGDB.ccTracer.hh
pilot / will / old / isct_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / isct_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / isct_test.ccTracer.hh
pilot / will / old / make_symmetric_task_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / make_symmetric_task_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / match_disulf.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / match_disulf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / match_disulf.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / match_disulf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / minimize.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / minimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / minimize_cavities.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / minimize_cavities.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / mkresfile_i213.ccTracer.hh
pilot / will / old / motif_denovo_hb.ccTracer.hh
pilot / will / old / motif_denovo_hb.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / motif_denovo_hb.ccoptions / keys / mh.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / motif_hash_util.ccTracer.hh
pilot / will / old / motif_hash_util.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / motif_hash_util.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / motif_hash_util.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / motif_hash_util.ccoptions / keys / mh.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / motif_hash_util.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / motif_hash_util.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / nisod.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / nisod.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / nisod.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / nisod.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / nisod.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / nisod.ccTracer.hh
pilot / will / old / organopv.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / organopv.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / organopv.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / organopv.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / organopv.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / organopv.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / organopv.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / organopv.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / organopv.ccTracer.hh
pilot / will / old / pack_ddg.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / pack_ddg.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / pack_ddg.ccTracer.hh
pilot / will / old / pack_stat_energy.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / pack_stat_energy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / pentcb.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / pentcb.ccTracer.hh
pilot / will / old / pentcb.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccTracer.hh
pilot / will / old / pentcb_design.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccTracer.hh
pilot / will / old / pentcb_test.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / pilot_packstat.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / pilot_packstat.ccTracer.hh
pilot / will / old / pilot_packstat.ccoptions / keys / packstat.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / pilot_packstat.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / print_dunscores.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / print_dunscores.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / print_dunscores.ccTracer.hh
pilot / will / old / rblinker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / rblinker.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / rblinker.ccTracer.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccbasic.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / rblinker2.ccTracer.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccbasic.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / rblinker2_overlay_bound.ccTracer.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccbasic.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / rblinker2_test.ccTracer.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / rescore_i213.ccTracer.hh
pilot / will / old / rsd_canonical_units.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rsd_canonical_units.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rsd_canonical_units.ccoptions / keys / gpu.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / rsd_canonical_units.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / rsd_canonical_units.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / rsd_canonical_units.ccTracer.hh
pilot / will / old / sasa_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sasa_test.ccprof.hh
pilot / will / old / sasa_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / scheme_v0_score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / scheme_v0_score.ccoptions / keys / sicdock.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / scheme_v0_score.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / scheme_v0_score.ccTracer.hh
pilot / will / old / scheme_v0_score.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / scheme_v0_score.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / score_pdbs.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / score_pdbs.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / score_pdbs.ccTracer.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / sf4_hash.ccTracer.hh
pilot / will / old / sicdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sicdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sicdock.ccoptions / keys / mh.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sicdock.ccoptions / keys / sicdock.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sicdock.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / sicdock.ccTracer.hh
pilot / will / old / sicdock.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / sicdock.ccsampling / orientations / QuaternionGrid.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / smhybrid.ccTracer.hh
pilot / will / old / sphere_hierarchy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sphere_hierarchy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sphere_hierarchy.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sphere_hierarchy.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / sphere_hierarchy.ccTracer.hh
pilot / will / old / sphere_hierarchy.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / SphereSample.hhdatabase / open.hh
pilot / will / old / spiro.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / spiro.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / spiro.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / spiro.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / spiro.ccTracer.hh
pilot / will / old / sup_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / sup_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / symdock_enum_3_1.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / symdock_enum_3_1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / symdock_enum_3_1.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / symdock_enum_3_1.ccoptions / keys / sicdock.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / symdock_enum_3_1.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / symdock_enum_3_1.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / symdock_enum_3_1.ccTracer.hh
pilot / will / old / symdock_hybrid.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / symdock_hybrid.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / symdock_hybrid.ccTracer.hh
pilot / will / old / symdock_hybrid_cc3.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / symdock_hybrid_cc3.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / symdock_hybrid_cc3.ccTracer.hh
pilot / will / old / tcdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / tcdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / tcdock.ccoptions / keys / mh.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / tcdock.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / tcdock.ccoptions / keys / sicdock.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / tcdock.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / tcdock.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / tcdock.ccTracer.hh
pilot / will / old / tcdock.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_gradient.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs.ccoptions / keys / match.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_ikrs.ccTracer.hh
pilot / will / old / test_ikrs2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs2.ccoptions / keys / match.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs2.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs2.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_ikrs2.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / test_ikrs2.ccTracer.hh
pilot / will / old / test_ikrs_flymake.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs_flymake.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs_flymake.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_ikrs_flymake.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_ikrs_flymake.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / test_ikrs_flymake.ccTracer.hh
pilot / will / old / test_kc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_kc.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_kc.ccTracer.hh
pilot / will / old / test_leerichards.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_leerichards.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_leerichards.ccoptions / keys / packstat.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_leerichards.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_loop_hash.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_loop_hash.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / test_loop_hash.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_loop_hash.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_rose.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / test_rose.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / test_sucker_energy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / ward_design.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / ward_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / ward_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / ward_design.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / ward_design.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / ward_design.ccTracer.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccTracer.hh
pilot / will / old / will_mutalyze.ccMetricValue.hh
pilot / will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / util.hh
pilot / will / old / willmatch_2d6_bhe.ccTracer.hh
pilot / will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / willmatch_chorismate.ccTracer.hh
pilot / will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / willmatch_d6_bpy.ccTracer.hh
pilot / will / old / willmatch_d6_bpy.ccdatabase / open.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_dump.ccTracer.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / will / old / xyzStripeHash_test.ccTracer.hh
pilot / will / old / yeates_align.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / old / yeates_align.ccoptions / option.hh
pilot / will / old / yeates_align.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_ddG.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_docking.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_docking.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_docking.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_relax.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_relax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_relax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_relax2.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / membrane_sampling.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / mutate_repack.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / mutate_repack.ccoptions / after_opts.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / mutate_repack.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / mutate_repack.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / mutate_repack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / mutate_repack.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / old_applications / mutate_repack.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / cloud_app.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / cloud_app.ccTracer.hh
pilot / olli / FragsToAtomDist.ccTracer.hh
pilot / olli / FragsToAtomDist.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / FragsToAtomDist.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / FragsToAtomDist.ccoptions / option.hh
pilot / olli / FragsToAtomDist.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccoptions / keys / broker.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_abrelax.ccMemTracer.hh
pilot / olli / r_assign_clusters.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_assign_clusters.ccTracer.hh
pilot / olli / r_assign_clusters.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_assign_clusters.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_broker.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_broker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_broker.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccTracer.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / hotspot.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_build_hotspot_loops.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_check_chainbreak.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_check_chainbreak.ccoptions / after_opts.hh
pilot / olli / r_check_chainbreak.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_check_chainbreak.ccTracer.hh
pilot / olli / r_check_chainbreak.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_convert_frags.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_convert_frags.ccprof.hh
pilot / olli / r_convert_frags.ccTracer.hh
pilot / olli / r_convert_frags.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / olli / r_count_neighbours.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_count_neighbours.ccTracer.hh
pilot / olli / r_count_neighbours.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_count_neighbours.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_count_neighbours.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_coupled_sidechain.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_coupled_sidechain.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_cst_tool.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_cst_tool.ccTracer.hh
pilot / olli / r_cst_tool.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_cst_tool.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_cst_tool.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_dock_tempered.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_frag_picker.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_frag_picker.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_frag_quality.ccTracer.hh
pilot / olli / r_frag_quality.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_frag_quality.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_frag_quality.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_frag_quality.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_local_rdc.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_local_rdc.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_local_rdc.ccTracer.hh
pilot / olli / r_local_rdc.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_local_rdc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_min_check.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_min_check.ccTracer.hh
pilot / olli / r_min_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_mpi.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_mpi.ccTracer.hh
pilot / olli / r_mpi.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_mpi.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_mpi.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_parse_foldtree.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_parse_foldtree.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_parse_foldtree.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_pdb2top.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_pdb2top.ccTracer.hh
pilot / olli / r_pdb2top.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_pdb2top.ccoptions / keys / jumps.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_play_with_etables.ccdatabase / open.hh
pilot / olli / r_play_with_etables.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_play_with_etables.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_play_with_etables.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_play_with_etables.ccTracer.hh
pilot / olli / r_rmsf.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_rmsf.ccTracer.hh
pilot / olli / r_rmsf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_rmsf.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_score.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_score.ccTracer.hh
pilot / olli / r_score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_score_rdc.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_score_rdc.ccTracer.hh
pilot / olli / r_score_rdc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_score_rdc.ccoptions / keys / rdc.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_tempered_sidechains.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_trjconv.ccoptions / option.hh
pilot / olli / r_trjconv.ccoptions / option_macros.hh
pilot / olli / r_trjconv.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_trjconv.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / olli / r_trjconv.ccTracer.hh
pilot / olungu / multidomain_switch.ccoptions / option.hh
pilot / olungu / multidomain_switch.ccoptions / keys / DomainAssembly.OptionKeys.gen.hh
pilot / olungu / sasa_interface.ccMetricValue.hh
pilot / olungu / sasa_interface.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / olungu / sasa_interface.ccTracer.hh
pilot / olungu / Superimpose_Pdbs.ccoptions / util.hh
pilot / olungu / Superimpose_Pdbs.ccoptions / option.hh
pilot / olungu / Superimpose_Pdbs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / opt_e / optE_simple.ccoptions / util.hh
pilot / opt_e / optE_simple.ccoptions / keys / optE.OptionKeys.gen.hh
pilot / opt_e / optE_simple.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccTracer.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / option.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / perturb_LoopMover_KIC.ccoptions / option.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / perturb_LoopMover_KIC.ccTracer.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / perturb_LoopMover_KIC.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / perturb_LoopMover_KIC.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / perturb_LoopMover_KIC.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / refine_LoopMover_KIC.ccoptions / option.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / refine_LoopMover_KIC.ccTracer.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / refine_LoopMover_KIC.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / refine_LoopMover_KIC.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / refine_LoopMover_KIC.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / kale / kic_refactor / original / refine_LoopMover_KIC.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / parin / parin_test.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / parin / parin_test.ccoptions / option.hh
pilot / parin / parin_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / parin / parin_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / parin / parin_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / parin / parin_test.ccoptions / option_macros.hh
public / pepspec / pepspec.ccoptions / util.hh
public / pepspec / pepspec.ccMetricValue.hh
public / pepspec / pepspec.ccTracer.hh
public / pepspec / pepspec.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec.ccoptions / keys / pepspec.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec.ccoptions / option.hh
public / pepspec / pepspec_anchor_dock.ccoptions / util.hh
public / pepspec / pepspec_anchor_dock.ccoptions / option.hh
public / pepspec / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec_anchor_dock.ccoptions / keys / pepspec.OptionKeys.gen.hh
public / pepspec / pepspec_anchor_dock.ccTracer.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test1.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test1.ccoptions / option.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test1.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test1.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test2.ccbasic.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test3.ccdatabase / open.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test3.ccoptions / option.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test3.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / doug / peptoid_rotlibs / peptoid_rotlib_test3.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
benchmark / performance / InteractionGraph.bench.hhoptions / option.hh
benchmark / performance / InteractionGraph.bench.hhoptions / keys / mistakes.OptionKeys.gen.hh
benchmark / performance / InteractionGraph.bench.hhoptions / keys / multithreading.OptionKeys.gen.hh
benchmark / performance / InteractionGraph.bench.hhTracer.hh
benchmark / performance / LigandDock.bench.hhoptions / option.hh
benchmark / performance / LigandDock.bench.hhoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
benchmark / performance / OptionCollection.bench.hhoptions / option.hh
benchmark / performance / OptionCollection.bench.hhoptions / keys / OptionKeys.hh
benchmark / performance / performance_benchmark.ccoptions / option.hh
benchmark / performance / performance_benchmark.ccoptions / option_macros.hh
benchmark / performance / performance_benchmark.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
benchmark / performance / performance_benchmark.hhTracer.hh
benchmark / performance / ScoreEach.bench.hhTracer.hh
pilot / phil / analyze_dna.ccoptions / util.hh
pilot / phil / analyze_dna.ccTracer.hh
pilot / phil / analyze_dna.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / analyze_dna.ccoptions / option.hh
pilot / phil / capri15.ccoptions / util.hh
pilot / phil / capri15.ccprof.hh
pilot / phil / capri15.ccbasic.hh
pilot / phil / capri15.ccTracer.hh
pilot / phil / capri15_scoring.hhoptions / util.hh
pilot / phil / capri15_scoring.hhprof.hh
pilot / phil / capri15_scoring.hhbasic.hh
pilot / phil / capri15_scoring.hhTracer.hh
pilot / phil / dimer_relax.ccoptions / util.hh
pilot / phil / dimer_relax.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dimer_relax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dimer_relax.ccTracer.hh
pilot / phil / dna_design_test.ccoptions / util.hh
pilot / phil / dna_design_test.ccprof.hh
pilot / phil / dna_design_test.ccTracer.hh
pilot / phil / dna_design_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_design_test.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_design_test.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccoptions / util.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccprof.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccbasic.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccTracer.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_dr_test.ccoptions / keys / phil.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_relax.ccoptions / util.hh
pilot / phil / dna_relax.ccprof.hh
pilot / phil / dna_relax.ccTracer.hh
pilot / phil / dna_relax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_relax.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccoptions / util.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccprof.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccTracer.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccoptions / keys / phil.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / dna_spec_test.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / loop_model.hhoptions / util.hh
pilot / phil / loop_model.hhprof.hh
pilot / phil / loop_model.hhbasic.hh
pilot / phil / loop_model.hhTracer.hh
pilot / phil / loop_model.hhoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / motif_scan.ccoptions / util.hh
pilot / phil / motif_scan.ccTracer.hh
pilot / phil / motif_scan.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / phil.hhoptions / util.hh
pilot / phil / phil.hhbasic.hh
pilot / phil / repeat_demo.ccoptions / option.hh
pilot / phil / repeat_demo.ccoptions / util.hh
pilot / phil / repeat_demo.ccTracer.hh
pilot / phil / repeat_demo.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / repeat_demo.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / repeat_demo.ccoptions / keys / optimization.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccoptions / util.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccprof.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccbasic.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccTracer.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccoptions / keys / phil.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / simple_dna_regression_test.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / symtest.ccTracer.hh
pilot / phil / test1.ccoptions / util.hh
pilot / phil / test1.ccprof.hh
pilot / phil / test1.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / phil / test1.ccbasic.hh
pilot / phil / test1.ccTracer.hh
pilot / phil / test1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / test1.ccoptions / keys / phil.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / test1.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / test1.ccrandom / init_random_generator.hh
pilot / phil / zf_relax.ccoptions / util.hh
pilot / phil / zf_relax.ccprof.hh
pilot / phil / zf_relax.ccTracer.hh
pilot / phil / zf_relax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / phil / zf_relax.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / make_exemplar.ccoptions / util.hh
public / pocket / make_exemplar.ccoptions / option.hh
public / pocket / make_exemplar.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / make_exemplar.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / make_exemplar.ccTracer.hh
public / pocket / make_exemplar.ccoptions / option_macros.hh
public / pocket / pocket_measure.ccoptions / util.hh
public / pocket / pocket_measure.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / pocket_measure.ccoptions / option_macros.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / option.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / pocket / pocket_relax.ccoptions / option_macros.hh
public / pocket / pocket_relax.ccTracer.hh
public / pocket / pocket_suggest_target_residues_by_ddg.ccoptions / util.hh
public / pocket / pocket_suggest_target_residues_by_ddg.ccoptions / option.hh
public / pocket / pocket_suggest_target_residues_by_ddg.ccoptions / option_macros.hh
public / pocket / pocket_suggest_target_residues_by_ddg.ccTracer.hh
public / pose_sewing / MakeSegmentFile.ccoptions / option.hh
public / pose_sewing / MakeSegmentFile.ccoptions / keys / sewing.OptionKeys.gen.hh
public / pose_sewing / MakeSegmentFile.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / pose_sewing / MakeSegmentFile.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
public / pose_sewing / MakeSegmentFile.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
public / pose_sewing / MakeSegmentFile.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
public / pose_sewing / MakeSegmentFile.ccTracer.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / option.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / keys / ufv.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / build_repeats.ccoptions / keys / remodel.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / build_repeats.ccTracer.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / option.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / keys / ufv.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / helical_param.ccoptions / keys / remodel.OptionKeys.gen.hh
pilot / possu / helical_param.ccTracer.hh
pilot / ptconway / batchrelax_mpi.ccTracer.hh
pilot / ptconway / batchrelax_mpi.ccoptions / option.hh
pilot / ptconway / batchrelax_mpi.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ptconway / batchrelax_mpi.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / batchrelax_mpi.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / batchrelax_mpi.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / batchrelax_mpi.ccoptions / keys / batch_relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / option.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / after_opts.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccbasic.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccdatabase / open.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / ptconway / elec_dens_rot_recov.ccTracer.hh
public / AbinitioRelax.ccoptions / option.hh
public / AbinitioRelax.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / AbinitioRelax.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / backrub.ccoptions / option.hh
public / backrub.ccoptions / option_macros.hh
public / backrub.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / backrub.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / backrub.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / backrub.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
public / backrub.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / calculate_sasa.ccoptions / option.hh
public / calculate_sasa.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / combine_silent.ccoptions / option.hh
public / combine_silent.ccoptions / option_macros.hh
public / combine_silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / combine_silent.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / constel.ccTracer.hh
public / constel.ccoptions / util.hh
public / constel.ccoptions / option.hh
public / constel.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / constel.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / constel.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / constel.ccoptions / keys / constel.OptionKeys.gen.hh
public / dump_capped_residue.ccoptions / util.hh
public / dump_capped_residue.ccoptions / option.hh
public / dump_capped_residue.ccTracer.hh
public / dump_capped_residue.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / extract_pdbs.ccoptions / option.hh
public / extract_pdbs.ccTracer.hh
public / extract_pdbs.ccoptions / option_macros.hh
public / extract_pdbs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / extract_pdbs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / extract_pdbs.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / fragment_picker.ccoptions / option.hh
public / fragment_picker.ccoptions / option_macros.hh
public / fragment_picker.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / fragment_picker.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / fragment_picker.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
public / fragment_picker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / fragment_picker.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / fragment_picker.ccprof.hh
public / fragment_picker.ccTracer.hh
public / idealize_jd2.ccoptions / option.hh
public / idealize_jd2.ccoptions / option_macros.hh
public / idealize_jd2.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
public / minimize.ccoptions / option.hh
public / minimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / minimize.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / minimize.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / minimize.ccTracer.hh
public / minimize_ppi.ccMetricValue.hh
public / minimize_ppi.ccoptions / util.hh
public / minimize_ppi.ccoptions / option.hh
public / minimize_ppi.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / minimize_ppi.ccoptions / option_macros.hh
public / mutate.ccoptions / option.hh
public / mutate.ccoptions / keys / mutate.OptionKeys.gen.hh
public / mutate.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / mutate.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / mutate.ccTracer.hh
public / packstat.ccoptions / option.hh
public / packstat.ccTracer.hh
public / packstat.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / packstat.ccoptions / keys / packstat.OptionKeys.gen.hh
public / packstat.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / pH_protocol.ccoptions / option.hh
public / pH_protocol.ccTracer.hh
public / pH_protocol.ccoptions / keys / pH.OptionKeys.gen.hh
public / pH_protocol.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / relax.ccoptions / option.hh
public / relax.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
public / relax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / remodel.ccoptions / option.hh
public / remodel.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / remodel.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / remodel.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
public / remodel.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / remodel.ccoptions / keys / ufv.OptionKeys.gen.hh
public / remodel.ccoptions / keys / remodel.OptionKeys.gen.hh
public / remodel.ccTracer.hh
public / restype_converter.ccTracer.hh
public / restype_converter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / restype_converter.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / restype_converter.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
public / restype_converter.ccoptions / option.hh
public / restype_converter.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / restype_converter.ccoptions / option_macros.hh
public / sequence_tolerance.ccoptions / option.hh
public / sequence_tolerance.ccprof.hh
public / sequence_tolerance.ccTracer.hh
public / sequence_tolerance.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / sequence_tolerance.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / sequence_tolerance.ccoptions / keys / ms.OptionKeys.gen.hh
public / sequence_tolerance.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / sequence_tolerance.ccoptions / option_macros.hh
public / sequence_tolerance.ccMetricValue.hh
public / struc_set_fragment_picker.ccoptions / option.hh
public / struc_set_fragment_picker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / struc_set_fragment_picker.ccoptions / keys / frags.OptionKeys.gen.hh
public / struc_set_fragment_picker.ccoptions / option_macros.hh
public / struc_set_fragment_picker.ccTracer.hh
public / vip.ccoptions / option.hh
public / vip.ccoptions / keys / cp.OptionKeys.gen.hh
public / vip.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / vip.ccTracer.hh
pilot / ragul / cstmin.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / cstmin.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / cstmin.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / gen_rna_pharmacophore.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / gen_rna_pharmacophore.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / get_pharmacophore_without_bound_rna.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / get_pharmacophore_without_bound_rna.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / get_pharmacophore_without_bound_rna.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / get_pharmacophore_without_bound_rna.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore.ccTracer.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore_with_water.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore_with_water.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore_with_water.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore_with_water.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / get_rna_pharmacophore_with_water.ccTracer.hh
pilot / ragul / get_rna_ring_sasa.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / get_rna_ring_sasa.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / get_rna_ring_sasa.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / get_rna_ring_sasa.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / get_rna_ring_sasa.ccTracer.hh
pilot / ragul / ragul_analyze_tcr_interface.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / ragul_analyze_tcr_interface.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / ragul_analyze_tcr_interface.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_analyze_tcr_interface.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_calculate_ligand_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_calculate_ligand_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_calculate_ligand_rmsd.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ragul / ragul_calculate_residue_rmsd.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_calculate_residue_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_darc_minimize.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / ragul_darc_minimize.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / ragul_darc_minimize.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_darc_minimize.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_darc_minimize.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / after_opts.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccTracer.hh
pilot / ragul / ragul_darc_optimize_weights.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_darc_run_with_delphi.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_darc_run_with_delphi.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / ragul_darc_run_with_delphi.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_find_all_hbonds.ccTracer.hh
pilot / ragul / ragul_find_all_hbonds.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / ragul_find_all_hbonds.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ragul / ragul_get_aa_code.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_get_aa_code.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_get_aa_code.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_get_aa_code.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ragul / ragul_get_connolly_surface.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_get_connolly_surface.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_get_connolly_surface.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ragul / ragul_get_connolly_surface.ccoptions / keys / pocket_grid.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_get_delphi_phimap.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_get_delphi_phimap.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / ragul_get_delphi_phimap.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_hbonds.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_hbonds.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_hbonds.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_hbonds.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_hbonds.ccTracer.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_sasa.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_sasa.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_sasa.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_sasa.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_get_ligand_sasa.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_get_molecular_surface.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_get_molecular_surface.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_get_molecular_surface.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ragul / ragul_rosetta_dump_pdb.ccTracer.hh
pilot / ragul / ragul_rosetta_dump_pdb.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / ragul_rosetta_dump_pdb.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ragul / ragul_test_darc.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / ragul_test_darc.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / ragul_test_darc.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / ragul_test_darc.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ragul / ragul_test_darc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / ragul_test_darc.ccoptions / keys / fingerprint.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / sarah_get_pharmacophores.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / sarah_get_pharmacophores.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / sarah_get_pharmacophores.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / sarah_get_pharmacophores.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / sarah_get_pharmacophores.ccTracer.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccMetricValue.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / util.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / option.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ragul / simon_darc_minimize.ccoptions / after_opts.hh
pilot / ralford / color_by_lipid_type.ccTracer.hh
pilot / ralford / enumerate_rotamers.ccTracer.hh
pilot / ralford / find_optimal_hydrophobic_thk.ccTracer.hh
pilot / ralford / find_optimal_hydrophobic_thk.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / ralford / mp_rsd_energies.ccTracer.hh
pilot / ralford / mp_rsd_energies.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / mp_rsd_energies.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / mp_rsd_energies.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / version_mpscorefxn.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / version_mpscorefxn.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rayyrw / assemble_placed_fragments.ccoptions / option.hh
pilot / rayyrw / assemble_placed_fragments.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rayyrw / assemble_placed_fragments.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rayyrw / assemble_placed_fragments.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / assemble_placed_fragments.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / assemble_placed_fragments.ccTracer.hh
pilot / rayyrw / cal_nonoverlap_scores.ccoptions / option.hh
pilot / rayyrw / cal_nonoverlap_scores.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rayyrw / cal_nonoverlap_scores.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rayyrw / cal_nonoverlap_scores.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / cal_nonoverlap_scores.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / cal_nonoverlap_scores.ccTracer.hh
pilot / rayyrw / cal_overlap_scores.ccoptions / option.hh
pilot / rayyrw / cal_overlap_scores.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rayyrw / cal_overlap_scores.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rayyrw / cal_overlap_scores.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / cal_overlap_scores.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / cal_overlap_scores.ccTracer.hh
pilot / rayyrw / clash_score.hhTracer.hh
pilot / rayyrw / closability_score.hhoptions / option.hh
pilot / rayyrw / closability_score.hhoptions / option_macros.hh
pilot / rayyrw / closability_score.hhoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / closability_score.hhTracer.hh
pilot / rayyrw / fastrelax_replonly.ccoptions / option.hh
pilot / rayyrw / fastrelax_replonly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / FragMonteCarlo.hhTracer.hh
pilot / rayyrw / min_pack_min.hhTracer.hh
pilot / rayyrw / overlap_score.hhTracer.hh
pilot / rayyrw / place_fragments_into_density.ccoptions / option.hh
pilot / rayyrw / place_fragments_into_density.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rayyrw / place_fragments_into_density.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rayyrw / place_fragments_into_density.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / place_fragments_into_density.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / place_fragments_into_density.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / place_fragments_into_density.ccTracer.hh
pilot / rayyrw / replonly.ccoptions / option.hh
pilot / rayyrw / replonly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / rms_util.hhTracer.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccTracer.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccoptions / option.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccoptions / keys / broker.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccoptions / keys / rescore.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / rayyrw / score_jd2_replonly.ccdatacache / CacheableData.hh
pilot / rayyrw / util.hhTracer.hh
public / recces / recces.ccoptions / option.hh
public / recces / recces.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / recces / recces.ccoptions / keys / recces.OptionKeys.gen.hh
public / recces / recces.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / recces / recces.ccTracer.hh
public / recon_design / recon.ccoptions / option.hh
public / recon_design / recon.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
public / recon_design / recon.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
public / recon_design / recon.ccTracer.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / option.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / option_macros.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
pilot / reggiano / density_res_zscores.ccTracer.hh
pilot / rhiju / block_stack_test.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / block_stack_test.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / block_stack_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / block_stack_test.ccTracer.hh
pilot / rhiju / check_cubic_conv.ccTracer.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccoptions / util.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccdatabase / open.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccTracer.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / coarse_rna_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / dna_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rhiju / generalize_gaussian_chain_func_test.ccTracer.hh
pilot / rhiju / generalize_gaussian_chain_func_test.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / homolog_finder_farna.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / homolog_finder_farna.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / homolog_finder_farna.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / homolog_finder_farna.ccTracer.hh
pilot / rhiju / mg_hires_pdbstats.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / mg_hires_pdbstats.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / mg_hires_pdbstats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / mg_hires_pdbstats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / mg_lores_pdbstats.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / mg_lores_pdbstats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / mg_lores_pdbstats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / morph_pdbs.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / morph_pdbs.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / morph_pdbs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / morph_pdbs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / pack_phosphates.ccTracer.hh
pilot / rhiju / pack_polar_hydrogens.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / pack_polar_hydrogens.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_polar_hydrogens.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pack_polar_hydrogens.ccTracer.hh
pilot / rhiju / pdbstats_rnahelix.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / pdbstats_rnahelix.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / pdbstats_rnahelix.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pdbstats_rnahelix.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pdbstats_test.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / pdbstats_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / pdbstats_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / pdbstats_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / polar_pdbstats.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / polar_pdbstats.ccoptions / after_opts.hh
pilot / rhiju / polar_pdbstats.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / polar_pdbstats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / polar_pdbstats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / rb_entropy.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / rb_entropy.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / rb_entropy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / rb_entropy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / rb_entropy.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / rb_entropy.ccoptions / keys / recces.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / rb_entropy.ccTracer.hh
pilot / rhiju / read_tensor.ccTracer.hh
pilot / rhiju / read_tensor.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / read_tensor.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / read_tensor.ccdatabase / open.hh
pilot / rhiju / rna_test.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / rna_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / rna_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / rna_test.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / rna_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / option.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rhiju / screen_phosphates.ccTracer.hh
pilot / rhiju / stepwise_lores_test.ccdatabase / open.hh
pilot / rhiju / stepwise_lores_test.ccTracer.hh
pilot / rjha / MetalInterface.hhTracer.hh
pilot / rjha / MetalInterfaceStructureCreator.ccoptions / option.hh
pilot / rjha / MetalInterfaceStructureCreator.ccTracer.hh
pilot / rjha / MetalInterfaceStructureCreator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rjha / NeighborMatch.ccMetricValue.hh
pilot / rjha / NeighborMatch.ccoptions / util.hh
pilot / rjha / NeighborMatch.ccoptions / option.hh
pilot / rjha / NeighborMatch.ccTracer.hh
pilot / rjha / SurfaceGroups.ccMetricValue.hh
pilot / rjha / SurfaceGroups.ccoptions / util.hh
pilot / rjha / SurfaceGroups.ccoptions / option.hh
pilot / rjha / SurfaceGroups.ccTracer.hh
pilot / rjha / ZincMatchFilter.ccoptions / util.hh
pilot / rjha / ZincMatchFilter.ccoptions / option.hh
pilot / rjha / ZincMatchFilter.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / atom_tree_check.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / atom_tree_check.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / atom_tree_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / atom_tree_check.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / bcl_type_check.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / bcl_type_check.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / bcl_type_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / bcl_type_check.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / crash_report_test.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / crash_report_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_rpkmin_jd1.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / ligand_rpkmin_jd1.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_rpkmin_jd1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_rpkmin_jd1.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / ligand_rpkmin_jd1.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / molfile_read_test.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / molfile_read_test.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / molfile_read_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / molfile_read_test.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / restype_kin_output.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / restype_kin_output.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / restype_kin_output.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / restype_kin_output.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / rosetta_retype_check.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / rosetta_retype_check.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / rosetta_retype_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / rosetta_retype_check.ccTracer.hh
pilot / rmoretti / rts_check.ccoptions / option.hh
pilot / rmoretti / rts_check.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rmoretti / rts_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rmoretti / rts_check.ccTracer.hh
public / rna / rna_denovo.ccoptions / option.hh
public / rna / rna_denovo.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / rna_denovo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / rna_denovo.ccoptions / keys / chemical.OptionKeys.gen.hh
public / rna / rna_denovo.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / rna / rna_denovo.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
public / rna / rna_denovo.ccTracer.hh
public / rna / rna_design.ccoptions / option.hh
public / rna / rna_design.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / rna_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / rna_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / rna_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / rna / rna_design.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / rnp_ddg / rnp_ddg.ccoptions / option.hh
public / rnp_ddg / rnp_ddg.ccTracer.hh
public / rnp_ddg / rnp_ddg.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rnp_ddg / rnp_ddg.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / rnp_ddg / rnp_ddg.ccoptions / option_macros.hh
pilot / ronj / analyze_ddG.ccoptions / util.hh
pilot / ronj / analyze_ddG.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / ronj / analyze_ddG.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ronj / analyze_ddG.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / ronj / analyze_ddG.ccTracer.hh
pilot / ronj / analyze_ddG.ccMetricValue.hh
pilot / ronj / find_position_matches_using_inverse_rotamers.ccoptions / util.hh
pilot / ronj / find_position_matches_using_inverse_rotamers.ccTracer.hh
pilot / ronj / hydrophobic_patch_stats_calculator.ccTracer.hh
pilot / ronj / hydrophobic_patch_stats_calculator.ccdatabase / open.hh
pilot / ronj / hydrophobic_patch_stats_calculator.ccoptions / util.hh
pilot / ronj / hydrophobic_patch_stats_calculator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ronj / hydrophobic_patch_stats_calculator.ccprof.hh
pilot / ronj / rss_energy_calculator.ccoptions / option.hh
pilot / ronj / rss_energy_calculator.ccoptions / util.hh
pilot / ronj / rss_energy_calculator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ronj / rss_energy_calculator.ccTracer.hh
pilot / ronj / rss_energy_calculator.ccMetricValue.hh
pilot / ronj / rss_energy_calculator.ccprof.hh
pilot / ronj / surfacescore.ccoptions / util.hh
pilot / ronj / surfacescore.ccTracer.hh
pilot / ronj / surfacescore.ccMetricValue.hh
pilot / ronj / surfacescore.ccprof.hh
pilot / ronj / surfacescore.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / ronj / surfacescore.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ronj / surfacescore.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / parse_rosetta_script.ccoptions / option.hh
public / rosetta_scripts / parse_rosetta_script.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / parse_rosetta_script.ccTracer.hh
public / rosetta_scripts / revert_design_to_native.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / rosetta_scripts / revert_design_to_native.ccTracer.hh
public / rosetta_scripts / revert_design_to_native.ccoptions / option.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts.ccoptions / option.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts.ccTracer.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts_jd3.ccTracer.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts_jd3.ccoptions / option.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts_jd3.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / rosetta_scripts_jd3.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / validate_rosetta_script.ccoptions / option.hh
public / rosetta_scripts / validate_rosetta_script.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
public / rosetta_scripts / validate_rosetta_script.ccTracer.hh
public / rosettaDNA / rosettaDNA.ccTracer.hh
pilot / rpache / calibrate_pdb_via_sidechain_optimization.ccoptions / option.hh
pilot / rpache / calibrate_pdb_via_sidechain_optimization.ccTracer.hh
pilot / rpache / calibrate_pdb_via_sidechain_optimization.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rpache / calibrate_pdb_via_sidechain_optimization.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rpache / generate_matcher_constraints.ccTracer.hh
pilot / rpache / generate_matcher_constraints.ccoptions / option.hh
pilot / rpache / generate_matcher_constraints.ccoptions / option_macros.hh
pilot / rpache / score_protein_ligand_interactions.ccTracer.hh
pilot / rpache / score_protein_ligand_interactions.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / rvernon / calc_pair_stats.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / calc_pair_stats.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / compute_disulfide_matching_score.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / compute_disulfide_matching_score.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / compute_disulfide_matching_score.ccdatabase / open.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_alldata.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_alldata.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_angle_statistics.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_angle_statistics.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_database.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_database.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_distance_statistics.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_distance_statistics.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_fa_angle_statistics.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / create_disulfide_fa_angle_statistics.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_distances_for_fragpicker.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_distances_for_fragpicker.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_fragments_to_distances.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_fragments_to_distances.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_fragments_to_distances2.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_fragments_to_distances2.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_fragments_to_distances_wRMS.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_fragments_to_distances_wRMS.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_individual_residues.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_score_individual_residues.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_individual_residues.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_individual_residues.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_residues.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_score_residues.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_residues.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_residues.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select_helices.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select_helices.ccoptions / keys / robert.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select_helices.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / pcs_score_select_helices.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / score_sidechain_sasa.ccoptions / option.hh
pilot / rvernon / score_sidechain_sasa.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / score_sidechain_sasa.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / rvernon / score_sidechain_sasa.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sarel / hotspot_stub_constraint_test.ccTracer.hh
pilot / sarel / hotspot_stub_constraint_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / saxs / assemble_domains_with_saxs_jd2.ccTracer.hh
pilot / dgront / saxs / assemble_domains_with_saxs_jd2.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / assemble_domains_with_saxs_jd2.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / assemble_domains_with_saxs_jd2.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / assemble_domains_with_saxs_jd2.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / saxs / call_saxs_score.ccTracer.hh
pilot / dgront / saxs / call_saxs_score.ccoptions / keys / casp.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / call_saxs_score.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / call_saxs_score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / call_saxs_score.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / saxs / call_saxs_score.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / saxs / call_saxs_score.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / ComputeSAXSSpectrum.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / saxs / ComputeSAXSSpectrum.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / saxs / ComputeSAXSSpectrum.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / ComputeSAXSSpectrum.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / ComputeSAXSSpectrum.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / ComputeSAXSSpectrum.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / saxs / ComputeSAXSSpectrum.ccTracer.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccTracer.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / saxs / linker_sampler.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / RescorePDDF.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / saxs / RescorePDDF.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / saxs / RescorePDDF.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / RescorePDDF.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / RescorePDDF.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / RescorePDDF.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / saxs / RescorePDDF.ccTracer.hh
pilot / dgront / saxs / RescoreSAXS.ccoptions / option.hh
pilot / dgront / saxs / RescoreSAXS.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / dgront / saxs / RescoreSAXS.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / RescoreSAXS.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / RescoreSAXS.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / dgront / saxs / RescoreSAXS.ccoptions / option_macros.hh
pilot / dgront / saxs / RescoreSAXS.ccTracer.hh
pilot / dgront / saxs / RotateSAXS.ccTracer.hh
public / scenarios / ca_to_allatom.ccoptions / option.hh
public / scenarios / ca_to_allatom.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / ca_to_allatom.ccoptions / keys / RBSegmentRelax.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / ca_to_allatom.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / ca_to_allatom.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / ca_to_allatom.ccoptions / option_macros.hh
public / scenarios / ca_to_allatom.ccTracer.hh
public / scenarios / doug_dock_design_min_mod2_cal_cal.ccoptions / option.hh
public / scenarios / doug_dock_design_min_mod2_cal_cal.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / scenarios / doug_dock_design_min_mod2_cal_cal.ccMetricValue.hh
public / scenarios / doug_dock_design_min_mod2_cal_cal.ccTracer.hh
public / scenarios / doug_dock_design_min_mod2_cal_cal.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / scenarios / FloppyTail.ccTracer.hh
pilot / scheck / struct_frag.ccTracer.hh
pilot / scheck / struct_frag.ccoptions / option.hh
pilot / scheck / struct_frag.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / scheck / struct_frag.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / scheck / struct_frag.ccdatacache / ConstDataMap.hh
benchmark / scientific / ddg_benchmark.ccoptions / option.hh
benchmark / scientific / ddg_benchmark.ccoptions / util.hh
benchmark / scientific / ddg_benchmark.ccTracer.hh
benchmark / scientific / ddg_benchmark.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
benchmark / scientific / ddg_benchmark.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
benchmark / scientific / design_contrast_and_statistic.ccTracer.hh
benchmark / scientific / design_contrast_and_statistic.ccoptions / option.hh
benchmark / scientific / design_contrast_and_statistic.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
benchmark / scientific / design_contrast_and_statistic.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
benchmark / scientific / rotamer_recovery.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
benchmark / scientific / rotamer_recovery.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
benchmark / scientific / rotamer_recovery.ccoptions / option_macros.hh
benchmark / scientific / rotamer_recovery.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / membrane_rsd_energy_breakdown.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / membrane_rsd_energy_breakdown.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / membrane_rsd_energy_breakdown.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / membrane_rsd_energy_breakdown.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / membrane_sfxn.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mp_scoring_feature_reporter.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mp_scoring_feature_reporter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mp_scoring_feature_reporter.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mp_sfxn_integration.ccoptions / option.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mp_sfxn_integration.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mp_sfxn_integration.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mpframework_score.ccTracer.hh
pilot / ralford / archive / framework_devel / scoring / mpscore_integrate.ccTracer.hh
pilot / sergey / cloud_demo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / sergey / cloud_demo.ccoptions / option.hh
pilot / sergey / cloud_demo.ccTracer.hh
pilot / sergey / cloud_demo.ccdatabase / open.hh
pilot / sergey / ColorsDemo.ccTracer.hh
pilot / sergey / ComparingTracerExample.ccComparingTracer.hh
pilot / sergey / GA.ccTracer.hh
pilot / sergey / OptionsTest.ccTracer.hh
pilot / sergey / OptionsTest.ccoptions / option.hh
pilot / sergey / OptionsTest.ccdatabase / open.hh
pilot / sergey / OptionsTest.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / sergey / OptionsTest.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sergey / OptionsTest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / sergey / OptionsTest.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sergey / PDBTest.ccoptions / option.hh
pilot / sergey / PDBTest.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / sergey / PDBTest.ccdatabase / open.hh
pilot / sergey / PDBTest.ccTracer.hh
pilot / sergey / PDBTest.ccbasic.hh
pilot / sergey / py_rosetta_test.ccTracer.hh
pilot / sergey / PyEnTest.ccTracer.hh
pilot / sergey / PyMOLDemo.ccTracer.hh
pilot / sergey / TracerTest.ccTracer.hh
pilot / sergey / TracerTest.ccoptions / option.hh
pilot / sergey / TracerTest.ccdatabase / open.hh
pilot / sergey / TracerTest.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
pilot / sergey / TracerTest.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sergey / TracerTest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / find_consensus_mutations.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / find_consensus_mutations.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / find_consensus_mutations.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / find_consensus_mutations.ccoptions / option.hh
pilot / sevya / find_consensus_mutations.ccTracer.hh
pilot / sevya / minimization_test.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / minimization_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / minimization_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / minimization_test.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / minimization_test.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / minimization_test.ccoptions / option.hh
pilot / sevya / minimization_test.ccTracer.hh
pilot / sevya / msd.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / msd.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / msd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / msd.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / msd.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / msd.ccoptions / option.hh
pilot / sevya / msd.ccTracer.hh
pilot / sevya / msd_jd2.ccTracer.hh
pilot / sevya / msd_jd2.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / msd_jd2.ccoptions / option.hh
pilot / sevya / recon_mpi.ccoptions / option.hh
pilot / sevya / recon_mpi.ccoptions / option_macros.hh
pilot / sevya / recon_mpi.ccoptions / keys / jd2.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / recon_mpi.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / recon_mpi.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / recon_mpi.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / sevya / recon_mpi.ccTracer.hh
public / sewing / edge_file_generator.ccTracer.hh
public / sewing / segment_file_generator.ccTracer.hh
public / sewing / segment_file_generator.ccoptions / option.hh
public / sewing / segment_file_generator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / shilei / bb_cluster.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / bb_cluster.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / bb_cluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / bb_cluster.ccTracer.hh
pilot / shilei / cluster_hotspot_docking.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / cluster_hotspot_docking.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / cluster_hotspot_docking.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / cluster_hotspot_docking.ccTracer.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccbasic.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccTracer.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccdatabase / open.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / complex_interface_optimize.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / compute_Irmsd.ccTracer.hh
pilot / shilei / compute_Irmsd.ccdatabase / open.hh
pilot / shilei / compute_Irmsd.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / compute_Irmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / docking_inputpatchdock_mpi.ccoptions / util.hh
pilot / shilei / docking_inputpatchdock_mpi.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / docking_inputpatchdock_mpi.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / docking_inputpatchdock_mpi.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / docking_inputpatchdock_mpi.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / docking_inputpatchdock_mpi.ccTracer.hh
pilot / shilei / docking_inputpatchdock_mpi.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / docking_parallel.ccoptions / util.hh
pilot / shilei / docking_parallel.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / docking_parallel.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / docking_parallel.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / docking_parallel.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / docking_parallel.ccTracer.hh
pilot / shilei / docking_parallel.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / util.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccbasic.hh
pilot / shilei / generate_hbond_geometry.ccTracer.hh
pilot / shilei / lowresdock_patchdock_hotspot_cst.ccTracer.hh
pilot / shilei / lowresdock_patchdock_hotspot_cst.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / shilei / lowresdock_patchdock_hotspot_cst.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / lowresdock_patchdock_hotspot_cst.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / match_disulfide_to_scaffold.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / match_disulfide_to_scaffold.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / match_disulfide_to_scaffold.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / match_disulfide_to_scaffold.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / match_disulfide_to_scaffold.ccTracer.hh
pilot / shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / util.hh
pilot / shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / score_hotspot_cst.ccTracer.hh
pilot / shilei / score_hotspot_cst.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / shilei / score_hotspot_cst.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / score_hotspot_cst.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / tmalign_cluster.ccoptions / option.hh
pilot / shilei / tmalign_cluster.ccoptions / option_macros.hh
pilot / shilei / tmalign_cluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shilei / tmalign_cluster.ccTracer.hh
pilot / shirst / LoophashFilter.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / shirst / LoophashFilter.ccoptions / option.hh
pilot / shirst / LoophashFilter.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shirst / LoophashFilter.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / shirst / LoophashFilter.ccTracer.hh
pilot / shirst / TestTopologySampler.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / shirst / TestTopologySampler.ccoptions / option.hh
pilot / shirst / TestTopologySampler.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / shirst / TestTopologySampler.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / shirst / TestTopologySampler.ccoptions / keys / rigid.OptionKeys.gen.hh
pilot / shirst / TestTopologySampler.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / shirst / TestTopologySampler.ccTracer.hh
pilot / smlewis / Extender.ccTracer.hh
pilot / smlewis / Extender.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / Extender.ccoptions / util.hh
pilot / smlewis / FloppyTail_loop.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / FloppyTail_loop.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / FloppyTail_loop.ccTracer.hh
pilot / smlewis / FloppyTail_loop.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / FloppyTail_loop.ccoptions / keys / AnchoredDesign.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / FloppyTail_loop.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / FloppyTail_loop.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / ForgetPDBInfo.ccTracer.hh
pilot / smlewis / ForgetPDBInfo.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / LoopAnalyzer.ccTracer.hh
pilot / smlewis / LoopAnalyzer.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / LoopAnalyzer.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / sasa_qd.ccMetricValue.hh
pilot / smlewis / sasa_qd.ccTracer.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccMetricValue.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccoptions / option.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccTracer.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccprof.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccoptions / keys / AnchoredDesign.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / smlewis / UBQ_UBQ_E2.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test.ccTracer.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test.ccoptions / util.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test.ccoptions / keys / RBSegmentRelax.OptionKeys.gen.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test_viewer.ccTracer.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test_viewer.ccoptions / util.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test_viewer.ccoptions / after_opts.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test_viewer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sraman / RBSegMove_test_viewer.ccoptions / keys / RBSegmentRelax.OptionKeys.gen.hh
pilot / sraman / RDC_test.ccoptions / option.hh
pilot / sraman / RDC_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / sraman / RDC_test.ccoptions / keys / rdc.OptionKeys.gen.hh
pilot / sraman / RDC_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / build_full_model.ccTracer.hh
public / stepwise / build_full_model.ccoptions / option.hh
public / stepwise / build_full_model.ccoptions / option_macros.hh
public / stepwise / build_full_model.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / stepwise / build_full_model.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / build_full_model.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / build_full_model.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / build_full_model.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / resample_full_model.ccTracer.hh
public / stepwise / resample_full_model.ccoptions / option.hh
public / stepwise / resample_full_model.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / stepwise / resample_full_model.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / resample_full_model.ccoptions / keys / chemical.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / resample_full_model.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / resample_full_model.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.cccitation_manager / CitationManager.hh
public / stepwise / stepwise.cccitation_manager / CitationCollection.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / option.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / option_macros.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
public / stepwise / stepwise.ccTracer.hh
pilot / sthyme / dna_motifs_collector.ccTracer.hh
pilot / sthyme / dna_motifs_collector.ccoptions / option.hh
pilot / sthyme / dna_motifs_collector.ccoptions / util.hh
pilot / sthyme / dna_motifs_collector.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
pilot / sthyme / dna_motifs_collector.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / sthyme / ligand_motifs.ccoptions / util.hh
pilot / sthyme / ligand_motifs.ccbasic.hh
pilot / sthyme / ligand_motifs.ccdatabase / open.hh
pilot / sthyme / motif_dna_packer_design.ccTracer.hh
pilot / sthyme / motif_dna_packer_design.ccoptions / option.hh
pilot / sthyme / motif_dna_packer_design.ccoptions / util.hh
pilot / sthyme / motif_dna_packer_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / sthyme / motif_dna_packer_design.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / buried_polar_finder.ccMetricValue.hh
pilot / stranges / buried_polar_finder.ccTracer.hh
pilot / stranges / buried_polar_finder.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / buried_polar_finder.ccoptions / option.hh
pilot / stranges / buried_polar_finder.ccoptions / option_macros.hh
pilot / stranges / InterfaceMutMaker.ccoptions / util.hh
pilot / stranges / InterfaceMutMaker.ccoptions / option.hh
pilot / stranges / InterfaceMutMaker.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / InterfaceMutMaker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / InterfaceMutMaker.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / InterfaceMutMaker.ccTracer.hh
pilot / stranges / InterfaceMutMaker.ccMetricValue.hh
pilot / stranges / min_pack_min.ccoptions / option.hh
pilot / stranges / min_pack_min.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / min_pack_min.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / min_pack_min.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / min_pack_min.ccTracer.hh
pilot / stranges / peptide_minimizer.ccTracer.hh
pilot / stranges / peptide_minimizer.ccoptions / util.hh
pilot / stranges / peptide_minimizer.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / peptide_minimizer.ccoptions / option.hh
pilot / stranges / peptide_minimizer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / simple_interfaceanalyzer.ccTracer.hh
pilot / stranges / simple_interfaceanalyzer.ccoptions / option.hh
pilot / stranges / simple_interfaceanalyzer.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / sym_fixbb.ccoptions / option.hh
pilot / stranges / sym_fixbb.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / sym_fixbb.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / sym_fixbb.ccTracer.hh
pilot / stranges / xml_task_printer.ccoptions / util.hh
pilot / stranges / xml_task_printer.ccoptions / option.hh
pilot / stranges / xml_task_printer.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / xml_task_printer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / stranges / xml_task_printer.ccTracer.hh
pilot / stranges / xml_task_printer.ccoptions / keys / optE.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / testing / class_tests.ccoptions / option.hh
pilot / jadolfbr / testing / class_tests.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / testing / class_tests.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / testing / class_tests.ccTracer.hh
pilot / jadolfbr / testing / class_tests.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / jadolfbr / testing / test_grafting.ccoptions / option.hh
pilot / jadolfbr / testing / test_grafting.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jadolfbr / testing / test_grafting.ccTracer.hh
pilot / thermo / metropolis_hastings.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / thread / rna_thread.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / thread / rna_thread.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / thread / rna_thread.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / thread / rna_thread_and_minimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / thread / rna_thread_and_minimize.ccoptions / option_macros.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccgpu / GPU.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccgpu / Timer.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccoptions / keys / wum.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / BundleDumper.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccoptions / keys / wum.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculator.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccgpu / GPU.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccgpu / Timer.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccoptions / keys / wum.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / BundlePairRmsdCalculatorGPU.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccgpu / GPU.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccgpu / Timer.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccoptions / keys / wum.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / CompareBundleToNative.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / FragmentDumper.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / FragmentDumper.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / HelicalAssembly.ccoptions / util.hh
pilot / tjacobs / HelicalAssembly.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / HelicalAssembly.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / HelicalAssembly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / HelicalAssembly.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / HelicalAssembly.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / HelixAssemblyDesigner.ccoptions / util.hh
pilot / tjacobs / HelixAssemblyDesigner.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / HelixAssemblyDesigner.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / HelixAssemblyDesigner.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / HelixAssemblyDesigner.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / HelixAssemblyDesigner.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / InterfaceStrandFinderMover.ccoptions / util.hh
pilot / tjacobs / InterfaceStrandFinderMover.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / InterfaceStrandFinderMover.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / InterfaceStrandFinderMover.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / InterfaceStrandFinderMover.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / loophash_createfiltereddb.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / loophash_createfiltereddb.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / loophash_createfiltereddb.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / tjacobs / model_dumper.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / model_dumper.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / ModelTrimmer.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / ModelTrimmer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / ModelTrimmer.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / MotifFinder.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / MotifFinder.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / MotifFinder.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / MotifFinder.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / mpi_helixAssembly.ccoptions / util.hh
pilot / tjacobs / mpi_helixAssembly.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / mpi_helixAssembly.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / mpi_helixAssembly.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / NodePairRmsdCalculator.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / NodePairRmsdCalculator.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / tjacobs / PrepareGraphNodes.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / SewAppend.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / SewAppend.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / SewAppend.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / SewingAssembler.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / SewingAssembler.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / SewingAssembler.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / SmotifHasher.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / SmotifHasher.ccoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / SmotifHasher.ccoptions / option.hh
pilot / tjacobs / SmotifHasher.ccdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / SmotifHasher.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCgpu / GPU.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCgpu / Timer.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCoptions / keys / wum.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCoptions / keys / inout.OptionKeys.gen.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCoptions / option.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCdatabase / schema_generator / Column.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCdatabase / schema_generator / Schema.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCdatabase / sql_utils.hh
pilot / tjacobs / SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CCTracer.hh
pilot / tjacobs / TestLoophash.ccTracer.hh
pilot / tjacobs / TestLoophash.ccoptions / option.hh
public / trRosetta / trRosetta.ccTracer.hh
public / trRosetta / trRosetta.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / trRosetta / trRosetta.cctensorflow_manager / util.hh
pilot / tseng / tseng_minimize.ccTracer.hh
pilot / tseng / tseng_minimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / tseng / tseng_minimize.ccoptions / option.hh
public / rna / util / analyze_base_pairing.ccoptions / option.hh
public / rna / util / analyze_base_pairing.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / analyze_base_pairing.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / analyze_base_pairing.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / analyze_base_pairing.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / cs_rosetta_rna.ccoptions / option.hh
public / rna / util / cs_rosetta_rna.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / cs_rosetta_rna.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / nucleobase_sample_around.ccoptions / option.hh
public / rna / util / nucleobase_sample_around.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / nucleobase_sample_around.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / nucleobase_sample_around.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / nucleobase_sample_around.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / nucleobase_sample_around.ccoptions / keys / sample_around.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_cluster.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_cluster.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_cluster.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_cluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_cluster.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_database.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_database.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_database.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_database.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_database.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_extract.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_extract.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_extract.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_extract.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
public / rna / util / rna_extract.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_features.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_features.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_features.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_graft.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_graft.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_graft.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_helix.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_helix.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_helix.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_helix.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_helix.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_helix.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_idealize.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_idealize.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_minimize.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_motif.ccTracer.hh
public / rna / util / rna_motif.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_motif.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_motif.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_predict_chem_map.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_predict_chem_map.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / option_macros.hh
public / rna / util / rna_score.ccTracer.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / keys / full_model.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_score.ccoptions / keys / stepwise.OptionKeys.gen.hh
public / rna / util / rna_suitename.ccoptions / option.hh
public / rna / util / rna_suitename.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / jackmaguire / vlmmlr_packer / FixbbSimAnnealer.ccTracer.hh
pilot / jackmaguire / vlmmlr_packer / FixbbSimAnnealer.ccoptions / option.hh
pilot / jackmaguire / vlmmlr_packer / FixbbSimAnnealer.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / bettercluster.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / bettercluster.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / bettercluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / bettercluster.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / bettercluster.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / bettercluster.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / cycpep_analysis.ccTracer.hh
pilot / vmullig / design_cycpeptide_MPI.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / design_cycpeptide_MPI.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / design_cycpeptide_MPI.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / design_cycpeptide_MPI.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / design_cycpeptide_MPI.ccTracer.hh
pilot / vmullig / design_truecycpeptide_fromstub.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / design_truecycpeptide_fromstub.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / design_truecycpeptide_fromstub.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / design_truecycpeptide_fromstub.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / design_truecycpeptide_fromstub.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / design_truecycpeptide_fromstub.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / fit_helixparams.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / fit_helixparams.ccTracer.hh
pilot / vmullig / fit_helixparams.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / make_betahelicalbundle.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / make_betahelicalbundle.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / make_betahelicalbundle.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_betahelicalbundle.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_betahelicalbundle.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_helicalbundle.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / make_helicalbundle.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / make_helicalbundle.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_helicalbundle.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_helicalbundle.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_ideal_betapeptide.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / make_ideal_betapeptide.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / make_ideal_betapeptide.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_ideal_betapeptide.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_ideal_betapeptide.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_mainchain_potential.ccTracer.hh
pilot / vmullig / make_mainchain_potential.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / make_truecyclicpeptide.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / make_truecyclicpeptide.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_truecyclicpeptide.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_truecyclicpeptide.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / make_truecyclicpeptide.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / make_truecyclicpeptide.ccTracer.hh
pilot / vmullig / PCA_internal_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / PCA_visualizer.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / PCA_visualizer.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / PCA_visualizer.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / PCA_visualizer.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / PCA_visualizer.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / plot_scoreterm.ccTracer.hh
pilot / vmullig / plot_scoreterm.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / plot_scoreterm.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / plot_scoreterm.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / symmetrize_3d_ramamap.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / symmetrize_3d_ramamap.ccTracer.hh
pilot / vmullig / symmetrize_3d_ramamap.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / symmetrize_3d_ramamap.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / symmetrize_new_ramamap.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / symmetrize_new_ramamap.ccTracer.hh
pilot / vmullig / symmetrize_new_ramamap.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / symmetrize_new_ramamap.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / symmetrize_old_ramamap.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / symmetrize_old_ramamap.ccTracer.hh
pilot / vmullig / symmetrize_old_ramamap.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / symmetrize_rotlib.ccTracer.hh
pilot / vmullig / symmetrize_rotlib.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / symmetrize_rotlib.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / symmetrize_rotlib.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / symmetrize_rotlib.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / tensorflow_test1.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_cyclic_rama.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_cyclic_rama.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_cyclic_rama.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_cyclic_rama.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_cyclic_rama.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_cyclic_rama.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_D_scoring.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_D_scoring.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_D_scoring.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_D_scoring.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_D_scoring.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_D_scoring.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_KIC_betapeptide.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_KIC_betapeptide.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_KIC_betapeptide.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_KIC_betapeptide.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_KIC_betapeptide.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_makebundle_mover.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_makebundle_mover.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_makebundle_mover.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_makebundle_mover.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_makebundlehelix_mover.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_makebundlehelix_mover.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_makebundlehelix_mover.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_makebundlehelix_mover.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_metalloproteins.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_metalloproteins.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_metalloproteins.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_metalloproteins.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_metalloproteins.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_metalloproteins.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccoptions / keys / multithreading.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ig_correctness.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_packing_performance.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_packing_performance.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_packing_performance.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_packing_performance.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_packing_performance.ccoptions / keys / multithreading.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_packing_performance.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_pdb_load.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_pdb_load.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_pdb_load.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_pdb_load.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_pdb_load.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ramapp_load.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ramapp_load.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ramapp_load.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ramapp_load.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_multithreaded_ramapp_load.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_pose_copy.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_pose_copy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_advanced_API.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_advanced_API.ccoptions / keys / multithreading.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_advanced_API.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_advanced_API.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_advanced_API.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_basic_API.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_basic_API.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_basic_API.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_basic_API.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_rosetta_thread_manager_basic_API.ccoptions / keys / multithreading.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_sidechainKIC.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_sidechainKIC.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_sidechainKIC.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_sidechainKIC.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_sidechainKIC.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_sidechainKIC.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_tensorflow_graph_convolutional_nn.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_tensorflow_graph_convolutional_nn.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_tensorflow_graph_convolutional_nn.ccoptions / option_macros.hh
pilot / vmullig / test_trRosetta.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_trRosetta.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_trRosetta.cctensorflow_manager / util.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaConstraintGenerator.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaConstraintGenerator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaConstraintGenerator.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaConstraintGenerator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaConstraintGenerator.cctensorflow_manager / util.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaProtocolMover.ccTracer.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaProtocolMover.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaProtocolMover.ccoptions / keys / trRosetta.OptionKeys.gen.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaProtocolMover.ccoptions / option.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaProtocolMover.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / vmullig / test_trRosettaProtocolMover.cctensorflow_manager / util.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccTracer.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccoptions / option.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccoptions / option_macros.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccdatabase / open.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccdatacache / CacheableString.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
public / weight_optimization / torsional_potential_corrections.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
pilot / weitzner / graphics_demo.ccTracer.hh
pilot / weitzner / long_loop.ccTracer.hh
pilot / wendao / calc_stress_tensor.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / calc_stress_tensor.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / calc_stress_tensor.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / wendao / cenrot_bbsc_demo.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / cenrot_bbsc_demo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cenrot_bbsc_demo.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cenrot_bbsc_demo.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / cenrot_bbsc_demo.ccTracer.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccoptions / keys / abinitio.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / cenrot_jd2.ccTracer.hh
pilot / wendao / cyclic_sampler.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cyclic_sampler.ccoptions / keys / bbg.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / cyclic_sampler.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / cyclic_sampler.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / cyclic_sampler.ccbasic.hh
pilot / wendao / cyclic_sampler.ccTracer.hh
pilot / wendao / decoys_frag_quality.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / decoys_frag_quality.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / decoys_frag_quality.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / fa_to_cenrot_score.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / fa_to_cenrot_score.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / fa_to_cenrot_score.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / fa_to_cenrot_score.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / fa_to_cenrot_score.ccTracer.hh
pilot / wendao / gen_cav_ball.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / gen_cav_ball.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / gen_cav_ball.ccTracer.hh
pilot / wendao / gen_cav_ball.ccoptions / keys / packstat.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / general_pair_counting.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / general_pair_counting.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / general_pair_counting.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / general_pair_counting.ccTracer.hh
pilot / wendao / pairwise_fa_energy.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / pairwise_fa_energy.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / pairwise_fa_energy.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / wendao / params_opt.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / params_opt.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / params_opt.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / wendao / params_opt.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / params_opt.ccoptions / keys / corrections.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccTracer.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccbasic.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_bbmc.ccprof.hh
pilot / wendao / test_cen_rot.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / test_cen_rot.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_cen_rot.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_cen_rot.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / test_cen_rot.ccTracer.hh
pilot / wendao / test_cluster.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / test_cluster.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / test_cluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_cluster.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_cluster.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_cluster.ccTracer.hh
pilot / wendao / test_hpool.ccoptions / option.hh
pilot / wendao / test_hpool.ccoptions / option_macros.hh
pilot / wendao / test_hpool.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_hpool.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_hpool.ccoptions / keys / mc.OptionKeys.gen.hh
pilot / wendao / test_hpool.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / whitney / whitney_identify_epitope.ccoptions / util.hh
pilot / whitney / whitney_identify_epitope.ccoptions / option.hh
pilot / whitney / whitney_identify_epitope.ccoptions / after_opts.hh
pilot / whitney / whitney_identify_epitope.ccoptions / option_macros.hh
pilot / whitney / whitney_identify_epitope.ccTracer.hh
pilot / whitney / whitney_local_backrub.ccoptions / util.hh
pilot / whitney / whitney_local_backrub.ccTracer.hh
pilot / whitney / whitney_local_backrub.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / whitney / whitney_local_backrub.ccoptions / option_macros.hh
pilot / whitney / whitney_prepare_native.ccoptions / util.hh
pilot / whitney / whitney_prepare_native.ccTracer.hh
pilot / whitney / whitney_rebuild_ankyrin.ccoptions / util.hh
pilot / whitney / whitney_repack_input.ccTracer.hh
pilot / whitney / whitney_specificity_switch.ccoptions / util.hh
pilot / whitney / whitney_specificity_switch.ccoptions / option_macros.hh
pilot / whitney / whitney_specificity_switch.ccTracer.hh
pilot / will / holes.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / holes.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / holes.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / holes.ccoptions / option.hh
pilot / will / holes.ccdatacache / BasicDataCache.hh
pilot / will / holes.ccdatacache / CacheableString.hh
pilot / will / holes.ccTracer.hh
pilot / will / holes.ccdatabase / open.hh
pilot / will / holes_daball_input.ccoptions / option.hh
pilot / will / holes_daball_input.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / holes_daball_input.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / sym_multicomp_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / sym_multicomp_test.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / sym_multicomp_test.ccoptions / option.hh
pilot / will / sym_multicomp_test.ccTracer.hh
pilot / will / test_surf_vol.ccoptions / option.hh
pilot / will / test_surf_vol.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / will / test_threaded_scoring.ccoptions / option.hh
pilot / will / test_threaded_scoring.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / option.hh
pilot / wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / keys / rescore.OptionKeys.gen.hh
pilot / wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
pilot / woodsh / mp_optimize_geometry_params.ccoptions / option.hh
pilot / woodsh / mp_optimize_geometry_params.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / woodsh / mp_optimize_geometry_params.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / woodsh / mp_transition_bfactor.ccoptions / option.hh
pilot / woodsh / mp_transition_bfactor.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / woodsh / set_radius.ccoptions / option.hh
pilot / woodsh / set_radius.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wujsean / graft_ligand.ccoptions / option.hh
pilot / wujsean / graft_ligand.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / wujsean / graft_ligand.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
pilot / wujsean / graft_ligand.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / xingjiepan / dna_motif_matcher.ccTracer.hh
pilot / xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / option.hh
pilot / xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / util.hh
pilot / xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
pilot / xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
pilot / yab / buns_report.ccMetricValue.hh
pilot / yab / ufv.ccoptions / option.hh
pilot / yab / ufv.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / yab / ufv.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / yab / ufv.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
pilot / yab / ufv.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / yab / ufv.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / yab / ufv.ccoptions / keys / ufv.OptionKeys.gen.hh
pilot / yab / ufv.ccTracer.hh
pilot / yab / vllb.ccTracer.hh
pilot / yfsong / challenge.ccoptions / option.hh
pilot / yfsong / challenge.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
pilot / yfsong / challenge.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / yfsong / challenge.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
pilot / yfsong / challenge.ccoptions / keys / rigid.OptionKeys.gen.hh
pilot / yfsong / challenge.ccTracer.hh
pilot / yfsong / PB_potential.ccTracer.hh
pilot / yfsong / PB_potential.ccoptions / option.hh
pilot / yfsong / PB_potential.ccoptions / util.hh
pilot / yfsong / PB_potential.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / yfsong / plot_hb.ccoptions / option.hh
pilot / yfsong / plot_hb.ccTracer.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccMetricValue.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / option.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / after_opts.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / option_macros.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccTracer.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / combine_silent_test.ccoptions / option.hh
pilot / yiliu / combine_silent_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / yiliu / combine_silent_test.ccbasic.hh
pilot / yiliu / combine_silent_test.ccTracer.hh
pilot / yiliu / combine_silent_test.ccdatabase / open.hh
pilot / yiliu / combine_silent_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / combine_silent_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / design_contrast_and_statistic.ccTracer.hh
pilot / yiliu / design_contrast_and_statistic.ccbasic.hh
pilot / yiliu / design_contrast_and_statistic.ccoptions / option.hh
pilot / yiliu / design_contrast_and_statistic.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / design_contrast_and_statistic.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / design_contrast_test.ccTracer.hh
pilot / yiliu / design_contrast_test.ccoptions / option.hh
pilot / yiliu / design_contrast_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / yiliu / extract_pdbs_test.ccoptions / option.hh
pilot / yiliu / extract_pdbs_test.ccoptions / after_opts.hh
pilot / yiliu / extract_pdbs_test.ccbasic.hh
pilot / yiliu / extract_pdbs_test.ccTracer.hh
pilot / yiliu / extract_pdbs_test.ccdatabase / open.hh
pilot / yiliu / extract_pdbs_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / ysrinivasan / mucintypeglycosylation.ccoptions / option.hh
pilot / ysrinivasan / mucintypeglycosylation.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / extract_CA_coords.ccoptions / option_macros.hh
pilot / zhezhang / extract_CA_coords.ccTracer.hh
pilot / zhezhang / extract_CA_coords.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / extract_CA_coords.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / extract_replica.ccoptions / option_macros.hh
pilot / zhezhang / extract_replica.ccTracer.hh
pilot / zhezhang / extract_replica.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / extract_replica.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / extract_replica.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / option_macros.hh
pilot / zhezhang / fasta2pdb.ccTracer.hh
pilot / zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / r_rmsf.ccoptions / option_macros.hh
pilot / zhezhang / r_rmsf.ccTracer.hh
pilot / zhezhang / r_rmsf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / zhezhang / r_rmsf.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
pilot / zibochen / pad_helices.ccoptions / option.hh
pilot / zibochen / pad_helices.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
pilot / zibochen / pad_helices.ccoptions / option_macros.hh
pilot / zibochen / pad_helices.ccTracer.hh
Generated on Fri Sep 12 2025 00:06:08 for Rosetta by doxygen 1.9.1