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pilot → basic Relation

File in src/apps/pilotIncludes file in src/basic
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james / analyze_casp9.ccoptions / option.hh
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james / build_template.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / build_template.ccoptions / option.hh
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maprahamian / burial_measure_sphere.ccoptions / option.hh
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bder / BuriedUnsatPolarsFinder.ccMetricValue.hh
bder / BuriedUnsatPolarsFinder.ccoptions / option.hh
bder / BuriedUnsatPolarsFinder.ccTracer.hh
kevin / BuriedUnsatPolarsFinder2.ccMetricValue.hh
kevin / BuriedUnsatPolarsFinder2.ccoptions / option.hh
kevin / BuriedUnsatPolarsFinder2.ccTracer.hh
kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccoptions / keys / bunsat_calc2.OptionKeys.gen.hh
kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccMetricValue.hh
kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccoptions / option.hh
kevin / BuriedUnsatPolarsFinder3.ccTracer.hh
chrisk / byres_data.ccoptions / after_opts.hh
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chrisk / byres_data.ccoptions / option.hh
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chrisk / byres_data.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
chrisk / byres_data.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
chrisk / byres_data.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
chrisk / byres_data.ccoptions / keys / rot_anl.OptionKeys.gen.hh
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chrisk / byres_data.ccoptions / util.hh
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james / ca_build.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / ca_build.ccoptions / option.hh
james / ca_build.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
james / ca_build.ccprof.hh
james / ca_build.ccTracer.hh
jeliazkov / calc_cdr_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
jeliazkov / calc_cdr_rmsd.ccoptions / option.hh
jeliazkov / calc_cdr_rmsd.ccTracer.hh
neil / calc_ddG.ccdatacache / BasicDataCache.hh
neil / calc_ddG.ccdatacache / CacheableString.hh
neil / calc_ddG.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / calc_ddG.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / calc_ddG.ccdatabase / open.hh
neil / calc_ddG.ccoptions / option.hh
neil / calc_ddG.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / calc_ddG.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
neil / calc_ddG.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / calc_ddG.ccTracer.hh
jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccoptions / option.hh
jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccoptions / option_macros.hh
jeliazkov / calc_irms_despite_mismatch.ccTracer.hh
frank / calc_ssm_energies.ccoptions / option.hh
frank / calc_ssm_energies.ccoptions / option_macros.hh
frank / calc_ssm_energies.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
frank / calc_ssm_energies.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
frank / calc_ssm_energies.ccTracer.hh
brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccoptions / option.hh
brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccoptions / option_macros.hh
brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
brunette / calc_ssm_energies_with_structure_profile.ccTracer.hh
brunette / calcFractionFolded.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
brunette / calcFractionFolded.ccoptions / option.hh
brunette / calcFractionFolded.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
brunette / calcFractionFolded.ccTracer.hh
kkappel / calculate_distances.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
kkappel / calculate_distances.ccoptions / option.hh
kkappel / calculate_distances.ccoptions / option_macros.hh
kkappel / calculate_distances.ccTracer.hh
dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / canonical_sampling.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / call_mover.ccoptions / option.hh
dgront / experiments / call_mover.ccoptions / option_macros.hh
dgront / experiments / call_mover.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / call_mover.ccTracer.hh
dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / option.hh
dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / option_macros.hh
dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
dgront / experiments / call_rdc.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
phil / capri15.ccbasic.hh
phil / capri15.ccprof.hh
phil / capri15.ccTracer.hh
phil / capri15.ccoptions / util.hh
phil / capri15_scoring.hhbasic.hh
phil / capri15_scoring.hhprof.hh
phil / capri15_scoring.hhTracer.hh
phil / capri15_scoring.hhoptions / util.hh
frank / cart_refine.ccoptions / after_opts.hh
frank / cart_refine.ccbasic.hh
frank / cart_refine.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
frank / cart_refine.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
frank / cart_refine.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
frank / cart_refine.ccdatabase / open.hh
frank / cart_refine.ccoptions / option.hh
frank / cart_refine.ccoptions / option_macros.hh
frank / cart_refine.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
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james / constraints_viewer.ccTracer.hh
brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / option.hh
brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
brunette / contact_map_from_homologs.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
brunette / contact_map_from_homologs.ccTracer.hh
blivens / convert.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
blivens / convert.ccoptions / option.hh
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mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / option.hh
mseetin / convert_pdb_to_silent_file.ccoptions / option_macros.hh
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dekim / convert_to_centroid.ccTracer.hh
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brunette / convertFragmentType.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
james / copy_hack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / copy_hack.ccoptions / option.hh
awatkins / cov_hbs.ccoptions / keys / chemical.OptionKeys.gen.hh
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awatkins / cov_hbs.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
awatkins / cov_hbs.ccTracer.hh
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awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / option.hh
awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
awatkins / cov_peptidomimetic_creator.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
awatkins / cov_test.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
gktaylor / create_constraints.ccoptions / after_opts.hh
gktaylor / create_constraints.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
gktaylor / create_constraints.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
gktaylor / create_constraints.ccdatabase / open.hh
gktaylor / create_constraints.ccoptions / option.hh
gktaylor / create_constraints.ccprof.hh
blivens / create_disulf_file.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
blivens / create_disulf_file.ccoptions / option.hh
blivens / create_disulf_file.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
blivens / create_disulf_file.ccTracer.hh
blivens / create_disulf_file.ccoptions / util.hh
liz / create_hierarchy.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
liz / create_hierarchy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
liz / create_hierarchy.ccoptions / option.hh
liz / create_hierarchy.ccoptions / option_macros.hh
liz / create_hierarchy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / option.hh
dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / option_macros.hh
dgront / experiments / CreatePose.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
mike / crossaln.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
mike / crossaln.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
mike / crossaln.ccoptions / option.hh
mike / crossaln.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / keys / crossmatch.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / option.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch.ccTracer.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / util.hh
will / old / crossmatch.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / crossmatch.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / option.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_3e.ccTracer.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / util.hh
will / old / crossmatch_3e.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / crossmatch.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / option.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
will / old / crossmatch_d2.ccTracer.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / util.hh
will / old / crossmatch_d2.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
frank / cryst_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
frank / cryst_design.ccoptions / option.hh
frank / cryst_design.ccoptions / option_macros.hh
frank / cryst_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
frank / cryst_design.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
frank / cryst_design.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
frank / cryst_design.ccTracer.hh
frank / cryst_gen.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
frank / cryst_gen.ccTracer.hh
guangfeng / cryst_hbonds.ccoptions / option_macros.hh
guangfeng / cryst_hbonds.ccTracer.hh
frank / cryst_reporters.hhoptions / keys / OptionKeys.hh
frank / cryst_reporters.hhTracer.hh
james / cs_align.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
james / cs_align.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / cs_align.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
james / cs_align.ccoptions / option.hh
james / cs_align.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
james / cs_align.ccTracer.hh
james / cst_func.ccoptions / after_opts.hh
james / cst_func.ccbasic.hh
james / cst_func.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
james / cst_func.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / cst_func.ccoptions / option.hh
james / cst_func.ccTracer.hh
james / cst_quality.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / cst_quality.ccoptions / option.hh
james / cst_quality.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
james / cst_quality.ccTracer.hh
colin / cterdesign.ccoptions / keys / backrub.OptionKeys.gen.hh
colin / cterdesign.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
colin / cterdesign.ccoptions / option.hh
colin / cterdesign.ccoptions / option_macros.hh
colin / cterdesign.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
colin / cterdesign.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
colin / cterdesign.ccTracer.hh
doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccoptions / keys / cyclization.OptionKeys.gen.hh
doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccoptions / option.hh
doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
doug / cu_binder / Cu_binder_model.ccTracer.hh
dgront / CustomAbinitio.ccoptions / option.hh
dgront / CustomAbinitio.ccoptions / option_macros.hh
dgront / CustomAbinitio.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
dgront / CustomAbinitio.ccTracer.hh
gideonla / CutOutDomain.ccoptions / keys / cutoutdomain.OptionKeys.gen.hh
gideonla / CutOutDomain.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
gideonla / CutOutDomain.ccoptions / option.hh
gideonla / CutOutDomain.ccTracer.hh
gideonla / CutOutDomain.ccoptions / util.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdesign.ccdatabase / open.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / option.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / option_macros.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / keys / smhybrid.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdesign.ccTracer.hh
jacob / cxdesign.ccoptions / util.hh
will / old / CXdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / CXdock.ccdatabase / open.hh
jacob / cxdock.ccdatabase / open.hh
will / old / CXdock.ccoptions / option_macros.hh
jacob / cxdock.ccoptions / option_macros.hh
will / old / CXdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdock.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
jacob / cxdock.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
will / old / CXdock.ccTracer.hh
jacob / cxdock.ccTracer.hh
will / old / cxdock_sheet.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / cxdock_sheet.ccdatabase / open.hh
will / old / cxdock_sheet.ccoptions / option_macros.hh
will / old / cxdock_sheet.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / cxdock_sheet.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
will / old / cxdock_sheet.ccTracer.hh
will / old / CXdock_TMP.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / CXdock_TMP.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
will / old / CXdock_TMP.ccdatabase / open.hh
will / old / CXdock_TMP.ccoptions / option.hh
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will / old / cycsamp.ccoptions / option.hh
will / old / cycsamp.ccoptions / option_macros.hh
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will / old / cycsamp.ccprof.hh
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will / old / d3_bpy_linker.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / d3_bpy_linker.ccdatabase / open.hh
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habib / david_pocket_align_and_save.ccoptions / option.hh
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habib / david_pocket_compare.ccoptions / option.hh
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habib / david_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
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habib / david_rotation_experiment.ccoptions / option_macros.hh
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habib / david_rotation_experiment.ccoptions / util.hh
hpark / decompose_GDT.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
hpark / decompose_GDT.ccoptions / option.hh
hpark / decompose_GDT.ccoptions / option_macros.hh
hpark / decompose_GDT.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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dekim / decoy_features.ccoptions / keys / contactMap.OptionKeys.gen.hh
dekim / decoy_features.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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dekim / decoy_features.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
dekim / decoy_features.ccTracer.hh
lemmon / deepMove.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
lemmon / deepMove.ccoptions / option.hh
grant / DenovoProteinDesign_Test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
grant / DenovoProteinDesign_Test.ccMetricValue.hh
grant / DenovoProteinDesign_Test.ccoptions / option.hh
grant / DenovoProteinDesign_Test.ccTracer.hh
grant / DenovoProteinDesign_Test.ccoptions / util.hh
james / density_grid.ccoptions / after_opts.hh
james / density_grid.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
james / density_grid.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / density_grid.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
james / density_grid.ccdatabase / open.hh
james / density_grid.ccoptions / option.hh
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james / density_grid.ccTracer.hh
neil / des_pos_ddG.ccdatacache / BasicDataCache.hh
neil / des_pos_ddG.ccdatacache / CacheableString.hh
neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
neil / des_pos_ddG.ccdatabase / open.hh
neil / des_pos_ddG.ccoptions / option.hh
neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
neil / des_pos_ddG.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / des_pos_ddG.ccTracer.hh
kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
kuichan / design_disulfide.ccoptions / option.hh
kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
kuichan / design_disulfide.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
kuichan / design_disulfide.ccTracer.hh
kuichan / design_disulfide.ccoptions / util.hh
will / old / design_DL.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / design_DL.ccoptions / option.hh
will / old / design_DL.ccTracer.hh
will / old / design_frags.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / design_frags.ccoptions / option.hh
james / design_profile.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
james / design_profile.ccoptions / option.hh
james / design_profile.ccoptions / util.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccdatacache / BasicDataCache.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccdatacache / CacheableString.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccdatabase / open.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / option.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.bak.110314.ccTracer.hh
neil / design_symm.ccdatacache / BasicDataCache.hh
neil / design_symm.ccdatacache / CacheableString.hh
neil / design_symm.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.ccdatabase / open.hh
neil / design_symm.ccoptions / option.hh
neil / design_symm.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm.ccTracer.hh
neil / design_symm_110330_good.ccdatacache / BasicDataCache.hh
neil / design_symm_110330_good.ccdatacache / CacheableString.hh
neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_110330_good.ccdatabase / open.hh
neil / design_symm_110330_good.ccoptions / option.hh
neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_110330_good.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_110330_good.ccTracer.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccdatacache / BasicDataCache.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccdatacache / CacheableString.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccdatabase / open.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / option.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / design_symm_no_hack_elec.ccTracer.hh
amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
amelie / design_tight_clusters.ccoptions / option.hh
amelie / design_tight_clusters.ccoptions / option_macros.hh
amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
amelie / design_tight_clusters.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
amelie / design_tight_clusters.ccTracer.hh
will / old / designability_stats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / designability_stats.ccoptions / option.hh
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will / old / designability_stats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / option.hh
dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / option_macros.hh
dgront / experiments / DumpConstraints.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
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nmarze / elliptical_ip.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
nmarze / elliptical_ip.ccoptions / option.hh
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liz / ensemble_generator.ccoptions / option.hh
liz / ensemble_generator.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
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liz / ensemble_generator.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
liz / ensemble_generator.ccTracer.hh
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liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccbasic.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / ddg.OptionKeys.gen.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccdatabase / open.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / option.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
liz / ensemble_generator_score12_sidechain.ccTracer.hh
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liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / after_opts.hh
liz / ensemble_generator_using_mover.ccbasic.hh
liz / ensemble_generator_using_mover.ccdatabase / open.hh
liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / option.hh
liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
liz / ensemble_generator_using_mover.ccTracer.hh
liz / ensemble_generator_using_mover.ccoptions / util.hh
neil / enumeration_test.ccdatacache / BasicDataCache.hh
neil / enumeration_test.ccdatacache / CacheableString.hh
neil / enumeration_test.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / enumeration_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / enumeration_test.ccdatabase / open.hh
neil / enumeration_test.ccoptions / option.hh
neil / enumeration_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / enumeration_test.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / enumeration_test.ccTracer.hh
flo / EnzdesFixBB.ccdatacache / BasicDataCache.hh
flo / EnzdesFixBB.ccdatacache / CacheableString.hh
flo / EnzdesFixBB.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
flo / EnzdesFixBB.ccoptions / option.hh
flo / EnzdesFixBB.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
flo / EnzdesFixBB.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
flo / EnzdesFixBB.ccTracer.hh
rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / option.hh
rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / option_macros.hh
rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / rna.OptionKeys.gen.hh
rhiju / legacy / erraser_monte_carlo.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
brunette / evalFullLength.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
brunette / evalFullLength.ccdatabase / open.hh
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brunette / evalFullLength.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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brunette / evalFullLength.ccTracer.hh
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brunette / evalRepeats.ccdatabase / open.hh
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brunette / evalRepeats.ccTracer.hh
mike / evolution.ccoptions / keys / evolution.OptionKeys.gen.hh
mike / evolution.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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mike / evolution.ccTracer.hh
james / exhaustive_align.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
james / exhaustive_align.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / exhaustive_align.ccoptions / option.hh
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cmiles / extend.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
cmiles / extend.ccoptions / option.hh
cmiles / extend.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
barak / extend_range.ccbasic.hh
barak / extend_range.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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barak / extend_range.ccoptions / keys / threadsc.OptionKeys.gen.hh
barak / extend_range.ccTracer.hh
barak / extend_range.ccoptions / util.hh
dekim / extended_chain.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
dekim / extended_chain.ccTracer.hh
frank / extract_silent.ccoptions / after_opts.hh
frank / extract_silent.ccbasic.hh
frank / extract_silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
frank / extract_silent.ccdatabase / open.hh
frank / extract_silent.ccoptions / option.hh
frank / extract_silent.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
frank / extract_silent.ccTracer.hh
brunette / extractNativeRepeats.ccdatabase / open.hh
brunette / extractNativeRepeats.ccoptions / option.hh
brunette / extractNativeRepeats.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
brunette / extractNativeRepeats.ccTracer.hh
frank / fasol_perres.ccoptions / option.hh
frank / fasol_perres.ccoptions / option_macros.hh
frank / fasol_perres.ccTracer.hh
james / fast_cm.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
james / fast_cm.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / fast_cm.ccoptions / option.hh
james / fast_cm.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
kenjung / FastGap.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
kenjung / FastGap.ccoptions / option.hh
kenjung / FastGap.ccTracer.hh
dgront / Features.ccTracer.hh
momeara / features_database_schema.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
momeara / features_database_schema.ccdatabase / sql_utils.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / Column.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / Constraint.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / ForeignKey.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / insert_statement_generator / InsertGenerator.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / PrimaryKey.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / insert_statement_generator / RowData.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / schema_generator / Schema.hh
kale / examples / features_reporter.ccdatabase / sql_utils.hh
james / filter_sequences.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / filter_sequences.ccoptions / option.hh
james / filter_sequences.ccprof.hh
james / filter_sequences.ccTracer.hh
brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
brunette / filterAlignments.ccoptions / option.hh
brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
brunette / filterAlignments.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
brunette / filterAlignments.ccTracer.hh
brunette / filterAlignments.ccoptions / util.hh
brunette / filterImperfectAln.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
brunette / filterImperfectAln.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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will / old / hubfragdesign.ccoptions / option.hh
will / old / hubfragdesign.ccoptions / option_macros.hh
will / old / hubfragdesign.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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kevin / hydrate.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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colin / ig_dump.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
colin / ig_dump.ccoptions / option.hh
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colin / ig_dump.ccTracer.hh
will / old / IKFGDB.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / IKFGDB.ccoptions / option.hh
will / old / IKFGDB.ccTracer.hh
awatkins / indel.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
awatkins / indel.ccoptions / option.hh
awatkins / indel.ccoptions / util.hh
jrporter / inject_hash.ccdatacache / BasicDataCache.hh
jrporter / inject_hash.ccTracer.hh
jrporter / inject_hash.ccdatacache / WriteableCacheableData.hh
jrporter / inject_hash.ccdatacache / WriteableCacheableMap.hh
mike / inlinetest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
mike / inlinetest.ccoptions / option.hh
mike / inlinetest.ccoptions / keys / relax.OptionKeys.gen.hh
jkleman / input_from_cmd.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
jkleman / input_from_cmd.ccoptions / option.hh
jkleman / input_from_cmd.ccTracer.hh
andrew / interface_ddg_bind.ccdatacache / BasicDataCache.hh
andrew / interface_ddg_bind.ccdatacache / CacheableData.hh
andrew / interface_ddg_bind.ccoptions / option.hh
andrew / interface_ddg_bind.ccoptions / option_macros.hh
andrew / interface_ddg_bind.ccTracer.hh
jkleman / interface_statistics.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
jkleman / interface_statistics.ccoptions / keys / intf.OptionKeys.gen.hh
jkleman / interface_statistics.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
jkleman / interface_statistics.ccoptions / option.hh
jkleman / interface_statistics.ccTracer.hh
murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccdatacache / BasicDataCache.hh
murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccdatacache / CacheableString.hh
murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccoptions / keys / murphp.OptionKeys.gen.hh
murphp / inv_kin_lig_loop_design.ccoptions / option.hh
kdrew / inverse_rotlib_dump.ccoptions / option.hh
kdrew / inverse_rotlib_dump.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
kdrew / inverse_rotlib_dump.ccTracer.hh
kdrew / inverse_rotlib_dump.ccoptions / util.hh
will / old / isct_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / isct_test.ccoptions / option.hh
will / old / isct_test.ccTracer.hh
bcorreia / iterative_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
bcorreia / iterative_design.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
bcorreia / iterative_design.ccoptions / option.hh
bcorreia / iterative_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
bcorreia / iterative_design.ccTracer.hh
james / james_util.hhdatabase / open.hh
james / jcluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / jcluster.ccoptions / option.hh
ashworth / jd2_parser_DNAInt.ccTracer.hh
kale / examples / jd2_state.ccTracer.hh
jd2 / jd2memtest.ccTracer.hh
jd2 / jd2test.ccoptions / option.hh
jd2 / jd2test.ccoptions / option_macros.hh
jd2 / jd2test.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
jd2 / jd2test.ccTracer.hh
james / jdock.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / jdock.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
james / jdock.ccoptions / option.hh
james / jidealize.ccoptions / option.hh
james / jidealize.ccoptions / option_macros.hh
johnk / johnk_docking_protocol.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
johnk / johnk_docking_protocol.ccoptions / option.hh
johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / after_opts.hh
johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / option.hh
johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / option_macros.hh
johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccTracer.hh
johnk / johnk_exact_geometric_solvation.ccoptions / util.hh
johnk / johnk_gapless_threading.ccoptions / option.hh
johnk / johnk_gapless_threading.ccoptions / option_macros.hh
johnk / johnk_gapless_threading.ccTracer.hh
johnk / johnk_gapless_threading.ccoptions / util.hh
johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccoptions / option.hh
johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccoptions / option_macros.hh
johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccTracer.hh
johnk / johnk_interface_geosol_minimization.ccoptions / util.hh
johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / after_opts.hh
johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option_macros.hh
johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccTracer.hh
johnk / johnk_interface_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / util.hh
johnk / johnk_parametrize_geometric_solvation.ccoptions / option_macros.hh
johnk / johnk_parametrize_geometric_solvation.ccTracer.hh
johnk / johnk_recompute_score_and_rmsd.ccoptions / option.hh
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cmiles / jumping.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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dan / loop_minimize.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
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chu / loop_test.ccoptions / option.hh
dan / LoopExtend.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
dan / LoopExtend.ccoptions / option.hh
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dan / LoopExtend.ccTracer.hh
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mike / loophash_cenrelax.ccdatacache / CacheableData.hh
mike / loophash_cenrelax.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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mike / loophash_cenrelax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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mike / loophash_test.ccoptions / keys / lh.OptionKeys.gen.hh
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kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
kale / kic_refactor / original / LoopRelaxMover.ccoptions / option.hh
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awatkins / macrocycle_sampling.ccoptions / keys / loops.OptionKeys.gen.hh
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awatkins / make_a3b_bundle.ccoptions / option_macros.hh
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james / make_artificial_centroids.ccoptions / option.hh
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nobuyasu / make_frag_ssdep.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
nobuyasu / make_frag_ssdep.ccoptions / option.hh
nobuyasu / make_frag_ssdep.ccoptions / option_macros.hh
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awatkins / make_ideal_a3b_fragment.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
awatkins / make_ideal_a3b_fragment.ccoptions / option.hh
awatkins / make_ideal_a3b_fragment.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
doug / make_peptoid.ccdatabase / open.hh
doug / cu_binder / make_peptoid.ccdatabase / open.hh
doug / make_peptoid.ccoptions / option.hh
doug / cu_binder / make_peptoid.ccoptions / option.hh
doug / make_peptoid.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
doug / cu_binder / make_peptoid.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
doug / make_peptoid.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
doug / cu_binder / make_peptoid.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
doug / make_peptoid_sequence.ccdatabase / open.hh
doug / make_peptoid_sequence.ccoptions / option.hh
doug / make_peptoid_sequence.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
doug / make_peptoid_sequence.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
james / make_profile.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / make_profile.ccoptions / option.hh
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csykang / make_retroinverso.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
csykang / make_retroinverso.ccoptions / option.hh
csykang / make_retroinverso.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
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frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / after_opts.hh
frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
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frank / make_rms_filtered_fragfile.ccoptions / option_macros.hh
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will / old / make_symmetric_task_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / make_symmetric_task_test.ccoptions / option.hh
james / mammoth_hack.ccoptions / after_opts.hh
james / mammoth_hack.ccdatacache / BasicDataCache.fwd.hh
james / mammoth_hack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / mammoth_hack.ccoptions / keys / james.OptionKeys.gen.hh
james / mammoth_hack.ccMetricValue.fwd.hh
james / mammoth_hack.ccoptions / option.hh
james / mammoth_hack.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
james / mammoth_hack.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
james / mammoth_hack.ccTracer.fwd.hh
james / mammoth_hack.ccTracer.hh
frank / map_morph.ccoptions / keys / edensity.OptionKeys.gen.hh
frank / map_morph.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
frank / map_morph.ccoptions / option.hh
frank / map_morph.ccoptions / option_macros.hh
frank / map_morph.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
frank / map_morph.ccoptions / util.hh
will / old / match_disulf.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
will / old / match_disulf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / match_disulf.ccoptions / option.hh
will / old / match_disulf.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / matdes_design.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
neil / matdes_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
neil / matdes_design.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
neil / matdes_design.ccdatabase / open.hh
neil / matdes_design.ccoptions / option.hh
neil / matdes_design.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
neil / matdes_design.ccoptions / keys / parser.OptionKeys.gen.hh
neil / matdes_design.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
neil / matdes_design.ccTracer.hh
neil / matdes_design_2comp.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
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nmarze / motif_dock.ccTracer.hh
will / old / motif_hash_util.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / motif_hash_util.ccoptions / keys / mh.OptionKeys.gen.hh
will / old / motif_hash_util.ccdatabase / open.hh
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mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / keys / motifs.OptionKeys.gen.hh
mdsmith / motif_ligand_packer_design.ccoptions / option.hh
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phil / motif_scan.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
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ralford / archive / framework_devel / mp_database_check.ccTracer.hh
jkleman / mp_find_interface.ccTracer.hh
jkleman / mp_find_interface_test.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
jkleman / mp_find_interface_test.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
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jkleman / mp_parameters.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
jkleman / mp_parameters.ccoptions / option.hh
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jkleman / mp_qrtest.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
jkleman / mp_qrtest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
jkleman / mp_qrtest.ccoptions / keys / mp.OptionKeys.gen.hh
jkleman / mp_qrtest.ccoptions / option.hh
jkleman / mp_qrtest.ccTracer.hh
jkleman / mp_quick_relax.ccTracer.hh
jkleman / mp_relax_partners_separately.ccTracer.hh
membrane / mp_rsd_energies.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
membrane / mp_rsd_energies.ccoptions / option.hh
membrane / mp_rsd_energies.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
membrane / mp_rsd_energies.ccTracer.hh
jkleman / mpdocking.ccTracer.hh
jkleman / mpdocking_setup.ccTracer.hh
jkleman / mpfolding.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
jkleman / mpfolding.ccoptions / option.hh
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nobuyasu / sasa.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
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liz / score_ddgs.ccoptions / after_opts.hh
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liz / score_ddgs.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
liz / score_ddgs.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
liz / score_ddgs.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
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nobuyasu / score_delete_segments.ccoptions / option.hh
nobuyasu / score_delete_segments.ccoptions / option_macros.hh
nobuyasu / score_delete_segments.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
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doug / score_min_rtmin_test.ccTracer.hh
dekim / score_nonlocal_frags.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
dekim / score_nonlocal_frags.ccoptions / option.hh
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dekim / score_nonlocal_frags.ccTracer.hh
gktaylor / score_pdb.ccoptions / after_opts.hh
gktaylor / score_pdb.ccbasic.hh
gktaylor / score_pdb.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
gktaylor / score_pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
gktaylor / score_pdb.ccdatabase / open.hh
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will / old / score_pdbs.ccoptions / option.hh
will / old / score_pdbs.ccTracer.hh
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kkappel / score_rnp.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
kkappel / score_rnp.ccoptions / option.hh
kkappel / score_rnp.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
kkappel / score_rnp.ccTracer.hh
kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / option.hh
kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / option_macros.hh
kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
kkappel / score_rnp_lowres.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
kkappel / score_rnp_lowres.ccTracer.hh
gktaylor / score_silent.ccoptions / after_opts.hh
gktaylor / score_silent.ccbasic.hh
gktaylor / score_silent.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
gktaylor / score_silent.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
gktaylor / score_silent.ccdatabase / open.hh
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james / score_silent_cst.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
james / score_silent_cst.ccoptions / option.hh
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maprahamian / score_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
maprahamian / score_test.ccoptions / option.hh
mike / sctrials.ccdatacache / BasicDataCache.hh
mike / sctrials.ccdatacache / DataMap.hh
mike / sctrials.ccdatacache / DiagnosticData.hh
mike / sctrials.ccTracer.hh
awatkins / sec_struct_finder.ccoptions / option.hh
awatkins / sec_struct_finder.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
awatkins / sec_struct_finder.ccTracer.hh
awatkins / sec_struct_finder.ccoptions / util.hh
flo / SecondaryMatcher.ccdatacache / BasicDataCache.hh
flo / SecondaryMatcher.ccdatacache / CacheableString.hh
flo / SecondaryMatcher.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
flo / SecondaryMatcher.ccoptions / option.hh
flo / SecondaryMatcher.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
flo / SecondaryMatcher.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
flo / SecondaryMatcher.ccTracer.hh
bazzoli / sel_hbonds.ccoptions / option.hh
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fcchou / turner_two_chain.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
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brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
brunette / unalignedEvaluate.ccoptions / option.hh
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ralford / archive / version_mpscorefxn.ccoptions / option_macros.hh
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andrew / version_scorefunction.ccoptions / option_macros.hh
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ben / VIP_app.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
ben / VIP_app.ccoptions / option.hh
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ralford / archive / framework_devel / virtual_residue_trees.ccTracer.hh
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ralford / archive / visualize_membrane.ccoptions / option.hh
ralford / archive / visualize_membrane.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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ralford / archive / visualize_membrane.ccTracer.hh
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kevin / vsasa_pdbcode_res.ccoptions / option.hh
kevin / vsasa_pdbcode_res.ccTracer.hh
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will / old / ward_design.ccdatabase / open.hh
will / old / ward_design.ccoptions / option.hh
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kevin / wat_distances.ccMetricValue.hh
kevin / wat_distances.ccoptions / option.hh
kevin / wat_distances.ccTracer.hh
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dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / option_macros.hh
dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
dgront / experiments / welde_chains.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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will / old / will_mutalyze.ccdatacache / CacheableString.hh
will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / matdes.OptionKeys.gen.hh
will / old / will_mutalyze.ccMetricValue.hh
will / old / will_mutalyze.ccdatabase / open.hh
will / old / will_mutalyze.ccoptions / option.hh
will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / will_mutalyze.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
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will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / option.hh
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will / old / willmatch_2d6_bhe.ccTracer.hh
will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / util.hh
will / old / willmatch_2d6_bhe.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / option.hh
will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / willmatch_chorismate.ccTracer.hh
will / old / willmatch_chorismate.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / willmatch_d6_bpy.ccdatabase / open.hh
will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / option.hh
will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / willmatch_d6_bpy.ccTracer.hh
will / old / willmatch_d6_bpy.ccoptions / keys / willmatch.OptionKeys.gen.hh
cmiles / windowed_rama.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
cmiles / windowed_rama.ccoptions / option.hh
cmiles / windowed_rama.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / keys / evaluation.OptionKeys.gen.hh
cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / option.hh
cmiles / windowed_rmsd.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
bder / xtal_water_bunsat.ccMetricValue.hh
bder / xtal_water_bunsat.ccoptions / option.hh
bder / xtal_water_bunsat.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
bder / xtal_water_bunsat.ccTracer.hh
kale / examples / xyz_from_pose.ccTracer.hh
will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / option.hh
will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / option_macros.hh
will / old / xyzStripeHash_dump.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / xyzStripeHash_dump.ccTracer.hh
will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / option.hh
will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / option_macros.hh
will / old / xyzStripeHash_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
will / old / xyzStripeHash_test.ccTracer.hh
will / old / yeates_align.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / old / yeates_align.ccoptions / option.hh
will / old / yeates_align.ccTracer.hh
phil / zf_relax.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
phil / zf_relax.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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phil / zf_relax.ccTracer.hh
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bder / zinc_helix_cap.ccMetricValue.hh
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bder / zinc_helix_cap.ccTracer.hh
chu / zinc_stat.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
chu / zinc_stat.ccoptions / option.hh
chu / zinc_stat.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
bder / ZincMinimize.ccoptions / option.hh
bder / ZincMinimize.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
bder / ZincMinimize.ccTracer.hh
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bder / ZincSiteEvaluator.ccoptions / option.hh
bder / ZincSiteEvaluator.ccTracer.hh
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andrew / zn_match_symmdock.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
andrew / zn_match_symmdock.ccoptions / option.hh
andrew / zn_match_symmdock.ccoptions / option_macros.hh
andrew / zn_match_symmdock.ccTracer.hh
possu / build_repeats.ccoptions / option.hh
possu / build_repeats.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
possu / build_repeats.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
possu / build_repeats.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
possu / build_repeats.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
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possu / build_repeats.ccoptions / keys / ufv.OptionKeys.gen.hh
possu / build_repeats.ccoptions / keys / remodel.OptionKeys.gen.hh
possu / build_repeats.ccTracer.hh
possu / helical_param.ccoptions / option.hh
possu / helical_param.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
possu / helical_param.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
possu / helical_param.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
possu / helical_param.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
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rhiju / rna_test.ccoptions / option_macros.hh
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rhiju / screen_phosphates.ccTracer.hh
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rjha / MetalInterface.hhTracer.hh
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rjha / MetalInterfaceStructureCreator.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
rjha / NeighborMatch.ccMetricValue.hh
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rjha / NeighborMatch.ccoptions / option.hh
rjha / NeighborMatch.ccTracer.hh
rjha / SurfaceGroups.ccMetricValue.hh
rjha / SurfaceGroups.ccoptions / util.hh
rjha / SurfaceGroups.ccoptions / option.hh
rjha / SurfaceGroups.ccTracer.hh
rjha / ZincMatchFilter.ccoptions / util.hh
rjha / ZincMatchFilter.ccoptions / option.hh
rjha / ZincMatchFilter.ccTracer.hh
rmoretti / atom_tree_check.ccoptions / option.hh
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rmoretti / atom_tree_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / atom_tree_check.ccTracer.hh
rmoretti / bcl_type_check.ccoptions / option.hh
rmoretti / bcl_type_check.ccoptions / option_macros.hh
rmoretti / bcl_type_check.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / bcl_type_check.ccTracer.hh
rmoretti / crash_report_test.ccoptions / option.hh
rmoretti / crash_report_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / option.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccTracer.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / option_macros.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / docking.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / extract_atomtree_diffs_jd1.ccoptions / keys / enzdes.OptionKeys.gen.hh
rmoretti / ligand_dock_jd1.ccoptions / option.hh
rmoretti / ligand_dock_jd1.ccdatacache / BasicDataCache.hh
rmoretti / ligand_dock_jd1.ccTracer.hh
rmoretti / ligand_dock_jd1.ccdatacache / CacheableString.hh
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shilei / match_disulfide_to_scaffold.ccoptions / option.hh
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shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / util.hh
shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / option.hh
shilei / read_pose_jump_orientation_repack.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
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shilei / score_hotspot_cst.ccTracer.hh
shilei / score_hotspot_cst.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
shilei / score_hotspot_cst.ccoptions / option.hh
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shilei / tmalign_cluster.ccoptions / option.hh
shilei / tmalign_cluster.ccoptions / option_macros.hh
shilei / tmalign_cluster.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
shilei / tmalign_cluster.ccTracer.hh
shirst / LoophashFilter.ccdatacache / BasicDataCache.hh
shirst / LoophashFilter.ccoptions / option.hh
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whitney / whitney_identify_epitope.ccoptions / option.hh
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whitney / whitney_identify_epitope.ccoptions / option_macros.hh
whitney / whitney_identify_epitope.ccTracer.hh
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whitney / whitney_local_backrub.ccTracer.hh
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whitney / whitney_prepare_native.ccTracer.hh
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will / holes.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
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will / holes.ccoptions / option.hh
will / holes.ccdatacache / BasicDataCache.hh
will / holes.ccdatacache / CacheableString.hh
will / holes.ccTracer.hh
will / holes.ccdatabase / open.hh
will / holes_daball_input.ccoptions / option.hh
will / holes_daball_input.ccoptions / keys / holes.OptionKeys.gen.hh
will / holes_daball_input.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / sym_multicomp_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / sym_multicomp_test.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
will / sym_multicomp_test.ccoptions / option.hh
will / sym_multicomp_test.ccTracer.hh
will / test_surf_vol.ccoptions / option.hh
will / test_surf_vol.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
will / test_threaded_scoring.ccoptions / option.hh
will / test_threaded_scoring.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / option.hh
wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / keys / rescore.OptionKeys.gen.hh
wojtek / FiberDiffractionTest.ccoptions / keys / symmetry.OptionKeys.gen.hh
woodsh / mp_optimize_geometry_params.ccoptions / option.hh
woodsh / mp_optimize_geometry_params.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
woodsh / mp_optimize_geometry_params.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
woodsh / mp_transition_bfactor.ccoptions / option.hh
woodsh / mp_transition_bfactor.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
woodsh / set_radius.ccoptions / option.hh
woodsh / set_radius.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
wujsean / graft_ligand.ccoptions / option.hh
wujsean / graft_ligand.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
wujsean / graft_ligand.ccoptions / keys / cm.OptionKeys.gen.hh
wujsean / graft_ligand.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
xingjiepan / dna_motif_matcher.ccTracer.hh
xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / option.hh
xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / util.hh
xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / keys / score.OptionKeys.gen.hh
xingjiepan / dna_motif_matcher.ccoptions / keys / dna.OptionKeys.gen.hh
yab / buns_report.ccMetricValue.hh
yab / ufv.ccoptions / option.hh
yab / ufv.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
yab / ufv.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
yab / ufv.ccoptions / keys / pose_metrics.OptionKeys.gen.hh
yab / ufv.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
yab / ufv.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
yab / ufv.ccoptions / keys / ufv.OptionKeys.gen.hh
yab / ufv.ccTracer.hh
yab / vllb.ccTracer.hh
yfsong / challenge.ccoptions / option.hh
yfsong / challenge.ccoptions / keys / OptionKeys.hh
yfsong / challenge.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
yfsong / challenge.ccoptions / keys / constraints.OptionKeys.gen.hh
yfsong / challenge.ccoptions / keys / rigid.OptionKeys.gen.hh
yfsong / challenge.ccTracer.hh
yfsong / PB_potential.ccTracer.hh
yfsong / PB_potential.ccoptions / option.hh
yfsong / PB_potential.ccoptions / util.hh
yfsong / PB_potential.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
yfsong / plot_hb.ccoptions / option.hh
yfsong / plot_hb.ccTracer.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccMetricValue.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / option.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / after_opts.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / option_macros.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccTracer.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / keys / run.OptionKeys.gen.hh
yiliu / AbinitioClassic.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
yiliu / combine_silent_test.ccoptions / option.hh
yiliu / combine_silent_test.ccoptions / after_opts.hh
yiliu / combine_silent_test.ccbasic.hh
yiliu / combine_silent_test.ccTracer.hh
yiliu / combine_silent_test.ccdatabase / open.hh
yiliu / combine_silent_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
yiliu / combine_silent_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
yiliu / design_contrast_and_statistic.ccTracer.hh
yiliu / design_contrast_and_statistic.ccbasic.hh
yiliu / design_contrast_and_statistic.ccoptions / option.hh
yiliu / design_contrast_and_statistic.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
yiliu / design_contrast_and_statistic.ccoptions / keys / packing.OptionKeys.gen.hh
yiliu / design_contrast_test.ccTracer.hh
yiliu / design_contrast_test.ccoptions / option.hh
yiliu / design_contrast_test.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
yiliu / extract_pdbs_test.ccoptions / option.hh
yiliu / extract_pdbs_test.ccoptions / after_opts.hh
yiliu / extract_pdbs_test.ccbasic.hh
yiliu / extract_pdbs_test.ccTracer.hh
yiliu / extract_pdbs_test.ccdatabase / open.hh
yiliu / extract_pdbs_test.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
ysrinivasan / mucintypeglycosylation.ccoptions / option.hh
ysrinivasan / mucintypeglycosylation.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / extract_CA_coords.ccoptions / option_macros.hh
zhezhang / extract_CA_coords.ccTracer.hh
zhezhang / extract_CA_coords.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / extract_CA_coords.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / extract_replica.ccoptions / option_macros.hh
zhezhang / extract_replica.ccTracer.hh
zhezhang / extract_replica.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / extract_replica.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / extract_replica.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / option_macros.hh
zhezhang / fasta2pdb.ccTracer.hh
zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / keys / out.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / fasta2pdb.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / r_rmsf.ccoptions / option_macros.hh
zhezhang / r_rmsf.ccTracer.hh
zhezhang / r_rmsf.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
zhezhang / r_rmsf.ccoptions / keys / cluster.OptionKeys.gen.hh
zibochen / pad_helices.ccoptions / option.hh
zibochen / pad_helices.ccoptions / keys / in.OptionKeys.gen.hh
zibochen / pad_helices.ccoptions / option_macros.hh
zibochen / pad_helices.ccTracer.hh
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