- a -

• a : _S2 , A1 , Atom , Base , basic::sampling::orientations::Triple , Bond , Data1 , outer::inner , POD4 , POD6 , S
• a1_ : CoupledFunc
• a2_ : CoupledFunc
• a_ : numeric::linear_algebra::EllipseParameters , Spacegroup
• a_double : Access
• a_float : testers::test_my_struct
• A_is_decomp_ : basic::svd::SVD_Solver
• A_is_set_ : basic::svd::SVD_Solver
• a_string : testers::test_my_struct
• a_vector : testers::test_my_struct
• aa : myspace::DataStruct , myspace::InputData
• aa1 : Hit , MatchLig
• aa2 : Hit , MatchLig
• aa2_dump_ : myspace::DataClass
• aa_ : ScoreFragInfo
• aas : Link
• ab_dock_chains_ : protocols::antibody::design::AntibodyDesignMoverGenerator
• ab_info_ : myspace::GraftTester , protocols::antibody::design::AntibodyDesignMoverGenerator , protocols::antibody::task_operations::AddFrameworkProfilesOperation
• abinitio_ : TryScoreFilter
• abort : pyrosetta.distributed.cluster.logging_listeners.SocketListener
• abort_ : TCDock
• abort_button : job_manager.StatusWindow
• abrelax_ : AbInitio_MPI
• abrelax_checkpoints_ : protocols::abinitio::JumpSpecificAbrelax
• abs_value : detail::int_writer< OutputIt, Char, UInt >
• abv_motif_string_ : apps::pilot::frankdt::Motif
• accept_ : myMC
• acceptor_atoms_ : HBondedPairIterator
• acceptor_orbitals_ : HBondedPairIterator
• accessed_options_ : utility::tag::Tag
• accum : WorkDat
• actions_ : utility::json_spirit::Json_grammer< Value_type, Iter_type >
• active : CST , DCST
• active_ : utility::Bound< T >
• active_set : Solver
• active_size : Solver
• adapt_threshold : pyrosetta.distributed.cluster.core.PyRosettaCluster
• add_delimiter_spaces : formatting_range< Char, Enable > , formatting_tuple< Char, Enable >
• add_on_binder_for_namespaces_ : binder::Config
• add_on_binders_ : binder::Config
• add_prepostfix_space : formatting_range< Char, Enable > , formatting_tuple< Char, Enable >
• add_to_current_ : protocols::antibody::task_operations::AddFrameworkProfilesOperation
• additional_decoy_info : pyrosetta.toolbox.py_jobdistributor.PyJobDistributor
• addmem_ : TestQuickRelaxMover
• address_ : ui::task::NetworkCall
• affiliation_ : basic::citation_manager::UnpublishedModuleAuthor
• AHD_geom_eval_threshold : xtal_water_bunsat
• AHD_geom_eval_threshold_ : hbond_geom_strat
• AHdist_geom_eval_threshold : xtal_water_bunsat
• AHdist_geom_eval_threshold_ : hbond_geom_strat
• ala_interface_ : HDdesignMover
• algorithm : schema.Job
• algorithm_ : NativeEnsemble
• align : basic_format_specs< Char >
• align_chunk_ : apps::pilot::MultiTemplateAlignChunkMover
• align_info : MatchLig
• align_option_ : apps::pilot::MultiTemplateAlignChunkMover
• align_to_ss_only_ : apps::pilot::AlignChunkMover
• align_trial_counter_ : apps::pilot::AlignChunkMover
• aligned_ : ThisApplication
• aligned_seq_ : ThisApplication
• alive : pyrosetta.tests.distributed.test_gil.HeartBeat
• all_ : SphereSampler , utility::options::OptionCollection
• all_messages_ : utility::SimulateMPIData
• allfrags : FragmentAssemblyMover
• allnodes_ : SphereSample
• alloc_ : basic_memory_buffer< T, SIZE, Allocator >
• allocated_ : utility::graph::NegSpaceElement< T >
• allow_de_ : zinc_stats::ZincStatisticGenerator
• allow_his_ : zinc_stats::ZincStatisticGenerator
• allow_null_ : basic::database::schema_generator::Column
• allow_reuse_address : pyrosetta.distributed.cluster.logging_listeners.SocketListener
• allow_syn_pyrimidine : erraser_option.erraser_option
• allowed_elements_ : MetalSiteFinderMover
• allowed_elements_list_ : MetalSiteFinderMover
• allowed_secstruct_ : zinc_stats::ZincStatisticGenerator
• AllowLoopEnd : StructureConfidence
• allowNonProtein_ : HBondReporter
• aln_chain_ : CalcIrms
• alpha : decision_function , Solver , WorkDat
• alpha_ : Arch , Spacegroup , TCDock
• alpha_status : Solver
• alt : basic_format_specs< Char >
• alternative_search_paths_ : utility::io::izstream
• always_show_output : job_manager.StatusWindow
• am_ : PickBAB
• an_int : testers::test_my_struct
• anchor : APDBCMover
• angle : latticeHit
• angle1_ : Arch
• angle2_ : Arch
• angle_max_ : TestQuickRelaxMover
• angle_scorefxn_ : zinc1_homodimer_design
• angle_stdev_ : ZincMatchFilter
• angle_weight_ : ZincMatchFilter
• ANGLE_WT : pseudoTrace
• angth : KRSQuery
• any_vectors_ : utility::options::OptionCollection
• anys_ : utility::options::OptionCollection
• apolar : fiberHit
• app : ui::task::Task::Job
• arch_ : TCDock
• arg_ : detail::arg_converter< T, Context > , detail::char_converter< Context >
• arg_id : detail::format_part< Char >::replacement , detail::id_adapter< Handler, Char >
• arg_id_end : detail::format_part< Char >
• arg_index : detail::format_part< Char >::value
• arg_type_ : detail::numeric_specs_checker< ErrorHandler >
• args : detail::default_arg_formatter< OutputIt, Char >
• args_ : basic_format_args< Context > , basic_format_context< OutputIt, Char > , basic_printf_context< OutputIt, Char > , detail::arg_data< T, Char, NUM_ARGS, NUM_NAMED_ARGS > , detail::arg_data< T, Char, NUM_ARGS, 0 >
• argv_copy_ : utility::options::OptionCollection
• array_ : ObjexxFCL::CArray< T > , ObjexxFCL::CArrayP< T > , ObjexxFCL::Chunk< T > , ObjexxFCL::FArray1< T > , ObjexxFCL::FArray1A< T > , ObjexxFCL::FArray1D< T > , ObjexxFCL::FArray1P< T > , ObjexxFCL::FArray2< T > , ObjexxFCL::FArray2A< T > , ObjexxFCL::FArray2D< T > , ObjexxFCL::FArray2P< T > , ObjexxFCL::FArray3< T > , ObjexxFCL::FArray3A< T > , ObjexxFCL::FArray3D< T > , ObjexxFCL::FArray3P< T > , ObjexxFCL::FArray4< T > , ObjexxFCL::FArray4A< T > , ObjexxFCL::FArray4D< T > , ObjexxFCL::FArray4P< T > , ObjexxFCL::FArray5< T > , ObjexxFCL::FArray5A< T > , ObjexxFCL::FArray5D< T > , ObjexxFCL::FArray5P< T > , ObjexxFCL::FArray6< T > , ObjexxFCL::FArray6A< T > , ObjexxFCL::FArray6D< T > , ObjexxFCL::FArray6P< T > , ObjexxFCL::FArray< T > , ObjexxFCL::FArraySection< T > , ObjexxFCL::KeyFArray1D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray2D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray3D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray4D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray5D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray6D< T > , utility::fixedsizearray0< T, S > , utility::fixedsizearray1< T, S > , utility::graph::Array0< T > , utility::graph::ArrayPoolElement< T > , utility::graph::NegSpaceElement< T > , utility::json_spirit::Json_grammer< Value_type, Iter_type >::definition< ScannerT >
• array_blocks_ : utility::graph::ArrayPool< T >
• array_size_ : ObjexxFCL::FArray1< T > , ObjexxFCL::FArray1A< T > , ObjexxFCL::FArray1D< T > , ObjexxFCL::FArray1P< T > , ObjexxFCL::FArray2< T > , ObjexxFCL::FArray2A< T > , ObjexxFCL::FArray2D< T > , ObjexxFCL::FArray2P< T > , ObjexxFCL::FArray3< T > , ObjexxFCL::FArray3A< T > , ObjexxFCL::FArray3D< T > , ObjexxFCL::FArray3P< T > , ObjexxFCL::FArray4< T > , ObjexxFCL::FArray4A< T > , ObjexxFCL::FArray4D< T > , ObjexxFCL::FArray4P< T > , ObjexxFCL::FArray5< T > , ObjexxFCL::FArray5A< T > , ObjexxFCL::FArray5D< T > , ObjexxFCL::FArray5P< T > , ObjexxFCL::FArray6< T > , ObjexxFCL::FArray6A< T > , ObjexxFCL::FArray6D< T > , ObjexxFCL::FArray6P< T > , ObjexxFCL::FArray< T > , ObjexxFCL::KeyFArray1D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray2D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray3D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray4D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray5D< T > , ObjexxFCL::KeyFArray6D< T > , utility::graph::ArrayPool< T >
• article_title_ : basic::citation_manager::Citation
• assign_ss_ : MyScoreMover
• assigned_frags : FragmentAssemblyMover
• assigned_frags_ : FragMonteCarlo
• assignment : numeric::CalculatorParser
• Assignments_ : numeric::VoxelGrid< T >
• ast_context : BinderVisitor
• atm1 : DCST
• atm2 : DCST
• atom_hydrophobic_ : MyAtom
• atom_i_ : DistancePrediction
• atom_ids_ : SameResidueTypeConstraint
• atom_j_ : DistancePrediction
• atom_map_ : apps::pilot::AlignChunkMover
• atom_name : pep_coord_cst
• atom_name_ : DistanceMatrix
• atom_sasa_ : xtal_water_bunsat
• atom_sasa_cutoff_ : BacksideHbondFinderMover
• atom_scores_ : RosettaHolesMover
• atom_vdw_ : CustomMover
• atomIDs : HECTMover , UBQ_E2Mover , UBQ_GTPase_disulfide_Mover
• atomno_ : numeric::geometry::hashing::Ball
• atoms_ : sidechain_cst_3.Residue
• atoms_to_constrain_ : HemeBindingMover
• atr_ : GridWeights
• atr_mult_ : DockGlycansProtocol
• attach : PoseWrap
• attach_as_sc_ : PoseWrap
• attach_atom_ : PoseWrap
• attach_rsd_ : PoseWrap
• attach_to_region_ : PoseWrap
• attached_scattach_res_ : PoseWrap
• attached_scattach_res_name_ : PoseWrap
• attempt_pyrimidine_flip : erraser_option.erraser_option
• attributes : utility::tag::XMLSchemaSimpleSubelementList::ElementSummary
• attributes_ : utility::tag::XMLSchemaComplexType , utility::tag::XMLSchemaComplexTypeGeneratorImpl
• author_name_ : basic::citation_manager::UnpublishedModuleAuthor
• authors_ : basic::citation_manager::UnpublishedModuleInfo
• auto_cut : ElecDensMinPackMinReporter
• auto_increment_ : basic::database::schema_generator::Column
• auto_increment_base_ : basic::database::schema_generator::Column
• av_dev_RDCs_ : RDCToolMover
• average_RDCs_ : RDCToolMover
• axes : pointGroupHit
• axis : HelixHit , MatchAlignInfo
• axis1_ : Arch
• axis2_ : Arch
• axis_ : SphereNode
• axis_ranges_ : numeric::interpolation::InterpolatedPotential< N >
• axismap_ : TCDock
• axs : Hit , KRSQuery