- j -

• jacobi() : RDCTest.cc
• jitter_and_minimize() : make_ideal_betapeptide.cc , test_KIC_betapeptide.cc
• jitterloop() : design_truecycpeptide_fromstub.cc
• join() : format.h , ranges.h
• journal_club_syn_chi() : parin_test.cc
• juke_sam_pos() : capri15.cc
• juke_sam_test() : rna_protein_test.cc
• jumps_to_root() : smhybrid.cc