Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- g -

• g() : gen_vdw_radius_soft.m
• ga_main() : multistate_design_ga.cc
• gather_info_all_repeats() : extractNativeRepeats.cc
• gather_info_canonical_repeats() : extractNativeRepeats.cc
• gather_repeat() : extractNativeRepeats.cc
• gather_repeats() : extractNativeRepeats.cc
• gather_ss_pct() : silents_to_ss.cc
• Gaussian : smooth_2D.m
• gaussian_angle_move() : turner_two_chain.cc
• GaussianParameterSet : rna_test.cc
• gen : KeyLookup.functors.hh , KeyLookup.functors.ii
• gen_fold_tree_for_nbr_segments() : pep_spec.03-11.cc , pep_spec_flx.mov.cc , pep_spec_flx.cc , pep_spec.cc , pep_spec.06-23.cc , pep_ref.cc , pep_rama.cc , pep_prepspec.cc , pep_paapp.cc , pep_gly.cc
• gen_pep_bb_frag() : pep_paapp.cc , pep_spec_flx.mov.cc , pep_spec_flx.cc , pep_spec.cc , pep_spec.06-23.cc , pep_ref.cc , pep_rama.cc , pep_prepspec.cc , pep_gly.cc
• gen_pep_bb_frag_old() : pep_spec.cc , pep_spec_flx.cc , pep_spec_flx.mov.cc
• gen_pep_bb_rama() : pep_prepspec.cc , pep_spec_flx.mov.cc , pep_spec_flx.cc , pep_spec.cc , pep_spec.06-23.cc , pep_rama.cc , pep_paapp.cc , pep_gly.cc , pep_ref.cc
• gen_pep_bb_sequential() : pep_spec_flx.cc , pep_spec_flx.mov.cc , pepspec.cc
• genborn_test() : test_multithreaded_ramapp_load.cc
• general_initialize() : coarse_rna_test.cc
• generalize_gaussian_chain_func_test() : generalize_gaussian_chain_func_test.cc
• generate_combined_model() : repeat_dock.cc
• generate_disulfide_conformations() : gen_trimer_disulf.cc
• generate_dunbrack_binaries() : generate_database_cache.cc
• generate_extended_pose() : extend.cc
• generate_factory() : Superimpose_Pdbs.cc
• generate_from_fiber() : cryst_gen.cc
• generate_from_point() : cryst_gen.cc
• generate_partial_threads() : tj_util.hh
• generate_schema() : PrepareGraphNodes.cc
• generate_sequence_binary_alphabet() : benchmark_k_medoids.cc
• generateRankedAlignments() : contact_map_from_homologs.cc
• generous_hbond_settings : BuriedUnsatPolarsFinder2.cc
• get_aa_torsion_string() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_ABGEO_string() : test_bbmc.org.cc , test_bbmc.cc
• get_aligned_crd() : avrg_silent.cc
• get_all() : turner_two_chain.cc
• get_all_1helix_docks() : repeat_dock.cc
• get_all_2helix_docks() : repeat_dock.cc
• get_all_tor_id() : turner_two_chain.cc
• get_aln() : rblinker2_overlay_bound.cc
• get_aln_resi() : rblinker2.cc , rblinker2_overlay_bound.cc , rblinker2_test.cc
• get_ang_samp() : cxdock.cc
• get_angle_and_offset() : cryst_gen.cc
• get_angle_sets() : coarse_rna_test.cc
• get_angles() : evalRepeats.cc , mpframework_test2.cc , armEval.cc
• get_area() : test_gradient.cc
• get_area_tot() : test_gradient.cc
• get_atom_lk_burial() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_atom_lk_energy() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_atom_lk_energy_by_residue_no_count_pair() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_atom_packing_score() : will_mutalyze.cc , matdes_mutalyze.cc , matdes_design_2comp.cc , design_symm_110330_good.cc , design_symm.cc , des_pos_ddG.cc , matdes_design.cc
• get_atom_vdw() : calculate_distances.cc
• get_atomatom_rt() : domain_assemble.cc
• get_atomindex() : avrg_silent.cc
• get_attachment_point_string() : test_symmetry.cc
• get_avail_don_acc() : cxdock_sheet.cc , dxdock.cc
• get_avrgcrd() : avrg_silent.cc
• get_avrgpose() : avrg_silent.cc
• get_axis_angle() : cryst_gen.cc
• get_backbone() : turner_two_chain.cc
• get_backbone_rotamers() : rna_test.cc
• get_backbone_segment() : loophash_test.cc
• get_base_coordinate_system() : pdbstats_test.cc , rna_protein_test.cc
• get_base_pair_coordinate_system() : coarse_rna_test.cc
• get_base_pucker() : dna_spec_test.cc , simple_dna_regression_test.cc
• get_base_steps() : turner_two_chain.cc
• get_basepair_atoms() : rna_test.cc
• get_BB__C() : gpu_bb_struct.hh
• get_BB__N() : gpu_bb_struct.hh
• get_BB__O() : gpu_bb_struct.hh
• get_BB_CA() : gpu_bb_struct.hh
• get_BB_CB() : gpu_bb_struct.hh
• get_best_rotamer_index() : general_pair_counting.cc
• get_beta_name() : design_cycpeptide_MPI.cc
• get_bin_size() : turner_rules_test.cc
• get_binding_score() : pepspec.cc
• get_boltzmann_probabilities() : dna_design_test.cc
• get_bonded_rna_dof_ids() : capri15.cc
• get_bps_seq() : rna_database.cc
• get_bps_sub_dir() : rna_database.cc
• get_bps_tag() : rna_database.cc
• get_ca_distance() : byres_data.cc
• get_ca_distances() : james_util.hh
• get_centered_pose() : heterodock.cc
• get_central_pose() : tj_util.hh
• get_centroid() : pdbstats_test.cc , rna_protein_test.cc
• get_centroid_dock_scorefxn() : capri15.cc
• get_centroid_dock_scorefxn_old() : capri15.cc
• get_change_in_distance() : extractNativeRepeats.cc
• get_chis() : gen_trimer_disulf.cc
• get_chis_complicated() : gen_trimer_disulf.cc
• get_clash_pairs() : pepspec.cc
• get_close_and_lowE() : avrg_silent.cc
• get_complex_score() : rnp_ddg.cc
• get_contact_devs() : iterhybrid_selector.cc
• get_contact_list() : iterhybrid_selector.cc
• get_contacts() : analyze_docked_RNA_motifs.cc
• get_coordinate_system() : create_disulfide_fa_angle_statistics.cc , create_disulfide_distance_statistics.cc , create_disulfide_database.cc , create_disulfide_alldata.cc , compute_disulfide_matching_score.cc , create_disulfide_angle_statistics.cc
• get_csts_from_pose() : setup_coord_csts.cc
• get_cx_xform() : CXdock.cc , dxdock_movie.cc , sicdock.cc
• get_cys_rts() : sf4_hash.cc
• get_D_name() : design_cycpeptide_MPI.cc
• get_ddG() : mpframework_integration.cc , gcc185_test.cc
• get_ddg() : cxdesign.cc , pentcb_design.cc
• get_deriv() : test_gradient.cc
• get_des_pos() : mkresfile_i213.cc , rescore_i213.cc
• get_disordered_regions() : tj_util.hh
• get_distance() : armEval.cc , evalRepeats.cc , findNaturallyOccuringAlphaRepeats.cc
• get_distance_around_rna_base() : calculate_distances.cc
• get_distance_endpoint() : armEval.cc , evalRepeats.cc , findNaturallyOccuringAlphaRepeats.cc
• get_distance_measure() : make_a3b_bundle.cc , design_cycpeptide_MPI.cc , make_betahelicalbundle.cc , make_helicalbundle.cc
• get_distance_midCA() : armEval.cc , evalRepeats.cc
• get_distances() : mpframework_test2.cc , calculate_distances.cc
• get_distances_around_rna_backbone() : calculate_distances.cc
• get_disulfides_from_aln() : aln_to_disulf.cc
• get_dm() : jcluster.cc
• get_dm_features() : compare_features.cc
• get_dots_area() : test_leerichards.cc
• get_elec_score() : extract_motifs.cc
• get_element_coords() : NodePairRmsdCalculator.cc
• get_env_bin_number() : general_pair_counting.cc
• get_env_var() : jscore.cc
• get_euler_axes() : stepwise_helix_test.cc
• get_exclid() : avrg_silent.cc
• get_extras() : crash_report.cc
• get_file_name() : stepwise_test.cc
• get_filename() : test_bbmc.org.cc , test_bbmc.cc
• get_fixed_res() : swa_rna_analytical_closure.cc
• get_frag_rmsd() : util.hh
• get_fragment_sets() : reportFragments.cc
• get_fragments() : fold_from_loops.cc
• get_frags_map() : bpy.cc , dubois.cc , frag_util.hh , rblinker.cc , smhybrid.cc , spiro.cc
• get_gap_size() : util.hh
• get_gaussian_chain_func() : generalize_gaussian_chain_func_test.cc
• get_global_id() : CL.hh
• get_global_size() : CL.hh
• get_gremlin_d_and_width() : iterhybrid_selector.cc
• get_H_atom() : pdbstats_test.cc
• get_hb_info() : disulf_frag_match.cc , disulf_frag_search.cc
• get_hb_srbb_score() : armEval.cc , evalRepeats.cc
• get_hbond_rotation_samples() : motif_denovo_hb.cc
• get_hbond_score() : ligand_motifs.cc , dna_motifs_collector.cc , ligand_motifs.cc , extract_motifs.cc
• get_helices() : armEval.cc , repeat_dock.cc , findNaturallyOccuringAlphaRepeats.cc , evalRepeats.cc
• get_helix_axis() : coiled_coil_search.cc
• get_helix_center() : coiled_coil_search.cc
• get_helixCAInContact() : evalRepeats.cc
• get_holes_score() : armEval.cc , evalFullLength.cc , evalRepeats.cc
• get_icoor() : pack_phosphates.cc
• get_ideal_angle_sets() : coarse_rna_test.cc
• get_inflection_points() : extractNativeRepeats.cc
• get_info_test() : get_info.cc
• get_input_res() : swa_rna_analytical_closure.cc
• get_interface_energies() : cryst_reporters.hh
• get_interface_residues() : calc_ssm_energies.cc , calc_ssm_energies_with_structure_profile.cc
• get_interface_score() : cryst_reporters.hh
• get_interface_type() : calculate_distances.cc
• get_jump() : SymmAbrelax.cc
• get_jump_distance() : rna_test.cc
• get_jump_to_position() : phil.hh
• get_keys() : phil.hh
• get_label() : abego_predict.cc , fragments_to_ss.cc , hle_predict.cc , silents_to_ss.cc
• get_lig_rmsd() : simon_darc_minimize.cc
• get_linker_dihedrals() : mike_linker_test.cc
• get_lj_atom_score() : stepwise_test.cc
• get_local_id() : CL.hh
• get_local_size() : CL.hh
• get_localbfacs() : density_res_zscores.cc
• get_localreso() : density_res_zscores.cc
• get_logL_DMS() : rna_predict_chem_map.cc
• get_loop_for_n_mer() : test_CCD_loop_closure.cc
• get_loop_scorefxn() : capri15.cc
• get_loop_scorefxn_old() : capri15.cc
• get_loop_to_helix_points() : extractNativeRepeats.cc
• get_map_key() : hydrophobic_patch_stats_calculator.cc
• get_max_and_intervals() : rna_predict_chem_map.cc
• get_max_interface() : cryst_reporters.hh
• get_mean_sdev() : phil.hh
• get_median() : place_fragments_into_density.cc
• get_median_structure() : drrafter_error_estimation.cc
• get_min_frag_rmsd() : check_frag_rmsd.cc
• get_min_index() : iterhybrid_selector.cc
• get_models() : SmotifHasher.cc
• get_moment_of_inertia() : stepwise_helix_test.cc
• get_motif_hits_common() : scheme_v0_score.cc
• get_movable_jumps() : mixedMC.cc
• get_mutations_from_file() : rnp_ddg.cc
• get_N() : gen_trimer_disulf.cc
• get_n_bb_hbonds() : rotamer_repack.cc
• get_n_hbonds() : byres_data.cc
• get_n_hbonds_from_pair() : hbscan.cc
• get_n_mer_maltose() : test_CCD_loop_closure.cc
• get_n_mer_polyalanine() : test_CCD_loop_closure.cc
• get_n_pep_nbrs() : pepspec.cc , pep_opt_parallel.cc , pep_spec_flx.mov.cc , pep_spec_flx.cc , pep_spec.cc , pep_spec.06-23.cc , pep_spec.03-11.cc , pep_ref.cc , pep_rama.cc , pep_prepspec.cc , pep_paapp.cc , pep_opt.cc , pep_gly.cc
• get_n_sc_hbonds() : rotamer_repack.cc
• get_native_pdb_names() : optE_test.cc
• get_ncac() : compute_disulfide_matching_score.cc , create_disulfide_fa_angle_statistics.cc , create_disulfide_distance_statistics.cc , create_disulfide_database.cc , create_disulfide_angle_statistics.cc , create_disulfide_alldata.cc , create_disulfide_database.cc
• get_nearest_loop_to_helix() : extractNativeRepeats.cc
• get_neighbor_residues() : calc_ssm_energies_with_structure_profile.cc , calc_ssm_energies.cc
• get_neighbor_subs() : matdes_design.cc , will_mutalyze.cc , matdes_mutalyze.cc , matdes_design_2comp.cc , design_symm_110330_good.cc , design_symm.cc , des_pos_ddG.cc
• get_nodes() : NodePairRmsdCalculator.cc
• get_nucleoside() : turner_two_chain.cc
• get_num_nbrs() : calculate_distances.cc
• get_numeric_deriv() : test_gradient.cc
• get_obligated_rna_pairings() : cs_rosetta_rna.cc
• get_omg_from_rsd() : get_dihedral_peptoid.cc
• get_omgphipsi_bins() : peptoid_rotlib_test2.cc
• get_one_letter_name() : swa_rna_util.cc
• get_opte_data() : optE_simple.cc , optE_test.cc
• get_options() : symmetrize_3d_ramamap.cc , symmetrize_new_ramamap.cc , symmetrize_old_ramamap.cc
• get_options_from_options_collection() : helical_bundle_predict.cc
• get_out_number() : find_consensus_mutations.cc , minimization_test.cc , msd.cc
• get_out_tag() : pilot_packstat.cc , packstat.cc
• get_packing_score() : ligand_motifs.cc , extract_motifs.cc , dna_motifs_collector.cc , ligand_motifs.cc
• get_pair_keys_from_list() : BundleDumper.cc
• get_perresE() : cryst_reporters.hh
• get_phi_from_rsd() : get_dihedral_b3aa.cc , get_dihedral_peptoid.cc
• get_phi_psi_mm() : test_CCD_loop_closure.cc
• get_phosphate_stub() : mg_lores_pdbstats.cc , polar_pdbstats.cc
• get_point_groups() : cryst_gen.cc
• get_pos_from_fragfn() : util.hh
• get_pose_and_numbering() : rna_graft.cc
• get_pose_by_id() : james_util.hh
• get_pose_chains() : helix_assembly.cc
• get_pose_energy_breakdown() : parin_test.cc
• get_pose_resnum() : cnl_env_lost_hbs.cc , lig_low_sasa.cc , list_cnl_ngbs.cc , nrg_res_set.cc , sel_hbonds.cc
• get_poseToRelax() : minimalCstRelax.cc
• get_primary_point_group() : cryst_gen.cc
• get_psi_from_rsd() : get_dihedral_b3aa.cc , get_dihedral_peptoid.cc
• get_pts() : dgdp.cc
• get_quota_per_silent() : iterhybrid_selector.cc
• get_radius() : place_fragments_into_density.cc
• get_radius_in_frag_set() : place_fragments_into_density.cc
• get_random_bundle_ids() : CompareBundleToNative.cc , BundleDumper.cc
• get_reflection_axis() : cryst_gen.cc
• get_relax_scorefxn() : capri15.cc
• get_repl_xyz() : block_stack_test.cc
• get_res_avg_lk_burial() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_res_data_ss() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_res_downstream_of_jump() : smhybrid.cc
• get_res_hbond_bb_score_raw() : rotamer_repack.cc
• get_res_water_energy() : byres_data.cc
• get_residue() : pack_ddg.cc
• get_residue_key() : hydrophobic_patch_stats_calculator.cc
• get_residue_xyz_list() : parin_test.cc
• get_resmap() : resmap.cc , test_bbmc.cc , decompose_GDT.cc
• get_resname1to3() : pack_ddg.cc
• get_ring_atoms() : pdbstats_test.cc
• get_ring_centroids_and_stubs() : pdbstats_test.cc
• get_rmsd() : pep_analysis.cc , get_rmsd.cc , CXdock.cc , sicdock.cc
• get_rmsd_debug() : CXdock.cc
• get_RNA_binding_residues() : analyze_docked_RNA_motifs.cc
• get_RNAring_sasa() : get_pharmacophore_without_bound_rna.cc , get_rna_pharmacophore.cc , get_rna_pharmacophore_with_water.cc , get_rna_ring_sasa.cc , ragul_get_ligand_hbonds.cc
• get_rot_center() : CXdock.cc , sicdock.cc , dxdock_movie.cc , CXdock.cc
• get_rot_score() : motif_denovo_hb.cc
• get_rot_set() : motif_denovo_hb.cc
• get_rotamer_type_index() : general_pair_counting.cc
• get_rotamers() : gen_trimer_disulf.cc
• get_rotation_axis() : cryst_gen.cc
• get_rotset() : IKFGDB.cc , FunGroupTK_test.cc , gen_disulf_homodimer.cc , gen_d2_hhhc.cc , gen_d2_3his_ooc.cc , gen_d2_4his.cc , FunGroupTK.cc , gen_d2.cc
• get_rsdrsd_jump() : domain_assemble.cc
• get_rsrpl() : get_dihedral_b3aa.cc , get_dihedral_peptoid.cc
• get_sasa() : cryst_reporters.hh
• get_sc() : cryst_reporters.hh , char_native.cc , design_symm.bak.110314.cc , design_symm_no_hack_elec.cc
• get_sc_automorphic_rmsd() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_sc_bfactor() : byres_data.cc , rotamer_repack.cc
• get_sc_rmsd() : rotamer_repack.cc
• get_scanres() : gen_xtal_dimer_from_trimer.cc , genI213.cc , genI213_2comp.cc , genI213_2dsf.cc , genI213_gensym.cc , genI213_nocontacts.cc , genP23.cc
• get_score_terms() : turner_two_chain.cc
• get_second_2_helices() : repeat_dock.cc
• get_sequence_and_secstruct_from_dssp() : capri15.cc
• get_sheets() : findNaturallyOccuringAlphaRepeats.cc
• get_sidechain_rmsd() : stepwise_test.cc
• get_silent_file_tags() : swa_rna_analytical_closure.cc
• get_simple_RNA_protein_fold_tree() : rnp_ddg.cc
• get_skew() : cryst_gen.cc
• get_sphere_xyz() : spheregrinder.cc
• get_ss() : analyze_casp9.cc , angle_recovery_stats.cc , james_util.hh , per_residue_features.cc
• get_start_aa() : bettercluster.cc
• get_start_index() : bettercluster.cc
• get_stepwise_score_function() : stepwise.cc
• get_subpose() : gcc185_test.cc
• get_subPose() : PeptideDeriver.cc
• get_substructure_map() : NodePairRmsdCalculator.cc
• get_suite_ideal_A_form_torsions() : turner_test_double_helix.cc , turner_test_one_chain.cc , turner_rules_test.cc
• get_superposition_transformation() : challenge.cc
• get_surface_points() : xyzStripeHash_dump.cc
• get_symm_corrected_angle() : get_dihedral_b3aa.cc , get_dihedral_peptide.cc , get_dihedral_peptoid.cc , peptoid_rotamer_prediction_benchmark.cc
• get_symm_residue_name() : symmetrize_rotlib.cc
• get_t033_ss() : capri15.cc
• get_tag() : test_bbmc.cc , test_bbmc.org.cc , rna_assemble_test.cc
• get_tag_from_pdb_filename() : convert_pdb_to_silent_file.cc
• get_tasks_from_command_line() : CXdock.cc , sicdock.cc , dxdock_movie.cc , heterodock.cc
• get_temp() : anneal_align.cc
• get_tenA_neighbor_residues() : loop_minimize.cc , sidechain_min.cc
• get_terminal_aln_res() : minimalCstRelax.cc
• get_three_atom_sc_rmsd() : rotamer_repack.cc
• get_three_letter_name() : swa_rna_util.cc
• get_tht_from_rsd() : get_dihedral_b3aa.cc
• get_torsion_list() : turner_two_chain.cc
• get_torsion_set() : lariat_modeling.cc
• get_total_rebuild_fullatom_scorefxn() : motif_ligand_packer_design.cc
• get_unaligned() : grower_prep.cc
• get_unalignedLoopsMapped() : tj_util.hh
• get_unbound_protein_score() : rnp_ddg.cc
• get_unsat_polars() : matdes_design_2comp.cc , will_mutalyze.cc , matdes_mutalyze.cc
• get_useful_fold_trees_for_gcc185() : gcc185_test.cc
• get_vallfrags() : loodo.cc
• get_vanilla_dna_residue() : phil.hh
• get_vanilla_protein_residue() : phil.hh
• get_water_hbond_score() : dna_motifs_collector.cc , ligand_motifs.cc
• get_WC_atom() : pdbstats_rnahelix.cc , pdbstats_test.cc
• get_working_directory() : swa_rna_analytical_closure.cc
• get_xyz() : entropy_test.cc
• get_zn_axes() : gentetra_bpy_from_znhis.cc
• getbin() : torsional_potential_corrections.cc
• getclosest() : sphere_hierarchy.cc
• GetCurrentDir : swa_rna_analytical_closure.cc
• getline() : hubdenovo.cc
• GetRmsd() : pep_spec.03-11.cc
• getRotID() : torsional_potential_corrections.cc
• getxform() : rblinker2.cc , rblinker2_test.cc , rblinker2.cc , rblinker.cc , minimize.cc , design_frags.cc , matdes_design_2comp.cc
• Gfloat : gpu_refold_test_cpu.hh
• gid_ : CL.hh
• GLN : gen_vdw_radius.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , load_pair_env_table_ref.m , gen_env_dep_orient.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , cal_env.m , load_pair_env_table.m , draw_matrix.m
• global_double : T00.basic.hpp
• global_float : T00.basic.hpp
• global_int : T00.basic.hpp
• global_long : T00.basic.hpp
• global_unsigned_int : T00.basic.hpp
• global_unsigned_long : T00.basic.hpp
• GLU : cal_env.m , gen_vdw_radius.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , draw_matrix.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• glu_bb2m() : gpu_xforms.hh
• glu_ct() : evalFullLength.cc
• glud_bb2m() : gpu_xforms.hh
• glud_m2bb() : gpu_xforms.hh
• glue_bb2m() : gpu_xforms.hh
• glue_m2bb() : gpu_xforms.hh
• GLUT_ACCUM : freeglut_std.h
• GLUT_ACTION_CONTINUE_EXECUTION : freeglut_ext.h
• GLUT_ACTION_EXIT : freeglut_ext.h
• GLUT_ACTION_GLUTMAINLOOP_RETURNS : freeglut_ext.h
• GLUT_ACTION_ON_WINDOW_CLOSE : freeglut_ext.h
• GLUT_ACTIVE_ALT : freeglut_std.h
• GLUT_ACTIVE_CTRL : freeglut_std.h
• GLUT_ACTIVE_SHIFT : freeglut_std.h
• GLUT_ALLOW_DIRECT_CONTEXT : freeglut_ext.h
• GLUT_ALPHA : freeglut_std.h
• GLUT_API_VERSION : freeglut_std.h
• GLUT_AUX1 : freeglut_ext.h
• GLUT_AUX2 : freeglut_ext.h
• GLUT_AUX3 : freeglut_ext.h
• GLUT_AUX4 : freeglut_ext.h
• GLUT_BITMAP_8_BY_13 : freeglut_std.h
• GLUT_BITMAP_9_BY_15 : freeglut_std.h
• GLUT_BITMAP_HELVETICA_10 : freeglut_std.h
• GLUT_BITMAP_HELVETICA_12 : freeglut_std.h
• GLUT_BITMAP_HELVETICA_18 : freeglut_std.h
• GLUT_BITMAP_TIMES_ROMAN_10 : freeglut_std.h
• GLUT_BITMAP_TIMES_ROMAN_24 : freeglut_std.h
• GLUT_BLUE : freeglut_std.h
• GLUT_CREATE_NEW_CONTEXT : freeglut_ext.h
• GLUT_CURSOR_BOTTOM_LEFT_CORNER : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_BOTTOM_RIGHT_CORNER : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_BOTTOM_SIDE : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_CROSSHAIR : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_CYCLE : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_DESTROY : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_FULL_CROSSHAIR : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_HELP : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_INFO : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_INHERIT : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_LEFT_ARROW : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_LEFT_RIGHT : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_LEFT_SIDE : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_NONE : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_RIGHT_ARROW : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_RIGHT_SIDE : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_SPRAY : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_TEXT : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_TOP_LEFT_CORNER : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_TOP_RIGHT_CORNER : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_TOP_SIDE : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_UP_DOWN : freeglut_std.h
• GLUT_CURSOR_WAIT : freeglut_std.h
• GLUT_DEPTH : freeglut_std.h
• GLUT_DEVICE_IGNORE_KEY_REPEAT : freeglut_std.h
• GLUT_DEVICE_KEY_REPEAT : freeglut_std.h
• GLUT_DIRECT_RENDERING : freeglut_ext.h
• GLUT_DISPLAY_MODE_POSSIBLE : freeglut_std.h
• GLUT_DOUBLE : freeglut_std.h
• GLUT_DOWN : freeglut_std.h
• GLUT_ELAPSED_TIME : freeglut_std.h
• GLUT_ENTERED : freeglut_std.h
• GLUT_FORCE_DIRECT_CONTEXT : freeglut_ext.h
• GLUT_FORCE_INDIRECT_CONTEXT : freeglut_ext.h
• GLUT_FULLY_COVERED : freeglut_std.h
• GLUT_FULLY_RETAINED : freeglut_std.h
• GLUT_GAME_MODE_ACTIVE : freeglut_std.h
• GLUT_GAME_MODE_DISPLAY_CHANGED : freeglut_std.h
• GLUT_GAME_MODE_HEIGHT : freeglut_std.h
• GLUT_GAME_MODE_PIXEL_DEPTH : freeglut_std.h
• GLUT_GAME_MODE_POSSIBLE : freeglut_std.h
• GLUT_GAME_MODE_REFRESH_RATE : freeglut_std.h
• GLUT_GAME_MODE_WIDTH : freeglut_std.h
• GLUT_GREEN : freeglut_std.h
• GLUT_HAS_DIAL_AND_BUTTON_BOX : freeglut_std.h
• GLUT_HAS_JOYSTICK : freeglut_std.h
• GLUT_HAS_KEYBOARD : freeglut_std.h
• GLUT_HAS_MOUSE : freeglut_std.h
• GLUT_HAS_OVERLAY : freeglut_std.h
• GLUT_HAS_SPACEBALL : freeglut_std.h
• GLUT_HAS_TABLET : freeglut_std.h
• GLUT_HIDDEN : freeglut_std.h
• GLUT_INDEX : freeglut_std.h
• GLUT_INIT_DISPLAY_MODE : freeglut_std.h
• GLUT_INIT_STATE : freeglut_std.h
• GLUT_INIT_WINDOW_HEIGHT : freeglut_std.h
• GLUT_INIT_WINDOW_WIDTH : freeglut_std.h
• GLUT_INIT_WINDOW_X : freeglut_std.h
• GLUT_INIT_WINDOW_Y : freeglut_std.h
• GLUT_JOYSTICK_AXES : freeglut_std.h
• GLUT_JOYSTICK_BUTTON_A : freeglut_std.h
• GLUT_JOYSTICK_BUTTON_B : freeglut_std.h
• GLUT_JOYSTICK_BUTTON_C : freeglut_std.h
• GLUT_JOYSTICK_BUTTON_D : freeglut_std.h
• GLUT_JOYSTICK_BUTTONS : freeglut_std.h
• GLUT_JOYSTICK_POLL_RATE : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_DOWN : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_END : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F1 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F10 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F11 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F12 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F2 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F3 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F4 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F5 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F6 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F7 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F8 : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_F9 : freeglut_std.h
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• GLUT_KEY_REPEAT_DEFAULT : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_REPEAT_OFF : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_REPEAT_ON : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_RIGHT : freeglut_std.h
• GLUT_KEY_UP : freeglut_std.h
• GLUT_LAYER_IN_USE : freeglut_std.h
• GLUT_LEFT : freeglut_std.h
• GLUT_LEFT_BUTTON : freeglut_std.h
• GLUT_LUMINANCE : freeglut_std.h
• GLUT_MENU_IN_USE : freeglut_std.h
• GLUT_MENU_NOT_IN_USE : freeglut_std.h
• GLUT_MENU_NUM_ITEMS : freeglut_std.h
• GLUT_MIDDLE_BUTTON : freeglut_std.h
• GLUT_MULTISAMPLE : freeglut_std.h
• GLUT_NORMAL : freeglut_std.h
• GLUT_NORMAL_DAMAGED : freeglut_std.h
• GLUT_NOT_VISIBLE : freeglut_std.h
• GLUT_NUM_BUTTON_BOX_BUTTONS : freeglut_std.h
• GLUT_NUM_DIALS : freeglut_std.h
• GLUT_NUM_MOUSE_BUTTONS : freeglut_std.h
• GLUT_NUM_SPACEBALL_BUTTONS : freeglut_std.h
• GLUT_NUM_TABLET_BUTTONS : freeglut_std.h
• GLUT_OVERLAY : freeglut_std.h
• GLUT_OVERLAY_DAMAGED : freeglut_std.h
• GLUT_OVERLAY_POSSIBLE : freeglut_std.h
• GLUT_OWNS_JOYSTICK : freeglut_std.h
• GLUT_PARTIALLY_RETAINED : freeglut_std.h
• GLUT_RED : freeglut_std.h
• GLUT_RENDERING_CONTEXT : freeglut_ext.h
• GLUT_RGB : freeglut_std.h
• GLUT_RGBA : freeglut_std.h
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• GLUT_SCREEN_HEIGHT : freeglut_std.h
• GLUT_SCREEN_HEIGHT_MM : freeglut_std.h
• GLUT_SCREEN_WIDTH : freeglut_std.h
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• GLUT_STEREO : freeglut_std.h
• GLUT_STROKE_MONO_ROMAN : freeglut_std.h
• GLUT_STROKE_ROMAN : freeglut_std.h
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• glutWireTorus() : freeglut_std.h
• glutWMCloseFunc() : freeglut_ext.h
• GLY : gen_vdw_radius.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , draw_matrix.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , load_pair_env_table_ref.m , load_pair_env_table.m , cal_env.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• GlycanClashCheckMoverOP : glycan_clash_check.cc
• GlycomutagenesisProtocolOP : glycomutagenesis.cc
• gmtime() : chrono.h
• go() : domain_assemble.cc
• go_main() : select_best_unique_ligand_poses.cc
• good_geometry() : design_truecycpeptide_fromstub.cc
• gpu_refold_test() : gpu_refold.hh
• gpu_rmsd_programs() : BundlePairRmsdCalculatorGPU.cc , SmotifPairRmsdCalculatorGPU.CC
• gpu_score_test() : gpu_score.hh
• gradient_magnitude_for_conformation() : sweep_respair_energies.cc
• gradual_minimization() : peptidomimetic_ensembles.cc
• graft_in_positions() : rna_graft.cc
• graft_pdb() : rna_graft.cc
• Graph : undirected_graph.cc
• graphics_main() : fldsgn.cc , build_repeats.cc , helical_param.cc , ufv.cc , remodel.cc
• grd_clash() : isct_test.cc
• Green : ColorsDemo.cc
• grid1 : gpu_octree_impl_test.cc
• grid3 : gpu_octree_impl_test.cc
• grid_matcher() : turner_rules_test.cc
• gridsearch_rollmove_angles : zinc1_homodimer_design.cc
• gsize : gpu_octree_impl_test.cc
• gsz_ : CL.hh