- a -

• a : T17.anonymous.hpp
• aa : gen_env_dep_orient.m , smooth_2D.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aa_aa : draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m
• aa_aa_th1 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aa_aa_th2 : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aa_all : draw_gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair.m
• aa_core : gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• aa_core_dat_r_ang : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aa_core_p_r_ang : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aa_core_sum_r : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aa_surf : draw_gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_pair.m
• aa_surf_da1 : gen_env_dep_orient.m
• aa_surf_dat_r_ang : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aa_surf_p_r_ang : gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient.m
• aa_surf_sum_r : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• aacore_core_da1 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• aacore_core_da2 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• aacore_surf_da1 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• aacore_surf_da2 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• aandx : gen_vdw_radius.m , gen_vdw_radius_soft.m
• aasurf_core_da1 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• aasurf_core_da2 : gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• aasurf_surf_da1 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• aasurf_surf_da2 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• add_regular_scores_to_scorefile : InterfaceAnalyzer.cc
• AE : SID_rescore.cc
• AHD_cutoff : BuriedUnsatPolarsFinder2.cc
• AHD_opkey : sasa_buns.cc , vsasa_pdbcode_res.cc
• AHdist_opkey : sasa_buns.cc , vsasa_pdbcode_res.cc
• aj : gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_matrix.m , gen_env_dep_orient.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• ALA : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_matrix.m , cal_env.m , load_pair_env_table.m , load_pair_env_table_ref.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , load_angle_r_table.m , load_pair_env_table.m , gen_vdw_radius.m
• all : calc_pair_matrix.m
• aln : minimalCstRelax.cc
• alpha : pre_fill_dfire.m , pre_fill_dfire_2D.m
• angle_rotation_increment : zinc2_homodimer_setup.cc
• ar : smooth_2D.m
• ARG : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_matrix.m , cal_env.m , load_pair_env_table.m , load_pair_env_table_ref.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , load_angle_r_table.m , load_pair_env_table.m , gen_vdw_radius.m
• argv : cenrot_jd2.cc , calibur.cc
• ASN : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_vdw_radius.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , load_pair_env_table_ref.m , load_pair_env_table.m , cal_env.m , draw_matrix.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• ASP : gen_vdw_radius.m , draw_gen_env_dep_pair.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , load_pair_env_table_ref.m , load_pair_env_table.m , cal_env.m , draw_matrix.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• atom1_vector : extract_motifs.cc
• atom2_vector : extract_motifs.cc
• atom3_vector : extract_motifs.cc
• atoms : gpu_octree_impl_test.cc