- c -

• c_terminal_component_list : steric_fusion_scan.cc
• c_terminal_range : steric_fusion_scan.cc
• CA : gpu_refold_test_cpu.hh
• CAbb : gen_vdw_radius.m , gen_vdw_radius_soft.m
• CB : gen_vdw_radius.m , gen_vdw_radius_soft.m
• cbeta12 : load_tables.m
• CC : gen_env_dep_orient_draw.m
• CEN_ALA : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_ARG : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_ASN : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_ASP : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_CYS : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_GLN : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_GLU : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_GLY : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_HIS : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_ILE : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_LEU : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_LYS : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_MET : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_PHE : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_PRO : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_SER : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_THR : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_TRP : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_TYR : gen_vdw_radius_soft.m
• CEN_VAL : gen_vdw_radius_soft.m
• cenpack : load_tables.m
• center : mp_parameters.cc
• center_delta : mp_parameters.cc
• center_search_cycles : mp_parameters.cc
• center_start : mp_parameters.cc
• chain_normal_angle_max : mp_parameters.cc
• chains : pdb_gen_cryst.cc , pocket_suggest_target_residues_by_ddg.cc
• chains_to_compare : peptoid_rotamer_prediction_benchmark.cc
• check_rmsd : exposed_strand_finder.cc
• clk1 : CutOutDomain.cc
• clk2 : CutOutDomain.cc
• close_tag : Tag.cc
• CObb : gen_vdw_radius.m , gen_vdw_radius_soft.m
• command_line_argc : performance_benchmark.cc
• command_line_argv : performance_benchmark.cc
• comment_tag : Tag.cc
• complex_type : SID_ERMS_prediction.cc
• component_file_name : concatenate_poses.cc
• compute_interface_sc : InterfaceAnalyzer.cc
• compute_packstat : simple_interfaceanalyzer.cc , InterfaceAnalyzer.cc
• CONV1 : draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , cal_env.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m
• core_core : gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , draw_matrix.m , gen_env_dep_orient_draw.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• core_core_close : draw_matrix.m
• core_core_dat_r_ang : gen_env_dep_orient_draw.m
• core_core_p_r_ang : gen_env_dep_orient_draw.m
• core_core_sum_r : gen_env_dep_orient_draw.m
• core_core_th1 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• core_core_th2 : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• core_surf : draw_matrix.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• core_surf_close : draw_matrix.m
• core_surf_dat_r_ang : gen_env_dep_orient_draw.m
• core_surf_p_r_ang : gen_env_dep_orient_draw.m
• core_surf_sum_r : gen_env_dep_orient_draw.m
• core_surf_th1 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• core_surf_th2 : gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient.m
• COS_C_N_CA : gpu_refold_test_cpu.hh
• COS_CA_C_N : gpu_refold_test_cpu.hh
• COS_N_CA_C : gpu_refold_test_cpu.hh
• count : gpu_octree_impl_test.cc
• CS : gen_env_dep_orient_draw.m
• cutoff : draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_vdw_radius.m , gen_vdw_radius_soft.m
• cyclic : cyclic_pack.cc , peptoid_rotamer_prediction_benchmark.cc , get_dihedral_peptoid.cc , get_dihedral_peptide.cc
• CYS : gen_vdw_radius.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , load_pair_env_table_ref.m , load_pair_env_table.m , cal_env.m , draw_matrix.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m