- p -

• P : draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• p : gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m
• P : gen_env_dep_pair_decompose.m
• p : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• P : gen_env_dep_pair.m
• P1 : gen_vdw_radius.m
• P2 : gen_vdw_radius.m
• p_a : calc_pair_matrix.m
• p_a_a_r_ang : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• p_a_r_ang1 : gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• p_a_r_ang2 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m
• p_end : gen_vdw_radius_soft.m
• P_env : cal_env.m
• P_env_ref : cal_env.m
• P_i : calc_NtoP.m , calc_Pi.m , calc_Pi_ang.m , calc_Pi_ang_sc.m , calc_Pi_sc.m
• P_ii : draw_gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m
• p_ii : gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_ii_core_func : draw_gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair.m
• p_ii_jj : gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_ii_jj : gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• p_ii_p_jj : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• p_ii_p_jj_w : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_ii_surf_func : draw_gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair.m
• p_ii_w : gen_env_dep_orient.m
• P_ii_w : gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• p_ii_w : gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_ij : calc_Pij.m
• P_jj : gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• p_jj : gen_env_dep_orient_decompose.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_jj : draw_gen_env_dep_pair_decompose.m
• p_jj_w : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_jj_w : draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m
• p_r_ang : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m
• p_r_ang_w : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient_decompose.m
• p_rad : parcs_ccs_calc.cc
• P_w : gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m
• p_w : gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_w : draw_gen_env_dep_pair.m
• p_w : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m
• p_w0 : draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• P_w2 : gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m
• P_w3 : draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair_decompose.m
• paa : calc_pair_matrix.m
• pack_input : simple_interfaceanalyzer.cc , InterfaceAnalyzer.cc
• pack_min_runs : homodimer_design.cc
• pack_sc : min_pack_min.hh
• pack_separated : InterfaceAnalyzer.cc
• pair : load_pair_env_table.m , load_pair_env_table_ref.m , load_pair_env_table.m
• pair_counts : load_tables.m
• pair_counts_symm : draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m
• pair_old : load_tables.m
• pair_sums_aan : draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m
• papa : calc_pair_matrix.m
• PATH : load_crazy_sugars.cc , test_glycan_linkages.cc , test_CCD_loop_closure.cc , test_SiteConstraint.cc
• pcut : gen_vdw_radius.m
• PDB_IO_ : performance_benchmark.cc
• pdb_list_file : segment_file_generator.cc
• pdbs : MakeSegmentFile.cc
• pep_coord_csts : pep_prep.cc , pepspec.cc , pepspec_anchor_dock.cc , pepspec.cc , pepspec_anchor_dock.cc
• peptoid_rotlibs_ : get_dihedral_peptoid.cc
• peptoid_seq : make_peptoid_sequence.cc
• peptoid_tlc : make_peptoid.cc
• PHE : gen_env_dep_pair.m , gen_vdw_radius.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_env_dep_orient.m , load_pair_env_table_ref.m , load_pair_env_table.m , cal_env.m , draw_matrix.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• pose_normal_angle_max : mp_parameters.cc
• Pr : gen_vdw_radius.m , gen_vdw_radius_soft.m
• Pr_w : draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair_decompose.m
• print_only_unsat : buried_polar_finder.cc
• Prm : gen_vdw_radius_soft.m , gen_vdw_radius.m
• PRO : gen_env_dep_orient_decompose.m , gen_vdw_radius.m , load_pair_env_table.m , load_angle_r_table.m , gen_env_dep_pair_decompose.m , gen_env_dep_pair.m , gen_env_dep_orient_draw.m , gen_env_dep_orient.m , load_pair_env_table_ref.m , load_pair_env_table.m , cal_env.m , draw_matrix.m , draw_gen_env_dep_pair_decompose.m , draw_gen_env_dep_pair.m , draw_gen_env_dep_orient_decompose.m
• probe_radius_opkey : sasa_buns.cc
• Pvdw : gen_vdw_radius_soft.m
• Px : gen_vdw_radius_soft.m