- a -

• atm_name_pair : CartesianBondedEnergy.hh
• atm_name_quad : CartesianBondedEnergy.hh
• atm_name_single : CartesianBondedEnergy.hh
• atm_name_triple : CartesianBondedEnergy.hh

- d -

• ddgs : ddG_main.cc

- e -

• Entries : CoarseEtable.cc

- m -

• Matrix : HackAroEnergy.cc , MultipleDomainMover.cc , StepWiseUtil.hh , StepWiseRNA_VDW_Bin_Screener.hh , StepWiseRNA_Util.hh , RNA_LoopCloser.cc , StepWiseRNA_FloatingBase_Sampler_Util.hh , StepWiseRNA_Classes.hh , RigidBodySampler.hh , StepWiseRNA_OutputData.hh , RNA_HelixAssembler.cc
• mutations : ddG_main.cc

- o -

• ostringstream_t : init.cc

- p -

• Parent : SingleFragmentMover.cc
• Plane : SurfaceParameters.hh
• Pose : design_utils.cc

- r -

• Real : design_utils.cc

- s -

• SecondaryStructureSegmentFeaturesCOP : SecondaryStructureSegmentFeatures.fwd.hh
• SecondaryStructureSegmentFeaturesOP : SecondaryStructureSegmentFeatures.fwd.hh
• Size : design_utils.cc
• SmotifFeaturesCOP : SmotifFeatures.fwd.hh
• SmotifFeaturesOP : SmotifFeatures.fwd.hh
• String : util.cc , StrandPairing.cc , HelixPairing.cc

- v -

• VecSize : StrandPairing.cc , util.cc

- x -

• xyzVec : util.cc