Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- e -

• E : protocols::comparative_modeling::features , protocols::features
• e_pH : core::scoring
• E_SS : protocols::comparative_modeling::features
• each() : core::io::serialization
• ec_funcs : protocols::pack_daemon
• ED : protocols::simple_moves
• EDGE_NGHBRS : protocols::viewer
• EdgeAP : core::kinematics
• EdgeOP : core::kinematics
• edges_within_interval() : protocols::forge::methods
• EFr : protocols::fldsgn::topology
• elec_dens_allatom_cen_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_atomwise : core::scoring
• elec_dens_atomwise_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_cen_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_fast : core::scoring
• elec_dens_fast_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_whole_structure_allatom : core::scoring
• elec_dens_whole_structure_ca : core::scoring
• elec_dens_window : core::scoring
• ElecDensAllAtomCenEnergyCreator_registrator : core
• ElecDensAtomwiseEnergyCOP : core::scoring::electron_density_atomwise
• ElecDensAtomwiseEnergyCreator_registrator : core
• ElecDensAtomwiseEnergyOP : core::scoring::electron_density_atomwise
• ElecDensCenEnergyCreator_registrator : core
• ElecDensEnergyCreator_registrator : core
• ElectronDensityCOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityLoaderCOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityLoaderCreator_registrator : core
• ElectronDensityLoaderOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityOptionsCOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityOptionsCreator_registrator : core
• ElectronDensityOptionsOP : core::scoring::electron_density
• element_string() : core::scoring
• element_string_dc() : core::scoring
• element_to_default_type : core::chemical::sdf
• ElementSetAP : core::chemical
• ElementSetCAP : core::chemical
• ElementSetOP : core::chemical
• ellinte() : core::scoring::rna::chemical_shift
• ellintk() : core::scoring::rna::chemical_shift
• emit_intermediate() : protocols::nonlocal , protocols::star
• empty_string() : protocols::viewer
• EMPTY_STRING() : protocols::anchored_design
• enable_constraint_scoreterms() : protocols::enzdes::enzutil
• encode_alphanum() : protocols::wum
• end : core::sequence
• End : protocols::antibody2
• END_ABINITIO : protocols::abinitio
• end_bias_probabilities() : protocols::medal
• END_BLOCK() : protocols::jd2
• END_OF_MINIMIZATION : protocols::optimize_weights
• end_of_score_type_enumeration : core::scoring
• end_sig : core::scoring::methods
• end_sig2 : core::scoring::methods
• EndPointSP : protocols::wum2
• EnergiesCOP : core::scoring
• EnergiesOP : core::scoring
• Energy : core
• Energy_base_pair : core::scoring::rna
• Energy_base_pair_list : core::scoring::rna
• Energy_base_stack : core::scoring::rna
• Energy_base_stack_list : core::scoring::rna
• energy_evaluator : protocols::simple_filters
• energy_from_pose() : core::pose
• energy_per_residue_filter_tracer() : protocols::simple_filters
• EnergyCutRotamerTrialsMinMoverCOP : protocols::simple_moves
• EnergyCutRotamerTrialsMinMoverOP : protocols::simple_moves
• EnergyCutRotamerTrialsMoverCOP : protocols::simple_moves
• EnergyCutRotamerTrialsMoverOP : protocols::simple_moves
• EnergyDerivative : core
• EnergyEvalAP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyEvalCAP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyEvalCOP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyEvalOP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyGradient : core
• EnergyGraphOP : core::scoring
• EnergyMap : core::scoring
• EnergyMethodCOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodCreatorCOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodCreatorOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodOptionsCOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodOptionsOP : core::scoring::methods
• EnergyMethods : core::scoring::methods
• EnergyMethodType : core::scoring::methods
• energynames : core::io::silent
• EnergyNamesOP : core::io::silent
• Enhanced_Chothia : protocols::antibody2
• EnsembleConstraints_SimpleCOP : protocols::cluster
• EnsembleConstraints_SimpleOP : protocols::cluster
• EnsembleConstraintsCOP : protocols::cluster
• EnsembleConstraintsOP : protocols::cluster
• ensure_phosphate_nomenclature_matches_mini() : protocols::rna
• ensure_valid_full_seq_num() : protocols::swa::rna
• ENTER : core::scoring::packstat
• EntityCOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityCorrespondenceCOP : protocols::pack_daemon
• EntityCorrespondenceOP : protocols::pack_daemon
• EntityElementCOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElementCreatorCOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElementCreatorOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElementOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElements : protocols::genetic_algorithm
• EntityFuncCOP : protocols::pack_daemon
• EntityFuncOP : protocols::pack_daemon
• EntityOP : protocols::genetic_algorithm
• Enum : core::conformation::RotamerSetCacheableDataType , core::scoring::EnergiesCacheableDataType , protocols::forge::build::BuildInstructionState , protocols::forge::build::SegmentInsertConnectionScheme , protocols::forge::components::VLB_VallMemoryUsage , protocols::jd2::JobInputterInputSource
• enumerate_starting_pose_data_list() : protocols::swa::rna
• env : core::scoring
• envdata : core::scoring::methods
• envdata_coarse : core::scoring::methods
• EnvEnergyCreator_registrator : core
• EnvPairPotentialCOP : core::scoring
• EnvPairPotentialOP : core::scoring
• envsmooth : core::scoring
• EnvSmoothEnergyCreator_registrator : core
• EnzConstraintIOAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintIOCAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintIOCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintIOOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintParametersCAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintParametersCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintParametersOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResAtomsCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResAtomsOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesBaseProtocolAP : protocols::enzdes
• EnzdesBaseProtocolCAP : protocols::enzdes
• EnzdesBaseProtocolCOP : protocols::enzdes
• EnzdesBaseProtocolOP : protocols::enzdes
• EnzdesCacheableObserverAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCacheableObserverCAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCacheableObserverCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCacheableObserverOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstParamCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstParamCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesFixBBProtocolOP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexBBProtocolAP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexBBProtocolCAP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexBBProtocolOP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexibleRegionCOP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexibleRegionOP : protocols::enzdes
• EnzdesJobInputterCOP : protocols::enzdes
• EnzdesJobInputterOP : protocols::enzdes
• EnzdesJobOutputterOP : protocols::enzdes
• EnzdesLoopInfoCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesLoopInfoOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesLoopsFileCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesLoopsFileOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesScorefileFilterCOP : protocols::enzdes
• EnzdesScorefileFilterOP : protocols::enzdes
• EnzdesSeqRecoveryCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesSeqRecoveryCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzRepackMinimizeOP : protocols::enzdes
• EPSILON : core::scoring::dna , core::scoring::rna
• eq_OP_deref() : protocols::genetic_algorithm
• error_check_requested_adducts() : core::chemical
• error_message : protocols::pack_daemon
• ERROR_PREFIX : protocols::medal , protocols::star
• etab_pair_nblist : core::scoring
• etab_single_nblist : core::scoring
• etable_method : core::scoring::methods
• ETABLE_NBLIST : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• ETABLE_TRIE_COLLECTION : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• EtableCAP : core::scoring::etable
• EtableCOP : core::scoring::etable
• EtableEnergyCreator_registrator : core
• EtableFuncOP : core::scoring::constraints
• EtableOP : core::scoring::etable
• EtableRotamerTrieCOP : core::scoring::etable::etrie
• EtableRotamerTrieOP : core::scoring::etable::etrie
• eval_atom_derivatives_for_minedge() : core::scoring
• eval_atom_derivatives_for_minnode() : core::scoring
• eval_bbbb_sr2b_energies() : core::scoring
• eval_bbsc_sr2b_energies() : core::scoring
• EVAL_DFUNC : protocols::optimize_weights
• eval_dof_deriv_for_minnode() : core::scoring
• EVAL_FUNC : protocols::optimize_weights
• eval_res_onebody_energies_for_minnode() : core::scoring
• eval_res_pair_energy_for_minedge() : core::scoring
• eval_scsc_sr2b_energies() : core::scoring
• eval_weighted_dof_deriv_for_minnode() : core::scoring
• eval_weighted_res_onebody_energies_for_minnode() : core::scoring
• eval_weighted_res_pair_energy_for_minedge() : core::scoring
• evaluate_entity : protocols::pack_daemon
• evaluate_pose() : protocols::evaluation
• EvaluatedTrialMoverOP : protocols::simple_filters
• evaluaterdc() : core::scoring
• evaluaterdcDa() : core::scoring
• evaluaterdcDaR() : core::scoring
• evaluaterdcR() : core::scoring
• EvaluatorCreatorCOP : protocols::evaluation
• EvaluatorCreatorOP : protocols::evaluation
• EventIter : core::scoring::packstat
• Events : core::scoring::packstat
• EventType : core::scoring::packstat
• EX_FOUR_HALF_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_ONE_HALF_STEP_STDDEV : core::pack::task
• EX_ONE_STDDEV : core::pack::task
• EX_SIX_QUARTER_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_THREE_THIRD_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_TWO_FULL_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_TWO_HALF_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• ExactOccludedHbondSolEnergyCreator_registrator : core
• EXIT : core::scoring::packstat
• expand_icoor_atom_name() : core::chemical
• expand_proton_chi() : core::pack::dunbrack
• expand_proton_chi_oldversion() : core::pack::dunbrack
• ExpExpressionCOP : protocols::pack_daemon
• ExpExpressionOP : protocols::pack_daemon
• exponential : protocols::canonical_sampling
• exponential_deriv() : core::scoring::constraints
• export_packer_results() : protocols::rna
• EXT_OMG : protocols::star , protocols::loops
• EXT_PHI : protocols::loops , protocols::star
• EXT_PSI : protocols::star , protocols::loops
• extend : protocols::loops
• extend_sequence_mapping() : protocols::loops
• Extended : protocols::antibody2
• ExtendedPoseMoverCOP : protocols::simple_moves
• ExtendedPoseMoverOP : protocols::simple_moves
• ExtendFailure : protocols::loops::loop_mover
• extent_aa_str() : core::fragment::picking_old::vall
• extent_ss_str() : core::fragment::picking_old::vall
• extent_to_fragdata() : core::fragment::picking_old::vall
• ExternalGeomSamplerCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• ExternalGeomSamplerOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• ExternalTransform : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EXTRACHI_CUTOFF_LIMIT : core::pack::task
• ExtraChiCutoffCreator_registrator : core
• ExtraChiCutoffOP : core::pack::task::operation
• extract_asymmetric_unit() : core::pose::symmetry
• extract_asymmetric_unit_pdb_info() : core::pose::symmetry
• extract_continuous_chunks() : protocols::loops
• extract_sample_weights() : protocols::loophash
• extract_scores() : core::io::pdb
• extract_secondary_structure_chunks() : protocols::loops
• extract_tag_from_pose() : core::pose
• ExtractAsymmetricPoseMoverCOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtractAsymmetricPoseMoverOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtractAsymmetricUnitMoverCOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtractAsymmetricUnitMoverOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtraRotamersCreator_registrator : core
• ExtraRotamersGenericCreator_registrator : core
• ExtraRotSample : core::pack::task
• ExtraRotSampleCardinality : core::pack::task
• extras : protocols::loops
• ExtraScoreVector : protocols::frag_picker