Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- g -

• G : protocols::comparative_modeling::features
• GAMMA : core::scoring::dna , core::scoring::rna
• gap_distance() : protocols::hybridization
• gather_coords() : protocols::comparative_modeling
• GatherPosesMoverCOP : protocols::cluster
• GatherPosesMoverOP : protocols::cluster
• gauss : core::scoring
• Gaussian : protocols::ligand_docking
• gaussian_deriv() : core::scoring::constraints
• gaussian_jump_move() : protocols::rigid
• Gaussian_parameter_set : core::scoring::rna
• GaussianFuncOP : core::scoring::constraints
• GaussianOverlapEnergyCreator_registrator : core
• gb_elec : core::scoring
• GDB_Entry : protocols::sparta
• gdtha() : core::scoring
• gdtsc() : core::scoring
• gen_born_lr : core::scoring::methods
• GEN_BORN_ROTAMER_SET_INFO : core::conformation::RotamerSetCacheableDataType
• GenBornEnergyCreator_registrator : core
• GenBornPoseInfoOP : core::scoring
• GenBornPotentialCOP : core::scoring
• GenBornPotentialOP : core::scoring
• GenBornResidueInfoOP : core::scoring
• GenBornRotamerSetInfoOP : core::scoring
• geneate_pose_from_old_state : protocols::pack_daemon
• generate_bb_coordinate_constraints() : protocols::relax
• generate_beta_database_test() : protocols::swa::protein
• generate_centroid_constraints() : protocols::hybridization
• generate_empty_jump_frame() : protocols::jumping
• generate_extended_pose() : protocols::star
• generate_fullatom_constraints() : protocols::hybridization
• generate_jump_frame() : protocols::jumping
• generate_relax_from_cmd() : protocols::relax
• generate_rigid_from_alignment() : protocols::topology_broker
• generate_taskfactory_and_add_task_awareness() : protocols::protein_interface_design::movers
• generate_unique_name() : protocols::ligand_docking
• generate_unique_structure_id() : protocols::wum
• GenerateStoredRBConfsCOP : protocols::enzdes
• GenerateStoredRBConfsOP : protocols::enzdes
• GenericJobInputterOP : protocols::jd2
• GenericMonteCarloMoverCOP : protocols::simple_moves
• GenericMonteCarloMoverOP : protocols::simple_moves
• GenericMonteCarloMoverTrigger : protocols::simple_moves
• GeneticAlgorithmCOP : protocols::genetic_algorithm
• GeneticAlgorithmOP : protocols::genetic_algorithm
• geom_sol : core::scoring
• geom_sol_intra_RNA : core::scoring
• GeometricSolEnergyCreator_registrator : core
• GeometricSolvationFeaturesCOP : protocols::features
• GeometricSolvationFeaturesOP : protocols::features
• GEOMETRIES() : core::scoring::methods
• GeometrySecMatchRPECOP : protocols::match::downstream
• GeometrySecMatchRPEOP : protocols::match::downstream
• GeomSampleInfoCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• GeomSampleInfoOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• geosol_kT : core::scoring::geometric_solvation
• get_2way_orientation() : core::scoring
• get_A() : core::scoring::electron_density
• get_abego() : core::util
• get_all_comments() : core::pose
• get_all_score_line_strings() : core::pose
• get_anchor_and_root_atoms() : core::conformation
• get_anchor_atomno() : core::conformation
• get_angles() : core::scoring
• get_asymm_unit_fold_tree() : core::conformation::symmetry
• get_asymmetric_pose_copy_from_symmetric_pose() : core::pose::symmetry
• get_atom_coordinates() : protocols::swa::rna
• get_base_centroid_and_rotation_matrix() : protocols::swa
• get_base_pair_params() : core::scoring::dna
• get_base_pair_params_old() : core::scoring::dna
• get_base_pair_stub() : core::scoring::dna
• get_base_pair_stub_slow() : core::scoring::dna
• get_base_pair_y_axis_atom_xyz() : core::scoring::dna
• get_base_pairing_info() : protocols::rna
• get_base_pairing_list() : protocols::rna
• get_base_pucker() : core::scoring::dna
• get_base_step_params() : core::scoring::dna
• get_base_stub() : core::scoring::dna
• get_batch_id() : protocols::features
• get_bbcsts() : protocols::protein_interface_design
• get_binary_rna_silent_struct_safe() : protocols::swa::rna
• get_binary_rna_silent_struct_safe_wrapper() : protocols::swa::rna
• get_bounds_intersection() : protocols::sic_dock
• get_branching_atoms2() : protocols::branch_angle
• get_burial_3() : core::scoring::hbonds
• get_C4_C3_distance_range() : protocols::swa::rna
• get_CA_vectors() : core::scoring::dssp , protocols::jumping
• get_CB_Vecs() : protocols::sic_dock
• get_cen_scorefxn() : protocols::loops
• get_chain2range() : core::conformation::symmetry
• get_chain_from_chain_id() : core::pose
• get_chain_from_jump_id() : core::pose
• get_chain_id_from_chain() : core::pose
• get_chain_id_from_jump_id() : core::pose
• get_chain_ids_from_chain() : core::pose
• get_chain_residues() : core::pose
• get_chemical_root_and_anchor_atomnos() : core::conformation
• get_chiral_residue_type() : protocols::simple_moves::chiral
• get_closest_residue_pair() : protocols::seeded_abinitio
• get_comment() : core::pose
• get_component_contiguous_foldtree() : core::conformation::symmetry
• get_component_lower_bound() : core::pose::symmetry
• get_component_of_residue() : core::pose::symmetry
• get_component_upper_bound() : core::pose::symmetry
• get_contact_features() : protocols::simple_filters
• get_coordinate_system() : protocols::jumping
• get_core() : protocols::abinitio
• get_cst_fa_file_option() : core::scoring::constraints
• get_cst_file_option() : core::scoring::constraints
• get_current_job() : protocols::jd2
• get_current_jobs_starting_pose() : protocols::jd2
• get_current_model_score() : protocols::features
• get_current_structure_count() : protocols::features
• get_DB_filter_ptr() : protocols::features
• get_default_allowed_bulge_res() : protocols::swa::rna
• get_delta_magnetic_anisotropy_deriv() : core::scoring::rna::chemical_shift
• get_density_map() : core::scoring::electron_density_atomwise
• get_DFIRE_potential() : core::scoring::methods::dfire
• get_distribution() : protocols::ligand_docking
• get_DNA_backbone_bin() : core::scoring::dna
• get_Dock_ScoreFxn() : protocols::antibody2
• get_edge_from_num() : core::scoring::rna
• get_environment_dependent_weight() : core::scoring::hbonds
• get_enzcst_io() : protocols::enzdes::enzutil
• get_enzdes_observer() : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• Get_euler_angles() : protocols::swa::rna
• get_euler_angles() : protocols::swa
• Get_euler_stub_bin() : protocols::swa::rna
• get_fa_scorefxn() : protocols::loops
• get_fade_correction() : core::scoring::rna
• get_file_name() : protocols::swa
• get_filenames() : protocols::motifs
• get_final_rot_probs() : protocols::MakeRotLib
• get_final_rots() : protocols::MakeRotLib
• get_first_protein_residue() : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• get_foldtree_seqsep() : protocols::fldsgn::potentials::sspot
• get_full_edge_from_num() : core::scoring::rna
• get_full_LW_orientation_from_num() : core::scoring::rna
• get_full_orientation_from_num() : core::scoring::rna
• get_gdtmm() : protocols::hybridization
• get_hash_excluding_chain() : core::pose
• get_hash_from_chain() : core::pose
• get_hb_acc_chem_type() : core::scoring::hbonds
• get_hb_don_chem_type() : core::scoring::hbonds
• get_hbe_acc_hybrid() : core::scoring::hbonds
• get_hbond_energies() : core::scoring::hbonds
• get_hbond_weight_type() : core::scoring::hbonds
• get_highest_score_from_job_data_statement() : protocols::features
• get_highest_score_from_score_data_statement() : protocols::features
• get_incomplete_connections() : protocols::ligand_docking
• get_joint_id() : core::scoring::methods::dfire
• get_jump_id_from_chain() : core::pose
• get_jump_id_from_chain_id() : core::pose
• get_jump_ids_from_chain() : core::pose
• get_jump_ids_from_chain_ids() : core::pose
• get_jump_name_to_components() : core::pose::symmetry
• get_jump_name_to_subunits() : core::pose::symmetry
• get_K_cluster_engine() : protocols::toolbox
• get_km() : core::scoring::electron_density
• get_last_protein_residue() : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• get_leap_6dof() : protocols::sic_dock
• get_leap_lower_stub() : protocols::sic_dock
• get_leap_upper_stub() : protocols::sic_dock
• get_ligand_seqpos() : protocols::ligand_docking
• get_ligand_torsion_constraints() : protocols::ligand_docking
• get_LigandMotifLibrary_user() : protocols::motifs
• get_line() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• get_LoopCentral_ScoreFxn() : protocols::antibody2
• get_LoopHighRes_ScoreFxn() : protocols::antibody2
• get_masks() : core::scoring
• get_max_centroid_to_atom_distance() : protocols::swa::rna
• get_max_seq_num_from_res_map() : protocols::swa::rna
• get_maximum_scores() : core::sequence
• get_membrane_depth_dependent_weight() : core::scoring::hbonds
• get_midstep_stub() : core::scoring::dna
• get_mindis_with_plane_hashes() : protocols::sic_dock
• get_motif_build_position_defs_user() : protocols::motifs
• get_motif_build_positions_user() : protocols::motifs
• get_MotifLibrary_user() : protocols::motifs
• get_moving_residue_case() : protocols::swa::monte_carlo
• get_ncac() : protocols::jumping
• get_nearest_neighbor() : core::conformation
• get_nth_lowest_score_from_job_data_statement() : protocols::features
• get_nth_lowest_score_from_score_data_statement() : protocols::features
• get_num_bytes() : core::scoring
• get_num_residues_nonvirt() : protocols::hybridization
• Get_num_side_chain_atom_from_res_name() : protocols::swa::rna
• get_number_base_stacks() : protocols::rna
• get_o1p_o2p_sign() : protocols::rna
• Get_one_letter_name() : protocols::swa::rna
• get_orientation() : core::scoring::packstat::old , core::scoring
• get_orientation_from_num() : core::scoring::rna
• get_out_tag() : protocols::vip
• get_output_tag() : protocols::jobdist
• get_overlap() : core::scoring , core::scoring::packstat::old
• get_overlap_pos() : protocols::loops::loop_closure::ccd
• get_Pack_ScoreFxn() : protocols::antibody2
• get_pairing_geometry() : protocols::jumping , core::scoring::dssp
• get_parallel_h_for_arg() : core::scoring::methods
• get_pdb_code_from_pose_tag() : protocols::enzdes::enzutil
• get_per_residue_score() : protocols::nonlocal
• get_per_residue_scores() : protocols::relax
• get_pleating() : core::scoring::dssp , protocols::jumping
• get_position_in_vector() : core::scoring::rna , core::scoring::carbon_hbonds
• get_potential_add_residues() : protocols::swa::monte_carlo
• get_potential_delete_residues() : protocols::swa::monte_carlo
• get_pretend_phi_explicit() : protocols::swa::protein
• get_pretend_psi_explicit() : protocols::swa::protein
• get_protocol_and_batch_id() : protocols::features
• get_random_residue_at_chain_terminus() : protocols::swa::monte_carlo
• get_rb_atr_and_rep_scores() : protocols::ligand_docking
• get_rb_number() : core::id
• get_rb_type() : core::id
• get_res_aa_from_BASE_name() : core::scoring::rna::chemical_shift
• Get_residue_base_state() : protocols::swa::rna
• get_residue_connections() : core::conformation
• get_residue_current_energy() : core::pack
• Get_residue_from_seq_num() : protocols::swa::rna
• Get_residue_list_from_fasta() : protocols::swa::rna
• get_residue_path_distances() : core::chemical
• Get_residue_pucker_state() : protocols::swa::rna
• get_residue_weight_by_ss() : core::scoring::methods
• get_resnum() : core::pose
• get_resnum_from_cstid() : protocols::enzdes::enzutil
• get_resnum_from_cstid_list() : protocols::enzdes::enzutil
• get_resnum_list() : core::pose
• get_resnum_list_ordered() : core::pose
• get_restag() : core::scoring::methods
• get_rho_and_z() : core::scoring::rna::chemical_shift
• Get_ribose_stub() : protocols::swa::rna
• get_rigid_body_jumps() : protocols::rna
• get_ring_current_deriv() : core::scoring::rna::chemical_shift
• get_ring_current_term_derivatives() : core::scoring::rna::chemical_shift
• get_rmsd() : protocols::loophash
• get_rna_base_centroid() : core::scoring::rna
• get_rna_base_coordinate_system() : core::scoring::rna
• get_rna_base_coordinate_system_from_CS_params() : core::scoring::rna::chemical_shift
• get_rna_secstruct() : protocols::rna
• get_root_atomno() : core::conformation
• get_root_residue_root_atomno() : core::conformation
• get_rosetta_hatom_name() : core::scoring::rna::chemical_shift
• get_rotamer_angle() : protocols::swa::protein
• get_rt_over_leap() : protocols::loophash
• get_rt_over_leap_fast() : protocols::loophash
• get_rt_over_leap_without_foldtree_bs() : protocols::loophash
• get_sasa_dot_locations() : core::scoring::packstat
• get_score_for_struct_id_and_score_term_from_job_data() : protocols::features
• get_score_for_struct_id_and_score_term_from_score_data() : protocols::features
• get_score_line_string() : core::pose
• get_score_map() : protocols::jobdist
• get_score_type_id_from_score_term() : protocols::features
• get_scratch_atom_id() : core::pose
• get_section_name() : core::scoring::constraints
• get_seq_sep() : core::scoring::hbonds
• get_set_from_datamap() : protocols::moves
• get_sha1_hash_excluding_chain() : core::pose
• get_something_from_database() : protocols::features
• get_specific_atom_coordinate() : protocols::swa::rna
• get_struct_id_with_highest_score_from_job_data() : protocols::features
• get_struct_id_with_highest_score_from_score_data() : protocols::features
• get_struct_id_with_lowest_score_from_job_data() : protocols::features
• get_struct_id_with_lowest_score_from_score_data() : protocols::features
• get_struct_id_with_nth_lowest_score_from_job_data() : protocols::features
• get_struct_id_with_nth_lowest_score_from_score_data() : protocols::features
• get_structure_count_statement() : protocols::features
• get_stub_stub_params() : core::scoring::dna
• get_subunit_name_to_component() : core::pose::symmetry
• get_sugar_centroid() : protocols::rna
• get_superposition_transformation() : protocols::hybridization
• get_surf_tot() : core::scoring::packing
• get_surf_vol() : core::scoring::packing
• get_surf_vol_deriv() : core::scoring::packing
• get_surrounding_O2star_hydrogen() : protocols::swa::rna
• get_sym_aware_jump_num() : core::pose::symmetry
• get_symdof_subunits() : core::pose::symmetry
• get_symm_axis() : core::pose::symmetry
• get_tag_from_pdb_filename() : protocols::swa::rna
• get_target_position_map_make_dna_mutations() : protocols::motifs
• get_target_positions_make_dna_mutations() : protocols::motifs
• get_targetconformers_user() : protocols::motifs
• get_task_operations() : protocols::rosetta_scripts
• get_tenA_neighbor_residues() : protocols::loops
• get_termini_from_pose() : protocols::sic_dock
• Get_three_letter_name() : protocols::swa::rna
• get_time() : protocols::wum
• get_token() : core::pack::task
• get_torsion_axis() : protocols::loops::loop_closure::ccd
• get_torsion_bin() : core::conformation
• get_total_energy_for_state() : core::pack
• get_watson_crick_base_pair_atoms() : core::scoring::rna
• get_write_delete_pair() : protocols::features
• get_xform_stats() : protocols::sic_dock
• get_y_axis() : core::scoring::dna
• get_y_axis_atoms() : core::scoring::dna
• get_z_axis() : core::scoring::dna
• getAVG() : protocols::sparta
• getDensityMap() : core::scoring::electron_density
• getDensityMap_legacy() : core::scoring::electron_density
• getDiff() : protocols::sparta
• getPoseExtraScores() : core::pose
• getRG() : protocols::moves
• getRMS() : protocols::sparta
• getScoreFunction() : core::scoring
• getScoreFunctionName() : core::scoring
• getSTD() : protocols::sparta
• getxform() : core::fragment
• global_loop_rmsd() : protocols::antibody2
• glu_corrections() : protocols::MakeRotLib
• GrabAllCollectorCOP : protocols::frag_picker
• GrabAllCollectorOP : protocols::frag_picker
• grad3() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• GraftCDRLoopsProtocolCOP : protocols::antibody2
• GraftCDRLoopsProtocolOP : protocols::antibody2
• GraftMoverBaseCOP : protocols::grafting
• GraftMoverBaseOP : protocols::grafting
• GraftMoverCOP : protocols::antibody
• GraftMoverOP : protocols::antibody
• GraftOneCDRLoopCOP : protocols::antibody2
• GraftOneCDRLoopOP : protocols::antibody2
• GraftOneMoverCOP : protocols::antibody
• GraftOneMoverOP : protocols::antibody
• GraphCOP : core::graph
• graphics_main() : protocols::medal , protocols::star
• GraphOP : core::graph
• GreedyKCenterCOP : protocols::toolbox
• GreedyKCenterOP : protocols::toolbox
• GreedyOptMutationMoverCOP : protocols::design_opt
• GreedyOptMutationMoverOP : protocols::design_opt
• GreenPackerCOP : protocols::simple_moves
• GreenPackerOP : protocols::simple_moves
• grid_rotamer_trials() : protocols::ligand_docking
• grid_rotamer_trials_atr_rep() : protocols::ligand_docking
• grid_score() : protocols::ligand_docking
• grid_score_atr_rep() : protocols::ligand_docking
• grid_to_kin() : protocols::ligand_docking
• GridBaseCOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridBaseOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridBaseTracer() : protocols::qsar::scoring_grid
• GridCreatorCOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridCreatorOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridFactoryCOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridFactoryOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridManagerCOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridManagerOP : protocols::qsar::scoring_grid
• GridManagerTracer() : protocols::qsar::scoring_grid
• GridMap : protocols::qsar::scoring_grid
• GridSearchIteratorCOP : protocols::scoring::methods::pcs , protocols::scoring::methods::pcs2
• GridSearchIteratorOP : protocols::scoring::methods::pcs2 , protocols::scoring::methods::pcs
• GroupDiscriminatorCOP : protocols::simple_moves
• GroupDiscriminatorOP : protocols::simple_moves
• GroupList : protocols::noesy_assign
• grow() : protocols::ligand_docking
• grow_left_r() : protocols::forge::methods
• grow_left_rtype() : protocols::forge::methods
• grow_ligand_tracer() : protocols::ligand_docking
• grow_right_r() : protocols::forge::methods
• grow_right_rtype() : protocols::forge::methods
• GrowLeftAP : protocols::forge::build
• GrowLeftCAP : protocols::forge::build
• GrowLeftCOP : protocols::forge::build
• GrowLeftOP : protocols::forge::build
• GrowLigandCOP : protocols::ligand_docking
• GrowLigandOP : protocols::ligand_docking
• GrowRightAP : protocols::forge::build
• GrowRightCAP : protocols::forge::build
• GrowRightCOP : protocols::forge::build
• GrowRightOP : protocols::forge::build
• GuardedLoopsFromFileCOP : protocols::loops
• GuardedLoopsFromFileOP : protocols::loops
• guess_rbsegs_from_pose() : protocols::rbsegment_relax
• guess_torsion_type_of_dof_id() : core::conformation::symmetry
• gzip() : core::io::silent