Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- m -

• m_inv_gen() : core::scoring
• maca : core::scoring::rna::chemical_shift
• magnetic_anisotropy_effect() : core::scoring::rna::chemical_shift
• main_atom_tree_diff_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_pdb_mover() : protocols::jobdist
• main_watchdog() : protocols::boinc::watchdog
• MainChainTorsionSet() : protocols::swa , protocols::swa::protein
• MainChainTorsionSetList : protocols::swa , protocols::swa::protein
• make_asymmetric_pose() : core::pose::symmetry
• make_atr_rep_grid() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligand() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligands() : protocols::ligand_docking
• make_base_pair_aware_fold_tree() : protocols::dna
• make_base_pair_mutation() : protocols::motifs
• make_coarse_pose() : protocols::rna
• make_continuous_true_regions_in_bool_vector() : protocols::enzdes::enzutil
• make_cut_at_moving_suite() : protocols::swa::rna , protocols::swa
• make_dna_mutations() : protocols::motifs
• make_dna_rigid() : protocols::relax
• make_extended_coarse_pose() : protocols::rna
• make_hbBasetoAcc_unitvector() : core::scoring::hbonds
• make_hotspot_foldtree() : protocols::protein_interface_design
• make_new_symmetric_PackerTask_by_intersection() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_requested_method() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_truncation() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_union() : core::pack
• make_phosphate_nomenclature_matches_mini() : protocols::rna
• make_pose_from_frags() : core::fragment
• make_pose_from_saccharide_sequence() : core::pose
• make_pose_from_sequence() : core::pose
• make_pose_from_sequence_() : core::fragment
• make_residue_mask_symmetric() : core::pose::symmetry
• make_selection() : protocols::nonlocal
• make_sequence_combinations() : protocols::dna
• make_simple_fold_tree_from_jump_frame() : core::fragment
• make_single_mutants() : protocols::dna
• make_star_foldtree() : protocols::forge::methods
• make_stub_scorefxn() : protocols::protein_interface_design::movers
• make_subdirs() : protocols::dna
• make_symmetric_fibril() : protocols::fibril
• make_symmetric_movemap() : core::pose::symmetry
• make_symmetric_PackerTask_by_truncation() : core::pack
• make_symmetric_pdb_info() : core::pose::symmetry
• make_symmetric_pose() : core::pose::symmetry
• MakeFragmentScoringMethodCOP : protocols::frag_picker::scores
• MakeFragmentScoringMethodOP : protocols::frag_picker::scores
• MakePolyXMoverOP : protocols::simple_moves
• map_of_weighted_scores() : core::import_pose::atom_tree_diffs
• map_seq1_seq2() : core::sequence
• map_to_comma_strings() : core::conformation::symmetry
• mapping_to_alignment() : core::sequence
• maqw : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqx : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqy : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqz : core::scoring::rna::chemical_shift
• marx : core::scoring::rna::chemical_shift
• mary : core::scoring::rna::chemical_shift
• marz : core::scoring::rna::chemical_shift
• maskbits : core::scoring::packstat::old , core::scoring
• masks : core::scoring::packstat::old , core::scoring
• Mass : core
• MasterSP : protocols::elscripts
• Mat : core::conformation::symmetry , protocols::kinmatch , protocols::scoring , protocols::sic_dock
• Mat3 : protocols::sparta
• match : protocols::match
• MATCH_ALL : protocols::rna
• MATCH_ENUM : protocols::rna
• MATCH_EXACT : protocols::rna
• match_lite : protocols::match
• MATCH_YR : protocols::rna
• MatchConsolidatorCOP : protocols::match::output
• MatchConsolidatorOP : protocols::match::output
• MatchConstraintFileInfoCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatcherCOP : protocols::match
• MatcherMoverCOP : protocols::match
• MatcherMoverOP : protocols::match
• MatcherOP : protocols::match
• MatcherTaskCOP : protocols::match
• MatcherTaskOP : protocols::match
• MatchEvaluatorCOP : protocols::match::output
• MatchEvaluatorOP : protocols::match::output
• MatchFilterCOP : protocols::match::output
• MatchFilterOP : protocols::match::output
• MatchGrouperCOP : protocols::match::output
• MatchGrouperOP : protocols::match::output
• MatchOutputterCOP : protocols::match::output
• MatchOutputterOP : protocols::match::output
• MatchPositionModifierCOP : protocols::match
• MatchPositionModifierOP : protocols::match
• MatchProcessorCOP : protocols::match::output
• MatchProcessorOP : protocols::match::output
• MatchResiduesMoverCOP : protocols::fldsgn
• MatchResiduesMoverOP : protocols::fldsgn
• Matrix : protocols::toolbox
• matrix : core::scoring , protocols::toolbox
• Matrix : core::scoring::dna , core::scoring::rna , protocols::frag_picker::scores , protocols::hotspot_hashing , protocols::loops::loop_closure::ccd , protocols::rna
• MAX : protocols::simple_filters
• max_allowed_rot_mag() : protocols::rigid
• MAX_CHEMICAL_BOND_TO_HYDROGEN_LENGTH : core::chemical
• MAX_FLT : core::scoring::electron_density , core::scoring::electron_density_atomwise
• MAX_HB_ENERGY : core::scoring::hbonds
• max_interchain_sites() : protocols::scoring
• max_possible_LK : core::scoring::geometric_solvation
• MAX_R : core::scoring::hbonds
• MAX_R2 : core::scoring::hbonds
• max_rad() : core::scoring::packstat
• MAX_RADIUS : protocols::canonical_sampling::mc_convergence_checks
• MAX_TYPE : protocols::noesy_assign
• MAX_xD : core::scoring::hbonds
• MAX_xH : core::scoring::hbonds
• MAXIMAL_FLOAT : protocols::loophash
• MaxSeqSepConstraintSetCOP : protocols::constraints_additional
• MaxSeqSepConstraintSetOP : protocols::constraints_additional
• MCA : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_last : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_low : protocols::moves
• MCA_accepted_thermally : protocols::moves
• MCA_rejected : protocols::moves
• Mcbeta : core::scoring
• MCShowMoverCOP : protocols::moves
• MCShowMoverOP : protocols::moves
• Medal_main() : protocols::medal
• MedalExchange_main() : protocols::medal
• MedalFreeMoverCOP : protocols::medal
• MedalFreeMoverOP : protocols::medal
• MedalMoverCOP : protocols::medal
• MedalMoverOP : protocols::medal
• MEMB_HIGHRES_WTS : core::scoring
• MembEtableCAP : core::scoring::etable
• MembEtableOP : core::scoring::etable
• Membrane_FAEmbed_from_pose() : core::scoring
• Membrane_FAEmbedOP : core::scoring
• Membrane_FAPotentialCOP : core::scoring
• Membrane_FAPotentialOP : core::scoring
• MembraneAbinitioCOP : protocols::abinitio
• MembraneAbinitioOP : protocols::abinitio
• MembraneCbetaEnergyCreator_registrator : core
• MembraneCenPairEnergyCreator_registrator : core
• MembraneEmbed_from_pose() : core::scoring
• MembraneEmbedOP : core::scoring
• MembraneEnvEnergyCreator_registrator : core
• MembraneEnvPenaltiesCreator_registrator : core
• MembraneEnvSmoothEnergyCreator_registrator : core
• MembraneJumpOP : protocols::jumping
• MembraneLipoCreator_registrator : core
• MembranePotentialOP : core::scoring
• MembraneTopology_from_pose() : core::scoring
• MembraneTopologyCOP : protocols::simple_moves
• MembraneTopologyOP : core::scoring , protocols::simple_moves
• Menv : core::scoring
• Menv_non_helix : core::scoring
• Menv_smooth : core::scoring
• Menv_termini : core::scoring
• Menv_tm_proj : core::scoring
• merge() : protocols::forge::methods
• merge_frags() : core::fragment
• merge_vectors() : protocols::swa
• metalhash_constraint : core::scoring
• MetalloClaimerAP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerCAP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerCOP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerOP : protocols::topology_broker
• MetaPoseEvaluatorCOP : protocols::evaluation
• MetaPoseEvaluatorOP : protocols::evaluation
• METHYL : protocols::noesy_assign
• METHYLATED_CTERMINUS : core::chemical
• METHYLATION : core::chemical
• MetricCalculatorFitnessFunctionCOP : protocols::multistate_design
• MetricCalculatorFitnessFunctionOP : protocols::multistate_design
• MetropolisHastingsMoverAP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverCAP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverCOP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverOP : protocols::canonical_sampling
• mg_chem_pot : core::scoring
• mg_ref : core::scoring
• MIN : protocols::simple_filters
• min_index() : protocols::ddg
• min_mod() : core::scoring::electron_density
• MIN_OCC_ENERGY : core::scoring::geometric_solvation
• min_pack() : core::pack
• min_pair_data : core::scoring
• MIN_R : core::scoring::hbonds
• MIN_R2 : core::scoring::hbonds
• MIN_ROT_PROB : core::pack::dunbrack
• min_rotamers() : protocols::MakeRotLib
• min_single_data : core::scoring
• MIN_xC : core::scoring::hbonds
• MIN_xD : core::scoring::hbonds
• MIN_xH : core::scoring::hbonds
• MinimalistFlexbbInteractionGraphCOP : protocols::flexpack::interaction_graph
• MinimalistFlexbbInteractionGraphOP : protocols::flexpack::interaction_graph
• MinimalRotamerCOP : protocols::simple_moves
• MinimalRotamerOP : protocols::simple_moves
• MinimizationGraphCOP : core::scoring
• MinimizationGraphOP : core::scoring
• minimize_all_sampled_floating_bases() : protocols::swa::rna
• minimize_alt_rotamer() : core::pack
• minimize_backbone_tracer() : protocols::ligand_docking
• minimize_with_constraints() : protocols::swa::rna
• MinimizeBackboneCOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneCOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigand_tracer() : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandCOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandCOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandOPs : protocols::ligand_docking
• minimizer_sort_criteria() : protocols::swa::rna
• MinimizerMapBaseCOP : core::kinematics
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• MinimizerMapCOP : core::optimization
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• MinimizerOptionsCOP : core::optimization
• MinimizerOptionsOP : core::optimization
• MinimizeStoredRBConfsCOP : protocols::enzdes
• MinimizeStoredRBConfsOP : protocols::enzdes
• MiniPoseAP : core::pose
• MiniPoseCAP : core::pose
• MiniPoseCOP : core::pose
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• MiniRelaxOP : protocols::relax
• minirosetta_svn_url() : core
• minirosetta_svn_version() : core
• MinMoverCOP : protocols::simple_moves
• MinMoverOP : protocols::simple_moves
• MinMultiHarmonicFuncCOP : core::scoring::constraints
• MinMultiHarmonicFuncOP : core::scoring::constraints
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• MinScoreScoreFunctionCOP : core::scoring::symmetry
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• MissingDensityToJumpMoverCOP : protocols::simple_moves
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• MixtureFuncOP : core::scoring::constraints
• MKDIR() : protocols::sparta
• Mlipo : core::scoring
• mm_bend : core::scoring
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• mm_bondangle_atom_tri : core::scoring::mm
• mm_bondangle_library : core::scoring::mm
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• mm_bondangle_library_citer_pair : core::scoring::mm
• mm_bondangle_param_set : core::scoring::mm
• mm_bondlength_atom_pair : core::scoring::mm
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• mm_lj_inter_rep : core::scoring
• mm_lj_intra_atr : core::scoring
• MM_LJ_INTRA_NBLIST : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• mm_lj_intra_rep : core::scoring
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• MM_LJ_TRIE_COLLECTION : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
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• ModelCDRH3OP : protocols::antibody2
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