- _ -

• __ATTEN_ENUM__ : core::scoring::sc
• __RNA_UTIL__ : core::scoring::rna
• _RNA_FittedTorsionInfo_ : core::scoring::rna
• _RNA_MatchType_ : protocols::rna

- a -

• AA : core::chemical
• AddOrDeleteChoice : protocols::swa::monte_carlo
• AddStatus : protocols::optimize_weights
• AlignMove : core::sequence
• AlignOption : protocols::hybridization
• AntibodyCDRNameEnum : protocols::antibody2
• AntibodyNumberingEnum : protocols::antibody2
• atomitem : core::scoring::rna::chemical_shift

- b -

• BaseState : protocols::swa::rna
• BBdisplayState : protocols::viewer::graphics_states_param
• BeginEndEnum : protocols::antibody2
• BondName : core::chemical
• boolean_operations : protocols::filters
• BumpSelectorDecision : core::pack::rotamer_set

- c -

• CALIBRATION_ATOM_TYPE : protocols::noesy_assign
• Chirality : protocols::simple_moves::chiral
• ChiStrategy : protocols::match::upstream
• ColorMode : protocols::viewer::graphics_states_param
• ContactType : protocols::frag_picker
• ContextGraphType : core::scoring
• CPCrossoverBehavior : core::scoring::etable::count_pair
• CPResidueConnectionType : core::scoring::etable::count_pair
• CstAction : protocols::enzdes
• cstType : protocols::jumping

- d -

• DaemonSetMessage : protocols::pack_daemon
• Direction : protocols::rigid
• Distribution : protocols::ligand_docking
• DisulfideDerivativeAtom : core::scoring::disulfides
• dof_type : core::conformation::symmetry
• DOF_Type : core::id
• dofType : protocols::jumping

- e -

• ec_funcs : protocols::pack_daemon
• EnergyMethods : core::scoring::methods
• EnergyMethodType : core::scoring::methods
• Enum : core::conformation::RotamerSetCacheableDataType , protocols::forge::components::VLB_VallMemoryUsage , protocols::jd2::JobInputterInputSource , protocols::forge::build::SegmentInsertConnectionScheme , core::scoring::EnergiesCacheableDataType , protocols::forge::build::BuildInstructionState
• EventType : core::scoring::packstat
• ExternalTransform : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• ExtraRotSample : core::pack::task

- h -

• H3BaseTypeEnum : protocols::antibody2
• HBAccChemType : core::scoring::hbonds
• HBDefType : protocols::features
• HBDerivType : core::scoring::hbonds
• HBDonChemType : core::scoring::hbonds
• HBEvalType : core::scoring::hbonds
• HBGeoDimType : core::scoring::hbonds
• HBondWeightType : core::scoring::hbonds
• HBSeqSep : core::scoring::hbonds
• Hybridization : core::chemical

- i -

• InterpolationType : protocols::canonical_sampling

- k -

• KRSQueryType : protocols::kinmatch

- l -

• LongRangeEnergyType : core::scoring::methods
• LoopConfiguration : protocols::loops
• LoopRefineInnerCycleName : protocols::loops::loop_mover::refine
• LoopResult : protocols::loops::loop_mover

- m -

• MATCH_ENUM : protocols::rna
• MCA : protocols::moves
• min_pair_data : core::scoring
• min_single_data : core::scoring
• MoverStatus : protocols::moves
• MoveType : protocols::ligand_docking
• MovingResidueCase : protocols::swa::monte_carlo
• mpi_tags : protocols::jd2

- o -

• OccFitParam : core::scoring::geometric_solvation
• Operation : protocols::simple_filters
• OptEMultifuncMPIMessages : protocols::optimize_weights
• OptEPositionDataType : protocols::optimize_weights
• orbital_type_enum : core::chemical::orbitals

- p -

• PackerTaskSymmetryStatus : core::pack::task
• Partner : protocols::rigid
• PoseCoordPickMode : protocols::sic_dock
• ProbeRadius : protocols::match
• ProteinTorsion : core::scoring
• PuckerState : protocols::swa::rna

- r -

• RamachandranHash : protocols::features
• RBSegmentType : protocols::rbsegment_relax
• residue_addition_type : protocols::simple_moves
• ResidueIdentifier : protocols::loops
• ResiduePairEvalType : core::pack::interaction_graph

- s -

• SCdisplayState : protocols::viewer::graphics_states_param
• ScoreFunctionParameter : core::scoring
• ScoreFunctionVariant : core::scoring
• ScoreType : core::scoring
• SharedSilentDataType : core::io::silent
• SheetFoldType : protocols::fldsgn::topology
• ShowHState : protocols::viewer::graphics_states_param
• SlideCriteriaType : core::conformation::symmetry
• SlideType : core::conformation::symmetry
• SSType : protocols::comparative_modeling::features
• StageID : protocols::abinitio
• StatsType : protocols::moves
• Strategy : core::conformation
• StubStatus : protocols::hotspot_hashing

- t -

• TorsionBin : protocols::comparative_modeling::features
• TorsionType : core::id
• TrajectoryState : protocols::viewer::graphics_states_param
• typerBond : core::chemical::sdf

- w -

• WUM_MPI_TAGS : protocols::wum

- x -

• X11Colors : protocols::moves