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• idealize_hydrogens() : core::conformation
• idealize_loop() : protocols::loops
• idealize_position() : core::conformation
• identify_hbonds_1way() : core::scoring::hbonds
• identify_hbonds_1way_membrane() : core::scoring::hbonds
• identify_intra_res_hbonds() : core::scoring::hbonds
• import_pose_from_silent_file() : protocols::swa::rna
• in_archive_rank_() : protocols::jd2::archive
• in_file_buf_rank_() : protocols::jd2::archive
• in_list() : protocols::rna
• in_master_rank_() : protocols::jd2::archive
• in_min_client_rank_() : protocols::jd2::archive
• in_vector() : protocols::swa
• increase_rotamer_precision() : core::pack::dunbrack
• index_pair_in_range() : protocols::loops::loop_closure::ccd
• INFINITE_SEPARATION() : core::scoring::etable::count_pair
• init() : core , protocols::init
• init_backrub_mover_with_options() : protocols::backrub
• init_mpi() : core
• init_options() : core
• init_packing_score_discrim() : core::scoring::packstat
• init_packing_score_respred() : core::scoring::packstat
• init_paths() : core
• init_profiling() : core
• init_random_generators() : core
• init_random_number_generators() : core
• init_rotamers_centroids() : protocols::MakeRotLib
• init_score_function_corrections() : core
• init_source_revision() : core
• init_tracers() : core
• InitialAntiCausalCoefficient() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• InitialCausalCoefficient() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• initialize_atomid_map() : core::pose
• initialize_AtomID_Map() : core::scoring::packing
• initialize_atomid_map_heavy_only() : core::pose
• initialize_atoms_for_which_we_need_new_dofs() : core::scoring::rna
• initialize_atomtype_2_probe_radius_map() : protocols::match
• initialize_common_scorefxns() : protocols::swa::rna
• initialize_cpdata_for_atom() : core::scoring::trie
• initialize_disulfide_bonds() : core::pose
• initialize_dof_id_map() : core::pose
• initialize_group_list() : protocols::noesy_assign
• initialize_input_streams() : protocols::swa
• initialize_input_streams_with_residue_info() : protocols::swa
• initialize_non_main_chain_sugar_atoms() : core::scoring::rna
• initialize_ss() : protocols::comparative_modeling
• initialize_temperatures() : core::pack
• initialize_temperatures_stochastic_pack() : core::pack
• inline_intraresidue_atom_pair_energy() : core::scoring
• inline_residue_atom_pair_energy() : core::scoring
• inline_residue_atom_pair_energy_backbone_backbone() : core::scoring
• inline_residue_atom_pair_energy_sidechain_backbone() : core::scoring
• inline_residue_atom_pair_energy_sidechain_sidechain() : core::scoring
• inline_residue_atom_pair_energy_sidechain_whole() : core::scoring
• input_sasa_dats() : core::scoring::packstat::old , core::scoring
• inputPipeMap() : core::io::serialization
• insert() : core::io::serialization
• insert_closed_range() : protocols::forge::methods
• insert_half_open_range() : protocols::forge::methods
• insert_ideal_bonds_at_polymer_junction() : core::conformation
• insert_ideal_mainchain_bonds() : core::conformation
• insert_point_mut_filter_vals() : protocols::design_opt
• insert_pose_into_pose() : protocols::grafting
• insert_residue_into_atom_tree() : core::conformation
• interface_builder_tracer() : protocols::ligand_docking
• INTERFACE_CALC() : protocols::anchored_design
• interface_distance_tracer() : protocols::ligand_docking::ligand_options
• InterfaceScoreCalculator_tracer() : protocols::ligand_docking
• interp3() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• interp_linear() : core::scoring::electron_density
• interp_spline() : core::scoring::electron_density
• interpolate_rotamers() : core::pack::dunbrack
• interpolate_value_and_deriv() : core::scoring
• interpolation_type_enum_to_string() : protocols::canonical_sampling
• interpolation_type_string_to_enum() : protocols::canonical_sampling
• interval_to_loop() : protocols::forge::methods
• intervals_to_confirmation_loops() : protocols::forge::methods
• intervals_to_loops() : protocols::forge::methods
• INVALID() : core::scoring::methods::dfire
• invalidate_residues_spanning_cuts() : protocols::medal
• invert_exclude_residues() : core::scoring
• invert_include_residues() : protocols::evaluation
• invstub() : protocols::sic_dock
• iprod() : core::scoring
• irt() : protocols::motifs
• Is_1H5star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_2H5star_atom() : protocols::swa::rna
• is_aromatic() : core::scoring::constraints
• is_base() : core::scoring::hackelec
• Is_base_pair() : protocols::swa::rna
• Is_base_phosphate_atom_pair() : core::scoring::rna
• Is_base_stack() : protocols::swa::rna
• Is_C2star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_C3star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_C4star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_C5star_atom() : protocols::swa::rna
• is_catalytic_seqpos() : protocols::enzdes::enzutil
• Is_close_chain_break() : protocols::swa , protocols::swa::rna
• is_cutpoint_open() : core::scoring::rna
• is_d_chiral() : protocols::simple_moves::chiral
• is_digit() : protocols::enzdes::enzutil
• is_disulfide_bond() : core::conformation
• Is_equivalent_vector() : protocols::swa::rna
• Is_five_prime_phosphate_atom() : protocols::swa::rna
• Is_H3star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_H4star_atom() : protocols::swa::rna
• is_heavyatom() : core::scoring
• is_ideal_pose() : core::pose
• is_ideal_position() : core::pose , core::conformation
• is_in_between() : protocols::rna
• is_interface_vector() : protocols::ligand_docking::ligand_options
• is_jump_intracomponent() : core::conformation::symmetry
• is_l_chiral() : protocols::simple_moves::chiral
• is_ligand_heavyatom() : core::scoring
• is_ligand_heavyatom_residues() : core::scoring
• is_lower_cutpoint() : core::scoring::methods
• is_lowercase_letter() : protocols::enzdes::enzutil
• Is_medium_base_stack_and_medium_base_pair() : protocols::swa::rna
• is_missing_density() : core::scoring::electron_density
• is_multicomponent() : core::pose::symmetry
• is_nbr_atom() : core::scoring
• is_not_neighbor_to_rigid() : protocols::topology_broker
• is_num_in_list() : protocols::rna
• Is_O1P_atom() : protocols::swa::rna
• Is_O2P_atom() : protocols::swa::rna
• Is_O2star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_O3star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_O4star_atom() : protocols::swa::rna
• Is_O5star_atom() : protocols::swa::rna
• is_orthonormal() : core::scoring::dna
• Is_P_atom() : protocols::swa::rna
• is_part() : protocols::seeded_abinitio , protocols::toolbox::task_operations , protocols::seeded_abinitio
• is_phosphate() : core::scoring::hackelec
• Is_phosphate_atom() : protocols::swa::rna
• is_polar_hydrogen() : core::scoring::rna::chemical_shift
• is_polymer_heavyatom() : core::scoring
• is_position_conserved_residue() : core::pose
• is_protein_backbone() : core::scoring
• is_protein_backbone_including_O() : core::scoring
• is_protein_CA() : core::scoring
• is_protein_CA_or_CB() : core::scoring
• is_protein_sidechain_heavyatom() : core::scoring
• is_pseudoresidue() : core::io::serialization
• is_purine() : core::scoring::rna
• is_residue_type_recognized() : core::io::pdb
• Is_residues_in_contact() : protocols::swa::rna
• Is_ribose_virtual() : protocols::swa::rna
• is_rna_chainbreak() : core::scoring::rna
• is_rot_sample_name() : core::pack::task
• Is_same_ribose_pucker() : protocols::swa::rna
• is_scofx_cstfied() : protocols::enzdes::enzutil
• is_singlecomponent() : core::pose::symmetry
• Is_strong_base_stack() : protocols::swa::rna
• is_sugar() : core::scoring::hackelec
• is_symmetric() : core::pose::symmetry , core::conformation::symmetry , core::pose::symmetry
• Is_three_prime_phosphate_atom() : protocols::swa::rna
• is_upper_cutpoint() : core::scoring::methods
• is_uppercase_letter() : protocols::enzdes::enzutil
• is_valid_backbone() : protocols::loophash
• Is_virtual_base() : protocols::swa::rna
• isDigit() : protocols::sparta
• isDirExists() : protocols::sparta
• isSpace() : protocols::sparta
• itoa() : protocols::sparta