- m -
- MainChainTorsionSetList
: protocols::swa
, protocols::swa::protein
- MakeFragmentScoringMethodCOP
: protocols::frag_picker::scores
- MakeFragmentScoringMethodOP
: protocols::frag_picker::scores
- MakePolyXMoverOP
: protocols::simple_moves
- Mass
: core
- MasterSP
: protocols::elscripts
- Mat
: core::conformation::symmetry
, protocols::kinmatch
, protocols::scoring
, protocols::sic_dock
- Mat3
: protocols::sparta
- match
: protocols::match
- match_lite
: protocols::match
- MatchConsolidatorCOP
: protocols::match::output
- MatchConsolidatorOP
: protocols::match::output
- MatchConstraintFileInfoCOP
: protocols::toolbox::match_enzdes_util
- MatchConstraintFileInfoListCOP
: protocols::toolbox::match_enzdes_util
- MatchConstraintFileInfoListOP
: protocols::toolbox::match_enzdes_util
- MatchConstraintFileInfoOP
: protocols::toolbox::match_enzdes_util
- MatcherCOP
: protocols::match
- MatcherMoverCOP
: protocols::match
- MatcherMoverOP
: protocols::match
- MatcherOP
: protocols::match
- MatcherTaskCOP
: protocols::match
- MatcherTaskOP
: protocols::match
- MatchEvaluatorCOP
: protocols::match::output
- MatchEvaluatorOP
: protocols::match::output
- MatchFilterCOP
: protocols::match::output
- MatchFilterOP
: protocols::match::output
- MatchGrouperCOP
: protocols::match::output
- MatchGrouperOP
: protocols::match::output
- MatchOutputterCOP
: protocols::match::output
- MatchOutputterOP
: protocols::match::output
- MatchPositionModifierCOP
: protocols::match
- MatchPositionModifierOP
: protocols::match
- MatchProcessorCOP
: protocols::match::output
- MatchProcessorOP
: protocols::match::output
- MatchResiduesMoverCOP
: protocols::fldsgn
- MatchResiduesMoverOP
: protocols::fldsgn
- matrix
: core::scoring
, protocols::toolbox
- Matrix
: core::scoring::dna
, core::scoring::rna
, protocols::frag_picker::scores
, protocols::hotspot_hashing
, protocols::loops::loop_closure::ccd
, protocols::rna
, protocols::toolbox
- MaxSeqSepConstraintSetCOP
: protocols::constraints_additional
- MaxSeqSepConstraintSetOP
: protocols::constraints_additional
- MCShowMoverCOP
: protocols::moves
- MCShowMoverOP
: protocols::moves
- MedalFreeMoverCOP
: protocols::medal
- MedalFreeMoverOP
: protocols::medal
- MedalMoverCOP
: protocols::medal
- MedalMoverOP
: protocols::medal
- MembEtableCAP
: core::scoring::etable
- MembEtableOP
: core::scoring::etable
- Membrane_FAEmbedOP
: core::scoring
- Membrane_FAPotentialCOP
: core::scoring
- Membrane_FAPotentialOP
: core::scoring
- MembraneAbinitioCOP
: protocols::abinitio
- MembraneAbinitioOP
: protocols::abinitio
- MembraneEmbedOP
: core::scoring
- MembraneJumpOP
: protocols::jumping
- MembranePotentialOP
: core::scoring
- MembraneTopologyCOP
: protocols::simple_moves
- MembraneTopologyOP
: core::scoring
, protocols::simple_moves
- MetalloClaimerAP
: protocols::topology_broker
- MetalloClaimerCAP
: protocols::topology_broker
- MetalloClaimerCOP
: protocols::topology_broker
- MetalloClaimerOP
: protocols::topology_broker
- MetaPoseEvaluatorCOP
: protocols::evaluation
- MetaPoseEvaluatorOP
: protocols::evaluation
- MetricCalculatorFitnessFunctionCOP
: protocols::multistate_design
- MetricCalculatorFitnessFunctionOP
: protocols::multistate_design
- MetropolisHastingsMoverAP
: protocols::canonical_sampling
- MetropolisHastingsMoverCAP
: protocols::canonical_sampling
- MetropolisHastingsMoverCOP
: protocols::canonical_sampling
- MetropolisHastingsMoverOP
: protocols::canonical_sampling
- MinimalistFlexbbInteractionGraphCOP
: protocols::flexpack::interaction_graph
- MinimalistFlexbbInteractionGraphOP
: protocols::flexpack::interaction_graph
- MinimalRotamerCOP
: protocols::simple_moves
- MinimalRotamerOP
: protocols::simple_moves
- MinimizationGraphCOP
: core::scoring
- MinimizationGraphOP
: core::scoring
- MinimizeBackboneCOP
: protocols::ligand_docking
- MinimizeBackboneCOPs
: protocols::ligand_docking
- MinimizeBackboneOP
: protocols::ligand_docking
- MinimizeBackboneOPs
: protocols::ligand_docking
- MinimizeLigandCOP
: protocols::ligand_docking
- MinimizeLigandCOPs
: protocols::ligand_docking
- MinimizeLigandOP
: protocols::ligand_docking
- MinimizeLigandOPs
: protocols::ligand_docking
- MinimizerMapBaseCOP
: core::kinematics
- MinimizerMapBaseOP
: core::kinematics
- MinimizerMapCOP
: core::optimization
- MinimizerMapOP
: core::optimization
- MinimizerOptionsCOP
: core::optimization
- MinimizerOptionsOP
: core::optimization
- MinimizeStoredRBConfsCOP
: protocols::enzdes
- MinimizeStoredRBConfsOP
: protocols::enzdes
- MiniPoseAP
: core::pose
- MiniPoseCAP
: core::pose
- MiniPoseCOP
: core::pose
- MiniPoseOP
: core::pose
- MiniRelaxOP
: protocols::relax
- MinMoverCOP
: protocols::simple_moves
- MinMoverOP
: protocols::simple_moves
- MinMultiHarmonicFuncCOP
: core::scoring::constraints
- MinMultiHarmonicFuncOP
: core::scoring::constraints
- MinPackMoverCOP
: protocols::simple_moves
- MinPackMoverOP
: protocols::simple_moves
- MinScoreScoreFunctionCOP
: core::scoring::symmetry
- MinScoreScoreFunctionOP
: core::scoring::symmetry
- MissingDensityToJumpMoverCOP
: protocols::simple_moves
- MissingDensityToJumpMoverOP
: protocols::simple_moves
- MixtureFuncOP
: core::scoring::constraints
- mm_bondangle_atom_tri
: core::scoring::mm
- mm_bondangle_library
: core::scoring::mm
- mm_bondangle_library_citer
: core::scoring::mm
- mm_bondangle_library_citer_pair
: core::scoring::mm
- mm_bondangle_param_set
: core::scoring::mm
- mm_bondlength_atom_pair
: core::scoring::mm
- mm_bondlength_library
: core::scoring::mm
- mm_bondlength_library_citer
: core::scoring::mm
- mm_bondlength_library_citer_pair
: core::scoring::mm
- mm_bondlength_param_set
: core::scoring::mm
- mm_lj_atom
: core::scoring::mm
- mm_lj_param_set
: core::scoring::mm
- mm_torsion_atom_quad
: core::scoring::mm
- mm_torsion_atom_quad_angle_pair
: core::scoring::methods
- mm_torsion_library
: core::scoring::mm
- mm_torsion_library_citer
: core::scoring::mm
- mm_torsion_library_citer_pair
: core::scoring::mm
- mm_torsion_param_set
: core::scoring::mm
- MMAtomTypeSetAP
: core::chemical
- MMAtomTypeSetCAP
: core::chemical
- MMAtomTypeSetOP
: core::chemical
- MMBondAngleEnergyAP
: core::scoring::methods
- MMBondAngleEnergyCAP
: core::scoring::methods
- MMBondAngleEnergyCOP
: core::scoring::methods
- MMBondAngleEnergyOP
: core::scoring::methods
- MMBondAngleLibraryAP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleLibraryCAP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleLibraryCOP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleLibraryOP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleResidueTypeParamSetAP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleResidueTypeParamSetCAP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleResidueTypeParamSetCOP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleResidueTypeParamSetOP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleScoreAP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleScoreCAP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleScoreCOP
: core::scoring::mm
- MMBondAngleScoreOP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthEnergyAP
: core::scoring::methods
- MMBondLengthEnergyCAP
: core::scoring::methods
- MMBondLengthEnergyCOP
: core::scoring::methods
- MMBondLengthEnergyOP
: core::scoring::methods
- MMBondLengthLibraryAP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthLibraryCAP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthLibraryCOP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthLibraryOP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthScoreAP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthScoreCAP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthScoreCOP
: core::scoring::mm
- MMBondLengthScoreOP
: core::scoring::mm
- MMEnergyTableRotamerTrieCOP
: core::scoring::mm::mmtrie
- MMEnergyTableRotamerTrieOP
: core::scoring::mm::mmtrie
- MMLJEnergyInterAP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyInterCAP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyInterCOP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyInterOP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyIntraAP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyIntraCAP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyIntraCOP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyIntraOP
: core::scoring::methods
- MMLJEnergyTableAP
: core::scoring::mm
- MMLJEnergyTableCAP
: core::scoring::mm
- MMLJEnergyTableCOP
: core::scoring::mm
- MMLJEnergyTableOP
: core::scoring::mm
- MMLJLibraryAP
: core::scoring::mm
- MMLJLibraryCAP
: core::scoring::mm
- MMLJLibraryCOP
: core::scoring::mm
- MMLJLibraryOP
: core::scoring::mm
- MMLJScoreAP
: core::scoring::mm
- MMLJScoreCAP
: core::scoring::mm
- MMLJScoreCOP
: core::scoring::mm
- MMLJScoreOP
: core::scoring::mm
- mmtaqap_iter
: core::scoring::methods
- MMTorsionEnergyAP
: core::scoring::methods
- MMTorsionEnergyCAP
: core::scoring::methods
- MMTorsionEnergyCOP
: core::scoring::methods
- MMTorsionEnergyOP
: core::scoring::methods
- MMTorsionLibraryAP
: core::scoring::mm
- MMTorsionLibraryCAP
: core::scoring::mm
- MMTorsionLibraryCOP
: core::scoring::mm
- MMTorsionLibraryOP
: core::scoring::mm
- MMTorsionScoreAP
: core::scoring::mm
- MMTorsionScoreCAP
: core::scoring::mm
- MMTorsionScoreCOP
: core::scoring::mm
- MMTorsionScoreOP
: core::scoring::mm
- ModelCDRH3COP
: protocols::antibody2
- ModelCDRH3OP
: protocols::antibody2
- ModifyAnnealerCOP
: protocols::toolbox::task_operations
- ModifyAnnealerOP
: protocols::toolbox::task_operations
- ModifyStoredRBConfsCOP
: protocols::enzdes
- ModifyStoredRBConfsOP
: protocols::enzdes
- ModifyVariantTypeMoverCOP
: protocols::simple_moves
- ModifyVariantTypeMoverOP
: protocols::simple_moves
- Mol
: protocols::sparta
- Mols
: protocols::sparta
- MonteCarloCOP
: protocols::moves
- MonteCarloExceptionConvergeCOP
: protocols::moves
- MonteCarloExceptionConvergeOP
: protocols::moves
- MonteCarloOP
: protocols::moves
- MonteCarloRecoverCOP
: protocols::simple_moves
- MonteCarloRecoverOP
: protocols::simple_moves
- MonteCarloTestCOP
: protocols::simple_moves
- MonteCarloTestOP
: protocols::simple_moves
- MotifCOP
: protocols::motifs
- MotifCOPs
: protocols::motifs
- MotifDnaPackerCOP
: protocols::motifs
- MotifDnaPackerOP
: protocols::motifs
- MotifHitCOP
: protocols::motifs
- MotifHitCOPs
: protocols::motifs
- MotifHitOP
: protocols::motifs
- MotifHitOPs
: protocols::motifs
- MotifLibraryCOP
: protocols::motifs
- MotifLibraryOP
: protocols::motifs
- MotifOP
: protocols::motifs
- MotifOPs
: protocols::motifs
- MotifSearchCOP
: protocols::motifs
- MotifSearchOP
: protocols::motifs
- MoveBeforeFilterCOP
: protocols::filters
- MoveBeforeFilterOP
: protocols::filters
- MoveMapBuilderCOP
: protocols::ligand_docking
- MoveMapBuilderCOPs
: protocols::ligand_docking
- MoveMapBuilderOP
: protocols::ligand_docking
- MoveMapBuilderOPs
: protocols::ligand_docking
- MoveMapCOP
: core::kinematics
- MoveMapOP
: core::kinematics
- Mover_LoopHashRefineCOP
: protocols::loophash
- Mover_LoopHashRefineOP
: protocols::loophash
- MoverCache
: protocols::moves
- MoverCacheSP
: protocols::moves
- MoverContainerCOP
: protocols::moves
- MoverContainerOP
: protocols::moves
- MoverCOP
: protocols::moves
- MoverCreatorCOP
: protocols::moves
- MoverCreatorOP
: protocols::moves
- MoverFactoryCOP
: protocols::moves
- MoverFactoryOP
: protocols::moves
- MoverListCAP
: protocols::wum
- MoverOP
: protocols::moves
- Movers_map
: protocols::moves
- MoverSP
: protocols::moves
- MPI_EndPointSP
: protocols::wum2
- MPI_MasterSP
: protocols::elscripts
- MPI_SlaveSP
: protocols::elscripts
- MPI_WorkUnitManagerCOP
: protocols::wum
- MPI_WorkUnitManagerOP
: protocols::wum
- MPIBPool_RMSD_COP
: protocols::canonical_sampling::mc_convergence_checks
- MPIBPool_RMSD_OP
: protocols::canonical_sampling::mc_convergence_checks
- MpiFileBufferCOP
: protocols::jd2
- MpiFileBufferOP
: protocols::jd2
- MPIHPool_RMSD_COP
: protocols::canonical_sampling::mc_convergence_checks
- MPIHPool_RMSD_OP
: protocols::canonical_sampling::mc_convergence_checks
- MPIMultistateFitnessFunctionCOP
: protocols::pack_daemon
- MPIMultistateFitnessFunctionOP
: protocols::pack_daemon
- MPIPool_RMSD_COP
: protocols::canonical_sampling::mc_convergence_checks
- MPIPool_RMSD_OP
: protocols::canonical_sampling::mc_convergence_checks
- MultiConstraintCOP
: core::scoring::constraints
- MultiConstraintOP
: core::scoring::constraints
- MultifuncCOP
: core::optimization
- MultifuncOP
: core::optimization
- MultiLoopMoverCOP
: protocols::loops::loop_mover
- MultiLoopMoverOP
: protocols::loops::loop_mover
- MultipleDomainMoverOP
: protocols::rna
- MultiProbePerSphereAccumulatorOP
: core::scoring::packstat
- MultiProbePoseAccumulatorOP
: core::scoring::packstat
- MultistateAggregateFunctionCOP
: protocols::pack_daemon
- MultiStateAggregateFunctionCOP
: protocols::multistate_design
- MultistateAggregateFunctionOP
: protocols::pack_daemon
- MultiStateAggregateFunctionOP
: protocols::multistate_design
- MultistateFitnessFunctionCOP
: protocols::pack_daemon
- MultistateFitnessFunctionOP
: protocols::pack_daemon
- MultiStatePackerCOP
: protocols::multistate_design
- MultiStatePackerOP
: protocols::multistate_design
- MultiThreadingJobCOP
: protocols::jd2
- MultiThreadingJobOP
: protocols::jd2
- Multivec
: core::optimization
- MutateResidueCOP
: protocols::simple_moves
- MutateResidueOP
: protocols::simple_moves